一波未平，一波又起。順治十八年（1661）六月初三日，江南“奏銷案”起。清軍南下時，在江南遭到過激烈的抵抗，是以對江南之地征收的賦稅格外重，以蘇州、鬆江等府為最。即使是魚米之鄉，也經不起苛捐雜稅的反複折騰，因此往往是舊賦未清，而新賦已近。僅兩江總督郎廷佐上任後，在校閱賦籍時，發現江南自順治八年至十三年積欠錢糧已經多達四百餘萬。但清朝廷因戰事頻仍，財政窘急，多次嚴頒催征積欠之令。江寧巡撫朱國治為了逃避責任，造了一份名冊，上麵列著蘇州、鬆江、常州、鎮江四府和溧陽縣紳鈐之“抗糧”不交者一萬三千五百餘人，衙役人等二百五十四名，要求朝廷按名單嚴提究擬。清朝廷看到名冊後，批示道：“紳鈐抗糧，殊為可惡。”經刑部察議後，決定現任官降二級調用，士紳黜革，衙役照章治罪。於是，四府一縣之士紳被黜籍者達萬餘人，被逮者也有三千人，得免者寥寥無幾。整個江南為之震動。順治十六年（1659）的進士第三名（探花）葉方靄，僅因欠銀一厘即被黜免，因此民間有“探花不值一文錢”的說法。
［葉方靄，江蘇蘇州昆山人，與吳兆騫同科中舉。之後也被押到北京參加了瀛台複試，不過他順利通過了考試。］
但久居關外的吳兆騫並不知道這些。他久戍思歸，也渴望能夠像方家人一樣用錢贖歸，但一來贖歸要等機會；二來他被流放前家產已經全被抄沒，徹底破產，要籌到巨款，實在是難事。幸好到了康熙二年（1663），他的妻子葛采真和妹妹吳文柔從蘇州千裏迢迢趕到關外探親，帶來極大的安慰。葛采真來時“攜來二三婢仆，並小有資斧”，吳兆騫的生活這才稍有改善。次年，葛采真生下一子，取名吳桭臣。有了自己的孩子後，吳兆騫得到了啟示，他開始了授徒生涯，專教那些流人子弟讀書寫字，並與後來發配到寧古塔的張縉彥等人結成“七子之會”，吟詩作對，互相唱和，窮困愁苦的生活“亦饒有佳況”。
［順治十七年（1660），工部侍郎張縉彥刊刻了《無聲戲》一書，其中“不死英雄”一句，被清廷認為是煽惑人心、交結黨類。張縉彥由此被革職，籍沒家產，流徙寧古塔。］
吳兆騫在寧古塔的名氣越來越大，不少當地少數民族子弟也趕來向他求學。當地人懂得了讀書的好處後，開始以文人為貴，對流放的監生、生員統稱為“官人”；見到流人，凡騎馬者必下馬，行路的則讓道邊，不荷戈的老人則匍匐在地，等流人過去才起身行走，表現出相當的尊重。
康熙十三年（1674）秋，清巴海將軍聘請吳兆騫為書記兼教席（家庭教師），負責教其兩子讀書。吳兆騫雖是奴隸身份，巴海卻“待師之禮甚隆，館金三十兩”，且“每贈裘禦寒”。他還跟當地滿人官員副都統安珠湖，參領薩布素、穆參領、阿佐領等都交上了朋友。
朝鮮節度使李雲龍曾經因兵事路過寧古塔，聽說吳兆騫的才名後，請他代寫《高麗王京賦》。吳兆騫欣然執筆，數千言一揮而就。李雲龍大為震撼，回國後四處傳揚吳兆騫的才華，因而“其國頗以漢槎（吳兆騫）為重”。
但吳兆騫一如往昔地思念故鄉，他無力自救，隻能在冰天雪地的寧古塔空自徘徊感歎。但並不是所有人都忘記了他，他的生死之交顧貞觀就是其中一個。最為難得的是，顧貞觀時時刻刻都沒有放棄將老友救回的計劃，並為之付諸行動，費盡心思。
顧貞觀本是個風流倜儻、熱衷交遊的名士，但江南科場案案發後不久，他即辭親遠遊，來到京師北京。他非常清楚，要想將吳兆騫救出來，隻有在京城結交攀附權貴。康熙元年（1662），顧貞觀以一句“落葉滿天聲似雨，關卿何事不成眠”的詩名滿京城，得尚書龔鼎孳和大學士魏裔介引薦，任內閣中書舍人，後掌國史館典籍。為了營救吳兆騫，顧貞觀遍求滿朝權貴，並得到了翰林院編修徐乾學（顧炎武外甥）和宋德宜等人的大力相助。但前麵提過清廷對待江南士子態度素來嚴峻激烈，單憑這些人的力量，還是不足以營救吳兆騫。
康熙十五年（1676），顧貞觀刻意到權相明珠家課館，終於與明珠之子納蘭性德相識，成為至交好友。顧貞觀懇請納蘭性德為援救吳兆騫伸以援手。盡管納蘭性德也很仰慕吳兆騫的才氣，但他深知吳兆騫被流徙一事不僅僅是有作弊嫌疑那麼簡單，還涉及朝廷黨爭和清廷對江南士子的打擊等諸多背景，其中之複雜，遠非顧貞觀所能想象，而他素來“不幹預政事”，因此沒有答應。
當時，顧貞觀寓居在北京的千佛寺，大雪紛飛之時，他突然想到了遠在天邊的吳兆騫，不知道好友平安否？感慨之下，他揮筆寫下了兩首《金縷曲》：
金縷曲（其一）
季子平安否？便歸來，平生萬事，那堪回首！
行路悠悠誰慰藉，母老家貧子幼。記不起，從前杯酒。
魑魅搏人應見慣，總輸他，覆雨翻雲手。冰與雪，周旋久。
淚痕莫滴牛衣透，數天涯，依然骨肉，幾家能夠？
比似紅顏多命薄，更不如今還有。隻絕塞，苦寒難受。
廿載包胥承一諾，盼烏頭馬角終相救。置此劄，君懷袖。
金縷曲（其二）
我亦飄零久！十年來，深恩負盡，死生師友。
宿昔齊名非忝竊，隻看杜陵消瘦，曾不減，夜郎僝僽。
薄命長辭知己別，問人生到此淒涼否？千萬恨，為君剖。
兄生辛未吾丁醜，共此時，冰霜摧折，早衰蒲柳。
詞賦從今須少作，留取心魂相守。但願得，河清人壽！
歸日急翻行戍稿，把空名料理傳身後。言不盡，觀頓首。
文采風流，尤其詞中飽含深情，感人肺腑。納蘭性德讀了這兩首詞後，大為感動，當場聲淚俱下，破例說：“古來懷念朋友、抒寫友情的詩文中，以李陵與蘇武的《河梁生別詩》和向秀懷念亡友嵇康的《思舊賦》最為真摯深切。你的這兩首詞情真意切，絲毫不讓前賢，可與古人鼎足而三。我答應你，一定鼎力營救吳兆騫，並當成我自己的事一樣辦，但你要給我十年的時間。”
納蘭性德之父明珠當時權傾朝野，他本人又在康熙皇帝身邊當侍衛，深得寵幸，但一開口竟然是以十年為期限，可見營救吳兆騫絕非易事。顧貞觀則認為十年時間太長，說：“人壽能有幾何，十年太長，請以五年為期。”
納蘭性德稍作思考後，還是慨然允諾，並和了一首《金縷曲》送給顧貞觀，以表明自己營救吳兆騫當義不容辭：“絕塞生還吳季子，算眼前外皆閑事。”顧貞觀也很為納蘭性德的仗義感動，後來在寫給吳兆騫的信中稱讚其為人“知己之感，令人灑淚，此豈漢人中所可得者”。
於是納蘭性德出麵，求父親明珠出力。明珠開始沒有表態，讓納蘭性德次日邀請顧貞觀到內齋來。第二天，顧貞觀如約來到。明珠有意斟了一大杯酒，對說：“吳素負才名，又與先生莫逆，老夫願一效綿薄。但先生素不飲酒，今日能為君友飲乎？”（《清稗類鈔·義俠類》）顧貞觀毫不猶豫，端起酒杯一飲而盡。明珠又說：“先生南人，不肯效吾旗俗請安。今日更能為君友請安者，老夫必有以報命。”顧貞觀立即上前下跪請安，不稍逡巡。明珠這樣飽經世故的老官僚都被顧貞觀的朋友之義深深打動了，動容說：“老夫聊相戲耳，不圖先生血性熱腸一至於此，請放懷以待。”
盡管有了明珠的權勢，卻還是困難重重。康熙十七年（1678）正月，康熙皇帝派遣使臣正黃旗都統、內大臣武默訥和一等侍衛對秦為使臣，前往長白山致祭。納蘭性德搶先派人將消息告知吳兆騫，並作下了周密的安排。吳兆騫寫下了數千言的《長白山賦》，通過武默訥和對秦獻給了康熙皇帝。此賦“詞極瑰麗”，且鋪張揚厲，對長白山極盡渲染。長白山素來被視為清朝的發祥之地，年輕的康熙皇帝讀到此賦後，大加讚賞，馬上詢問作者的情況，得知吳兆騫的情由後，當即就有赦免之意。然而，又有“尼之者”從中阻擾，未能成功。皇帝有意赦免，照樣有“尼之者”，由此可見當初江南科場案涉及的背景是何等複雜。
在這樣的情況下，納蘭性德與顧貞觀商議後，決定走方拱乾贖歸的老路，籌集資金，為吳兆騫認修內務府工程，醵金贖吳。當時措贖金最踴躍者為徐乾學。願意為吳兆騫捐錢者不在少數，輦下名流都以不參與為憾。經過各方奔走，多方斡旋，吳兆騫最終以納兩千金被贖歸。
