自古科舉取士被稱為“掄材大典”，原本該是朝廷為國家選拔人才的最好機會，而考場內眾考官卻肆無忌憚地作弊壞法，不加掩飾地瓜分中榜名額，實在是令人側目。考場外也不平靜，關於考生向考官暗通關節的流言蜚語充斥著整個京城。
最後桂榜發榜的結果，李振鄴的二十五名關節考生中取中五名，如願以償。而張我樸為了自己的關節考生，硬是擠掉了另一同考官郭濬的關節考生浙江嘉善貢生蔣廷彥、蔣文卓兄弟。郭濬為了有所交代，有意將李振鄴、張我樸的醜行告訴了蔣廷彥。蔣氏兄弟自然懷恨在心。而眾考生也發現這一榜有不少問題——不少胸無點墨的榜上有名，詩書滿腹的則名落孫山。一時間，物議沸騰，群情洶洶，其中尤其以張漢和蔣廷彥兄弟意見最大。
李振鄴和張我樸等人竟然還不知道收斂，爭相誇耀某某榜上有名是他出力的結果，點名道姓涉及者多達數百人，猖狂已極，毫無顧忌。張漢氣憤之下，寫了一篇揭文，告發李振鄴貪贓枉法，投送到科道衙門（六科給事中與都察院各道監察禦史官署的合稱，都察院即為唐宋時的禦史台）。
有個杭州貢生張繡虎甚有心計，竟然想到敲李振鄴和張我樸竹杠的主意。張繡虎先是找相識的吏科給事中陸貽吉（《東華錄》作陸姓，據吳偉業《吾穀行》注及王應奎《柳南隨筆》，貽吉姓嚴，為嘉靖時大學士嚴訥裔孫），要他出麵給李振鄴和張我樸帶話。陸貽吉哪裏會惹這種麻煩，於是張繡虎就自己拿著張漢的揭文直接去找李振鄴、張我樸二人，敲詐了一千二百兩銀子。
蔣廷彥、蔣文卓兄弟也不甘寂寞，步張漢後塵寫了一份揭帖（傳單），預備公開張貼在市集上。揭帖中揭發了張我樸以權謀私的事實，為了舉證，還特意提到張繡虎成功敲詐李振鄴、張我樸的情節，以表示李、張二人心虛，並說明被敲詐的一千二百兩銀子是另一名同考官陸貽吉經手的。陸貽吉聽說後急忙趕來，怒斥蔣文卓並和其理論。蔣文卓於是在揭帖上刪掉了陸貽吉的名字。
但陸貽吉見到滿城風雨，輿論大嘩，便告訴同僚任克溥說：“張漢與蔣文卓寫揭帖揭發了今科之弊，想不到把我的名字也無端牽涉了進去。我自己要上疏，檢舉這件事。”其實他本人確實曾為行賄的士子和受賄的同考官居間說合，心中不能自安，所以才有自我檢舉的意思。但他一時又下不了決心，依然心存僥幸，是以一直觀望，未見行動。
任克溥時任刑科右給事中，他之前也曾努力謀取同考官一席未果，此時便對陸貽吉的話留了心。之後，任克溥暗中將事情了解清楚後，並沒有立即上疏揭發。他時任給事中，正是負責監察的官員，卻隱忍不發，顯然是幕後涉及黨爭。他駐足觀望，隻是在等待最好的時機。
這一場鄉試鬧得滿城風雨，朝野盡知，唯獨順治皇帝一人被蒙在鼓裏。此時，他寵愛的董鄂妃剛剛生下了一個兒子，皇帝歡愉異常，眼中隻有董鄂妃母子不說，還公然宣稱董鄂妃所生的皇四子為“朕第一子”，隱隱有立為皇太子的意思。隨著新生兒的誕生和皇帝鮮明的態度，清後宮內錯綜複雜的政治鬥爭變得更加殘酷。一時間，董鄂妃母子成了眾矢之的。
也就在這個時候，皇帝的母親孝莊太後聲稱身體不舒服，要到皇家苑囿南海子（故址在今北京大興）養病，並諭諸後妃及百官視疾問安。董鄂妃剛剛生產不久，身子還十分虛弱，但她知道太後素來不喜歡自己，而皇帝為了封自己為貴妃一度與太後交惡，為了不讓太後與皇帝母子再次失和，她堅持前往南海子伺候太後，並朝夕侍奉以至於“廢寢食”。
當年十月十六日，順治皇帝巡幸南海子，其實是想借機探訪董鄂妃。就在這次巡幸時，順治皇帝突然召見諸大臣及科道官（六科給事中與都察院各道監察禦史的統稱），麵諭眾官要恪盡職守，不得徇私包庇。
刑科右給事中任克溥感覺時機來臨，就此上疏參奏說：“北闈榜發之後，途謠巷議，到處都有不滿怨言，此中弊竇甚多。”他還拿出了蔣廷彥和張漢所投送的揭帖，舉例說中試舉人陸其賢是用銀三千多兩通過吏科給事中陸貽吉向考官李振鄴、張我樸賄買得中的，並指出這類事不在少數。
順治皇帝本來正在興頭上，意氣風發，突然接到了這樣一封奏疏，見之前的殷殷期望付諸流水，當即龍顏大怒，下令吏部、都察院嚴加追查。順天科舉大獄由此而興。
任克溥，字海眉，綽號“任帽子”，山東聊城人，順治四年（1647）進士。他之前曾積極謀取鄉試的同考官之位，但卻沒有被選中。時人均認為任克溥是對自己沒有當選上同考官而懷恨在心，所以才故意揭發了科場案。也有一種說法，認為任克溥是受了禮部尚書馮銓和大學士劉正宗等山左諸大老（左即東麵，山左諸大老指山東籍的高官，並非某著名小說中所說的滿人貴族）的指使，有意讓李振鄴等南方官員難堪，即所謂的“荼毒南士”。於是，本來單純的科場案又扯上了南北黨爭。
“南北之爭”源自明朝。明朝末年，南方籍大臣和北方籍大臣黨爭十分嚴重，南方派係以江浙大臣為核心，北方派係則以山東籍高官為首。因南人多文采出眾者，故崇禎一朝中南人占了上風。馮銓和劉正宗當時均在明朝廷中任職，馮銓是順天涿州（今河北涿縣）人，劉正宗是山東安丘人，均是北方派係，因此備受南方大臣打壓。“百代興亡朝複暮，江風吹倒前朝樹”。入清後，兩人都當上了清朝的高官。馮銓入內院協理機務；劉正宗善作五言古詩，又寫得一手好字，其書法號稱“秀妙無倫”，因文章、詩詞、歌賦出眾，成為順治皇帝的文墨摯友。順治皇帝每得著名書畫，必經劉正宗鑒別評定後才歸禦府收藏。順治皇帝還常常將所得名人字畫和自己作的字畫及親筆題字賜予劉正宗，禦府圖書題跋也多出自其手。江山換了主人，大臣卻還有不少是前朝舊臣，“南北各親其親，各友其友”，馮銓和劉正宗成為北方派係大臣的首腦人物，黨爭依舊在延續。
馮銓及其黨羽孫之獬（山東淄川人）是北京城最早剃發迎降的明臣，素為眾人所不齒。以陳名夏、龔鼎孳為首的南方官員彈劾馮銓是前朝閹黨餘孽（馮銓曾在天啟年間依附大宦官魏忠賢，爬到大學士之位）。馮銓則反唇相譏，揭發龔鼎孳曾經投降過闖王李自成，“竟為北城禦史”。當時掌管朝政大權的睿親王多爾袞問起此事是真是假，龔鼎孳竟然回答說：“豈止我龔鼎孳一人，何人不曾歸順？魏徵亦曾歸順唐太宗。”氣得多爾袞大罵說：“龔鼎孳自比魏徵，而以李賊比唐太宗，可謂無恥！”當時漢人高官如洪承疇等均是南方人，馮銓一度處在下風。不過多爾袞權衡利弊後，公開支持了馮銓一派，卻也未貶斥南方籍大臣，表麵上對南北兩方的爭鬥采取了不偏不倚的態度。但是當時南方籍大臣陳名夏勾結部分滿人貴族專權，達到了令朝野側目的程度，馮銓、劉正宗等北方派係大臣自然沒有好日子過了，尤其是馮銓，基本上是在南方大臣的不斷參劾中度日，彈劾馮銓竟然成了南北黨爭的中心內容。
