從乾隆十六年（1751年）到乾隆十七年（1752年）兩年間，皇帝的全部注意重心都放到了這個偽稿上。他感到無比的冤枉、憤怒和委屈。他像瘋了一樣日夜關注此案，發布了無數諭旨，度過了無數不眠之夜，命令各地官員，窮追不舍，務必要查出幕後真凶，千刀萬剮，以解此恨。全國各級官員都被動員起來，數千人被捕入獄，全國風聲鶴唳，草木皆兵。然而追查了一年多，網越撒越大，牽涉的人越來越多，仍然是一團亂麻，了無頭緒。眼看著這樣下去，除了把偽稿內容更廣泛傳播之外不可能有任何結果，乾隆隻好匆匆結案，把兩名傳抄過這個稿子的低級武官定為主謀，殺掉了事。
這一事件給了乾隆極為嚴重的心理刺激。抓不到真凶，皇帝就把仇恨轉移到風傳此稿的百姓身上。皇帝想起了韓非子的話，對老百姓來說，最需要的是如畜生一樣不斷地加以鞭策，而不能“養恩愛之心”，因為老百姓是沒有頭腦的。
就在偽稿案沒有偵破之時，又發生了馬朝柱反清案，這是對皇帝信心的另一次重擊。
乾隆十七年四月十八日，兩江總督尹繼善向皇帝密奏，地方官在追查偽稿案時，在湖北東北的大別山區發現了一起聚眾謀反事件。據偵查，有個叫馬朝柱的中年人，自稱有法術，在深山中以燒炭為名，糾集眾人，意圖不法。他還刻了一個大印，內有“統掌山河，普安社稷，即受天命，福祿永昌”字樣，不軌之心灼然可見。
案件上報之後，乾隆十分重視。整個心思都沉浸在偽稿案中的皇帝第一個反應是懷疑馬朝柱就是製造偽稿之人，因此嚴命地方官迅速進剿。馬朝柱隻身逃往四川，隻拿獲了馬的母親、妻子和侄子。審訊之下，發現馬朝柱與偽稿案無關，不過此人的威脅並不在偽稿之下。
馬朝柱，安徽霍山人，自幼胸懷大誌。自乾隆十二年（1747年）起，他就與霍山白雲庵的正修和尚商量“起大事”、當皇帝。他效仿曆代起義首領，對眾人宣稱自己十六歲時，曾夢到神仙降臨，指點他到某處拜了名師，學得了一身法術，可以撒豆成兵，剪紙為馬。他還宣傳說，“西洋出有幼主，名朱洪錦，係明後裔，有大學士張錫玉，大將吳乘雲，係吳三桂子孫，李榮爵即李開化等，統兵三萬七千為輔”，說自己已經被任命為軍師，如果大家跟隨自己造反，將來都有高官可做。
這些說法讓許多人半信半疑。為了吸引徒眾，馬朝柱想出了許多計策。乾隆十四年（1749年）十月，他製造了一柄造型奇特的銅劍，悄悄把它藏到樓子石的一個山洞裏，然後對眾宣稱自己夢到神仙賜了自己神劍，並且帶眾人在山洞裏找到了這把劍。乾隆十五年（1750年），他又對大家宣稱，從上天處獲得了一把神奇的撐天扇，用此扇“能行雲霧中，三時可抵西洋。並稱西洋不日起事，興複明朝”。這些裝神弄鬼的把戲十分成功，眾人紛紛相信，交給他銀錢，記名入夥。
當然，戲法也有玩露的時候。為了獎勵手下的骨幹，馬朝柱派人到外地製造了許多“蟒袍”和“冠帶”，分賜自己手下的“官員”，說是西洋之主從空中降下來的。這些“官員”興衝衝領了“蟒袍”回去仔細一看，發現分明是戲班裏唱戲用的，有的上麵還寫著裁縫和戲班的名字。這一失誤讓馬朝柱的努力幾乎破產。為了挽回影響，馬朝柱又宣稱西洋主從雲霧中傳來詔書，下降到武漢黃鶴樓。他派人去武漢，果然從黃鶴樓裏取出了百餘道詔書，大講起義後的光輝前景，再次封了大批“官員”，穩住了人心。
經過苦心經營，馬朝柱在各地發展了大量信徒。他又在各地“散劄招軍、囤糧製械”，操練刀槍。並且已經派員聯絡安徽霍山、太湖、桐城、亳州（今亳州市），河南商城、開封、南陽，四川峨眉山等地的信徒，互為呼應，並設立四將軍職位，分統各部，約期舉義。地方官率兵入山搜捕時，查抄出軍械三百餘件，硝磺（製造火藥的原料）數百斤；捕獲起義骨幹共二百餘人。
馬朝柱案使乾隆十分震驚。從乾隆十七年四月至十二月的九個月間，他神經一直緊繃，批閱了馬案奏章五十一份，傳下諭旨五十八道，洋洋灑灑數萬言。如果不是因為偽稿案牽出這起反清大案，很可能一場規模巨大席卷數省的反清起義一兩年後就要掀起。思想至此，乾隆不禁出了一身冷汗。