康熙二十年（1681）七月，還鄉詔書終於下到吳兆騫手中，納蘭性德終於實現了五年為期的承諾。此時，吳兆騫在寧古塔已經度過了二十多個春秋。
當年九月二十日，吳兆騫從寧古塔起程，十一月回到京師，與顧貞觀等好友相見後，“執手痛哭，真如再生”。吳兆騫回到北京當日，許多人寫詩紀念。益都馮相國有詩道：“吳郎才調勝諸昆，多難方知獄吏尊。”可惜此時吳偉業已去世十年，山東詩人王士禛歎息說：“太息梅村今宿草，不留老眼待君還。”
吳兆騫回到京師後，留在明珠府邸中，為納蘭性德之弟揆敘、揆芳授讀，以報答納蘭性德相救之恩。盡管在關外多年，吳兆騫孤傲放誕之性情不改，不久因小事與顧貞觀有些嫌隙，顧貞觀也不作辯解。明珠知道後，特意將吳兆騫叫到內齋。隻見內齋左楹上寫著：“顧某為吳某飲酒處。”右楹寫著：“顧某為吳某屈膝處。”吳兆騫得知情由後大為慚愧，找到顧貞觀，聲淚俱下地說：“生死肉骨之恩，而以口舌之爭辜之，兆騫非人類矣。”二人友誼從此更加親密。
不久後，吳兆騫返回闊別近三十年的蘇州故裏，離開時還是黑發青年，回來時已經是白首老翁，怎能不叫人感慨！其時，吳父、吳兄均已經去世，隻有老母李氏尚在。吳兆騫即構屋三楹，讀書其中。友人汪退穀題其居為“歸來草堂”。
長期在關外生活，吳兆騫已不適應江南的水土氣候，他一回到故鄉，就大病數月，手足腫痛，腹疾時發，苦於下泄。後來不得不到京師治病，最後病死於京師旅邸中，時年五十四歲。因家境貧困潦倒，後事由納蘭性德代為料理。
至此，江南丁酉科場案中最傳奇的人物吳兆騫最終以淒涼的結局謝世。江南丁酉科場案的最後一點餘聲終於結束，但其影響卻遠遠不止於順治、康熙兩朝。
丁酉科場案自上而下，死傷無數，懲罰之嚴酷，牽連之廣闊，為科舉製建立以來所未有，確實令人心驚膽戰。忽略此案背後複雜的背景不談，順治皇帝之屠刀大舉確實對科場舞弊者起到了強大的威懾作用。此後五十年間，沒有科舉大案發生。然而，科舉是通往權力的門檻，給人帶來的誘惑實在太大，雖有重典在前，在巨大利益的誘惑下，很快就有人忘記了血的教訓。
康熙五十年（1711）為辛卯年，又是一個大比之年。這一年的秋天，康熙皇帝覺得天涼得格外早，早早就把冬衣披上了。其實，他自己也明白，這不過是他的心理作用而已，他還沒有完全從大學士張玉書病死的傷痛中恢複過來。
張玉書，字素存，號潤甫，江南丹徒（今江蘇丹徒）人，順治十八年（1661）中進士，時年二十歲，自此步入仕途。這一年，剛好是康熙登上皇位。之後的五十年，張玉書親眼見證康熙如何從一個受權臣鉗製的小皇帝成長為一位雄才大略的君主——擒鼇拜、平三藩、打敗噶爾丹。對康熙皇帝而言，張玉書不僅僅是臣子，還是他成長過程中的夥伴。張玉書病死後，康熙皇帝親書挽章，又親作挽詩，並對身邊的親信大臣說：“朕自幼讀書，立誌待大臣如手足。五十年來，許多大學士都以年老告辭林下怡養，朕常使人存問。凡在朝諸臣，朕待之甚厚，他們也矢忠盡力，曆數十年之久，與朕同白了須發。朕念宿學老臣辭世者辭世，告退者告退，每每傷心痛哭。”
實際上，真正令康熙皇帝悲哀的並不是這些同白須發的老臣的離開，而是他感到這些人辭世、告退的同時，也帶走了他人生中最輝煌、最美好的時光。從謝世的人身上，他也看到了自己的未來。
確實，帝國的皇帝明顯老了，“辦事殊覺疲憊，寫字手亦漸顫”，“目不辨遠近，耳不分是非”，“動轉非人扶掖，步履難行”。就在康熙皇帝最沮喪、最孤獨的時候，傳來了本科江南鄉試舞弊的消息。而第一消息的來源，就是來自被他譽為“天下清官第一”的張伯行的奏疏。
辛卯年的江南秋闈鄉試，正主考官為副都禦史左必蕃，廣東順德人，康熙二十年（1681）舉人；副主考為翰林院編修趙晉，福建閩縣人。二人都是京官，為康熙皇帝親自挑選，派往江南主持鄉試。
左必蕃、趙晉二人一到南京，兩江總督噶禮便親來拜訪，禮遇甚隆，令左、趙二人大感意外。
這個噶禮來頭可是不小，姓董額氏，滿洲正黃旗人，清朝開國功臣何和禮第四代孫，母親還當過康熙皇帝的乳母。因為這種關係，噶禮升遷很快，康熙三十八年授山西巡撫。他在山西任上時，貪汙了數十萬兩白銀，並大肆收受賄賂，先後兩次被人告發，被多名禦史彈劾。但在康熙皇帝的庇護下，不但沒有被治罪，反而升為戶部侍郎，康熙四十八年授兩江總督。噶禮到江南上任，為了樹威及鏟除異己，震懾江南漢人官吏，接連上疏彈劾江蘇巡撫於準、布政使宜思恭、按察使焦映漢，導致這些官員全部被罷免。蘇州知府陳鵬年代理布政使，因性格耿直，不肯逢迎噶禮，也被彈劾罷官。噶禮還不罷休，想借文字獄除掉陳鵬年，秘密上疏說陳鵬年寫的虎丘詩句中有怒氣，是反詩。康熙皇帝雖然年紀大了，對噶禮的胡作非為也一直采取聽之任之的態度，但他並不是真正的糊塗，因而沒有理睬噶禮的這道暗藏殺機的密奏。
正因為噶禮曆來狂妄自大、專橫暴戾，因而當他親自來拜訪江南鄉試主考官左必蕃、趙晉時，令二人受寵若驚之餘，也開始隱隱猜到噶禮到來的目的——這個有名的大貪官是想趁這次鄉試大撈一筆！
左必蕃為人謹慎，也頗有遠見。盡管人人都知道當今皇帝公然容忍噶禮在江南大力排除異己、結黨納賄的行為，卻也派了著名清官張伯行來接任江蘇巡撫。這其中顯然別有深意，至少左必蕃是這樣認為的。
張伯行，字孝先，河南儀封（今河南蘭考）人。他出身富貴，家中相當有錢，卻沒有紈絝子弟的毛病，孜孜好學，康熙二十四年（1685）中進士，曆任內閣中書、中書舍人、山東濟寧道。自步入仕途，居官一直清正廉明。張伯行在濟寧道任上時，正好趕上災荒之年，他便自己從河南老家運來糧食和棉衣，賑濟給山東的老百姓。當時，康熙皇帝命各道救濟災民，張伯行未經請示，便拿出倉穀二萬二千六百石糧食賑濟漢上、陽穀二縣。山東布政使責備他獨斷專行，打算上疏彈劾。張伯行說：“皇上有旨救災，不能說是獨斷專行。皇上如此重視民間疾苦，是應該以倉穀為重呢，還是以人命為重？”布政使這才打消了彈劾的念頭。
康熙皇帝南巡時，聽說張伯行勤於供職、造福於百姓、對金錢從無染指，特予“布澤安流”的匾額，升其為江蘇按察使。張伯行在江蘇任上時，兩江總督正是噶禮。張伯行不但不肯與噶禮之流同流合汙，而且敢於抵製噶禮的橫征暴斂，並有一句名言說：“一絲一粒，我之名節；一厘一毫，民之脂膏。寬一分，民受賜不止一分；取一文，我為人不值一文。”正因為如此，張伯行受到噶禮的強烈忌恨。後來康熙皇帝再次南巡，要求舉薦德才兼備的清官。在噶禮的高壓下，江南官員沒有一人敢出麵推舉張伯行。康熙皇帝心中倒是了如明鏡，歎息了半天，說：“我聽說張伯行任官特別清廉，這是最難得的。既然沒有人推薦，那麼我來推薦他。”
由於得到皇帝的親自推薦，張伯行自此名聲大噪。他後來從江蘇任上遷福建巡撫時，江南百姓沿途相送，稱讚他任官數年“止飲江南一杯水”。而當時“天下言廉吏者，雖隸卒販夫皆知稱公”。
張伯行在福建巡撫任上隻做了兩年，很快就被重新調回江南，任江蘇巡撫。江蘇雖然也是兩江的管轄範圍，但按照清朝製度，總督和巡撫同為封疆大吏，均直接向皇帝負責，二者之間不相統屬。之前，張伯行早就與噶禮不和，康熙皇帝心知肚明，但卻有意將這個號稱“天下第一清官”的人重新放回江南，顯然有製衡約束噶禮的意思。盡管之前張伯行因被噶禮擠壓，不得不以身體多病為由提出了辭官，但皇帝不準，這便是皇帝有心整飭江南的明證。
左必蕃腦袋靈活，心思縝密，轉念間便想通了前後的因果，眼見趙晉正與噶禮眉開眼笑地交談，便找了個理由溜了出去。這一溜，日後保住了他一條命。
但事情並沒有就此了結，噶禮離開貢院後，趙晉再次找到左必蕃，做了多番暗示，左必蕃均佯作不解。說到最後，口幹舌燥的趙晉終於明白了，對方是不想參與，心裏罵了一句“膽小鬼”，便自行出去了。之後，盡管不斷有各種買賣關節的風言風語傳到左必蕃耳邊，但他始終裝作不知道。