［龔鼎孳，字孝升，號芝麓。安徽合肥人。崇禎七年（1634），龔鼎孳中進士，時年十九歲，授湖北蘄水知縣。崇禎十四年大計，政績列湖廣之首，遷兵科給事中，詔入京。李自成攻陷北京後，龔鼎孳投降後為直指使，奉命巡視北城。有人責問龔鼎孳為何屈膝變節，龔鼎孳說：“我原欲死，奈小妾（指秦淮名妓顧眉）不肯何！”這便是鬱達夫詩“莫怪臨危艱授命，隻因無奈顧橫彼”的典出，時人均視為千古笑談。清軍入關，龔鼎孳又主動迎降，官授吏科給事中，曆官太常寺少卿、左都禦史、禮部尚書等職務，還當了幾次會試點考官，是著名的“三朝元老”。雖然於氣節上有虧，但龔鼎孳才氣縱橫卻是無可否認，他寫數千言可以一揮而就，而且辭藻繽紛，一點兒都不用修改。順治皇帝在宮中讀了龔鼎孳的文章，歎道：“真才子也！”清初名流多出龔鼎孳門下。］
［陳名夏，江蘇溧陽人，少時以文名著稱，為複社名士。崇禎十六年（1643）會試中，名列四百名進士之首，殿試取中第三名（即通常所稱的探花），明末任翰林院編修，兼戶、兵二科給事中。甲申之變前夕，陳名夏曾麵見崇禎皇帝，建議召集山東義勇救援京師。李自成大順軍攻進北京之日，陳名夏上吊自殺，但被家人解下救活。李自成手下官員牛金星下令征明朝官員入宮後，陳名夏躲了起來，不久被人檢舉，終被大順軍抓獲。負責審問陳名夏的是一位姓王的山西秀才，剛好與陳名夏相識，因而力勸陳名夏加入大順政權。陳名夏逃跑不成後，終於還是投降了李自成。不久後，他又找機會逃往南方家鄉。由於當時的南明朝廷正在緝捕曾經投降李自成的明朝官員，陳名夏又被迫再次逃亡，幾經輾轉後，在福建大姥山遇見好友兼兒女親家方以智（明末四公子之一）。方以智送了陳名夏一大筆錢，助他逃亡。陳名夏最終到了河北大名，在此地遇見同年成克鞏。成克鞏當時剛接受了清廷的征召，便將陳名夏推薦給保定巡撫王文奎，再由王文奎上疏，向清廷推薦陳名夏。順治三年（1646）正月，陳名夏出仕清廷，從此平步青雲。其人“所推南人甚眾，取忌於北”“國族側目”，從步入仕途之初就不可避免地卷入了激烈的黨爭。］
順治十一年（1654），劉正宗突然發難，彈劾南方派係首腦人物陳名夏，起源便是一套明朝的衣冠。順治皇帝喜歡漢式服裝，經常在宮中穿戴明朝皇冠、皇袍，並對鏡沾沾自喜，認為比滿服強多了。當年二月，順治皇帝一時興起，將明朝朝服公然從內廷拿到內院，向群臣展示。有大臣為了迎合皇帝，連聲說好，順治皇帝也是一臉笑容，看上去很是滿意。陳名夏一時感慨，對內翰林國史院大學士寧完我（努爾哈赤時便已經歸降後金）說：“隻須留頭發、複衣冠，天下即太平矣！”（《清世祖實錄》）寧完我立即勾結與陳名夏積怨已深的劉正宗同時發難，參劾陳名夏“結黨懷奸，情事叵測”，主要罪狀有“倡複冠服，塗改詔旨，結黨行私，循情納賄，縱子肆虐”等，其中最核心的是陳名夏把“留頭發，複衣冠”作為“第一要緊事”，聲言是“天下太平”的關鍵，是以寬衣博帶為名，行變清朝為明朝，“計弱我國”之實。如此一來，陳名夏就有反清複明的重大嫌疑。順治皇帝十分重視，命令內三院、九卿、科道、詹事等官在午門外會同對陳名夏逐條審問，從重定罪。陳名夏在受審中據理反駁，刑部右給事中劉餘謨、禦史陳秉彝在旁為之竭力辯護。雙方爭執不下，在午門樓上暗中觀察的順治皇帝見此情景大為惱火，立即召見劉餘謨、陳秉彝二人，大加訓斥，並立即解職。最終，陳名夏被定罪，以弓弦絞殺於午門內的靈官寺，終年五十四歲。時人因而感慨地說：“溧陽千磨百鑠而不死，死之以弓弦。”（《北遊錄》）
當年四月，馮銓、劉正宗等北方大臣為了進一步鏟除異己，紛紛出動，以陳名夏“親戚”“黨羽”的罪名彈劾了四十一名南方籍大臣，進一步火上澆油。一時間，南方大臣感覺大禍臨頭，人心惶惶。順治皇帝為了穩定局勢，不得不親自出麵警告馮銓，馮銓這才不敢再興風作浪，這場大風波由此平息。
在此之前，順治皇帝一再向天下人表白自己是以寬治政，還常常歎息昔日明太祖朱元璋誅戮大臣太為過分，但自陳名夏案發生後，他又得出了為政太寬“亦不可”的結論，並於五月以“任意結黨營私”的罪名，將陳名夏的好友陳之遴發往盛京（今沈陽）。不過順治皇帝愛其才華，不久即複職。
［陳之遴，字彥升，號素庵，海寧鹽官人。崇禎十年（1637）以一甲二名中進士（榜眼），授翰林院編修。出自著名的海寧陳氏。後民間傳說乾隆皇帝本為海寧陳氏子孫，即為陳之遴一係。陳之遴年輕時與東林、複社名士錢謙益、吳偉業、陳名夏等結交，後來陳之遴還與吳偉業結成了兒女親家，其妻徐燦是當時聲名遠播的女詩人。清兵入擾衡水一帶，其父陳祖苞時任順天巡撫，因城池失守下獄問罪，很快病死。陳之遴受到株連被罷官。清兵入關後，起初效命於南明政權，被任為福建主考官。後投降清廷。其所作《念奴嬌·贈友》一詞中說：“行年四十，乃知三十九年都錯。”表達了改換門庭的心態。陳之遴甚至還勸說洪承疇發掘明孝陵，“盡變本來麵目”。入清後，陳之遴很受清攝政王多爾袞器重，多爾袞死後，又得到了順治皇帝重用。令順治皇帝開始對陳之遴不滿的是京師“大豪”李三事件。李三本名李應試，別號黃膘，因排行老三，又稱李三。他是明清交替之際北京城極為傳奇的人物，以一介平民的身份，卻勢焰熏天，玩弄王公重臣於股掌之間。李家世代在明朝中央各部當“書辦”（文案記錄工作），李三本人也是書辦出身，在明朝犯了重罪，被關在刑部大獄中。剛好明末天下大亂，他乘機逃出，並召集了一部分人，將明朝各部“案例”全部偷回家中藏匿起來。封建時代，法律條文粗略，處理各種案件全憑案例。清朝定都北京之初，凡事都在草創之中。六部創建之後，處理事務沒有案例可循，頭緒紛繁下，大小官員無不叫苦連天。李三把持了案例，奇貨可居，趁機從中漁利，包攬詞訟，案犯的生、死、徒、徙，官吏的升、降、獎、懲，錢糧的征、撥、減、免，往往由他片言決斷。封疆大吏、朝中重臣為保飯碗，爭相輦銀輸金“購買”案例。幾年之間，李三便富可敵國。他在京城大造宅第園林，其規模堪比王公。尤其不可思議的是，他明目張膽地將自己的住所按中央六部的樣式修建，分置“吏部”“戶部”“刑部”等各房。外來人有事某部，即投某部房內。而李三本人則總領各“部”，儼如君臨天下的帝王。經過數年經營，李三的勢力越來越大，耳目遍布朝野，“明作威福，暗操生殺”。不管是朝廷官吏，還是平民百姓，隻要他對誰不滿，就立即派人暗殺，官民震懾，莫敢攖鋒。順治八年（1651），李三稱霸京城之事漸漸傳入大內，順治皇帝十分震驚，就此事問陳名夏，陳名夏支吾不敢說話。順治皇帝勃然大怒，立即命步軍統領帶人將李三逮捕，交刑部審理，刑部也遲遲拖延，不敢開審。順治皇帝便命王公大臣會同諸大學士審理。審訊時，唯鄭親王濟爾哈朗（努爾哈赤弟舒爾哈齊之子）大聲詰責李三，其餘王公及大學士，如寧完我、陳之遴、陳名夏等皆緘口不言。事後，鄭親王詰問陳之遴，陳之遴說：“李三巨惡，誅之則已，若不正法，之遴必被其害。”（《思益堂日劄》）堂堂重臣，如此畏懼一平民，也可謂駭人聽聞了。在順治皇帝的幹涉下，李三及其黨羽最終被殺。因為之前陳之遴搶先提出要立即處死李三，引發了人們猜疑他是要殺人滅口。在麵臨鄭親王濟爾哈朗調查的壓力下，陳之遴終於承認了自己與李三有牽連，由此被免除大學士之職，從此失去了順治皇帝的信任。］
