林彪、葉群出於篡黨奪權的政治野心，陰謀把擔任軍委秘書長、總參謀長的羅瑞卿整倒，並製定了一整套計劃，妄圖通過蕭向榮達到他們的罪惡目的。葉群跑到蕭向榮的家裏，用關切的言詞和笑容可掬的態度對蕭向榮說：“我是特意向你傳林副主席的話來了。林副主席說，你在他下麵工作多年，算得上老人了。他這個人向來是把老人當作一家人看待的。你看，林副主席還要我帶了一張我們全家的照片給你!你想什麼時間去林副主席那裏就什麼時間去，想談什麼問題就談什麼問題。”葉群越是想表現得親近些，蕭向榮就越是感到她像是在演戲，心裏十分厭惡，就冷冷地說：“有些工作上的大事去彙報彙報，是我們的工作。”不久，林彪又把蕭向榮找去，要他當麵彙報羅瑞卿的情況。
蕭向榮敏銳地意識到：“林彪要擔任軍委副秘書長的我，彙報軍委秘書長羅瑞卿同誌的情況，是不正常的。”他下定決心，絕對不能幹損害黨的事業的事。他在沉思片刻後說：“羅總長身體很好，工作很忙。”林彪聽後氣得眼睛一閉就躺在沙發上了。過了幾天，葉群到軍委辦公廳副主任王興綱的家裏，陰陽怪氣地說：“我的眼睛不好了，什麼東西也看不到；我的耳朵也不好了，什麼也聽不到。”她暗示做為軍委副秘書長、軍委辦公廳主任的蕭向榮不給林彪送材料、彙報情況。王興綱覺察到葉群是對著蕭向榮來的，就應付說：“聽說枸杞子可以明目，你眼睛不好吃點枸杞子試試；耳朵不好可以帶上助聽器。”葉群一聽話不對題，轉身拂袖而去。
葉群在收集到蕭向榮反對“突出政治”等言論後，經過密謀策劃，於1965年11月15日向蕭向榮發動了突然襲擊，宣布蕭向榮反對毛主席、反對毛澤東思想、反對“突出政治”，和林副主席唱“對台戲”。接著又於11月19日、20日、21日，連續對蕭向榮進行大會批判。他們表麵上一再聲稱：“對蕭向榮上麵是‘保護過關的’、‘批判後調沈陽軍區任副政委’。”但在批判大會上，卻給蕭向榮扣上了“彭、黃反黨集團”漏網分子的大帽子。他們的險惡用心，是壓蕭向榮揭發羅瑞卿。批判大會的第三天，羅瑞卿到會講話說：“蕭向榮盡管有這樣那樣的錯誤，但還不能說他是‘彭、黃反黨集團’的漏網分子。”這就使批判大會難以繼續下去。林彪聽到這個情況的彙報後，立即下令：“會議停止三天，重新發動群眾，大揭大批。”11月25日下午，林彪發出了複會的命令，並說：“把蕭向榮的問題揭發出來有很重大的意義，不然，讓反毛澤東思想、反‘突出政治’的人盤踞在軍隊的重要崗位上，將來會造成嚴重的惡果。要徹底揭發批判，要殺雞給猴看!”於是，林彪陰謀篡黨奪權，在“文化大革命”的前夕，首先在軍隊中發難了。
林彪發出“殺雞給猴看”的號令幾天之後，就對羅瑞卿下了毒手。1965年12月初，蕭向榮被通知：“羅瑞卿犯了反黨性質的錯誤”，你要“和羅瑞卿劃清界線”，揭發羅瑞卿的“問題”。蕭向榮當即申明：“我不反黨，也沒有發現羅瑞卿同誌有什麼反黨問題。”1965年12月10日前後，在上海召開了解決“羅瑞卿問題”的會議。蕭向榮於12日被帶到上海。12日中午、晚上，13日晚上，14日下午，四次和蕭向榮談話說：“你到了向黨交心的時候了，到了應該覺悟的時候了，到了懸崖勒馬的時候了，到了大膽揭發羅瑞卿問題‘機不可失，時不再來’的時候了。不要執迷不悟，不要毀滅自己的曆史。”無論怎樣“警告”和“勸告”，蕭向榮始終堅持說：“在工作中，我沒有發現羅瑞卿同誌有反黨的問題。”14日談話後，蕭向榮就被告知：“你的問題還是回北京去解決。羅瑞卿問題未宣布前，絕對不能同別人講。”蕭向榮被送上回北京的火車。回到北京，又被拉上大會批判。蕭向榮回到家裏憤慨地說：“羅瑞卿同誌長期在保衛工作戰線上，毛主席到哪裏，他就到哪裏，他反不反黨，上麵應當知道。”