終於到了八月鄉試的時間。本場三場鄉試的題目，頭場為“四書”題“能行五者於天下為仁矣”；次題為“博厚所以載物也”三句；三題“孔子登東山而小魯”一節。
表麵看來，一切都很平靜。直到九月初九發榜，解元為劉捷，中舉者除蘇州十三人外，其餘多為揚州有錢鹽商及權勢人家的子弟。尤其是同考官句容知縣王曰俞所舉薦的吳泌，同考官山陽知縣方名所舉薦的程光奎，二人均是有名的文理不通之徒，輿論頓時一片嘩然。
蘇州一千多生員在南京玄妙觀集會，推舉廩生丁爾戩為首，將五路財神像抬入府學，供在明倫堂孔子像旁邊，表示這次鄉試是“惟財是舉”。還有人用紙糊住貢院匾額，改“貢院”二字為“賣完”。貢院的大門上也被人貼上一副對聯：“左丘明兩眼無珠，趙子龍一身是膽。”諷刺主考官左必蕃對舞弊行為視而不見；而趙晉則膽大妄為，收受賄賂。又有人作打油詩諷刺說：“能行五者（金子、銀子、珠子、綢緞、古玩）是門生，賄賂功名在此行。但願宦囊誇博厚，不須貢院誦高明。登山有竹書貪跡，觀海無波洗惡名。一榜難為言皂白，聖門學者盡遭坑。”其中暗合鄉試的題目。
不過，盡管時論對主考官左必蕃和趙晉冷嘲熱諷個不停，但二人畢竟是“外來的和尚”，人生地不熟，明眼人一眼便能看出其背後另有主謀。既然鄉試的受惠者最多的是鹽商子弟，就不能不讓人懷疑到與鹽務有關的官員身上。
在清朝，製鹽業是重要的官方工業，官府的鹽價和鹽稅收入是與田賦收入同等重要的財源。當時直接負責兩淮鹽務的是蘇州織造李煦和江寧織造曹寅（李煦妹夫，曹雪芹祖父），二人隔年輪管，管轄範圍涉及鹽場、運輸、稅課、稽查等。另外兩江總督噶禮也於鹽務上有重大責任：一是緝拿鹽商走私；二是官督商銷，即招商辦課，由專商壟斷鹽引和引岸，鹽商向官府繳納引稅後領取鹽引（一種憑證，準許持有人向官方產鹽機構認領鹽，屬於官方壟斷性資源），在指定地點買鹽及銷售。
曹寅到江南任織造已經有二十年。其母當過康熙皇帝的乳母，他本人也當過禦前侍衛，深得康熙皇帝信任。康熙皇帝前後四次南巡，均住在曹寅家裏，關係之密切由此可見一斑。自他和李煦接手鹽務的肥差，旁人不敢問津，但自噶禮上任兩江總督後，情況便有所不同。他一到任，就向康熙皇帝參劾說：曹寅和李煦虧欠兩淮鹽課銀三百萬兩，請求皇帝公開查處。噶禮表麵是樹立清廉形象，其實是想染指肥得流油的鹽務。殊不知康熙皇帝素來將曹寅當作家人，當然沒有理睬噶禮的上奏，但也暗地派人告誡曹寅和李煦，必須要設法補上虧空。自此，曹寅和李煦大為收斂，反倒是噶禮開始插手鹽務。
以曹寅和李煦的身份位置，不方便也沒有能力插手科舉，那麼鄉試通弊中嫌疑最大的當屬兩江總督噶禮了。一時間，滿城風雨，謠言不斷。生員抬著五路財神像遊街時，南京城萬人空巷，人們蜂擁而出觀看，景象蔚為大觀。
兩江總督噶禮見到這般情形，當即火冒三丈，派兵將丁爾戩等十多名為首的士子拘捕，準備按誣告問罪。士子們更加群情洶洶，普通百姓也被激怒了，大有一觸即發之勢。一直密切關注事態發展的江蘇巡撫張伯行自然不會坐視不理，第一個向康熙皇帝上疏，這便是本篇開頭所提到的一幕。
隻見張伯行在奏疏中寫道：“今年江南文闈，榜發之後，議論紛紛。九月二十四日，有數百人抬擁財神，直入學宮，口稱科場未公，臣未敢隱匿，相應奏明。”奏疏中還對他了解到的一些情況作了描述，比如，副主考趙晉受賄十萬兩紋銀，出賣舉人功名；同考官王曰俞、方名等人通同作弊；而正主考左必蕃知情不報，有意欺瞞聖上；本年江南鄉試取士造成了很不好的影響，江南士子一片嘩然，眾怒難犯，如果不及時查辦，恐怕要生大變。
康熙皇帝看了後還未做出反應，江南鄉試主考官左必蕃的奏疏也到了。原來左必蕃看到事情越鬧越大，擔心禍及他這個正主考，日夜惶恐不安；又聽說張伯行已經給朝廷上奏，生怕日後被安上個“知情不報”的罪名，也急忙上奏說明江南鄉試一事。不過，他沒有揭發副主考趙晉賣關節一事，當然更不敢提及兩江總督噶禮，僅僅是奏道：“撤闈後聞輿論喧傳，有句容知縣王曰俞所薦吳泌、山陽知縣方名所薦程光奎，都是不通文理者，臣也感不勝驚愕。”
先後接到了張伯行、左必蕃的奏疏，江南鄉試出了大醜聞已經是確認無疑的事情，但康熙皇帝並沒有像他的父親順治皇帝那樣立即采取火爆的行動，而是依舊在等待。他有著多疑狡詐的天性，從不輕易相信漢人大臣的話，他還要等待另外兩封密折從江南送來。
清朝檔案最機密者，當屬軍機處的檔案，這些都是級別最高的國家機密。但自康熙皇帝開始，還有比國家機密更為機密的密折。一般的奏折，比如，江蘇巡撫張伯行的、江南鄉試主考官左必蕃的，都是先交通政司審閱，然後再呈交皇帝。特別長的奏折還需要“貼黃”，即在黃紙上概括要點，附在奏折上一同呈交皇帝。康熙皇帝創造的“密折”製度則是專奏專聞，這種密折不必經過通政司，而是直接遞到皇帝手裏。折麵上也不寫奏者姓名，隻寫“南書房謹封”的字樣。這當然是為了防止泄密，除了皇帝本人，誰也不知道密折是誰寫的，密折裏麵又講了些什麼。對這類奏折，康熙皇帝格外重視，均即時批複。他一度患病，右手無法動彈，但依舊不假手他人，強用左手批複密折，從不耽誤。
能夠擁有奏密折權力的人，自然都是康熙皇帝的心腹。康熙皇帝正在苦苦等候的密折，便是來自他派在江南的密探——蘇州織造李煦、江寧織造曹寅以及杭州織造孫文成（曹寅的母係親戚）。這三個人都是康熙皇帝派駐在江南的耳目，一年四季不間斷向康熙呈遞親筆繕寫的密折，奏報內容短小精密，大部分是關於江南地方上的雨水、收成、米價、疫病、民情、官吏的名聲等。傳說《紅樓夢》中錯綜複雜的家族關係，就是以這三位織造為背景。巧合的是，江南辛卯科場案案發的這一年，剛好就是曹雪芹的出生年。
果然沒有令康熙皇帝失望，李煦、曹寅的密折很快就來了。二人詳細報告了榜發後物議鼎沸、民憤難平的情況。曹寅更是密奏說：“今年文場秀才等甚是不平，中者甚是不公，顯然有舞弊行為，因此揚州秀才擾攘成群，將左必蕃祠堂全部拆去。後傳聞是副主考趙晉所為，始暫停息。”
康熙皇帝這才拍案而起，怒氣衝衝地道：“我勤政愛民五十年，還從來沒有見過如此膽大妄為的奸臣賊子。若任他們這樣狂妄下去，豈不是要毀掉我大清江山。”於是派戶部尚書張鵬翮為欽差大臣，會同兩江總督噶禮、江蘇巡撫張伯行、安徽巡撫梁世勳在揚州審案，務必將科場案徹底查清。
張鵬翮，字運青，四川遂寧人，康熙九年（1670）進士。傳說其容貌俊美，“貌如好女子，諸同年皆戲弄之”（《西征隨筆》）。不過，張鵬翮自步入仕途後，一直有公直廉明的名聲，“不避權貴，人皆憚之”，是康熙一朝的名臣。他曾經出任江南學政。到任後，不少富家子弟手持京師權貴人物親寫的“薦函”，打算來走後門，但聽說張鵬翮剛正無私，最終還是“躑躅逡巡，不投而去”。當時的規定，凡呈學使報冊都須交些“部科費”（手續費），但張鵬翮“兩袖清風，毫無以應，人亦絕口不索”。後來回京師任職，張鵬翮為了應付說情請托之人，特意在府邸的廳堂上豎了一尊關聖帝君塑像。每逢有人登門請托時，他便指著塑像說：“關帝君在上，豈敢營私徇隱！”這樣清操的大臣，當然深得康熙的信任，譽為“天下廉吏”。
［張鵬翮為清初明臣，得到康熙、雍正兩代皇帝的嘉許，史料對其為人多褒獎有加，唯獨汪景祺在其所著的《西征隨筆》對張鵬翮的人品大力貶斥，說他“齷齪鄙穢，無誌下材，刻薄寡恩，頑鈍無恥”。汪景祺為浙江錢塘人，少負才名，因而恃才傲物，“豪邁不羈，謂悠悠斯世，無一可友者”。康熙五十三年（1714）中舉人，其後兩次參加會試，均未能中進士，而剛好這兩次的主考官都是張鵬翮。科場失意後，汪景祺改投到當時炙手可熱的撫遠大將軍年羹堯幕下，寫成《西征隨筆》一書。不久，年羹堯被雍正皇帝下令賜死，汪景祺也因為《西征隨筆》中有“大逆”之言被雍正所殺，家小全部被流放寧古塔，成為雍正一朝第一起文字獄的受害者。汪景祺被斬首後，頭顱長懸於北京宣武門外。一直到雍正皇帝死去乾隆皇帝登基，其早已成枯的首級才被取下與身合葬。《西征隨筆》一直為禁書，直到清末民國初期方現於世。］
