例如東晉的豪族桓玄掌握朝廷大權後，在他臨死的那一年廢晉安帝，改國號為楚，隨即下令停用簡牘而代之以黃紙：“古無紙，故用簡，非主於敬也。今諸用簡者，皆以黃紙代之。”
地下出土文物也表明，西晉時還是簡紙並用，東晉便不再出現簡牘文書，而幾乎全是用紙了。
隨著造紙技術的進步和推廣，這個時期南北各地，包括有些少數民族地區，都建立了官私紙坊，就地取材造紙。
北方以洛陽、長安、山西及河北、山東等地為中心，主要產麻紙、楮皮紙、桑皮紙。當時的文學家徐陵《玉台新詠·序》說道：“五色花箋，河北、膠東之紙。”
山東早在漢末就產名紙，東萊人左伯在曹魏時還在世，左伯紙名重一時。而長安、洛陽是在兩漢的基礎上繼續發展成為造紙中心的。
東晉南渡後，江南也發展了造紙生產。浙江會稽、安徽南部和建業、揚州、廣州等地，成了南方的造紙中心，也產麻紙、桑皮紙和楮皮紙。
後來北宋時期的書法家米芾在《十紙說》說道：“六合紙，自晉已用，乃蔡侯漁網遺製也。”當時的浙江嵊縣剡溪沿岸，成為藤紙中心，但在南方，仍以麻紙為大宗。
魏晉南北朝時期，由於廣大紙工在生產實踐中精益求精，積累了許多先進技術經驗，因此名工輩出，名紙屢現。除前述左伯及左伯紙外，還有南朝劉宋時期的張永。
南朝時期史學家沈約《宋書·張永傳》記載：“張永善隸書，又有巧思，紙及墨皆自營造。”他造的紙為當時北方所不及。
新疆維吾爾自治區出土的東晉寫本《三國誌》的筆法圓熟流暢，有濃厚的隸書風味。古代著名書法家王羲之、陸機等人也都是以麻紙揮毫。
除麻紙外，這時期還采用其他韌皮纖維原料造紙，如楮皮紙、桑皮紙、藤皮紙等。從晉代開始一直延續至唐宋時期為止。
據文獻記載，晉代還有一種側理紙，即後世的發箋。側理紙以麻類、韌皮類等傳統原料製漿，再摻以少量水苔、發菜等做填料，用量雖少，但因呈現顏色，放在紙麵上非常明顯。
這種發箋紙在唐宋時期以後還繼續生產，直至近代。外國的發箋，最著名的是朝鮮李朝時期的發箋。
魏晉南北朝時期紙的加工技術也有相當發展，較重要的加工技術之一是表麵塗布。
所謂表麵塗布，就是先將白粉碾細，製成它在水中的懸浮液，再將澱粉與水共煮，使與白粉懸浮液混合，用排筆塗施於紙上，因為紙上有刷痕，所以幹燥後要經砑光。這樣，既可增加紙的白度、平滑度，又可減少透光度，使紙麵緊密，吸墨性好。
這類紙在顯微鏡下觀察，纖維被礦粉晶粒所遮蓋的現象清楚可見。
對紙張加工的另一技藝是染色。紙經過染色後，除增添外表美觀外，往往還有實用效果，改善紙的性能。紙的染色從漢代就已開始。
東晉時期煉丹家葛洪在《抱樸子》中也提到了黃檗染紙。黃檗也叫“黃柏”，是一種芸香科落葉喬木，其幹皮呈黃色，味苦，氣微香。我國最常用的是關黃柏和川黃柏。
這時期黃紙不僅為士人寫字著書所用，也為官府用以書寫文書。至於民間宗教用紙，也多用黃紙，尤其佛經、道經寫本用紙，不少都經染黃。
當時的人們喜歡用黃紙有3個原因：第一，黃柏中含有生物堿，主要是小柏堿、少量的棕櫚堿、黃柏酮、黃柏內脂等。小柏堿呈苦味，色黃。棕櫚堿也呈黃色，味苦，可溶於水。這種生物堿既是染料，又是殺蟲防蛀劑。既延長紙的壽命，而同時還有一種清香氣味。