發現孫恩將北攻滬瀆之後，劉裕也放棄海鹽，尾隨追擊。海鹽縣令鮑陋感激劉裕的救助之恩，特地派兒子鮑嗣之率一千民兵前來助戰。但好心也會辦壞事，事壞就壞在這一千援兵的主將鮑嗣之身上。
鮑嗣之是頭不怕虎的初生牛犢，這幾天參與劉裕指揮的海鹽保衛戰，見劉參軍連連取勝，贏得好像很輕鬆。他一點兒門道沒看出來，反而覺得打仗原來這麼容易啊！年輕人氣盛，這回一見到劉裕就提出要當先鋒！
劉裕勸告他說：“孫恩的人打了幾年仗，已經有很豐富的作戰經驗，不是好對付的。而吳地民兵沒見過真正的大戰，不是他們的對手。如果先鋒失利，會導致全軍戰敗，所以你的人最好還是殿後，做我軍的支援。”但鮑嗣之不幹，堅持要當先鋒，還說劉裕不讓他當先鋒是害怕他立功或分了戰利品。
劉裕和劉牢之不同，比較重視“人和”，為了和當地人搞好關係，隻好勉強同意了。為了不讓鮑嗣之誤事，劉裕也進行了一些準備，在預設戰場準備了大量旗鼓，布下了多處埋伏，不過因為兵少，每處埋伏不過幾人而已。
第二天，交戰開始，孫恩派一萬人回擊追兵，很快便與鮑嗣之的民兵交上了火，劉裕看準時機，布下的埋伏同時發動。於是，四麵出現晉軍戰旗，鼓聲震天，孫恩以為中伏，大驚之下慌忙後撤。鮑嗣之莫名其妙地得勝之後，更加堅定了自己的判斷：劉參軍果然是忽悠人的，孫恩的軍隊明明很好對付嘛！揚名立功的機會絕不能放過，追！
真是不怕龍一樣的對手，就怕豬一樣的隊友。鮑公子的追擊命令下達得如此之快，以至於劉裕都來不及把他攔下。他率領的海鹽民兵一衝出劉裕的設伏地域，立即把兵力微弱的真相暴露無遺。回過神來的孫恩殺了一個回馬槍，鮑嗣之和他的一千民兵全軍覆沒，鮑公子陣亡了！不僅如此，敗勢還牽動了後麵的劉裕。劉裕不得不且戰且退，部眾損失不小，孫恩的大軍步步進逼，眼看劉裕也難逃全軍覆沒的厄運了。
危急關頭，劉裕的戰術天才和極佳的心理素質再次展現了出來。退到最初交戰的地點時，劉裕命部眾停下來，收集戰死者身上的衣甲兵器。這些都是要錢買的，可別浪費了！看上去非常從容不迫。本已穩占上風的孫恩又怔住了，不敢進逼。這段時間以來，他們吃劉裕的虧，上劉裕的當，次數已經太多了，因此每見到他有什麼不尋常的舉動，都會在心裏犯嘀咕，該不會又有什麼詭計吧？
片刻後，劉裕突然大吼一聲，揮軍反攻。已經得了“恐劉症”的孫恩軍士大驚，以為又中計了，慌忙撤退。劉裕當然不敢緊追，等孫恩撤遠，才率餘部撤回海鹽。此役因鮑嗣之誤事，劉裕先勝後敗，但是他臨危不亂，處置得當，避免了全敗的惡果，但也一時無力去支援滬瀆了。
孫天師的選擇果然是明智的，避開了劉裕的糾纏之後，戰局大為改觀。五月，攻克滬瀆，大敗晉軍，斬守將吳國內史袁崧及其屬下晉軍四千餘人，一掃與劉裕作戰以來的晦氣，取得自餘姚之戰後的又一次大捷。乘著軍威大振，於隆安五年（公元401年）六月一日乘勝率水陸大軍攻入長江，逆流而上，兵鋒所向，直指國都建康！此時他的部眾號稱十餘萬人，乘坐在千餘艘戰船之上，浩浩蕩蕩，勢不可擋。建康城裏的大晉朝廷大為震動。
六月二日，建康及周邊地區全部戒嚴，所有文武官員取消休假，在各自的衙門通宵值班。司馬元顯的急令一道道發出，顯得有些手忙腳亂：一、冠軍將軍高素駐防石頭城（建康城西北長江邊）；二、輔國將軍劉襲用木柵切斷淮口（建康城西秦淮河入長江口），防止孫恩軍戰船突入秦淮河；三、丹陽尹（建康市長，當時建康屬於丹陽郡）司馬恢之在長江南岸、建康之北布防；四、桓衝的兒子，前吳國內史桓謙駐防白石（在今南京城西）；五、左衛將軍王瑕等保衛皇宮；六、急調豫州刺史司馬尚之從曆陽調兵戌衛京城；七、調遠在會稽的劉牢之入援，北上阻截孫恩軍西進之師。
在這一堆防禦措施中，最有分量的當然是調劉牢之北上，但此時劉牢之所率的北府軍主力尚遠在山陰（會稽郡治所，今浙江紹興），緩不濟急。油水不多時，劉牢之真是磨洋工啊！海鹽的惡戰，滬瀆被攻克，已發生這麼多事，他居然還一直待在會稽無動於衷，於是劉牢之便命在海鹽的劉裕急速北上，阻擊孫恩軍，劉裕雖然兵少，畢竟距離近多了。
接到命令後，劉裕沒有絲毫猶豫，立即離開海鹽，率領那支不足千人的隊伍，加快速度，不分晝夜地強行軍，終於差不多與孫恩同時抵達丹徒。