對於兩江總督噶禮，張鵬翮一點兒也不陌生。他之前曾受命調查噶禮舉報蘇州知府陳鵬年所作《重遊虎丘詩》是反詩一事，當時噶禮極盡威脅利誘之能事，但張鵬翮沒有理睬，照舊“按奸發狀，振摘是非，無所容回”，最終的結論還是“直鵬年而曲噶禮”，證實噶禮完全是誣告。
張鵬翮與張伯行也是老相識了。他任河道總督時，“丁憂”（清朝製度，官員父母去世，官員要去職三年歸裏守孝，稱之為“丁憂”）在家的張伯行因自發組織民眾抗洪堵堤，得到張鵬翮的傾心賞識，向康熙皇帝力薦，稱其“堪理河務”。正是由於張鵬翮的大力舉薦，張伯行才進入了康熙皇帝的視野。
正因為張鵬翮剛正廉潔，不畏權貴，所以凡有重大的案件，康熙皇帝總是派他去處理。對於這樁朝野矚目的江南鄉試案，張鵬翮更是眾望所歸，被認為定然能夠秉公辦理。在這樣的狀況下，時人均認為局麵對張伯行有利，而對噶禮不利，豈料事情完全出乎眾人的意料。
上諭下的當天，張鵬翮便動身趕赴江南，一路馬不停蹄。第一次會審，在揚州行轅舉行，由欽差張鵬翮主審，兩江總督噶禮、江蘇巡撫張伯行、安徽巡撫梁世勳陪審。一切都相當順利，沒有費任何周折，副主考官趙晉便當堂供認受賄黃金三百兩，同考官王曰俞、方名也供認徇私舞弊，將事先約好的關節“其實有”三個字賣給了程光奎、徐宗軒、吳泌等人，並將有關節之人均取中舉人。欽差張鵬翮當即決定革去趙晉、王曰俞、方名一切功名，收監看管，等待皇帝的處置。
下麵是提審行賄人程光奎、吳泌。二人被帶進大堂後，欽差張鵬翮聽說這兩名舉人是有名的文理不通，於是先簡單考了下二人的學識，結果吳泌連兩句《三字經》都背不下來，程光奎寫《百家姓》時，“趙、錢、孫、李”四個字中就錯了三個，唯一寫對的“錢”字也是七扭八歪，不成樣子。張鵬翮憤慨至極，一拍桌子，怒問道：“你們到底行賄多少買來這舉人功名？快從實招來。”程光奎哪裏見過這等陣勢，嚇得立即招供說：“小人出了黃金十五錠，每錠二十兩，一共是三百兩。”吳泌也馬上跟著承認自己行賄了三百兩黃金。
這樣一來，問題就出來了——程光奎和吳泌各出三百兩黃金，一共是六百兩，可副主考官趙晉供認隻收到三百兩黃金，另外的三百兩到哪裏去了呢？追問之下，吳泌供出他的三百兩黃金是托前任安徽巡撫葉九思的家人李奇代轉的，這三百兩到底給了誰，隻有李奇知道。
李奇當即被拘到了堂上，一見到在場欽差高坐，督撫各坐一邊，差役環伺，頓時嚇得戰戰兢兢，一經喝問，便立即交代另外三百兩黃金賄款交給了涇縣知縣陳天立，由他代轉給兩江總督噶禮。此言一出，全場愕然。
噶禮首先跳了出來，下令將李奇拖下去亂棍打死。張伯行立即出麵製止，堅持繼續審訊李奇，將事情查個水落石出。噶禮暴跳如雷，一定要對證人用刑，並極力阻撓再審下去。堂上氣氛頓時緊張起來，眼見督撫之間劍拔弩張，一個要打，一個不準打，差役們也不知所措。最後還是欽差張鵬翮站出來宣布暫且將李奇收監，押後再審，下令退堂，一場鬧劇才就此結束。
一審結束，通同作弊的大後台兩江總督噶禮已經浮出水麵。欽差張鵬翮應該立即將實情上奏康熙皇帝，但一向剛正的他卻在此時猶豫了起來。他有兩個兒子：長子張懋誠，次子張懋齡，均工詩，但張懋齡因為娶山鬆衍聖公孔毓圻（孔子六十七世孫）之女為妻而名氣更大。當時其長子張懋誠任安徽懷寧知縣，剛好歸兩江總督管轄。噶禮一度派人威脅張鵬翮，揚言要對張懋誠下毒手。
張鵬翮愛子心切，心有顧慮下，又考慮到清朝曆來揚滿抑漢，在漢大臣與滿大臣相爭中，從來就是以漢大臣慘敗而告終，更何況噶禮還與康熙皇帝有著特殊的關係，最終決定偏袒噶禮一方。他不但不據實上報，還微服私訪張伯行，勸說道：“噶禮是封疆大吏，又是皇上信賴的大臣，事情萬一鬧大，皇上的麵子過不去，我們都不好交代。這件事，還是就這麼算了吧。”張伯行卻義正詞嚴地回答道：“欽差一向有清正廉潔、執法如山的名譽，切不能因為個人恩怨袒護權臣。如此一來，天下將無正義可伸，上負天子愛才之心，下屈壯士報國之誌。我不能讚成息事寧人的態度。”
張鵬翮雖然心有慚愧之意，但為了自己的利益，還是抹下麵子，竭力勸說張伯行讓步，就此結案停審了事。孰料張伯行也是個牛脾氣，堅決不肯屈服。二人就此不歡而散。
幾天後，兩道加急奏折先後送達到康熙皇帝案前：第一道是江蘇巡撫張伯行彈劾兩江總督噶禮的。說外間輿論盛傳總督噶禮與監臨、提調各官暗中受賄而鬻賣舉人頭銜，又傳說事情敗露後，總督噶禮勒索銀五十萬兩。對噶禮的種種不法行為，張伯行痛心疾首“督臣忍負皇上隆恩，擅作威福，賣官賣法，複賣舉人，貪殘暴橫，惡貫滿盈，隻緣權勢赫奕，莫敢攖其鋒以賈禍。仰祈敕令解任，一並發審，俾舞弊之人，失所憑借，承審之官，亦無瞻顧，庶幾真情得出，國法得伸”（《曆朝四百五十人傳記》）。請求皇帝立即將噶禮解任審查。第二道則是噶禮彈劾張伯行的。聲稱張伯行陰謀誣陷，有意敗壞總督名聲。又因為當時剛剛發生了戴名世《南山集》的文字獄，舉報《南山集》在蘇州（江蘇巡撫駐在蘇州）刊刻，張伯行知情不報，且與為《南山集》作序的方苞交好，甚至有意包庇。又羅織了其他多項罪名，指責張伯行玩忽職守。
康熙皇帝看到奏疏後大怒，認為督撫互參有失大臣體統，下令將噶禮和張伯行二人一並免職，責令欽差大臣張鵬翮會同漕運總督赫壽再審。清朝漕督衙門設在淮安（黃河、運河交彙之處，漕運咽喉之地，今江蘇淮安），赫壽接旨後不敢怠慢，立即從淮安起程，坐船經大運河趕往揚州。
總督和巡撫均是地方最高長官，即所謂的封疆大臣，督撫互相攻訐彈劾是朝廷大事，而江南更是朝廷的財賦重地。督撫互參一經傳出，一時間成為轟動天下的大奇聞。這場科場案的審理，實際上已經變成了貪官和廉吏之間的較量。朝臣也各有立場，本來簡單的科場案立即牽扯上了朋黨之爭和滿漢之爭，局勢開始複雜化。
《清稗類鈔》還記載了富有戲劇性的一幕，噶禮和張伯行奉旨革職、於行轅對簿完畢後，二人出門時因相爭不下，進而大打出手。噶禮身材雄壯，張伯行也是高大魁梧，噶禮最終被張伯行踢了一腳，“踣於地而滾”。
遠在京師的康熙皇帝無時無刻不在關心江南的發展，密令曹寅和李煦多方打探。幾天後，江寧織造曹寅的密折送到，其中說：“臣留心打聽張鵬翮與赫壽所審吳泌、程光奎之事。吳泌買舉，隻追問李奇夫妻金子下落，意在就李奇撞木鍾，以結吳泌之事。程光奎隻認夾帶，以結程光奎之事。至於左必蕃、趙晉二人及房考等，俱未細問。眾論以為張鵬翮外則調停總督撫院了結此案，而本意則不欲重傷主考、房考，以塞科甲僥幸之路。赫壽亦因循可否，以觀成敗。總督噶禮實無包攬賣舉之事，護庇葉九思（前任安徽巡撫）事或有之。解任之後，雖有人眾保留，皆以下官吏粉飾曲全，殊無真愛戴之者。巡撫張伯行實因糧道參處，自己亦詿誤調用，當封印之際，預聞京信，兩下紛爭，以有此疏，欲複噶禮之仇，亦非為科場持公起見也。解任之後，亦有人眾保留，率多秀才，亦皆以下官吏粉飾曲全，殊無真愛戴之者。眾人議論，皆雲江南百姓蒙天恩視如赤子，屢免錢糧，時加撫恤，督撫二臣不體貼聖衷，安靜保護，徒博虛名，各為己私，互起朋黨，殊無大臣之體。張鵬翮身為大臣，理宜秉公持正，力決是非，而反周旋主考、房考，曲全兩造，遷延時日，不能無私。自去年至今，已經四月，每日吊開單審，並不對口，並不再問程光奎之事，隻審吳泌一案，並不問主考、房考如何字眼關節，隻問原出首撞歲（鍾）之人。目下聞光棍李奇當審鞫之際，頗多放肆之語，謂眾人合謀，將金子誣陷於彼，以脫安撫藩司，蔓延無辜，總無斷決。兩江官吏，俱集揚州聽審，地方遼闊，數月之久，未必不誤事宜。”（《關於江寧織造曹家檔案史料》）