從明朝到清朝，馮銓、劉正宗均卷入了南北黨爭，經曆了各種各樣險惡的政治風波，對南方籍官員恨之入骨，因而傳說是他們二人以鄉試“本為遴選真才，以備任使，關係最重”為由，指使任克溥上書揭發李振鄴等南方大臣，這種說法必然不是空穴來風，兩人之後抱著幸災樂禍的態度推波助瀾便是明證。
在隨後的調查中，之前風頭最勁的李振鄴也最先倒黴，並由此牽扯出一大批人來，他的二十五個關節考生一個都沒有漏網，其中的禍根就在他親筆寫的那張名單上。當初，李振鄴將關節考生寫在字條上，交給親隨靈秀去查對。事情完結後，李振鄴該當向靈秀要回字條銷毀，但他一時忙碌，竟然忘記了。靈秀還是個少年，根本不知道輕重，將字條拿給了同伴馮元看。馮元也是李振鄴的家仆，李振鄴素來刻薄少恩，馮元一直懷恨在心。他看到字條後，立即如獲至寶地奪了過來，據為己有，打算日後作為鉗製要挾李振鄴的憑據。結果，吏部、都察院調查剛一開始，馮元就拿出了這張條子，鐵證如山，按圖索驥，名單上的人物也被一網打盡。
李振鄴的二十五名關節考生中，排在首位的是浙江雲間秀才陸慶曾，但此人恰恰不是入賄者，關節也不是出錢買的，而是李振鄴主動送上門的。陸慶曾是明朝禮部尚書陸樹聲（明朝嘉靖二十年狀元）之孫，不但少有才名，且家境富裕，擅園亭之勝，享譽名士二十年，偏偏老來不甘寂寞，參加了北闈考試。他精通醫術，曾經治愈過李振鄴的怪病，李振鄴為了感激，便打算借中試來酬醫。但無論是買是送，總是通了關節，陸慶曾也照常被逮捕下獄。他本來家世貴顯，是個高枕無憂的富足翁，卻因一時功利之心，轉瞬身陷囹圄。
當時滿漢大臣會審，大學士兼吏部尚書王永吉參與會審此案，十分賣力。滿人大學士圖海和大臣科爾坤還不懂得什麼叫關節，王永吉為了討好滿人，眉飛色舞地給他們解釋。結果，李振鄴名單上的第二名就是王永吉的親侄子王樹德。這位大老爺登時麵如死灰，垂頭喪氣，不得不照例請求回避，並上疏請罪。順治皇帝特意下了一旨，說：“王永吉乃朕破格擢用，受恩深厚，未見克盡職業，實心為國，負朕簡任之恩，王樹德係其親侄，豈不知情？著降五級調用。”王永吉被降職後，又驚又怕，很快就病死了。
初審時，同考官中隻有李振鄴一人查有實據。眾同考官都有賣關節之事，卻唯獨他一人受罰，李振鄴自然不甘心，於是檢舉揭發了張我樸、蔡元禧等人。這些人又檢舉出其他同考官。一時間，贓官互相攻擊，互揭其短，賄賂關節暴露無遺。案情很快就調查清楚了，共審實有四名同考官賣了關節，為李振鄴、張我樸、蔡元禧、項紹芳，科臣陸貽吉也作為中間人牽涉其中。
十月二十五日，順治皇帝逾旨下達：“貪贓壞法，屢有嚴諭禁飭，科場為取士大典，關係最重，況輦轂重地，係各省觀瞻，豈可恣意貪墨行私，所審受賄用賄過付種種實情，目無三尺，若不重加懲處，何以警戒來茲？”（《東華錄》）宣布對此案有關人員重加懲處：下令將李振鄴、張我樸、蔡元禧、陸貽吉、項紹芳及行賄有據之舉人田耜、鄔作霖（《丁酉北闈大獄記略》作賀鳴郊）俱著立斬，家產籍沒，父母、兄弟、妻子共一百零八人流徙關外的尚陽堡（今遼寧昌圖）；主考官曹本榮、宋之繩因失察之罪，本該流徙，但因為日夕陪侍皇帝的緣故，特恩姑免之，隻是各降五級調用。
此逾旨一下，朝野皆驚。科舉作弊曆代屢見不鮮，但從來沒有處罰如此之重者。清朝之前，科場案的次數發生得不多，對涉案人員的處理無非是革職、流放。清朝史學家趙翼曾說：“唐時之科場處分本輕，至五代時，雖有科場處分，不過降秩而已，宋初因之。”如宋真宗時，劉師道之弟劉幾道舉進士，暗托考官陳堯谘，於卷中為識號，遂擢第。已而事泄，帝詔幾道落籍，永不預舉；師道降忠武軍行軍司馬，堯谘降單州團練使。此為五代及宋科場處分之大概。唯王欽若知貢舉時，有任懿者，賄以白金二百五十兩，遂得中。後事泄，欽若反諉罪於同知舉官洪湛，湛遂遭貶斥。趙翼歎道：“納賄舞弊，僅至竄謫，科場之例，亦太弛縱矣！”（《廿二史劄記·卷二五》）
清朝立國後，恢複開科取士，科場積弊也沿襲下來。僅順治一朝而言，自順治二年（1645）乙酉清朝開科開始，幾乎每科都有舞弊案發生。乙酉為清朝第一次舉辦科舉，當年即發生一場大案，不過不是科場案，而是文字獄。河南鄉試中，錄內稱“皇叔父”（指多爾袞）為“王叔父”，主考歐陽蒸、呂雲藻均因此被革職，並交由刑部治罪。順治四年（1647）丁亥會試，同考官袁襜如擅改朱卷，被革職處分。順治十一年（1654）甲午鄉試，順天主考官範周、吳正治評閱試卷時，隻有姓名，全無次第，給諫宋牧民亦稱試錄程文種種乖謬，並奉旨交刑部。盡管各案均有處罰，但十分輕微，大概正因為如此，所以才人人不以為意，到後來公然買賣關節，肆無忌憚。而順治皇帝如此重視丁酉順天科場舞弊案，不但大開殺戒，還株連親屬，視同謀反大逆，實在是出乎所有人的意料。也正自順治皇帝開始，開了“科場作弊者死”之先例。
十月二十七日，李振鄴等人被迅速處死。之前找李振鄴通關節的尚有不少高官大臣，李振鄴一直忍住沒有揭發這些大臣，原是指望他們能出麵相救。但直到上了刑場，才知道求生無望，立即大聲呼叫怒罵，要揭發眾大臣賄賂請托之事。不料劊子手沒給他機會，手起刀落，終究含恨而死。
據《研堂見聞雜錄》記載，下場最慘的是陸貽吉，他是江蘇虞山人，崇禎十六年（1643）進士，為舉子居間通同事發後，立即被逮捕入獄。因為他任職吏科給事中，名為監察之官，卻作為中間人為舉人和同考官牽線搭橋，所以處刑格外重，被腰斬於西市，情狀至慘。陸貽吉的妻妾均有絕色美貌，一個兒子才四五歲，均受到牽連，被發配尚陽堡為奴。嬌妻少子，間關萬裏，匍匐道左，行人頗為同情，甚至有為之落淚者。
但此案還沒有就此了結，順治皇帝窮追到底，株連甚廣，受牽連者達一百多人，以致“朝署半空，囹圄幾滿”。
順治十五年（1658）正月十五元宵節之時，順治皇帝召集中試舉人（除去已經因通關節被定罪者）在太和門複試，題目由皇帝親定，每名考生身後均有一名滿兵監視，考生難免惴惴不安。順治皇帝為了安定人心，特意下諭說：“盡心構藝，不必畏懼。”並派專人為考生供給茶煙，照料甚周。兩日後放榜，取中米漢雯等一百八十二名，均準許參加當年會試。隻有八人因文理不通，被革去舉人。
