正德二年丁卯，一日朝罷，內降敕諭，留百官於金水橋南跪聽宣讀，指摘公卿台諫數十人未退者，勒令致仕。
逆瑾性極貪殘，而假竊大議，沮抑同列。馬永成欲升百戶邵琪，已得旨，瑾力拒以為不可，爭於上前。穀大用得鎮守監清太監言，傳旨於臨清開設皇店。瑾急捕其獻計者，置於法。東廠太監丘聚忤瑾意，瑾密奏聚交通外臣，調南京孝陵。太監王琇於禦馬監建新宅，誘上居之，因奏攬納戶數人，專一包納銀草，所得利進於內。琇自為告示，送戶部出榜。尚書顧佐等白於瑾及穀大用，瑾大怒，同穀大用直至禦前，言：“安有天子令人包納錢糧之理！”上以為不知，瑾遂枷其攬納戶於戶部門外，命矬其枷，不得屈伸，皆即日死。然亦不能加琇罪也。
河南鎮守太監廖堂挾勢奏舉三司官賢能，並劾不職者。乃傳旨令吏部覆奏。許尚書進參稱鎮守太監舉劾三司，非其舊例，遂票旨禁之。後許尚書與瑾不協，辭去歸家。廖堂欲奏其居鄉不法事，以挾其財物，深被其害。瑾之得罪同列者多類此，以是速敗。向使瑾等凡事和同，其為禍又豈有涯哉！
逆瑾威權日盛，口銜天憲，陰養鬆江人罷學生員張文冕及其侄婿罷職司務孫聰於私宅，凡一應章奏，初猶送內閣票旨，至是瑾任意批答，或增減字樣，或別為創造，真偽混出，而文理亦多不通。都察院一日奏審錄重囚本，內寫“劉瑾傳奉”字樣重複。瑾大怒，罵之。都禦史屠滽率十三道禦史謝罪，禦史跪階下，瑾數其罪斥責，皆叩頭不敢仰視。自是科道部屬官皆行跪禮，公差出外及回京者，朝見畢，皆赴瑾宅見辭。用涴紅箋紙寫官銜，稱“頂上”字樣以為常禮。瑾或有本建白某事，或辭升賞，則送內閣票旨。內閣官爭出己見稱美，有曰：“爾剛明正直，為國除弊。”瑾既奪內閣之權，而李東陽、焦芳等皆其所任引用，坐保富貴，一聽其所為。芳初為編修，閣老萬安惡之，調夷陵判官，深恨於心，與南人相處，如冰炭然。及得柄用，遂附劉瑾，假以複舊章、革時弊為言，多陰助其謀。瑾自以內閣官聽己用，不複短之矣。
朱恩，鬆江人，與瑾有舊。自河南按察使超升僉都禦史操江，未幾升南京侍郎、尚書，事瑾極恭。凡拜帖寫“頂上”，不敢雲：“拜上”，“頂上”之稱自此起。嚐觀《海語》，謂暹羅國凡臣下見其君，先捫其足者三，複自捫其首者三，謂之“頂上恩”。其有取諸此邪？甚可恥也。
戶部主事莊襗公差廣東，奏稱官庫錢糧數十萬，多為有司侵費。瑾正欲藉此媚上，乃奏差司禮監官同給事中盤勘，且令各盡數解京。由是各省事緒紛紜，不免橫斂民財，饋送內外，以圖免禍。
正德三年戊辰，上禦經筵講書。故事，講解書義畢，則必獻諷諫之語。是日少詹事楊廷和、學士劉忠直講。既罷，上謂劉瑾曰：“經筵講書耳，何添出許多說話？”瑾與廷和皆舊東宮官，乃奏曰：“此二人當打發南京去。”於是升二人南京侍郎。時南京無缺，皆添注之。雖若升之，實遠之也。廷和後升南京戶部尚書，召還入內閣。忠升禮部尚書，改南京吏部，甚有風裁，科道部屬皆欽畏，不敢縱恣。