大致的意思是說：張鵬翮沒有用心審案，隻關注考生個人代筆、夾帶之事，而不願意觸及主考官與江南官員收賄舞弊內幕；噶禮在鄉試案中是清白的；張伯行是挾怨報複噶禮，並非為科場公平起見；督撫互參，不過是以此結黨營私，各博虛名而已。
曹寅先祖本為漢人，但自其祖父起，身份搖身變為清朝貴族的包衣（奴仆），隸屬於正白旗。基本上，他的奏折能代表當時滿人的態度。
康熙皇帝看到密折後，與王公大臣談論說：“噶禮有辦事之才，用心緝拿賊盜，然其操守則不可保。張伯行為人老成，操守廉潔，然盜劫伊衙門附近人家尚不能查拿。”又說：“據張伯行參疏雲，噶禮得銀五十萬兩，未必全實，亦未必全虛。即噶禮所參張伯行之事，亦必有兩三款是實。”（《清聖祖實錄》）實際上是將噶禮、張伯行各打了五十大板，噶禮的鄉試貪汙案也被有意說成了互參案，這就為江南鄉試案的最後結果定下了基調。
揚州這邊，欽差大臣張鵬翮與漕運總督赫壽聽到皇帝的口風後，斷定聖上認為噶禮是能臣，即使操守有虧，也是真小人；而張伯行則是庸臣，表麵雖然清正，卻是個偽君子。最關鍵的是，前麵那位是滿人，後麵那位是漢人。
再次開審時，審訊官已經與第一次大不相同：多了一位欽差赫壽，卻少了三位督撫——噶禮、張伯行已經被免職，安徽巡撫梁世勳則每日在公館靜坐養病，也不再參與同審。赫壽剛剛由侍郎升為漕運總督，一切依舊以張鵬翮為主導。表麵上，這二審倒也轟轟烈烈，當審問同考官句容知縣王曰俞時，還動了大刑。不過正如曹寅所說，張鵬翮最終的目的還是想兩麵調停、草率完結而已。
沒過幾天，關鍵證人涇縣知縣陳天立突然上吊自殺。他上吊後，被看守官通判發現了，及時救下，於是沒死成。第二天，看守官將情況稟告張鵬翮、赫壽二人。張鵬翮竟然說：“陳天立不過是嚇唬人，不要理他。”結果，三天後的五更時分，陳天立在床上自縊而死。張鵬翮、赫壽二人還假模假式地發文書給安徽巡撫梁世勳（涇縣屬於安徽），要他追查陳天立的死因。陳天立家屬卻堅決報稱是因為病發而自縊，並無人逼勒滅口。
而另一個重要證人李奇竟然被立即判充軍新疆，於押解途中染病身死，並有當地縣衙的文書為證。
無論陳天立是自殺還是他殺，李奇是病死還是被害死，最直接的結果就是造成了死無對證的局麵，一切對噶禮不利的證據都消除了。但江南士民人心不服，開始聚眾鬧事。有人在鬧市傳唱歌頌張伯行的歌謠，四處張貼揭帖，到各衙門投遞呈文，要求張伯行留任。也有人貼出文章為噶禮抱不平，並將噶禮府第大門用磚石堵住，不準他交還總督印信。雙方支持者你來我往，煞是熱鬧。
曹寅將陳天立自殺一事密奏康熙皇帝後，康熙皇帝朱批道：“眾論瞞不得，京中亦紛紛議論，以為笑談。審事也不是這樣審的理，但江南合省都甚沒趣了，想比（必）滿州恨不得離開這差才好。”於是密令安徽巡撫梁世勳暗中調查陳天立的死因。幾天後，安徽巡撫梁世勳彙報說江南刑獄官員，上自臬司，下至州縣提點刑獄，均為噶禮親信，封鎖消息密不透風，證人陳天立之死因難以查明。言下已經暗示噶禮與證人之死脫不了幹係。
不久，張鵬翮、赫壽二次審案的結果就出來了：科場一案，副主考官趙晉，同考官王曰俞、方名及所取士子吳泌、程光奎交通關節，夤緣賄賣，應按科場舞弊律論罪；張伯行生性多疑，隨便“誣告”噶禮，造成江南人心浮動，應當撤職，擬徒準贖；噶禮與張伯行“互參”，有失體統，應降一級留任。
這個調查結果與康熙皇帝之前的基調完全一致，除了對張伯行稍微嚴厲了些，其餘的處理差不多正是他想要的。然而，就在他要下令結案的時候，突然出了一點兒意外。康熙皇帝到後宮去給孝惠章皇太後（順治皇帝的第二位皇後）問安時，剛好遇到了他的乳母——也就是噶禮的親生母親。康熙皇帝一時感慨，詢問噶禮與張伯行到底有何個人私怨。不料噶禮母親深明大義，不但揭發了噶禮貪汙受賄的行為，還主動替張伯行辯護。噶禮母親的態度對康熙皇帝的態度產生了決定性的影響，他後來很是動容地說：“其（噶禮）母尚恥其行，其罪不容誅矣。”（《嘯卒雜錄》）
此時，曹寅的密奏再次送到，說“此案亦有未妥，人心不能悅服”，張鵬翮如此潦草了局，在江南聲名大損，人人說其糊塗徇私，而其人竟然不等案情了結，便已經動身前往福建，導致揚州民心不定，議論紛紛。康熙皇帝感到如果按照二審的結論結案，尤其是隻處置清名在外的張伯行，而放任胡作非為的噶禮，實在難以向江南交代，於是下詔斥責張鵬翮等人“掩飾和解，瞻徇定議”，下令撤換張鵬翮、赫壽，而改派戶部尚書穆和倫、工部尚書張廷樞前往江南，令其務必嚴加審明。
到了這個時候，前往江南的欽差要調查的重點已經不是科場案，而是督撫互參案。康熙皇帝的本意，隻要保全張伯行，大致處罰一下噶禮，令江南人心穩定下來就了事了。然而，穆和倫、張廷樞卻沒有弄清“聖意”，也不願意得罪噶禮和兩位前任欽差。二人一到江南，不但不立即問案，還派人前去找張伯行說和，以噶禮“黨眾”為由，勸他向噶禮低頭。但張伯行卻依舊堅持己見，給了兩位新欽差一個大釘子。
兩位新欽差商量來商量去，最終決定大做表麵文章——一連十幾天，輪流提審科場案的人犯，煞是熱鬧，大有要明察秋毫、伸張正義之意。但結果一出來，還是令人大失所望。
康熙五十一年（1712）十月初五，科場案案發一年後，穆和倫、張廷樞將三審結論奏上：主考左必蕃縱容舞弊，革職查辦；副主考趙晉，同考官王曰俞、方名因受賄判斬立決；程光奎、吳泌等生員賄買考官，騙取功名，分別擬絞或枷責；兩江總督噶禮賣舉無跡，但審案不力，該受切責；江蘇巡撫張伯行捕風捉影，誣劾朝廷重臣，當革職論處；噶禮參張伯行各款“俱實”，免議。
這一次的結果可謂煞費苦心，表麵做足了文章，公開處置趙晉、王曰俞、方名等一幹查有實據的考官、舉子，為江南士子出了一口氣。看起來，似乎比前任欽差要厲害得多，但在互參案上，一如他們的前任張鵬翮所奏，稱噶禮與舞弊案無關，張伯行所參噶禮各款“皆虛”。
已經被免職的張伯行倒是依舊無所畏懼，又上了一道奏折，說：“科場舞弊隻懲從犯，不懲首惡，難撫江南人心。朝廷王法不治枉法封疆大吏，此風若長，大清朝刑律將名存實亡。我張伯行革職事小，朝廷安危事大，請陛下再派賢臣重新審理。”
康熙皇帝看了三審的結論和張伯行的奏章後很是感歎，說：“張伯行居官清正，天下之人無不盡知，允稱廉吏，但才不如守，果係無能。噶禮雖才具有餘，辦事敏練，而性喜多事，並未聞有清正之名。伊等互參之案，皆起於私隙，聽信人言所致，誠為可恥。”但他也知道科場案到了這個時候，已經完全變成了滿漢大臣之爭，即使再追究，也不會有什麼結果，所以沒有應張伯行的要求再派欽差審理，隻是下令九卿、詹事、科道就穆和倫等所審的結果進行討論，這就是所謂的四審。
四審之前，康熙皇帝特意召見相關官員，說：“伯行居官清廉，噶禮操守朕不能信。若無伯行，則江南必受其削幾半矣。此互參一案，初遣官往審，為噶禮所製，致不能得其清；再遣官往審，與前無異。爾等能體朕保全清官之意，使正人無所疑懼，則海宇升平矣。”（《清史稿》）然而，議奏的結果是：噶禮、張伯行二人不思和衷協恭，互相訐參，有失大臣體統，都應撤職。最後還是康熙皇帝下旨：噶禮著革職，免於嚴查深究，由漕運總督赫壽接任兩江總督；張伯行著革職，但留任江蘇巡撫。這樣，這樁轟動一時的江南科場案最終以互參案了結。
而本已經被從輕處理的噶禮並沒有就此安分守己，他惱怒母親曾經在皇帝麵前替張伯行說話，與弟弟色勒奇、兒子幹都勾結，暗中在母親的食物中下毒，想害死母親。東窗事發後，被怒其不爭的康熙皇帝賜令上吊自盡，色勒奇、幹都也被斬首。