四月，“三法司”會審順便終結北闈案，刑部議奏：“王樹德、陸慶曾、潘隱如、唐彥曦、沈始然、孫暘、張天植、張恂俱應立斬，妻子父母兄弟流徙尚陽堡；孫伯齡、鬱之章、李貴、陳經在、丘衡、趙瑞南、唐元迪、潘時升、盛樹鴻、徐文龍、查學詩俱應立斬，家產籍沒；張曼、孫蘭茁、鬱喬、李蘇霖、張繡虎俱應立絞；餘讚周應絞監候，秋後處決。”跟以往隻是罷官、革去功名比起來，這次處分得很重，案內人犯一律被判了死刑，所不同的隻是“立斬”“立絞”“絞監候”三種死法各有分別而已。
四月二十二日，已經被判處死刑的四十名案犯突然被提出大獄。按照慣例，朝廷若有斬決，鎮撫司開南角門，刑部備綁索、口銜（用以禁止犯人喊叫出聲），點劊子手，工部肅街道。案犯聽說鎮撫司已經打開了南角門，又聽說刑部已經準備了四十副繩索、四十枚口銜、四十名劊子手，無不魂飛天外。哪知道出了南角門後，案犯未被五花大綁，被押解去的地方也並非宣武門外菜市口的刑場，而是太和門。原來順治皇帝認為人命關天，擔心其中或有冤枉，決定再親自審訊一遍罪犯。皇帝親審非同小可，刑部、大理寺各方人馬無不到場，一幹刑具也應有盡有，擺在一旁，案犯中嚇得便溺齊出者大有人在。
在刑具的威逼下，王樹德等人均供認作弊事實。隻有張天植一人不肯屈服，自陳說：“孤蹤殊遇，臣男已蒙蔭，富貴自有，不必中試。況又能文，可以麵試。”（《清稗類鈔》）
張天植，字次先，號蘧林，浙江秀水（今浙江嘉興）人，順治六年（1649）進士第三名（探花）。據說他曾饋送南方權臣陳名夏白銀五百兩，得以薦官為翰林院編修，由此被卷入了南北黨爭。但他依附彈劾陳名夏的寧完我，得以免禍，官至禮部右侍郎。他後來是如何卷入丁酉順天科場案，名字竟然出現在李振鄴的關節名單上，具體情由不得而知。說起來確實很不合道理，他本已經是富貴等身的探花，為何還要再參加鄉試？但白紙黑字，有李振鄴親筆書寫的字條為憑，他無論如何辯解都脫不了幹係。也有傳聞說，張天植的倒黴與南北黨爭有關。種種迷霧，種種流言，一切都表明，丁酉順天科場案已經超乎了一般的科場案。
順治皇帝對張天植的態度很是惱火，下令用刑。校尉蝦（侍衛，滿語稱“蝦”）立即上前夾住張天植的一隻腳。但張天植仍然不肯承認，說：“恩賜死，無取辭。若欲屈招通關節，則必不承受。”順治皇帝聽了這句話後，“上回麵向內久之”，顯然內心大起波瀾，但其真實想法到底如何，卻是秘不可知。有傳聞說順治皇帝鍾愛的董鄂妃在這時候派人勸慰了天子。從時間上推斷，董鄂妃此時因操勞過度和喪子之痛，已經病倒在床，按理已經完全沒有心情來關注宮外之事。不論真實情況如何，許久後，順治皇帝終於派侍衛傳話給張天植說：“朝廷待汝特厚，汝前被論出，朝廷特召內升，何負於汝？平日做官，亦不甚貪猥，奈何自罹於辜？今俱從輕，各拿送法司。”雖然駁斥了張天植的話，但已經清楚下令要對所有案犯從寬處理，免除死刑，各自在長安街責打四十板後，流徙尚陽堡。
一幹犯人死裏逃生，轉瞬又被押到刑部在長安街臨時設下的公案，要當眾杖打。輪到五十多歲的老名士陸慶曾時，監視的刑部堂官見他白發蒼蒼，不禁起了憐憫之心，相顧惋惜嗟歎。刑部皂役剛剛惡狠狠地打了兩板子下去，陸慶曾已經是血跡斑斑，說不出話來。刑部侍郎杜立德便忍不住了，拍案而起，嗬斥道：“皇上以天恩特賜寬宥，你們卻欲置之死地，這不是有意辜負上意嗎？雖然是打四十大板，皇上的意思不過是示辱而已。如果我理解錯了，我自己一個人承擔。但你們不聽我的話，我現在就踢死你們。”皂役被嚇住了，下手輕了很多。於是，自陸慶曾起，後麵的案犯均少了不少皮肉之苦。
案犯中的孫暘被判流刑，其父母、兄弟、妻子也該流配尚陽堡。孫暘的親哥哥孫承恩在順治十一年（1654）以太學生參加順天府應試，居首薦，次年參加會試，中副榜。但孫暘遭殃時，孫承恩卻意外逃脫了牽連，而且參加了順治十五年（1658）的會試。順治皇帝在殿試閱卷中看到孫承恩的名字後，突然一時心血來潮，懷疑他與順天科場案中的孫暘是兄弟，於是派遣學士王熙前去詢問。孫承恩坦然承認自己是孫暘的親兄長，表示不能為避禍而欺君。順治皇帝很賞識他不欺君主的品德，不但免其連坐流徙之罪，還定他為一甲進士第一名（狀元）。
之後，順治皇帝還特意下了一道諭旨，警告說：“自今以後，凡考官士子，須當恪遵功令，痛改積習，持廉秉公。不得以此案偶從寬典，遂視常例，妄存幸免之心，如再有犯此等情罪者，必不姑宥。”
至此，轟動一時的丁酉順天科場舞弊案宣告結束。這件案子是清朝開國以來第一件科場大案，從案發到結案，前後有半年之久，處分之重，牽連之廣，足以震驚全國上下。但人們稍後才發現，與稍晚的江南案比起來，順天案不過是小巫見大巫，更驚人的一幕還在後頭。
江南人傑地靈，素來為人文薈萃之地，才子名士層出不窮。明末清初之際，如號稱“江左三大家”的錢謙益（娶秦淮名妓柳如是）、龔鼎孳（娶秦淮名妓顧眉）、吳偉業（字梅村，與秦淮名妓卞玉京有一段曠世情緣），複社公子侯方域（字朝宗，娶秦淮名妓李香君）、冒襄（字辟疆，娶秦淮名妓董小宛）、方以智、陳貞慧等，無一不是名動天下的名士。吳門詩人吳兆騫就出生在這樣一個文風熾盛的地方。
吳兆騫，字漢槎，號季子，江蘇吳江（今江蘇吳江）人。他少有雋才，成名很早，九歲時就寫出了數千字的《膽賦》，十歲時寫出《京都賦》，聲震文壇。才氣縱橫，又才名遠播，養成了吳兆騫高傲狂放、憤世嫉俗的性情。他小時候在私塾讀書，經常將同學的帽子拿來當溺器小便。當先生責問時，他竟然回答說：“與其放在俗人頭上，還不如拿來盛小便。”先生由此歎息道：“此子將來必以名大惹禍。”吳兆騫卻毫不以為然，非常自負地告訴好友汪鈍說：“江東無我，卿當獨秀。”非凡的自信和狂傲一覽無遺。正因為他自少年時期起，便“為人簡傲自負，不拘理法，不諧與俗”，因此鄉裏有不少人對他又嫉又恨。
吳兆騫曾隨父親宦遊楚地四年，後因張獻忠農民軍起義烽火所及，奉母回到故鄉。明朝滅亡後，吳兆騫歸隱鄉裏，與江南士大夫互相唱和。大名士吳偉業對少年吳兆騫非常賞識，二人曾一同遊曆。
順治六年（1649）吳地成立了“慎交”“同聲”二社，二社其實都是鬆江名士陳子龍所創建的畿社的分支。陳子龍抗清敗亡後，畿社社事削弱，分出了慎交、同聲二社。吳兆騫與兄長吳兆寬、吳兆宮加入了慎交社，他少年才俊，高談雄辯，聲望甚隆，被推舉主持慎交社。當時名滿江南的才子尤侗、計東、顧貞觀等人加入了慎交社，成為社中重要人物。尤其是吳兆騫與顧貞觀情投意合，二人結為生死之交。而後來吳兆騫罹難，顧貞觀所表現出來的友情足以驚天地、泣鬼神。告
