支付寶在馬雲的商業戰略中，從來都不是一個僅僅依附於淘寶網的衍生品而已，而是有著更加重要的地位，所以，馬雲讓支付寶隨後脫離了淘寶網，成為了一個獨立運作的公司。
單獨推出支付平台alipay網站，支付寶也將適用於阿裏巴巴的B2B網上交易。看到馬雲動開了支付交易平台的腦筋，eBay易趣自然也不甘落後，eBay易趣的首席運營官發表聲明，說eBay為中國公司eBay易趣投資了1億美元，用來研發更安全、更方便使用的支付產品，用來改善用戶體驗。
雙方的火藥味很濃，但馬雲的一番話或許可以看出這場戰爭中誰更勝一籌：“任何標準都是市場決定的，隻有客戶真的認為你好，然後你越做越大，才能變成一個標準，這是一個自然而然的過程。”
支付寶先聲奪人地搶占了國內大部分的市場，讓後來者再也無法居上。憑借優良的服務和近乎完美的客戶體驗，截至2005年7月，已經有超過上千家購物平台加盟了支付寶，很多大的網站也公開表示支持支付寶，包括搜狐、百度、金山等，也包括佐丹奴等一批在淘寶網開店的傳統企業。
另外還有很多中小型的個人購物網站也支持支付寶，雖然名氣不大，但數量很多，加起來也有千餘家。中關村在線網站還和支付寶公司合作推出了ZOL二手交易支付寶平台，支付寶在電子商務市場中越來越得人心，這是其他的網站所不能比的。
用淘寶網執行總經理孫彤宇的話來說就是：“支付寶是在2003年10月提出的，我們現在回想如果沒有支付寶這種安全交易的媒介的話，那麼中國電子商務市場不會那麼成熟。”
馬雲管理智慧
阿裏巴巴的商業模式有著鮮明的“中國特色”，從一開始，這種“中國特色”被深深質疑，馬雲不被人理解，到後來被廣泛接受，賭的就是馬雲的好眼力。在商業發展中，市場是千變萬化的，其中蘊含了無數商機，隻要企業管理者有一雙發現機會的慧眼，那就能夠在市場上獨領風騷。
馬雲總能發現市場上的商機，這也就是馬雲能夠創業成功的原因。雖然他一開始缺資金、缺人才，但還是能創業成功。馬雲在管理阿裏巴巴時，並不是什麼都做，他認為做企業一定要有重中之重，隻有將所有的資源都集中在一點突破時，才有可能會贏。
所以，馬雲在做支付寶時，就是瞄準了支付平台這個商機，他果斷下手，搶占了市場份額，令後來看到商機想要跟進的商家無法和他競爭。這就是馬雲的戰略方針，看重一個點，就毫不猶豫地全力出擊。
在2013年5月28日，馬雲辭去了阿裏巴巴的CEO，沒過幾天悠閑的生活，便在深圳宣布組建了“菜鳥網絡科技有限公司”，擔任董事長。馬雲這一次要出擊的是物流行業。馬雲想要進軍物流行業，並不是今時今日才有的想法。其實，早在2007年，阿裏巴巴戰略討論會上，馬雲就提出了做物流的想法，不過是因為當時條件有限，馬雲沒有將這個戰略付諸行動。
後來到了2010年，阿裏巴巴選擇了星晨作為物流發展的第一塊試驗田，可惜的是，經過兩年的運作，因為資金問題，宣告破產。但馬雲並沒有放棄物流這塊市場，在2013年，他重整旗鼓，首期投資1000億元人民幣，二期達到2000億元人民幣，開始重新做物流。
馬雲強調，阿裏巴巴永遠不會做快遞，做的這個物流是聯合產業鏈上下遊的合作夥伴，搭建一個基於數據的物流基礎設施平台。馬雲看中的還是阿裏巴巴一貫延續的“平台化”的戰略思路。