兩起大案接連發生後，乾隆驀然發現，他治下的江山，原來遠不是自己看到的那麼四海升平，陽光燦爛。在自己看不到的角落，居然伏莽處處，隨時存在農民起義大規模爆發的可能。
對於偽稿案和馬朝柱案，乾隆百思不得其解。他回想自己即位以來，對黎民百姓一直全力施恩，並無失德之處。他說：
臨禦以來，愛民之心常如一日，遇有災浸，不下數百萬帑金多方賑恤。至於蠲貸展緩者，更難數計。正供而外，並無私粟加征，又非若前朝縱容貪殘之吏剝民脂膏也。即間或有不肖官員，略有派累百姓之事，無不立以重典，此實從來未有。
人民當感戴國家休養生息之恩，共安樂利，實不解此等亂民，因何喪膽昧良，甘蹈法網？（《清高宗實錄》）
現實政治使乾隆頭腦中以儒治國的理想主義破滅了。原來“愚民們”隻記得住鞭子帶來的痛苦，而記不住主上的仁慈。他們多是愚昧而輕信的，沒有頭腦，沒有判斷，隻熱衷於享受傳播小道消息的快感，極易受不實之詞的蒙騙，寄希望他們給統治者一個公正的評價幾乎是不可能的。
乾隆以為，隻要全力關注民生，不使黎民流離失所，就不存在農民造反的威脅。馬朝柱案推翻了他這個假定。乾隆十二年到乾隆十七年，正是大清帝國蒸蒸日上，接近盛世巔峰的“幸福時光”，已經基本解決了全國人民的溫飽問題，傳統社會的治理水平已經達到極致，而湖北省馬朝柱盤踞之處大部分人也都是安居樂業。在這種情況下，仍然發生了馬朝柱起義案，這讓乾隆認為，心存不軌的“刁民”是任何時候都會存在的，不論吃不吃得飽，總有人癡迷於皇帝夢而無法自拔。
乾隆越來越癡迷於閱讀《韓非子》。他發現，原來他極為反感的這個政治理論家的話，今天讀起來卻字字珠璣。韓非子明確指出，人世間一切關係都是虎狼型的利欲關係，“人之急利，甚也”。人們心中充滿的是“自為心”“自利之心”，不論是君臣、父子還是朋友，其實都是“用計算之心以相待”。老百姓心中隻有利益，沒有感恩：“彼民之所以為我用者，非以吾愛之為我用者也，以吾勢之為我用者也。”而大臣們之所以在仕途上你爭我奪，並不是急於效忠皇帝：“人臣之情未必能愛其君也，為重利之故也。”
韓非子因此說，君主要控製臣民，不能全憑道德教化，更無須“養恩愛之心”，而是應該手握“法”“術”“勢”三種韁繩和鞭子，通過嚴刑峻法來強化權力的威懾力量，使臣民不敢亂說亂動。“刑勝而民靜，賞繁而奸生。故治民者，刑勝治之首也；賞繁亂之本也。”（《韓非子·心度》）
如果承認人性本惡，那麼儒家那套建立在人性善基礎上的理想主義治國方案當然就是一廂情願，隻有韓非子的建議才是切實可行的。
就在馬朝柱案偵破後不久，乾隆十七年（1752年）十月，江西又查獲了何亞四謀反案，緊接著十八年（1753年）正月，福建又爆發了蔡榮祖謀反案。江西上饒人何亞四，本以“耕種燒炭為生”。有一天，他挖地得藏銀三百七十兩，算命先生李德先因此說他命中要大貴，唆使他出資鑄印信，製旗幟，造刀杖，說有天兵暗助，飛刀殺人，於是他也借托馬朝柱案中的“李開化”之名，聚集當地鄉民，欲圖造反。福建漳州的秀才蔡榮祖與道士馮珩一起做皇帝夢，共謀起兵，立“大寧國”，因事機不密而被破獲。這兩起案件雖然都被及時偵破，但習慣於危機思維的皇帝卻再也不能安枕。如何防範農民起義，成了他政治思維的新重心。
確實如乾隆自己所說，他是中國曆史上最重視民生的皇帝。但是乾隆中期的社會問題卻已經不是幾條民生措施所能解決的。人口壓力導致社會動蕩逐漸加劇，底層社會風聲鶴唳，除了抗租抗稅鬥爭之外，民間宗教和結社活動也大興起來。據《清代八卦教》一書統計，乾隆二十年（1755年）以前史料僅記載了16個秘密宗教與結社的活動，而乾隆二十一年（1756年）以後則多達199種。乾隆二十年以後，民間宗教和結社組織活動頻繁，新教派組織不斷湧現，秘密宗教和會黨，可謂五花八門，名目之多超過以往任何一個朝代。什麼聞香教、無為教、弘封教、大乘教、善友會、弘陽教、清淨門、白陽教、白羊教、歸一教、金幢教、黃天教……林林總總，數不勝數。各省關於教案的彙報不斷傳來，讓皇帝頭痛不已。