［顧貞觀，字華峰，亦作華封，又字遠平，號梁汾，初名華文。江蘇無錫人，出自無錫之邑的名門望族。其曾祖顧憲成為晚明東林黨人的領袖。］
由於各守門戶，慎交、同聲二社勢同水火，積怨很深。順治十年（1653），吳偉業即將出仕清廷，北赴京師前，他受錢謙益委托，出麵調和社事。兩社人馬應吳偉業召集，在虎丘舉行大會。九郡之人才齊聚虎丘廣場，盛況空前。尤其是吳兆騫與吳偉業即席唱和，才華逼人，令吳偉業嗟歎不已，以為自己也不能及。一時間，吳下英俊都以結識吳兆騫為榮，時人將他和陳維崧、彭師度並稱為“江左三鳳”。吳偉業更是對賓客說：“江左三鳳凰，陽羨有陳生，雲間有彭郎，鬆林吳兆騫，才若雲錦翔。”
虎丘大會還算圓滿，就連歸莊這樣的人也都參加了（歸莊是複社重要成員，以性格孤傲怪僻著稱。時人將他和顧炎武並稱為“歸奇顧怪”），但是二社的裂痕依舊。尤其令吳偉業難堪的是，大會快要結束的時候，突然有一個少年投函給他，信上寫著一首詩：“千人石上坐千人，一半清朝一半明，寄語婁東吳學士，兩朝天子一朝臣。”極盡能事地嘲諷吳偉業即將出仕清廷。吳偉業看了信後，立即站了起來，但默然無語。
虎丘大會後，吳兆騫才名轟動一時，甚至傳入了京師，“諸前輩巨公，恨不識吳生也”。可惜命運無常，這位文采風流的江南才子竟然離奇地卷入了丁酉江南科場案，從此被拋進了苦難的深淵。
在各省鄉試中，順天闈為北方最重，江南闈則為南方最重，二省錄取舉人的名額也是高居前兩位。順天闈之所以排在第一，不過因為是“天子腳下”的首善之區，沾了京師和皇帝的光。而江南闈能排在第二，則全靠地域人文薈萃、貨真價實的本事了。江南多名士，江南闈也素來被認為是國家選拔人才最重要的所在，因而在選派考官方麵特別慎重。順治十四年（1657）丁酉科的主、副考官方猷、錢開宗，是順治皇帝千挑萬選出來的，並寄予厚望。二人臨行前，順治皇帝特意召見，要二人敬慎秉公，並警告說倘所行不正，決不輕恕。不過因為科場積弊已深，之前的處罰又輕微有限，加上漢官素來有欺負滿人不通翰墨之心，方猷、錢開宗二人跟順天闈的同考官李振鄴一樣，並沒有太將少年皇帝的話放在心上。
到了南京後，主、副考官方猷、錢開宗自以為天高皇帝遠，早就將順治皇帝的提醒忘到九霄雲外，大肆徇私舞弊。結果榜發後，取中者頗多富貴人家子弟，士論大嘩，憤憤不平者大有人在。有人寫文章怒罵，還有人寫詩嘲諷道：“孔方主試合錢神，題目先論富與貧。金陵自古稱金穴，白下於今中白丁。”不過，影響最大的還是南京書肆刊刻發行的《萬金記》一書，萬是方猷的“方”字去一點，金字則為錢開宗的“錢”字的一半，“萬金”二字即是影射方猷、錢開宗兩主考的姓。書中揭露了主考官受賄的情形，曆曆如繪，隻是隱去了當事人姓名。
另外還有一出名叫《鈞天樂》的雜劇，也是寫科場故事，分上、下兩本。上本寫文才出眾的沈子虛，應試落第，而不學無術的賈斯文等，卻因財勢而得中。主考名叫胡圖，是“糊塗”的諧音；三鼎甲名叫賈斯文、程不證、魏無知，諧音分別為“假斯文”“真不證”“鬼無知”。劇本中有一首《黃鶯兒》詞：“命意在題中，輕貧士，重富翁。詩雲子曰全無用，切磋欠工，往來要通，其斯之謂方能中，告諸公，方人子貢（孔子弟子，以善於營財著稱），原是貨殖家風。”淋漓盡致地揭發了主考官納賄作弊的行為。下本寫天界考試真才，沈子虛遂中狀元，並得夫妻團圓，表現了作者的幻想。此劇剛好寫成於江南闈發榜後，時人均疑影射科場，每每演出，“觀者如堵牆，靡不咋舌駭歎”，“吳中好事者傳為美談”（《鈞天樂·自記》）。
方猷、錢開宗二人離開江南回京師，路過常州和蘇州時，一路都有人隨舟唾罵，甚至投擲磚石，嚇得二人一路都躲在艙中。來時前呼後擁，無比風光；去時卻是藏頭縮尾，絲毫不敢拋頭露麵，可謂對比鮮明。
順天科場案發後，李振鄴等人被處極刑，並株連極廣，朝中北方籍大臣劉正宗自然不會放過“荼毒南士”的大好機會。經過一番周密的策劃後，順治十四年（1657）十一月二十五日，工科給事中陰應節（山西洪洞人）上疏參奏說：“江南主考方猷等弊竇多端，發榜後，士子憤其不公，哭文廟、毆簾官，物議沸騰。”為此，他還舉出了此事中乘機滋弊、冒濫賢書的典型：少詹事方拱乾的第五子方章鉞因與方猷聯宗而被取為舉人。
方章鉞出身海內著名世家桐城方氏。方氏號稱“江東華胄第一”，門中數代科第仕履繁盛，聲名顯赫。方章鉞本人也是江南有名的才子，以他的文章才華，不中舉才是咄咄怪事。但陰應節有意選中他為箭靶彈劾，其實是將目標對準了方章鉞的背後——其在朝為官的父親方拱乾（時任詹事）和兄長方玄成（後因避康熙名玄燁改名方孝標，時任內弘文院侍讀學士）、方亨鹹（時任監察禦史）、方膏茂等人。
方拱乾，初名策若，字肅之，號坦庵。他少年聰穎，七歲已經“能屬詩文”，二十歲時，詩文為世人稱許，與同鄉姚孫森等五人並稱為“六駿”。崇禎元年（1628）中進士，授官庶常。後以翰林身份任東宮（太子）講官。明朝滅亡後，方拱乾先是被攻入北京的李自成大順軍俘虜，受到酷刑折磨，後以行賄得免。清軍入山海關，李自成棄北京退往山西，方拱乾趁亂南歸。順治十一年（1654），因兩江總督馬國柱等人推薦，方拱乾被清廷起用，初為內翰林秘書院侍講學士，後升詹事府右少詹事，兼內翰林國史院侍讀學士。
清朝初年，桐城方氏享大名者，莫過於方拱乾父子。方拱乾有六個兒子，依次為玄成（順治六年進士）、亨鹹（順治四年進士）、育盛（順治十一年中舉）、膏茂（舉人出身）、章鉞、奕箴。他取名有一個原則，即所謂的“文頭武尾”——第一字以一點一橫起筆，第二字以斜鉤收尾。其時，方氏父子文名震動天下，長子方玄成更是順治皇帝極寵信的文學侍從之臣，深遭北方大臣忌恨。而方拱乾早前曾在“南太子案”中得罪過劉正宗，劉正宗恨之入骨，一直要找機會報複。
