黃帝打敗神農後，獨霸中原，而神農逃往南方。這時，在南方有另一位首領叫蚩尤，此人統治著南方的一部分地區。蚩尤長相奇特：人身牛蹄，銅頭鐵額。他吃的是沙子和石頭，從小脾氣暴躁，力大無窮。
此外，蚩尤還精於製作兵器，是弓箭的發明者，同時還能驅使惡鬼聽命於己，眾多的部落不得不對他俯首稱臣。但他並不滿足於此，還夢想進入富饒的中原，進一步統一天下。
為了盡快出兵中原，蚩尤認為必須先統一南方，於是，他率領英勇善戰的苗民和被他驅使的惡鬼，向南方的炎帝部落發動了突然襲擊。炎帝雖然也神通廣大，且有火神祝融做助手，但由於事發倉促，再加上炎帝為人仁厚，不願使百姓遭受戰爭之苦，因此隻好從南方一路往北逃，一直逃到了涿鹿。
蚩尤率兵緊追不舍，炎帝無奈，勉強應戰，但不是蚩尤的對手。炎帝隻得向從前的對手黃帝求援。
黃帝也是個仁厚的人，他接到炎帝的求援要求後，不想大興幹戈，便派人前往蚩尤軍營，希望他能退回南方，各守其土，讓人民安居樂業。但利令智昏的蚩尤如何肯聽呢？他狂妄地提出：如果黃帝肯將王位讓給他，他可以考慮退兵。
和平解決的辦法被否決後，隻能動用武力了。
黃帝部落和蚩尤部落的軍隊在涿鹿附近的曠野上展開激戰，兩支軍隊勢均力敵，一時間難以分出勝負。
蚩尤在陣前施展法術，降下漫天大霧。黃帝兵團的將士辨不清東西南北，一個個驚慌失措，被砍殺得人仰馬翻。
黃帝見狀，立即召集謀士們商量對策，一個叫風後的人想出了主意。他認為北鬥星的鬥柄不管星鬥如何轉移，總是指向北方，如果能製出一種東西始終指定一個方向，那麼其餘三個方向也就可以分辨出來了。根據這一原理，黃帝軍團造出了指南車，車子前麵有一個小鐵人伸著手指向南方。依靠指南車，黃帝軍團衝出了層層大霧。
蚩尤見法術不靈，次日，又調動手下的惡鬼們上陣，這些鬼怪，有的人麵獸身，有的長著四隻腳，還有一種麵目如同小孩，卻能發出一種古怪的聲音，使黃帝軍團的士兵產生幻覺。
黃帝令人用牛羊角做成笛子，吹出龍吟般的聲音，這些惡鬼聽了，一個個骨酥膽寒，不攻自破。
黃帝大喜，準備一鼓作氣打敗蚩尤。他招來手下一條名叫應龍的龍，令他升到空中行雲布雨，向蚩尤軍團降下如同天河倒瀉般的雨水。但蚩尤調來風伯刮起大風，將應龍降下的雨水悉數吹走。
黃帝吃了這個敗仗，怕將士們士氣低落，就派人到東海的流波山下捉了一隻樣子有點兒像牛卻沒有角的名為夔的怪獸，剝下它的皮製成一麵巨鼓。再派人到雷澤捉了一隻龍身人頭的雷獸，用它身上最大的一塊骨頭製成鼓槌兒。交戰的時候，黃帝軍團敲動這麵巨鼓，巨鼓發出震天動地的聲音，將士們士氣高漲，將蚩尤軍團打得落花流水。
蚩尤並不死心，他派人到北方荒漠中去請誇父族的人幫忙。誇父族的人身材極其高大，是常人的兩倍，每人的耳朵上和手裏都有兩條黃色的蛇。但這個民族的人心地善良，不喜歡和人爭強鬥狠，因此，隻有少數人加入了蚩尤軍團。
不過，這少數的誇父族巨人卻讓黃帝軍團傷透了腦筋，一連打了幾次敗仗，黃帝也無可奈何。
一天，當黃帝在軍營裏苦苦思索破敵之策時，手下人進來報告說，一個叫玄女的女子前來求見。黃帝從帳裏看到這位玄女人頭鳥身，急忙請她進來上座喝茶。
玄女自稱是位得道的仙人，特意前來傳授可以擊敗蚩尤軍團的陣法。黃帝很快學會了，臨走時，玄女還送給黃帝一支削鐵如泥的昆吾劍。
次日，雙方展開決戰，蚩尤軍團和誇父族巨人雖然十分英勇，但被圍在玄女所傳授的陣裏，根本無法突圍。蚩尤本人雖是銅頭鐵額，但也架不住昆吾劍。戰爭結束時，蚩尤軍團幾乎被全殲，他本人也被活捉，餘下的殘兵敗將一哄而散。
黃帝認為蚩尤罪大惡極，必須處死，於是下令將其處死，並將他的頭和身子分別埋在山西解縣和山東壽張。