因此，進入中期之後的乾隆對社會的控製越來越高壓化。對民間宗教和結社，乾隆打擊起來更是不遺餘力。乾隆說：“左道惑人，最為風俗人心之害，必當嚴絕根株。”（《宮中檔乾隆朝奏折》）乾隆十三年（1748年）他說：“務須加意查辦，杜絕根株。嗣後凡有幹涉燒香聚匪之處，俱當留心查察，一有訪聞，即行擒捕，不可稍有怠忽。”乾隆朝以前，清代統治者對於民間宗教首領和幫會首領也采取嚴厲打擊政策，不過僅限於處以監禁之刑。乾隆卻一改前例，查出即處死。
乾隆朝的文字獄就是在乾隆對社會底層控製由鬆轉緊，對底層民眾態度由寬轉嚴的背景下發生的。表麵上看，乾隆朝的文字獄多數看起來荒誕不經，但是如果我們把這些文字獄放到一起進行分析，背後的脈絡隱然可見。
乾隆朝文字獄的一個重要特點是打擊重心在社會底層。中國曆代文字獄，都以士大夫階層為打擊對象。據郭成康、林鐵鈞之《清朝文字獄》一書統計，康熙、雍正兩朝文字獄大約三十起，其中涉及官紳、名士者至少二十起，占全部案件的三分之二。而乾隆年間觸犯文網者，則多數是下層知識分子及稍解文義的平民。在約一百三十起文字獄中，低級知識分子，也就是童生、秀才、監生、武生等，占近四十起，平民五十多起，二者合計，占總數的百分之七十二。這些人的職業五花八門，其中有裱背老板、酒店老板、當鋪老板三人，童生四人，教書先生四人，江湖郎中一人，菜農一人，幫工兩人，轎夫一人，算命先生三人，裁縫一人，無業遊民一人，和尚五人，職業不清者二十二人，又各種職業的瘋漢十八人。這一現象，是乾隆以前任何一個朝代的文字獄從未發生過的，這就打破了士大夫階層“壟斷”文字獄“專利”的局麵。
這些鄉野小民、精神病患者和小知識分子之所以身陷文字獄，大抵有三個原因。一是為人不安分，“出位妄言”，妄議國家大政；二是涉嫌傳播有民間宗教內容的“邪書”“圖譜”，被懷疑有秘密傳教和結社的背景；三是自稱“托夢”“天命”“下凡”等，舉止荒唐，“妖言惑眾”。
乾隆對曆朝農民起義的規律深有研究。通過總結中國曆史，他得出一個結論，社會底層最危險的人物是“失意文人”。他多次提醒地方官，要注意地方上的“失意文人”作亂。
乾隆認為，讀書人大多功名心極盛，讀書的目的，就是為了榮華富貴。一旦科舉不順，騰達無望，也不會甘於埋頭做農民，而一定要想方設法改變自己的命運，所以他們最容易起不軌之心。而這些人又粗識文字，頭腦靈活，因此是大清王朝最危險的潛在敵人之一。事實上，在乾隆朝前期幾起起義中，“失意文人”的身影確乎不時隱顯其間。馬朝柱本人就識文斷字，似乎算得上是“失意文人”。福建蔡榮祖反清案中，蔡榮祖本身是一名秀才，與他共同起事的馮珩則是道士。王倫起義中的軍師範偉也是個底層文人。乾隆三十一年（1766年），在全國範圍內發生了另一起莫名其妙的大案“割辮案”。乾隆即提醒地方官員，追查案源時最可注意的是“士子內屢試不第自負才高學廣而不得誌者”。
乾隆蓄意痛懲這些“滿懷好心”的獻策獻詞者，無疑是為了“以昭炯戒”，殺一儆百，消滅他們的“不安分”之心。皇帝治國的理想是“總一海內，整齊萬民”，使全國人民都生活在高度紀律化之下。他認為，政治是肉食者謀的事。作為民間知識分子，他們唯一的晉升途徑就是老老實實讀書進學，此外任何一種鑽營都是不正當的。
對於沒有任何政治企圖的獻詞者，比如為了愛情而獻書的馮起炎，他可以放一條生路。而對“妄議國政”，事幹政治者，他絕不放過，非使其家破人亡不可。通過這些慘案，皇帝嚴肅提醒底層民眾，國家不需要任何底層社會的自發政治熱情，隻需要他們的馴服和沉默。
乾隆朝另外許多文字獄，其實是與打擊民間宗教密切聯係在一起的。
民間宗教和秘密會社曆來是農民起義的溫床。自漢代以後，幾乎所有大的農民起義，都有著民間宗教的背景。東漢末年的黃巾軍，以“五鬥米教”聚斂人心。方臘起義，借的是明教的招牌。元末彭瑩玉起兵，以“白蓮教”為旗幟。而馬朝柱案件也典型地具備民間秘密結社的特征。
自馬案以後，乾隆對於那些有任何民間宗教及結社嫌疑的文字，都十分警惕。
乾隆二十二年（1757年），
(本章完)