［南明弘光政權建立後，弘光帝朱由崧過著逐酒征歌、荒淫無恥的生活，同時，也生怕有人奪取他的皇位。清順治二年（1645）年初，南明鴻臚寺少卿高夢箕的奴仆穆虎從北方南下，途中遇到一位叫王之明的少年，結伴而行。晚上就寢時，穆虎發現少年內衣織有龍紋，驚問其身份，少年自稱是明皇太子。崇禎太子朱慈烺在李自成退出北京後，散失民間，久無消息。高夢箕雖然難辨真假，但卻有心投機，心想萬一這少年是真太子，那就是奇貨可居。於是，他不但不上報，反而急忙將王之明送往蘇州、杭州一帶隱匿。可是世事難料，這王之明經常招搖於眾，露出貴倨的樣子，引起人們的注意，背後竊竊私議。高夢箕懼怕惹禍上身，不得已密奏朝廷，弘光帝大驚失色，急忙派遣內官持禦劄宣召。清順治二年（1645）三月初一，少年來到南京，被交付錦衣衛馮可宗處看管。第二天，弘光帝麵諭群臣道：“有一稚子言是先帝東宮，若是真先帝之子即朕之子，當撫養優恤，不令失所。”遂令侯、伯、九卿、翰林、科、道等官同往審視。劉正宗當時在弘光朝任職，曾擔任東宮講官，熟悉太子模樣，一眼就看出是奸人假冒。同樣熟識太子的方拱乾也被召來辨認，但他出人意料地保持了沉默，由此引來謠言紛紛，對弘光帝不滿的人乘機興風作浪，散布流言蜚語，劉正宗的信譽也大受影響，由此深恨方拱乾。其實，方拱乾明知太子是假，他刻意沉默，不過是借以表示對弘光政權的不滿而已。］
順治皇帝當時正為順天科場案惱火，接到陰應節的奏疏後，赫然震怒。他立即召來方玄成詢問究竟。往昔順治皇帝對方玄成優渥眷顧，都是親切地稱呼他的號“樓岡”，從不直呼其名，還經常說“方學士麵冷，可做吏部尚書”，但此刻卻是翻臉無情，聲色俱厲。方玄成如實告訴皇帝說：他們方家出自安徽桐城，已曆數世，而江南主考方猷是浙江人，從未同宗，他弟弟方章鉞根本不在回避之列。事情顯而易見，陰應節是誣奏之詞。順治皇帝這才顏色稍緩，但又口氣嚴厲地告訴方玄成說：“此案既然要從嚴辦理，方章鉞亦不能例外。”方玄成深知伴君如伴虎的道理，何況天子正在氣頭上，因而除了附和外，別的話再不敢多說。
之後，順治皇帝暗中打聽江南闈的情況，結果宮中太監找來《萬金記》和《鈞天樂》的刊刻本。皇帝看過後，本來還對其中的情節半信半疑，但聽說《鈞天樂》是尤侗所寫後，立即轉變了態度。
尤侗，字展成，號西堂，江蘇長洲人。少時便有神童之譽。後加入吳兆騫主盟的慎交社，遍交江南名士。他的詩寫得情真性靈，且在文體上有極大的開拓性和創造性，被吳偉業稱為“騷壇盟主”。尤侗有一篇寫西廂《臨去秋波那一轉》的時文，深為順治皇帝賞識。順治皇帝多次向身邊人稱讚尤侗，說他是“真才子”，“極善作文字”，還將尤侗極富文彩的《討蚤檄》一文展示給翰林院學士們說：“此奇文也。”
在這樣的背景下，順治皇帝完全相信《鈞天樂》中所描述的科場弊端情形是事實。他因而下定了決心，一定要嚴辦，一道上諭頒行江南：“據奏南闈情弊多端，物議沸騰，方猶等經朕麵諭，尚敢如此，殊屬可惡。方猷、錢開宗並同考試官，俱著革職，並中試舉人方章鉞，刑部差員役速拿來京，嚴行詳審。本內所參事情及闈中一切弊竇，著郎廷佐（時任兩江總督，兩江即江南、江西兩省）速行嚴查明白，將人犯拿解刑部。方拱乾著明白回奏。”
方猷、錢開宗當時已經回到北京，立即被革職下獄，等待調查。同考官李上林、商顯仁、葉楚槐、錢文燦等人是來自浙江各縣的舉人以及進士出身的知縣，也同時被革職，結果相關縣地的衙門為之一空。兩江總督郎廷佐接到聖旨後自然不敢怠慢，聯同漕運總督亢得時，迅速展開了調查。又聽說京城同考官李振鄴等人已經掉了腦袋，更加惶恐不安，唯恐禍及己身。在這樣的前提下，郎廷佐能查到事實真相還好，查不到事實真相勢必要找出幾個替罪羊來。
詹事方拱乾無辜受此牽連，倒也沒有驚慌，因為他自己很清楚，陰應節的奏疏不過是憑白誣陷之詞，因此明白地聲辯說：“臣籍安徽，與主考方猷從未同宗，故臣子章鉞不在回避之例，有丁亥、己酉、甲午三科齒錄可據。”
方拱乾父子作為壯年新進的書生，不僅對黨爭的殘酷性知之不深，對當時的時局也沒有清醒的認識。清朝以異族入主中原，對漢人士族十分警惕。多爾袞執政時，對漢人大臣一向采取猜疑、壓製的態度。前麵提到的南北黨爭中南方大臣陳名夏、龔鼎孳與北方大臣馮銓爭鬥，多爾袞公然庇護名聲很壞的馮銓，就是因為馮銓是最早剃發留辮的漢人大臣之一，遠比陳名夏、龔鼎孳對清朝更為忠心耿耿。
不過，多爾袞死後，順治皇帝親政，立即一改多爾袞的政策，對籠絡依靠漢人大臣表現出異乎尋常的熱情。順治九年（1652）四月，順治皇帝在一道諭旨中宣布，為防止諸王大臣因循怠玩，允許滿漢官吏互相參劾對方的玩誤之處。次年六月二十七日，他又提出，內三院為機密重地，事務殷繁，應選舉賢能之人任職，並特別指明每院應設漢官大學士二員。到順治十一年（1654），十七名大學士中隻有兩名滿人，其餘都是漢人大臣，直接參與了製定政策、發布政令等國家大事的處理。順治皇帝還突破了漢人大臣不得掌印的陳規。順治十二年（1655）八月，都察院署承政事固山額真卓羅奉命出征，順治皇帝即命漢承政龔鼎孽掌管部院印信。之前，部院印務向來由滿人大臣掌管，正官公出時，則由次官代理，從未有漢人掌管印信，以致龔鼎孽接到任命後嚇得不輕，戰戰兢兢地上疏懇求撤去這一任命。但順治皇帝未予接受，堅持要龔鼎孽接管印信。
表麵看來，自順治皇帝掌權，漢官的地位顯著提高了，但這起初不過是少年皇帝刻意要表現得與他所痛恨的多爾袞不同，之後則是為了統治的需要。在年輕皇帝的骨子裏，對漢人大臣的戒備和警惕並未比多爾袞少。順治登上皇帝之位並不是必然，而是多方政治勢力複雜鬥爭和相互妥協的結果。他幼年即位後，都是其叔多爾袞在朝堂上發號施令。其母孝莊太後有男人般的雄才大略，為了避免兒子受到多爾袞猜忌，多次教育順治皇帝要韜光養晦，這樣環境下長大的皇帝，心理壓抑，脾氣暴躁，性好猜忌，後來掌權則任性得一發不可收拾。他喜歡漢人服飾，喜歡漢人文學，也大力提拔漢人文士，但這並不代表他就此信任漢人。
舉例而言，之前提到過，漢人高官陳名夏被殺的引子是順治皇帝喜歡明朝衣冠，被殺的原因是南方大臣黨爭失敗。這不過是表麵現象。當時，南方戰火紛紛，南明李定國正攻打廣東，沿海一帶的鄭成功也蠢蠢欲動，打算聯合南明抗清作戰。在這樣的局勢下，陳名夏看到順治皇帝喜歡明朝衣服後，隨口說了句“留頭發，複衣冠，天下即太平”，便立即勾起了順治皇帝深藏於心的警覺，殺機立現。實際上，陳名夏之死是順治皇帝猜疑漢人大臣的一次公然展露。而在漢人大臣中，因南方陷落較晚，尤其是清軍在江南遭到了激烈的抵抗，一手炮製了“揚州十日”“嘉定三屠”等諸多慘劇，深遭江南士民懷恨，因而較之北方大臣，朝廷對南方大臣更不放心。這就是為什麼在清初多次南北黨爭中，北方派屹立不倒、南方派多遭慘敗的根源。
