這個時候，三吳一帶連災情相對較輕的會稽郡，戶口都減少了百分之三四十，而臨海（今浙江臨海）與盧循剛剛就任太守的永嘉（今浙江溫州）二郡更是重災區。由於饑餓和逃亡，兩郡的民間十室九空，不少富貴人家雖然穿著綾羅綢緞，抱著金銀珠寶，卻因買不到食物，隻能關上大門，活活餓死家中。
盧循雖然已經是朝廷命官，但桓玄肯定不會給他的人發餉，他們估計也沒練過“辟穀”之類的功夫，道爺也是要吃飯的！大亨元年（公元402年）五月，盧循率領他的人從永嘉出發，洗劫了臨海郡（辛景雖然打敗了孫恩，但拿盧循沒辦法），發現這一帶幾乎沒什麼可搶的，又轉攻東陽（今浙江金華）。不想很不走運，因為劉裕已經重裝上陣，來了！
聽說受招安不久的盧循又在惹是生非，桓玄很生氣，後果很嚴重，決定對這個不識好歹的家夥給予迎頭痛擊。誰能承擔這個任務呢？桓玄想到了劉裕。他正想從原北府軍中樹立一個先進典型，消除軍方的不安定因素。未參與政治鬥爭，沒有野心，又特別能戰鬥的劉寄奴再次脫穎而出。
自孫恩起兵以來和劉裕交手多次了，不管占有多大的優勢，結果都是每戰必敗！久而久之，他們對劉裕都形成了慣性恐懼，見到他就如同老鼠見到貓，這樣的戰鬥自然沒什麼懸念，盧循理所當然地被打敗，朝永嘉方向潰逃。
可能因為劉裕軍也缺糧，或是兵少，或是桓玄在上，劉裕也不想這麼快就解決掉盧循，有養寇之心。總之，完成救援東陽的任務就行了，沒必要太積極，當出頭鳥有什麼好？劉裕沒有乘勝追擊，這使盧循順利退回永嘉。
第二年春，緩過勁來的盧循命麾下第一猛將徐道覆為先鋒（盧循的姐夫），再次進攻東陽。劉裕迎擊，於二月八日大敗徐道覆，因功被桓玄升為建武將軍、彭城內史。升官歸升官，和去年一樣，劉裕仍然沒有趁熱打鐵，又給了盧循大半年的恢複時間。到了八月，磨磨蹭蹭的建武將軍劉裕終於主動出擊，兵鋒直指永嘉。盧循迎擊，戰敗，退守，再敗，隻好棄永嘉南逃。劉裕率軍在後麵不緊不慢地追擊，盧循屢敗，一路南逃到晉安（今福建福州市），從晉安乘船遁入大海，繼續向南方逃去。劉裕此時沒有水軍，追到晉安後回師北返。
十幾天後，劉裕到達會稽郡山陰縣，在這裏遇上了正等著他的好友何無忌。何無忌可不是來找他聊天的，而是來說服他造反的。作為劉牢之的外甥，他對舅父的大仇並無一日忘卻，而複仇的所有希望都在劉裕身上了。
因此，他一直密切關注著局勢變化，感到現在有機會了：首先，經過一年多執政，桓玄人心已失；其次，桓氏集團的重要成員，桓玄的哥哥荊州刺史桓偉剛剛病逝；第三，劉裕重新得到起用，手中握有一支軍隊；第四，劉裕曾在會稽郡駐過軍，因軍紀良好，在這一帶口碑甚佳，容易得到當地人擁護。因此，何無忌勸劉裕不要回去交令（那等於把現有的兵權交回去），就在山陰起兵反桓玄。
劉裕聽罷，感到事關重大，沒有輕率決定，悄悄找來與他交情很好的當地豪族孔靖商議。孔靖反對說：“山陰距離建康太遠了(約四百公裏)，起事不易成功。而且桓玄現在還沒有篡位，此時起兵也沒有足夠的號召力，不如等桓玄篡位之後，我們在京口起事，可一舉致其死命。”劉裕權衡利弊後，認為孔靖說得更有道理，決定暫不行動，裝作忠於桓玄樣子，等待更好的時機。
而此時，桓玄仿佛怕劉裕等久了不耐煩，正在與左右心腹策劃代晉稱帝的事宜。對此事最積極的是殷仲文和卞範之，兩人一麵向桓玄勸進，一麵寫好加賜“九錫”和晉帝禪位兩份詔書，隻差加蓋印章了。見部下這麼積極擁護，桓玄便同意了，一切按部就班地進行。
九月初，皇帝下詔，任命桓謙為侍中、開府、錄尚書事；王謐為中書監、司徒；桓胤為中書令；加授桓修撫軍大將軍。
九月十六日，皇帝再下詔，劃出十個郡建立楚國，封桓玄為楚王、相國，總管文武百官。接著，又加賜桓玄九錫。
所謂九錫，是指九種禮器或特殊待遇，表示天子對大臣的最高禮遇。包括：一、金車大輅和兵車戎輅各一輛、佩黃馬八匹；二、袞冕之服，加上配套的赤舄（xì，指鞋)一雙；三、皇家校音器具一套；四、宅第賞賜紅漆大門；五、上朝可享受貴賓專用通道；六、虎賁衛士三百；七、紅色專用弓箭一百支，黑色專用弓箭一千支；八、金色斧頭（也就是黃鉞）；九、供祭禮用的香酒，以少見的黑黍和鬱金草釀成。九錫本身並沒有太大價值，但有極高的象征意義。
一般來說，在中國曆史上，“加賜九錫”是篡位幹線上很重要的一站，過了這一站後，如果不發生車禍（根據曆史經驗，篡位幹線一向是事故高發區），那麼篡位列車的前方到站便是終點站“祭天受禪”了！