又傳說噶禮自盡時向監絞官行賄，因此還沒有氣絕就被放下來裝入棺材。噶禮躺在棺材裏等了半天，也不知道時日，實在不耐煩了，便開口問道：“我可以出來了吧？”誰知道監絞官還沒有走，棺材周圍還有一些人，看到噶禮突然坐了起來，無不駭然。監絞官生怕受賄事泄，於是上前一斧將噶禮劈倒，連同棺材一起燒了。
康熙五十二年（1713）正月二十六日，江南科場案最後處置結果下達。相關人物安徽巡撫葉九思已經病故；副主考趙晉、同考官句容知縣王曰俞、山陽知縣方名斬立決；舉人吳泌、程光奎，合謀者俞繼祖絞監候，秋後處決；主考官左必蕃失察革職；請人代筆者徐宗軾、夾帶作弊者席玕照一並枷責。
然而，奇事還沒有結束。趙晉在處斬的頭一天，忽然在獄中病死。一時間，謠言哄傳。有人說趙晉是上吊自殺了；有人說趙晉好友王式丹殺死了一名乞丐，將屍體藏在肩輿（轎子）中，入獄探望時偷梁換柱，以死丐冒充趙晉，而趙晉本人則攀著繩子逃出大獄；還有人說那具屍體就是王式丹的仆人張大。
張伯行聽說後趕來驗屍，發現屍體確實不是趙晉，於是上奏康熙皇帝說：“屍體與趙晉狀貌不符，趙晉生死難明。”康熙皇帝曾經命張伯行等人在蘇州審訊王式丹，株連多人，但也沒有什麼結果，而趙晉逃走後，“通緝多年無獲”，最後連王式丹也被無罪釋放。
求取功名的科場素來是士子文人的角鬥場，布滿了荊棘。至此，這場轟動一時的江南辛卯科場案在經曆一年多的審理後，最終以輕描淡寫的處理方式落下了帷幕，雖然許多隱情尚未弄清，但康熙皇帝也不想再弄清了。不過，比較而言，康熙辛卯科場案遠不及順治丁酉科場案那般腥風血雨，這也正是時局從順治朝到康熙朝已經走向穩定的標誌。
鹹豐八年（1858），大清帝國正處在劇烈的動蕩之中，內有太平天國起義如火如荼，外有帝國主義列強虎視眈眈。
這一年，正是多事之秋，“內亂外患交迫”。先是四月初八，英法聯軍炮轟大沽炮台，挑起大沽之戰。無能的清廷在外國侵略者槍炮的威脅下，簽訂了《天津條約》。沙俄趁火打劫，逼迫清廷簽訂了《璦琿條約》。一係列的不平等條約，使中國主權和領土遭受重大損失。而中原大地，更是戰火紛飛。清廷為包圍太平天國都城天京（今江蘇南京），重建江南、江北大營，截斷了天京的交通及糧道。太平天國主將李秀成、陳玉成為解天京之困，率部奮力與清軍血戰，清江北大營被徹底摧毀。
麵對接踵而來的內憂外患，鹹豐皇帝應接不暇，惶惶不可終日。他本來就昏聵無能，當此大變局之際，更是無力應付，沮喪之下幹脆日夜沉迷在聲色當中。這位無心求治的年輕皇帝，被公認為是清朝所有皇帝中最無道、最荒淫、最無恥的一位，在綜合排名中一貫居於末位。
按照天幹地支紀年，這一年為戊午年，剛好又是一個大比之年。中國曆史上最大的科場案就發生在這一年。不過這場大獄，並不像順治科場案牽連極廣，而是以受刑官員級別之高創下了新的紀錄。
當年八月初，順天鄉試如期拉開了帷幕。這一科鄉試的主考官為協辦大學士（從一品）兼軍機大臣柏葰，副主考為戶部尚書朱鳳標（南宋理學家朱熹第二十一世孫）和左副都禦史程庭桂。
柏葰，字靜濤，姓巴魯特，蒙古正藍旗人。道光六年（1826）進士，之後仕途順暢，曆任工部、刑部侍郎、正黃旗漢軍副都統等職，以謹慎正直著稱。他曾在道光三十年（1850）一年內五次升遷，深得道光皇帝的器重。鹹豐皇帝登基後，對柏葰也相當倚重，推其為軍機重臣之首，地位顯赫。
即使是主考官柏葰，在鄉試開始的那一天，依然不知道首場考題的內容，因為自康熙二十四年（1685）開始，會試和順天鄉試的首場“四書”考題均由皇帝欽命。在考試之前，由內閣獻“四書”一部給鹹豐皇帝。鹹豐皇帝閱覽後命題，“四書”發還內閣，命題則鎖入專門的題匣。八月初，柏葰入住貢院時，題匣鑰匙被交到他手中。到了八月初八鄉試的前一天，再由特定官員向鹹豐皇帝領取鎖得嚴嚴實實的題匣，然後送到貢院，交給外簾官員，再由外簾官員轉交給內簾官員，最後送到主考官柏葰手中。柏葰用事先帶入場中的鑰匙打開題匣，取出考題。這一套程序十分嚴密，基本上製止了預先泄露考題的行為。
這場鄉試剛剛開場之時，外簾官員便鬧出了一場小風波。提調官蔣達（時任順天府丞）認為貢院考場中供給不足，缺乏不少東西，斥責治中蔣大鏞辦理草率。監臨（順天鄉試監臨，設滿人一人、漢人一人，由部開列侍郎以下、三品卿以上官，奏請欽派）順天闈鄉試的梁同新（時任順天府尹）則認為蔣達是小題大做。二人因為這點小事鬧了意見，蔣達狂怒之下，不顧貢院已經鎖閉，擅自出闈，參奏梁同新袒護屬吏。結果，吏部議處後蔣達被革職，梁同新降為四品京堂候補，二人職務改由吳鼎昌、毛昶熙代替。這件事還沒有就此結束，都察院都禦史命巡視專門禦史（貢院外場官員，負責搜檢、巡查等事宜）分傳各行戶，查究草率之由，並移谘刑部定案。治中蔣大鏞及大名、宛平二縣令（二縣為朝廷所在地，稱京縣，京縣縣令級別比普通縣令高兩級）均因此被降職。
這件事後，京師中有謠言說，貢院中某晚出現了大頭鬼。有人說：“貢院中大頭鬼不輕出見，見則是科必鬧大案。”（《庸庵筆記》）
雖然有一些流言，但本場鄉試主考官為素有剛正耿直之名的柏葰，一切依然按部就班地進行著。鄉試結束後，閱卷進行了一個多月，於九月十六日發榜。雖然輿論一片嘩然，但也並未達到物議沸騰的地步。自古以來，科舉發榜後，有人歡喜有人憂，是再正常不過的事情。而此場鄉試結束後，柏葰更被拜為正一品的文淵閣大學士，仍然兼任軍機處領班大臣。清朝自雍正七年（1729）在內閣之外設立軍機處以來，一直有種說法：“不入軍機，則雖位居大學士，不得謂之真相。”（《庸禽筆記》）而柏葰一人身兼軍機大臣及文淵閣大學士，便成為真真正正的宰相，位極人臣。即使有人懷疑科場有不公之事，但也沒有想到能就此將官高位顯的柏葰拉下馬來。
［雍正七年（1729），雍正皇帝為保證對準噶爾的戰爭順利進行，設立了軍機處。它一成立，便取代了議政王大臣會議及南書房的地位，成為施政發令的中樞機構，地位十分顯赫。軍機處最初是為軍務而設，並非正式機構，一旦戰事結束，即當立即裁撤。但由於這個機構便於皇帝朝綱獨攬，集權於一身，所以一經成立，即常設不廢。軍機處職責是“掌軍國大政，以讚軍務”，設有軍機大臣，一般為四五人，以親王、大學士、尚書、侍郎兼任，均由皇帝本人任命。軍機處的特點有二：一是處理政務迅速；二是辦事機密。］
一切的轉機是從一個伶人（戲子）開始的。
當時朝臣中除了柏葰位高權重外，尚有怡親王載垣（康熙皇帝第十三子胤祥後人）、鄭親王端華（鄭親王濟爾哈朗七世孫）以及端華同父異母弟肅順為另一股勢力。載垣和端華二人才能平庸、優柔寡斷，遇事常由肅順做主。
順天鄉試後，剛好是鄭親王端華大福晉壽誕，端華請了一個戲班子到府中唱戲祝壽。但偏偏戲班子中的紅角兒沒到，大福晉很不高興。端華派人連傳了三次，紅角兒總算來了，卻是酒氣熏天，根本無法上台唱戲。端華勃然大怒，厲聲質問紅角兒。紅角兒嚇得酒醒了一半，告訴端華說：“不是小的有意抗傳，而是小的朋友中了舉人，剛好趕上他今天擺宴賀喜。”端華驚訝於戲子竟然也能中舉，便問那舉人的姓名和來曆。紅角兒如實回答道：“小的這朋友是滿人，名叫平齡，素嫻曲調，經常以票友身份上台客串小旦，如今譽滿京城，也開始賺包銀了。”端華聽了大笑，也沒當回事兒，轉身就將此事當笑話講給了眾賓客聽。言者無意，聽者有心，剛好肅順在座，立即留上了心。
壽宴結束後，肅順開始暗中調查平齡。平齡為鑲白旗人，酷愛戲曲，戲也唱得不錯，經常上台客串花旦，竟然以票友身份成為京城的名伶。當時有花旦名叫鬆林者，才貌俱佳，聲名噪動京城，平齡號稱“賽鬆林”，可見其名頭之響。但戲唱得好是一回事，有沒有學問則是另外一回事。平齡此人素來不學無術，卻能得中鄉試第七名，實在令人起疑。