江南闈案發時，南方尚不穩定，沿海鄭成功、張煌言等抗清勢力依舊活躍，而江南士子與他們有著盤根錯節、千絲萬縷的聯係。在這樣的背景下，無論順治皇帝之前是何等欣賞方拱乾、方玄成父子的文學才華，隻要有更大的利益可圖，一時的優遇瞬間就化作塵土。正因為如此，盡管方拱乾有憑有據作了辯白，但其子方章鉞還是立即被刑部逮捕，鎖鏈加身，從江南踏上了前往京師受審的路途。其實到了這個時候，人們應該已經可以看到，無論江南新進舉人是不是真的作弊，部分人的結局必將是悲慘的。江南曆來為財賦重區，“江南安，天下皆安；江南危，天下皆危”。尤其是清朝初年，天下甫定，皇帝需要嚴厲懲治、殺一儆百，一是警告那些敢與抗清勢力有關聯的江南人士；二是警示、馴服所有的漢族士子。剛好，北方大臣劉正宗發動的新一輪荼毒南方士子的黨爭完全遂了他的心願。
轉眼到了順治十五年（1658），先是正月十五日順治皇帝親自主持順天闈中舉考生複試，取中一百八十二名，隻有八人因文理不通被革去舉人。正月二十四日，順治皇帝最寵愛的皇四子病死，出生不足百日，連名字都還沒有來得及取。眼見愛妃董鄂妃悲痛欲絕，皇帝的目光一下呆滯了許多。
到了二月，朝廷大員陳之遴等人結交通賄大太監吳良輔（在協助順治皇帝肅清多爾袞親黨勢力的過程中起了重要作用）東窗事發。順治皇帝鑒於明朝太監擅權亡國的教訓，曾設立鐵牌，宣稱太監如有犯法幹政、竊權納賄、囑托內外衙門、交結滿漢官員、越分擅奏處事、上言官吏賢否者，即行淩遲處死，決不姑貸。陳之遴因此被立即革職，家產籍沒，與父母、兄弟、妻子一起被流放盛京，之後死在戍所。而吳良輔作為此案的核心人物，犯了太監幹政的大忌，不但受到順治皇帝庇護，沒有被淩遲處死，還恩寵不衰，繼續作威作福，後來更是作為心腹代替順治皇帝出家為僧。由此可見，南方大臣陳之遴的倒台不過是一場有計劃的陰謀，既有北方大臣劉正宗等人從中推波助瀾，也有順治皇帝本人的意願在其中。陳之遴走了，朝廷再沒有人能出麵為南方士子說話。
就在這個時候，掌河南道禦史上官鉝（崇禎十六年進士，山西翼城人。《清史稿》中記為上官鉉，實為誤作）奏參江南同考官舒城縣知縣龔勳出考場後曾被考生羞辱，事情可疑。又上奏說：“江南新榜舉人，嘖有煩言，應照京闈事例，請皇上欽定試期，親加覆試。”順治皇帝立即批準，打算複試江南舉人。但此時參加江南鄉試的舉子大多已經回鄉，於是各府縣出動人馬，到處拘索，擾攘四方，動靜極大，很是費了一番工夫。這些已經金榜題名的江南舉子，“師生牽連就逮，或就立械，或於數千裏外鋃鐺提鎖”，剛剛還誌得意滿，轉瞬天降橫禍，“家業化為灰塵，妻子流離”。
這批命運多舛的舉子中，就有之前提到的江南才子吳兆騫。他跟方章鉞一樣，參加了順治十四年丁酉科江南闈鄉試，並順利中舉。本來江南闈發榜後，滿城風雨，關於主考官通同作弊的謠言滿天飛，一些考生還趁機鬧事，但吳兆騫本人自負才高，兼之順利登榜，也沒有太把這些流言當回事。倒是他的好友尤侗憤憤不平，寫了一出《鈞天樂》的雜劇，影響極大，連遠在京城的順治皇帝都找來《鈞天樂》的刊刻本認認真真地讀了。後來方章鉞被刑部派員役逮往京師，吳兆騫一度憂心忡忡，但那也是出於對朋友的關切，完全沒有想到自己也會卷入其中。因而，當如狼似虎的官差來逮捕他時，雖是複試的名義，他卻不由得不惶惶然了。
由於順治皇帝要親自複試，江南舉人都要被押往京師，吳兆騫也在被押送北上之列。此時正是初春季節，草長鶯飛，尤其對從未到過北方的吳兆騫來說，是難得的經曆。可惜，在刀棍之下，前途未卜，再美的風景也無心欣賞。半路上，他寫了一首詩：“自許文章堪報主，哪知羅網已摧肝。冤如精衛悲難盡，哀比啼鵑血未幹。”語調委屈淒楚，悵恨報主無門。正是因為這首詩，吳兆騫的人格後來受到了懷疑。
江南舉子達到京師時，兩江總督郎廷佐的調查結果也出來了，一共舉報了八名舉子“顯有情弊”，其中包括方章鉞在內，不過並沒有吳兆騫。順治皇帝立即下命逮捕這八人。但有個名叫程度淵（出自著名的安徽徽州歙縣槐塘程氏，程氏既是當地望族，也是富甲一方的鹽商）的舉子，大概是確實有作弊事實，情知不妙，已經搶先逃走。
三月，順治皇帝照順天闈的例子，親自複試了江南舉人。這次地點不是太和門，而是瀛台，順治皇帝親出的考題就叫《瀛台賦》。瀛台位於西苑中海之中，明朝時稱南台，清朝順治時因其三麵臨水，如海中仙島，改稱瀛台。此處波光蕩漾，垂柳依依，風光迷人。然而，參加複試的舉子卻一個個失魂落魄、戰戰兢兢。也難怪如此，複試的環境極好，複試的氛圍卻極度壓抑。清人李延年在《鶴微錄》中描述說：“試官羅列偵視，堂下列武士，鋃鐺而外，黃銅之夾棍，腰市之刀，悉森布焉。”而每名舉子身邊還各有兩名護軍監視，持刀相向，如臨大敵。這哪裏是複試的樣子，分明是要興師問罪，是以與試的舉人無不嚇得“栗栗危懼”。
瀛台複試結果，武進舉人吳鳴珂成績優異，被取為第一名（解元），準予參加當年的會試；汪溥勳等七十四人通過考試，仍準做舉人，但不得參與本科會試；史繼佚等二十四名，也算通過考試，準做舉人，但“罰停會試兩科”，要到六年以後才能再次參加會試；方域等十四人因文理不通被革去舉人功名。本來詩名已經傳遍京城的吳兆騫則再次聲震京師，這次不是因為他的才華，而是因為他竟然在瀛台複試中交了一張白卷。
關於驚才絕豔的江南名士吳兆騫為何會交白卷，時人說法頗多。有人說吳兆騫恃才傲物，不滿朝廷所為，不願意在刀棍威逼下為文，故意如此。還有人說吳兆騫並沒有那份傲骨，他其實是真的被嚇到了，所謂“書生膽小當前破”，刀槍環顧下，驚魂不定，“戰栗不能握筆”。但無論如何，一張白卷令吳兆騫被認定當初鄉試時有請托作弊的嫌疑，迅即“享受”到與方章鉞等八名被舉報有作弊行為的舉子同等待遇，被逮捕下獄，交給刑部審訊。
江南舉人複試告一段落後，順治皇帝於四月了結了順天科場案，將四十名已經判了死刑的案犯改為流徙尚陽堡。傳說順治皇帝此舉有為重病中的愛妃董鄂氏祈福的意思。
關於董鄂妃的身世來曆，有許多說法：有人說她就是秦淮名妓董小宛，被擄進宮，為掩人耳目，冒稱為董鄂氏。而其夫江南名士冒襄為免殺身之禍，不得不詭稱董小宛已經病死；也有人說她本是旗人，為順治皇帝之弟襄親王博穆博果爾的福晉。
不論真實情況如何，姿容絕代的董鄂氏自入宮後便寵冠後宮，順治皇帝的五位蒙古後妃全部失寵，這當然引起了孝莊太後的警惕。孝莊太後出身蒙古王族，滿蒙聯姻素來是朝廷加強與蒙古關係的關鍵紐帶，順治皇帝的第一位皇後便是政治聯盟的產物，為孝莊太後的親侄女（蒙古科爾沁卓禮克圖親王吳克善女）。但結婚僅兩年，順治皇帝便不顧母親麵子上難堪，以夫妻二人誌意不協調為由，堅持將皇後降為靜妃，改居側宮。此諭旨下後，北方大臣核心人物馮銓和南方大臣首腦陳名夏難得地采取了相同的口徑，相繼上疏，表示皇後“母儀天下”，關係甚重，不能輕易廢黜，懇請順治皇帝深思詳慮，慎重行動。他們還舉例說：漢光武帝、宋仁宗、明宣宗雖然都是賢主，但均因廢掉皇後而受到批評。結果，順治皇帝接到奏疏後勃然大怒，聲言自己此舉是廢掉無能之人，嚴厲斥責上疏大臣不關心國家政務，反在無益之處沽名釣譽，“甚屬不合”。盡管有孝莊太後和蒙古王族的支持，諸大臣還是未能說服順治皇帝，他的任性、偏激、妄為由此可見一斑。