批判蕭向榮的大會，前後持續了一個多月。轉入專案審查後，連續進行審訊，逼他交代反對毛主席、反對毛澤東思想、和林副主席唱“對台戲”的罪行，揭發羅瑞卿“反黨”問題。蕭向榮一再申明：“我對黨、對毛主席是有感情的。在宣傳毛澤東思想上，多少也是做過一點工作的。”同時，他也申明：不知道羅瑞卿的“反黨”問題。因此他被斥責頑固不化。
“文化大革命”發動之後，1966年6月11日，組織上派代表和蕭向榮談話，說：“彭、羅、陸、楊是一個案子……是反黨集團，你與梁必業是這個反黨集團的成員。反黨、反毛主席、反林副主席、反毛澤東思想，打著紅旗反紅旗。你同他們的關係相當密切。大、小三家村你都有關係。隱瞞著幹什麼?要老老實實地揭問題，揭發反黨集團不可告人的事。掩蓋是掩蓋不住的。”蕭向榮仍堅定地向組織申明：“我不反黨，也不是反黨集團成員，更不知道有個反黨集團。”
1966年5月28日，在林彪、葉群的策劃下，背地裏搞了一個《關於蕭向榮錯誤問題的報告》，8月23日，經林彪批準，以《軍委文件》(66)17號，轉發全軍。一個多月後，蕭向榮才看到了這個滿篇捏造事實歪曲真相的文件，使他大吃一驚。他又一次向組織莊重申明：“關於指我‘是羅瑞卿篡軍反黨一案的主要成員’，根本不是事實。”並逐條加以駁斥。
蕭向榮身陷逆境之後，對黨、對共產主義的堅定信念，沒有絲毫的動搖。他堅信：共產黨總是共產黨，烏鴉的翅膀不會永遠遮住太陽。他堅信，用誣陷的手法強加給他的那些罪名，總有一天會搞個水落石出的。他下決心要堅持到這一天。
1967年初，蕭向榮被實行監護審查。要他聯係“罪行”，學習文件和毛澤東的著作，寫出交代材料。他認真地學習，並按時上交了心得體會。他為了能堅持下去，開始洗冷水浴，鍛煉身體。同時，他繼續堅持寫日記。監護審查一直持續到1969年6月16日。這天，蕭向榮被宣布可以回家，繼續反省、交代錯誤。當晚，蕭向榮抱著與家人團聚的心情回到住地。可是，他的夫人餘慎和孩子早被弄出北京，家已破碎。他的妹妹看到兩年多不知音信的哥哥回來了，激動、委屈一起湧上心頭，放聲地大哭了起來。此情此景，使蕭向榮一夜未能入睡。他在沉重的壓力下艱難度日。
三個月後的1969年10月17日，組織決定蕭向榮去“五七”學校勞動改造。10月19日他登上火車，21日到達“五七”學校。26日，他被分配到5連2班，開始了“五七”學校的勞動生活。在勞動滿20天的時候，他自己做了一個小結：要重振革命精神，老老實實地做個普通勞動者。在“五七”學校，蕭向榮被停止了黨的生活，還不準他戴領章帽徽，不準他聽報告、看文件和參加會議，在沒有任何政治權利的情況下，他仍然堅持學習馬列主義基本理論。每天勞動之後，吃過晚飯，擦過冷水澡，他就開始看報讀書，閱讀《國家與革命》、《共產主義運動中的“左派”幼稚病》、《反杜林論》、《共產黨宣言》等經典著作，同時思索“文化大革命”出現的種種情況，逐步地由懷疑到清醒。1971年，林彪摔死在溫都爾汗，蕭向榮和全黨一樣，心情大快。他根據自己的切身體會，對“五七”學校得出結論：“自遠出河南，三遷寒暑；名曰‘疏散’，實作‘囚徒’。所謂‘五七’勞動學校實際上已經變成勞改隊了。”