當時肅順一黨忙著與柏葰爭權，肅順感覺這是個搞垮柏葰的大好機會，決意利用這次科舉的岔子大做文章。於是，與順治丁酉科場案和康熙辛卯科場案一樣，戊午科場案不再是簡簡單單的一件舞弊案，而是不可避免地開始與政治鬥爭息息相關。
當年十月初七，禦史孟傳金上疏給鹹豐皇帝，指出本年順天闈鄉試有舞弊行為，共有四件科場違規事發生：“或主考壓令同考官呈薦，或同考官央求主考取中，或同考官彼此互薦，或已取中而臨時更改。”尤其揭發了中試舉人平齡朱墨不符，引起物議沸騰。鹹豐皇帝正沉迷於圓明園“四春”（四名美貌的漢人女子）的美色當中，但孟傳金在奏疏中力言事態嚴重，又不能就此不理，便授權怡親王載垣、鄭親王端華、兵部尚書全慶和陳孚恩會審此案。主審者載垣和端華剛好是柏葰的死對頭，由此興起了清朝曆史上最大的一場科舉案。
［清朝初年，順治皇帝生母孝莊皇太後為了保證滿人的血統，下令後宮禁止“小腳女子”（即漢女）入內。鹹豐皇帝喜歡漢女，但不敢違背祖訓，所以將漢女安置在圓明園。“四春”後為懿貴妃那拉氏（即後來的慈禧太後）忌恨，被誣為“內侍匿小腳婦女”，借口執行祖訓殺死。此事也成為鹹豐皇帝逐漸疏遠防範懿貴妃的緣由。］
平齡先被逮捕，但在審問時，支吾不清，不肯交代。案子還沒審清，沒兩天，他便莫名其妙地“瘐死”在了大獄之中。平齡的答卷被重新調出來審查，發現其墨卷（考生原卷）內草稿不全，朱卷（謄錄生謄錄出的副本）內有七個錯謬之處被改過。追查之下，同考官鄒石麟被迫承認朱卷是他所改，他以為錯別字是謄錄生謄錄時的筆誤，所以才代為改正。
載垣等人將平齡案的審理結果上奏後，鹹豐皇帝很憤慨在自己眼皮底下還能發生這樣的事，於是下令複查全部試卷。
當年十月二十日，在怡親王載垣、鄭親王端華、兵部尚書全慶和陳孚恩四人的嚴密監視下，刑部尚書趙光、翰林院編修郭嵩燾（湘係經世派代表人物，後入曾國藩幕僚，與曾國藩是兒女親家）等人在圓明園重新勘查了全部試卷，最終發現有五十多本試卷也應訊辦查議。
其中，新中試刑部主事羅鴻禩的試卷，竟然有三百多個錯別字。鹹豐皇帝聽說後，驚訝無比，立即派太監到禮部取得試卷，親眼看到後才不得不信。他立即召羅鴻禩到南書房複試，複試的文題是“不亦樂乎”，詩題是“鸚鵡前頭不敢言”，暗有譏諷揶揄之意。監考官則是鄭親王端華和戶部尚書肅順，閱卷官是兵部尚書陳孚恩。複試結果，羅鴻禩的答卷“疵蒙謬累”，羅氏“通關節”中舉的作弊行為一覽無遺，當即被逮捕下刑部大獄。餘怒未消的皇帝還下令將主考官柏葰革職，將副考官朱風標、程庭桂解任，等候進一步的處理。
肅順從羅鴻禩入手，追查到他與同考官浦安交通關節一事，又將浦安逮捕審訊，整個過程遂真相大白。原來，羅鴻禩參加順天鄉試前，托同鄉兵部侍郎李鶴齡代為通關節，李鶴齡便求助其同年進士、本屆鄉試同考官浦安。浦安便與羅鴻禩約好了關節暗號。閱卷時，浦安找到了帶有暗記的羅鴻禩的試卷，便推薦給主考官柏葰。柏葰看到這本試卷錯誤百出，便讓親信家丁靳祥去告訴浦安，此本試卷不符合中試條件。
當時柏葰年老，許多事情都交給家丁靳祥處理。靳祥其人天資聰慧，知書達理，柏葰對其十分信任，幾乎達到了言聽計從的地步。於是浦安竭力向靳祥懇求，並說其房中中試者隻此一本。靳祥答應為浦安出頭，力說柏葰不如順水推舟，賣個人情給浦安。柏葰果然聽從了靳祥之言，抽出了本已中試的劉成忠試卷，換成了羅鴻禩的試卷。
後來榜發，羅鴻禩果然由浦安推薦得中正榜，如願以償。他前去答謝浦安時，浦安告訴他說：“其實你還要多謝一個人，他就是柏中堂（柏葰）的門丁靳祥。你能夠中試，多虧靳君之力。”於是，羅鴻禩送了十六兩銀子給柏葰，表示感謝。另有五百兩銀子給中間人李鶴齡，李鶴齡留下二百兩，將剩下的三百兩轉送給了浦安。
肅順審清來龍去脈後欣喜若狂，立即迫令柏葰交出關鍵證人靳祥。此時靳祥已經陪同分發甘肅知府的鍾英（柏葰之侄）離開京城。聽到風聲後，靳祥立即出逃，結果在陝西潼關被陝西巡撫曾望顏拿獲，押解回北京歸案。不過，靳祥不久後就病死在刑部大獄中。據說他是有意自殺，以求死無對證，意在保住老主人柏葰。然而，在肅順的威逼下，浦安和李鶴齡如實交代了主考官柏葰的受托情節，有無靳祥的供詞已經不重要了。柏葰被立即逮捕，交給刑部監禁。
柏葰本已經是正一品大員，榮華富貴都已經是囊中之物，僅僅因為聽信家丁一言，收了十六兩銀子，便引來此等大禍，身敗名裂，晚節不保，自然是追悔莫及。雖說他認為自己不過是瀆職而已，算不上受賄，但也自知與肅順一黨素來不睦，對手曆來視自己“如鯁在喉，不除不快”，好不容易有此機會，一定不會輕易放過自己，但至多也不過是流配新疆而已。昔日和珅罪大惡極，最後也隻是被賜自盡，自己僅失察之罪，不過褫職而止。留得青山在，不怕沒柴燒。柏葰一邊這般安慰自己，一邊吩咐家人收拾好遠行的行李。
鹹豐九年（1859）二月十三日，怡親王載垣、鄭親王端華、兵部尚書全慶和陳孚恩四大臣聯銜上奏，將案情做了詳細彙報，奏疏上對柏葰的處置是“比照交通囑托，賄買關節例，擬斬立決”。
當日，鹹豐皇帝在勤政殿召見諸親王、軍機大臣、內務府大臣和各部尚書，商議如何處置柏葰。柏葰在朝為官三十餘年，老成宿望，資曆很深，鹹豐皇帝有意詢問群臣說：“柏葰有無屈抑？”其實是感念柏葰“早正揆席，勤慎無咎”，且已經老邁，打算從輕發落，隻要有大臣站出來“乞恩”求情，皇帝便可順水推舟。但肅順果斷敢為，“治事嚴刻”，好用重典，之前曾力主殺死和談不成的宗室耆英。群臣畏懼肅順一黨的勢力，竟然無人敢回答皇帝的話。而肅順本人又及時站出來，大講了一通“取士大典，關係至重，亟宜執法，以懲積習”的道理，要求立即將柏葰正法。鹹豐皇帝便不再堅持，準肅順所請，同意將柏葰“斬立決”。
可憐柏葰素有寬厚謹慎之名，以為至多不過是流放的結果，卻等來了斬首的命令。清朝自立國以來兩百餘年，從無公開處斬宰相之例。此舉如同晴天霹靂，不但令柏葰本人震驚，也令朝野側目。
午後三時，柏葰被押赴北京南城的菜市口行刑，由戶部尚書肅順和刑部尚書趙光監斬。肅順看到柏葰的囚車到來後，喜笑顏開地迎上前去，說：“七哥來早。”（《清稗類鈔》）然後立即升座，催促用刑。柏葰被立即斬首，同考官浦安、兵部侍郎李鶴齡、新中試刑部主事羅鴻禩也被同時斬決。擅改朱卷的同考官鄒石麟被革職，永不敘用。副主考戶部尚書朱鳳標則被革職，未及一年，旋複起用。
當時，柏葰朝中同僚、門生、故吏不但不敢為其求情，甚至沒有一人到刑場奠別。刑部尚書趙光還慶幸地說：“此次科場之案，未令刑部會審，予幸以為幸焉。”可見朝野對肅順一黨畏懼到何等地步。隻有時在江南鎮壓撚軍的欽差大臣勝保自軍中上疏，為柏葰求情，其中有“羅網彌天，衣冠掃地”之語，暗指柏葰為肅順所陷害。肅順與勝保遂成死敵。但勝保遠在前線，且統領重兵，肅順也無法輕易加害。後來肅順一黨與慈禧太後爭權，勝保迫不及待地倒向慈禧太後一邊，在鏟除肅順一黨中起到了極為關鍵的作用。
柏葰不僅是終清一朝唯一一名因科場案被處死的一品大學士，也是中國自實行科舉以來，因科場舞弊而被處死的職位最高的官員。
柏葰等四人被殺，戊午科場案並未就此終結，案情還在進一步發展中。之前，同考官浦安曾經供稱他聽說副主考程庭桂收過很多請托者遞送的條子，並在後來燒毀了這些條子。程庭桂由此被逮捕審訊。程庭桂供認鄉試開始後，他的兒子程炳采接到過幾個人的條子，因為這些條子的來頭都不小，程炳采無法拒絕，於是收下了下來，並讓家人胡升給程庭桂送食物時，將條子黏在食物盂下，帶進了貢院。遞條子的人，包括李旦華（刑部侍郎李清鳳之子）、潘祖同（工部郎中潘曾瑩之子）、潘敦儼（湖南布政使潘鐸之子）等人，分別為工部候補郎中謝森墀、恩貢生王景麟、附貢生熊元培等人請托。不過謝森墀、王景麟、熊元培等人都未能中試，因而程庭桂在事後將條子燒毀。