1972年，在葉劍英副主席的關懷下，蕭向榮結束了三年“五七”學校的勞動生活，回到北京治病。1973年6月、10月，蕭向榮接連給葉副主席、周總理、毛主席寫信，申訴自己遭到林彪打擊迫害的經過。1975年，中共中央任命蕭向榮為國防科委副政治委員。1978年12月19日，總參謀部黨委作出了《關於為蕭向榮同誌平反昭雪的決定》。《決定》指出：“蕭向榮同誌是中國共產黨的優秀黨員。他的一生光明磊落，忠誠坦白，對黨的事業忠心耿耿，鞠躬盡瘁，為我軍建設作出了重要貢獻。在與林彪反黨集團鬥爭中，他立場堅定，旗幟鮮明，堅持原則，敢於鬥爭，表現了無產階級革命戰士堅貞不屈的高貴品質。”《決定》推倒了林彪、葉群強加給蕭向榮的一切汙蔑不實之詞，10年沉冤，終於大白。蕭向榮得到了平反，恢複了名譽。
1975年蕭向榮到國防科委工作後，積極支持國防科委主任張愛萍的工作，他們堅決貫徹當時主持中央工作的鄧小平提出的“軍隊要整頓”、“把國民經濟搞上去”、“必須堅決同派性作鬥爭”的指示，在國防科委進行清除資產階級派性的鬥爭。這一鬥爭剛一開展，張愛萍就遭到“四人幫”指使的一些人的無理攻擊。有的人甚至猖狂地叫嚷：“要同張愛萍鬥爭到底。”蕭向榮挺身而出，理直氣壯地指出：“張愛萍同誌是毛主席派到國防科委工作的，執行的是毛主席的革命路線。你要同他鬥爭到底，把自己擺到哪裏去了?”
1975年六七月間，鄧小平副主席在軍委擴大會議上作了《軍隊整頓的任務》的報告。國防科委為貫徹這次會議精神，蕭向榮提出：鄧副主席關於《軍隊整頓的任務》的報告，應當看成是軍隊工作的綱。並由他起草了一個貫徹軍委擴大會議精神的《工作綱要》，經黨委常委討論修改通過後，發到所屬機關、部隊執行。
1975年8月中下旬，國防科委政治部召開體育工作座談會，學習軍委擴大會議文件和葉、鄧副主席的講話。蕭向榮到會講話。他說：“請同誌們注意葉副主席的一段話：‘不要簡單地把派性看成是鬧個人意氣、個人地位。他們有些人爭權奪利，是野心家，因而搞一些不明白的陰謀詭計，拉山頭，組織派別。凡是搞派性的人，必然要搞分裂，從上到下都是這樣。資產階級派性就是分裂黨、破壞黨的團結和統一。拿派性來壓我們的黨是不行的!我們黨內、軍內，也有那麼一些人，有了洋房、汽車還不夠，還要到處出風頭。’葉副主席把派性這樣突出來講，不是沒有根據的。”這使到會同誌受到啟發。
1975年9月24日，蕭向榮受國防科委黨委常委的委托，在國防科委機關全體幹部大會上，作了貫徹軍委擴大會議和國防科委進行第二次整頓機關的動員報告。他在報告中提出：整頓機關的主要內容，就是反對和消除資產階級派性。如再不和資產階級派性徹底決裂，還繼續陷在資產階級派性的泥坑裏不能自拔，對黨、對個人都沒有好處。他號召大家要下定決心，為消除資產階級派性、增強黨性而奮鬥。動員大會之後，在國防科委機關中就撤銷了“文化大革命”中產生的領導小組，恢複了各級黨委、支部的工作。
經過整頓、反派性，國防尖端科研戰線上的各項工作逐步走上了軌道。恰在這時，七機部的幫派頭子於1975年10月1日給毛澤東寫信，誣告國防科委主任張愛萍推行“今不如昔”的“右傾機會主義路線錯誤”。毛澤東於11月2日對這封信作了批示：“此人是‘9·16’左派。”毛澤東同時還口頭指示：“對張愛萍要幫。”以此為發端，開始了國防尖端科研戰線上的“‘批鄧聯張’反擊右傾翻案風”運動。對此，蕭向榮十分沉重地說：國防科研戰線上剛剛好轉的形勢，看來又要遭到破壞了。1975年11月19日，國防科委、七機部聯合召開了有八名領導幹部參加的會議(即“八人會議”)，批判張愛萍。在這個會議上，蕭向榮實事求是地說：“張愛萍同誌主流是好的，成績是主要的!”他馬上遭到批判。11月底，蕭向榮因患重感冒住進醫院，高燒不退，轉為肺氣腫。病情稍有好轉，心髒病又嚴重起來。12月6日，以國防科委黨委常委和七機部黨組聯席會議的形式，繼續批判張愛萍。12月13日，王洪文到聯席會議上講話說：“張愛萍的錯誤實際上是否定‘文化大革命’在國防科委、七機部的偉大勝利，否定整個‘文化大革命’。”自王洪文定調講話以後，國防科委的幫派頭頭跑到醫院，要蕭向榮對“批鄧聯張”表態。
1976年2月22日，江青、王洪文直接插手，聽彙報，發號令。七機部、國防科委的一些幫派頭頭參與了會議的領導，形成了以幫派壓黨的形勢，左右了會議進展。幫派頭頭們狂叫：“這場鬥爭是兩個階級、兩個司令部的鬥爭”，揚言要把擴大會作為解決全黨兩條路線鬥爭的一個“重要戰場”。他們接連八次提出要蕭向榮出院參加擴大會，“揭發”鄧副主席和軍委聶榮臻副主席。他們以提問題、轉達群眾意見為名，到醫院向蕭向榮施加壓力。1967年2月6日《人民日報》發表了《文化大革命的繼續和深入》的社論，他們又逼蕭向榮對“打倒鄧副主席”表態。蕭向榮說：“毛主席沒有指示，中央沒有文件，我不能表態。”1976年2月12日，他們又逼迫蕭向榮出院參加會議。蕭向榮不能安心在醫院治療和休息，於2月20日下午出院。醫院在蕭向榮的《出院介紹信》上寫著：“（1）建議全休一個月；（2）防過勞，門診繼續中西藥物治療冠心病；（3）定期複查心電圖，心絞痛發作頻繁嚴密觀察，防意外發生。”
批判會的主持者雖然看了蕭向榮的《出院介紹信》，但為壓蕭向榮揭發老一輩無產階級革命家，仍然決定要他參加會議，不準他休息。1976年2月25日下午，擴大會對蕭向榮進行批判。2月27日，蕭向榮參加小組會時，又受到圍攻。他們質問蕭向榮：“你說任何人的文章都不能和馬列主義著作、毛主席著作相提並論，是指誰的文章?我們這裏有無並列的問題?”蕭向榮回答：“我懷疑張春橋、姚文元的文章有錯誤，他們把經驗主義說成是主要危險。”為此，蕭向榮被圍攻了一整天。3月3日下午，蕭向榮成了擴大會批判的重點。帶著重病參加會議的蕭向榮，這時已十分疲憊，回到家時，連樓梯也上不去了。
經過幾天的批鬥，蕭向榮心絞痛發作得日趨頻繁。他對夫人說：“現在我覺得身體越來越沒有力氣，等會議告一段落，我得去休息一個時期。”他還對國防科研、生產戰線上逐漸好轉的形勢，因“反擊右傾翻案風”而重新陷入混亂，多次表示痛心和惋惜。1976年3月13日，他們又要蕭向榮參加小組會，由群眾幫助轉彎子。在小組會上，他們圍攻追逼蕭向榮。小組會後，又責令他到3月18日的擴大會全體會上作檢查。17日晚上，蕭向榮一手拿著氧氣瓶導管吸氧，一手拿著筆寫檢查稿。夜已經很深了，夫人催他休息，他站了起來，來回踱了幾步，非常激動地說：“這樣屈辱地活著，還不如死了好!”稍稍停頓了一會兒，又十分嚴肅地說：“我寧願站著死，也不願跪著生!”表達了他對“四人幫”迫害老幹部的憤慨。蕭向榮寫完檢查，早已過了午夜，心絞痛發作起來，含過硝酸甘油片後，才逐漸緩解。他上床後，翻來覆去難以入睡。