程炳采被逮捕後，除了承認其父程庭桂供稱的遞條子的人外，又招出一個重要情節，他還接到過兵部尚書陳孚恩之子陳景彥送的條子。但程庭桂卻根本不知道有這個條子。原來家人胡升在送陳景彥的條子入考場時，被監場禦史發現。監場禦史見事涉兵部尚書陳孚恩，於是將條子藏了起來。
條子一事涉及眾多大臣之子，事態頓時嚴重起來。這再一次說明，科場舞弊案的發生，其本質始終是權力和利益相勾結的產物。因為兒子陳景彥牽涉入內，負責審理此案的兵部尚書陳孚恩不得不奏請回避，並自請嚴議。因陳孚恩與肅順關係極好，鹹豐皇帝倒沒有計較，反而命他繼續秉公審理此案。
由於請托之人李旦華和考生謝森墀、熊元培在科場案發後均已經逃回江蘇原籍，刑部不得不派人前去追捕，此案一直拖到鹹豐九年（1859）七月才審結。肅順等人擬將程庭桂、程炳采父子斬首。鹹豐皇帝念及程庭桂是兩朝老臣，不忍將他們父子一起處死，於是法外開恩，隻將程炳采處斬，程庭桂則發配軍台效力。
程炳采被押赴刑場時，由於心中不服，向圍觀的路人哭訴道：“吾為陳孚恩所紿，代弟到案以至於此。陳孚恩諂媚權奸，吾在冥間當觀其結局也。”（《庸庵筆記》）聞者皆為之揮淚。
案中的請托者七人謝森墀、王景麟、熊元培、李旦華、潘敦儼、潘祖同和陳景彥免死發配新疆。不久又允準李旦華等人捐輸贖罪。陳孚恩、潘曾瑩、潘鐸因失察子弟犯法降一級調用，李清鳳病死免罪。其他辦理科場案不善的官員也依例作了處理，流徙、革職、降級調用、罰俸等數十人。戊午科場案至此結束。
戊午科場案並非人為羅織的冤獄，跟之前的順治丁酉科場案和康熙辛卯科場案比起來，案情顯然沒有前兩件科場案那樣清濁難分。而且打擊麵和牽連度都要小得多，“同官不聞連坐，家屬亦未長流”，涉案官員的家屬均沒有受到牽連。之所以驚世駭俗，號稱中國曆史上最大的科舉案，是因為最後斬了首席軍機大臣兼大學士柏葰。而導致柏葰被殺的關鍵人物，則是之後聲名鵲起、煊赫一時的肅順。
不過，若是就此認為肅順在此案中一心為公，意在整頓弊政，那就大錯特錯了。兩年後的恩科會試，肅順一心要推手下心腹幕僚高心夔（肅門五君子之一）坐上狀元位，不惜以身犯險。殿試前，肅順千方百計打聽到詩題為“紗窗宿鬥牛得門字”，其中“紗窗宿鬥牛”出自唐人孫逖的《夜宿雲門寺》一詩。肅順立即將題目告訴了高心夔，讓他連夜作準備。第二天，果然是這個題目。而在場三百多名考生，很少有人知道此題的出處。高心夔大喜過望，自以為成竹在胸，狀元已經是囊中之物，匆匆寫成後，立即出場來找肅順報喜。肅順問了他的答卷內容後，跌足連叫道：“完了！完了！”原來，高心夔一時疏忽，詩作押錯了韻，而一旦出韻，內容再好也要被淘汰。最後發榜結果，高心夔列四等，最終未能當成進士。
對肅順而言，窮究戊午科場案，雖然意在鏟除政敵，有“傾軋”之實，但也確實起到了扭轉頹風之效，此後，“司文衡者懍懍畏法，科場清肅”，科場風氣得到徹底扭轉，持續三十餘年沒有科場舞弊行為。
戊午科場案的意義還不止於此。
清朝發跡於白山黑水之間，雖然自開創者努爾哈赤起便一直奮發圖強，但論其實力，遠遠不足以橫掃天下，最後能夠入主中原，實在是機緣巧合所致。如此弱勢的一個民族，輕易取得了中原的大好江山，統治著人口數量、經濟、文化水平均遠勝自己千百倍的漢族，居高臨下之時又是何等戰戰兢兢。這既是終清一朝少有荒唐滑稽皇帝的根本所在，也是清朝自立國開始便對漢人防範警惕極嚴的關鍵原因。
乾隆以前，重臣兼部務均是清一色的清朝貴族，漢人大臣即使受到重用，也不過充當隨聲附和的工具，且受到嚴密的監視。一直到嘉慶朝以後，各地起義頻發，中央集權受到衝擊，清朝貴族壟斷朝政的局麵才開始破冰，漢人大臣在朝廷的實際職權有所增強。肅順出身宗室，卻是一個另類，其見識、閱人的眼光均是滿人中的佼佼者。他曆來輕視滿人、重視漢人，認為隻有漢人才能挽救大清江山。而他本人因在戊午科場案力殺柏葰一事而聲震朝野，成為公認的天子之下的第一人，囂張不可一世，使得他重用漢人、以漢製漢的策略得以順利推行。正是由於肅順的大力推薦，曾國藩、左宗棠等人才得以崛起於曆史的舞台。正因為如此，戊午科場案也被視為晚清政治格局的關鍵轉折點。
中國有句古話：“禍兮福之所倚，福兮禍之所伏。”戊午科場案也是如此。表麵看來，肅順取得了一時的勝利，掌握了全部的朝政，但失敗往往就潛伏在勝利底下，而肅順“不學無術”，“又疏於防患，計智淺露”。戊午科場案揚刀立威後，肅順加大了整飭吏治的力度，雷厲風行，持法嚴厲，令大臣談其為之色變。但其時官治昏庸腐敗，已非一人之力所能挽回，肅順如此嚴厲酷烈的手段，自然是四麵樹敵，這也為他日後的悲劇結局埋下了禍根。
鹹豐十一年（1861）七月十七日，三十歲的鹹豐皇帝病死在承德避暑山莊，遺命肅順、載垣、端華等八大臣輔佐幼主同治皇帝。同治皇帝生母慈禧太後野心勃勃，勾結恭親王奕訢發動了辛酉政變，肅順被斬首示眾，載垣、端華被賜自盡，其他五大臣或革職或遣，肅順親黨陳孚恩也被遣戍新疆。肅順被砍頭的地方，就是三年前柏葰丟掉腦袋的菜市口。
肅順垮台後，朝中便有人想為柏葰翻案。慈禧太後素來痛恨肅順，卻也不敢輕易答應，隻是諭令禮、刑兩部對戊午科場案重新進行核查。經過反複權衡後，同治元年（1862）正月，慈禧太後以同治帝名義發布上諭，隻說當初肅順等人擅作威福，因與柏葰平日挾有私仇，便借科場案之際，“以牽連蒙混之詞，致柏葰身罹重辟”；但柏葰自身也有責任，隻不過量刑有點重，為柏葰奏請昭雪的官員未免措辭失當；又念及柏葰為兩朝重臣，且辦事勤慎，賜柏葰之子柏鍾濂四品卿銜；之前參與審案的吏部尚書全慶則被冠上“不能悉心核議”的罪名，降級調用；率先揭發戊午科場舞弊案的禦史孟傳金也飽受朝中同僚白眼，“遂摭他事發回原衙門”。
戊午科場案後，直到清朝滅亡，再無大的科場案發生。不過，科場弊端並未就此結束。每到考試前，遞條子、通關節依然成風，魯迅的祖父周福清便是因為遞條子而陷入一場牢獄之災。
光緒十九年（1893）三月，時任內閣中書的周福清因母親去世回紹興老家丁憂。當年剛好是大比之年，浙江鄉試的主考官通政使司參議殷如璋剛好是周福清的同科進士。周福清便想利用同年之誼為兒子和幾個本族子弟通關節。為了避人耳目，周福清決定在半路攔截殷如璋。七月，殷如璋乘官船自京城趕往杭州，七月二十七日抵達蘇州，停靠在閶門碼頭。早已經在蘇州等候的周福清派家仆陶阿順拿著一封寫有關節的書信前去投帖拜會殷如璋。陶阿順到達碼頭時，殷如璋正與副主考周錫恩在船上交談。莽撞的陶阿順便擅自將名帖信函交給了殷如璋的差人。殷如璋收到信後，一看是周福清的名帖，多少有些心領神會，因周錫恩在場，不便立即拆看。而岸邊的陶阿順等了許久後，依然不見回音，不耐煩起來，竟然對著官船大喊起來：“這一萬兩銀子的事非同小可，怎麼收了銀子連個收條也不給？”事情由此敗露。殷如璋不敢隱瞞，當即將書信連同陶阿順送到蘇州府審訊。凡信中提到的考生均被扣考，周福清則被逮捕入獄，判“斬監候”。幸運的是，當時已經是清朝末年，官場腐敗成風，周家反複用錢上下打點，周福清在被判死緩八年後，終於被釋放，但周家也從此衰敗。
由於科舉考試是通往權勢和利益的唯一門檻，因而無論采取如何嚴密的防範措施，或如何殘酷的嚴刑峻法，始終還是難以杜絕心存僥幸者的作奸犯科。民國年間的重要政治人物胡漢民一度叱吒風雲，其實他還有另一個身份，即曆史上著名的科場代考槍手——他曾經在清末兩次代人參加鄉試，均順利中舉。
到光緒三十一年（1905），列強侵淩日重，國內危機四伏，直隸總督袁世凱、湖廣總督張之洞、兩江總督周馥、兩廣總督岑春煊等重臣聯銜奏請停止科舉。清朝廷經過考慮後，接受了呈請，下令廢止科舉。至此，曆經了一千三百多年的科舉製度壽終正寢，科場積弊也隨之而斷絕。