第二天，吃過早飯，他急急忙忙趕到會場，但會場卻空無一人。問過大會工作人員，才知道王洪文要聽擴大會的情況彙報，大會推遲一天舉行。蕭向榮回到家裏就病倒了，當天，心絞痛發作了六次。勸他去住醫院，他說：“醫院也沒有好辦法。”要請保健醫生來，他說：“醫生來了也沒有特效藥。”蕭向榮的病情繼續惡化。3月19日上午，301醫院王士雯軍醫來給蕭向榮看病，認為他的心髒病非常的嚴重，必須馬上住院。這時，擴大會的會場上打來電話，還要蕭向榮到大會上去作檢查。可是，蕭向榮已不能到會了。當日下午蕭向榮一住進醫院，就確診為心肌梗塞，醫院立即組織搶救。在搶救小組的強烈要求下，3月22日夜，擴大會才派人到醫院去看蕭向榮，還對他說：“你的問題以後再說。”派來的人走後，蕭向榮用微弱的聲音，向他身邊的工作人員說：“我們在國防科委的工作做得是對的，總有一天會搞清楚!”這是他最後對“四人幫”篡黨奪權、破壞國防尖端事業的罪行所作的控訴和聲討。這一夜，他因心情沉重，吃了藥，打了針，仍不能入睡。3月23日中午12點45分，蕭向榮病情突然惡化，下午2點40分停止了呼吸。一個為了中國人民的解放，為了社會主義、共產主義在中國的勝利，奮鬥了整整半個世紀的優秀共產黨員的心髒，因為受到嚴酷的摧殘和受盡折磨，而停止了跳動。
蕭向榮在革命的一生中，始終孜孜不倦地學習、宣傳和捍衛馬克思列寧主義、毛澤東思想。對自己承擔的事業勇於負責，做出了顯著的成績。他那刻苦讀書的精神，勤勤懇懇、精益求精的工作作風，對黨忠貞不二的思想品格，感人肺腑。他在順境中不驕傲，處於逆境時不氣餒。他從不計較個人的名譽、地位、得失。在革命鬥爭的關鍵時刻，他總是站在馬克思主義的立場上，表現了一個共產黨人旗幟鮮明、無私無畏、勇於鬥爭的高尚情操。林彪拉他反對羅瑞卿，他不肯與之同流合汙，因而受到暴風雨般的打擊，但仍然堅信黨，堅信共產主義。在同“四人幫”的鬥爭中，他勇敢地批判張春橋、姚文元的反黨文章，捍衛了馬列主義和毛澤東思想。他以浩然正氣拒絕為“四人幫”提供打擊葉劍英、鄧小平和張愛萍等領導同誌的材料。在四個月批鬥、圍攻、追逼的巨大壓力下，他表現出光明磊落、堅強不屈的黨性。他始終堅持實事求是的原則，寧願貢獻出自己的生命，也不去做損害同誌、損害黨的事業的事情。
蕭向榮逝世半年之後，中國共產黨領導全黨、全軍和全國人民，取得了粉碎“四人幫”反革命集團的偉大勝利。黨的十一屆三中全會以來，國防尖端科研戰線也取得了撥亂反正的巨大勝利，告慰了蕭向榮的英魂。
1980年12月27日，《人民日報》發表了張愛萍等為紀念蕭向榮而撰寫的《忠誠的無產階級革命戰士蕭向榮》的文章。這篇文章的標題和內容，真實地反映了蕭向榮高尚的思想、卓越的工作和無私無畏的品質。
蕭向榮把自己的一生無私地貢獻給了人類最美好、最壯麗的共產主義事業，他不愧為忠誠的共產主義戰士。