順治皇帝是清軍入關後第一位統治中原的皇帝，他幼年即位，受到母親孝莊太後的嚴格管教，而朝政大權長期為其叔攝政王多爾袞把持。順治皇帝成了擺設不說，還不得不有意縱情於嬉戲遊樂，以為韜晦之計，避免受到多爾袞的猜忌。在這樣險惡的政治環境下長大的順治皇帝，心理極為扭曲壓抑。多爾袞病死後，他終於取得了大權，立即表現出暴躁刻薄的性格，開始恣意妄為，完全憑自己的意誌決定許多事情，全然不為大臣的意見所左右。
如同其他八旗親貴一樣，順治皇帝自小形成了縱情聲色的惡習，好色淫縱，即使在結婚之後，“人們仍聽得到他在道德方麵的過失”（傳教士湯若望）。不過，自遇到董鄂氏後，順治皇帝突然起了驚人的變化，惡劣脾性大為收斂。他仰慕漢族文化，而五位蒙古後妃均目不識丁，彼此自然沒有什麼共同語言。董鄂氏卻“不用金玉，誦‘四書’及《易》”，又精通書法，與順治皇帝誌趣相投。順治十三年（1656）八月二十五日，順治皇帝力排眾議，冊封新入宮的董鄂氏為賢妃。當年九月二十八日，即晉為皇貴妃。才一個月的工夫，董鄂氏便由妃子升為地位僅次於皇後的皇貴妃，升遷速度之快，史所罕見。不僅如此，當年十二月初六，順治皇帝還特意為董鄂氏舉行了隆重的冊妃典禮，並下詔大赦天下。終清一朝，這是唯一一次因冊立皇貴妃而大赦天下的例子。
董鄂妃溫婉賢淑，對政治並無興趣，但由於皇帝對她的寵愛，她的一舉一動給清初政局帶來了巨大的影響。尤其是當她生下皇四子後，順治皇帝更將她們母子捧到了天上，並一心要立皇四子為太子。倘若真是如此，董鄂妃之子將來為皇帝，董鄂妃將來就是皇太後，勢必對滿蒙貴族間的政治關係構成威脅。孝莊太後從長遠的利益著想，決意置董鄂妃於死地，但以她的老謀深算，自然不會明目張膽地下手。她有意在董鄂妃剛剛生產之時，宣稱“聖體違和”，養屙於南海子，並要後妃們隨身伺候。董鄂妃不敢悖旨，被迫拖著極度虛弱的身子前往南海子，沒日沒夜地侍奉太後的寢食，經過一番折騰，健康狀況急劇下降，很快就“形銷骨立”。不久，董鄂妃的兒子早殤，不少野史記載說這名尚不足百日的皇子是被毒死的。皇四子之死對董鄂妃的打擊是致命的，她很快就倒下了，從此纏綿於病榻。
正因為董鄂妃的病情以及後宮複雜的矛盾，導致順治皇帝在順天科場案結案後沒有立即追究江南科場案。皇帝沒有心情，刑部自然也沒有太當回事，有意遷延觀望。
關於江南闈科場案的相關案犯，主、副考官方猷、錢開宗自然脫不了幹係。尤其是二人在離開京師前，順治皇帝親自召見叮囑，還出了這樣滿城風雨的事，死刑肯定是避免不了的。另外包括方章鉞在內的七名舉人（程度淵在逃），有兩江總督郎廷佐的調查報告，當然也是難逃處罰。剩下比較難辦的是吳兆騫，他被逮捕下獄是因為在瀛台複試時交了白卷，按理該與另外十四名文理不通的考生一樣，革去舉人功名完事，不必再單獨立案審訊。然而他當場交了白卷，大大激怒了更年輕也更氣盛的順治皇帝，要深究之前南京鄉試時有沒有通弊嫌疑。問題是吳兆騫是名滿天下的才子，任誰都不會懷疑他會靠作弊中舉。最初，人人都以為吳兆騫最多不過被除名，最後還是會被無罪釋放，但偏偏有好事之徒在這個時候踩了他一腳。
之前曾經提到過江南有慎交社和同聲社門戶恩怨之爭，主持慎交社的吳兆騫曾與同聲社重要成員王長發有隙，王長發見吳兆騫被逮，趁機落井下石，挾嫌誣告。這就是後來吳兆騫父吳晉錫所說的“不意仇人一紙謗書，遂使天下才人，忽罹奇禍，投荒萬裏，骨肉分離”（《歸來草堂尺牘》），以及吳兆騫子吳桭臣所稱的“詎知變起蕭牆，以風影之談，橫被誣陷，致使家門傾覆，顛沛流離”（《寧古塔紀略》）。當時得寵的北方大臣劉正宗“與慎交水火”（《清詩紀事》），也趁機在其中興風作浪。不過，盡管有王長發的告狀，有劉正宗的暗中支持，刑部審到最後，結論還是“審無情弊”，於是將吳兆騫與之前被告有通弊的七名舉人關在一起，打算最後革除功名了事。
順治十五年（1658）十一月，距離江南鄉試作弊案案發一年後，刑部將審實的結果上報順治皇帝，奏請將正主考官方猷斬首，副主考官錢開宗處以絞刑，同考官葉楚槐等人流配尚陽堡，被告八名舉人並吳兆騫革去舉人功名。處置結果是比照之前的順天闈科場案。
不料，在順天闈案中還網開一麵的順治皇帝看到結果後大發雷霆，不但下旨將主考官和副主考官立即正法，而且將該場鄉試所有同考官共十八人（其中盧鑄鼎已死）均處絞刑，妻子家產抄沒入官。已經死去的同考官盧鑄鼎也沒有放過，其妻子家產也籍沒入官。同時將方章鉞、吳兆騫等八人革去舉人，責打四十大板後，流徙寧古塔，不但家產俱籍沒，父母、兄弟、妻子也令流徙寧古塔。
對於在逃的舉人程度淵，順治皇帝也不能容忍有漏網之魚，責成兩江總督郎廷佐和漕運總督亢得時盡快抓捕程度淵，倘若抓不到，郎廷佐和亢得時二人就有受賄作弊、有意買放的嫌疑，必須受罰。此諭一下，郎廷佐、亢得時後悔不該報上在逃的程度淵之名，但事已至此，隻得出動兵馬，全力緝捕了。程度淵後來被抓獲，也一樣被流放。
順治皇帝突然一反常態，如此苛刻嚴厲，這其中自然有深刻的背景。其時，抗清勢力鄭成功在廈門大練水軍，活動頻繁，隱隱有北上之意。而江南不少反清誌士聞風而動，大有裏應外合之勢。這還隻是外憂。其內，紅顏知己董鄂妃一病不起，盡管順治皇帝多方撫慰，承諾一旦董鄂妃再生一子，一定立其為太子，但董鄂妃的病情還是一日一日地沉重。而最令順治皇帝煩躁的還是宮中四處充滿了幸災樂禍且不懷好意的目光，包括他的母親孝莊太後在內。在內外交困的處境下，內心虛弱的順治皇帝決意大開殺戒，拿江南科考案來立威。不僅相關案犯受到了嚴厲處罰，刑部尚書圖海、白元謙，侍郎吳喇禪、杜立德等人也被順治皇帝遷怒，被認為審理江南科考案玩忽職守，冠以“讞獄疏忽”的罪名，予以革職或降級的處分。
至此，這樁轟動一時江南科場案，在涉及南北黨爭、江南社事之爭、清廷有意打壓江南士子兼之宮廷內部爭鬥的複雜背景下，最終以許多人的家破人亡落下了帷幕。
但丁酉科場案還沒有就此結束，南北闈科場案案發後，彈劾考官成了時髦之舉。刑科給事中朱紹鳳彈劾河南正、副主考黃鉍、丁澎用墨筆填改考生筆跡，違反了考場規定。禮部也發現山東同考官袁英等人違反成例而提出糾舉，另有舉報陝西考官唐賡堯批改試卷時也有違法行為。對這些官員，順治皇帝隻是給以了革職的處理，沒有牽連其家屬，更足以說明其在江南科場案中大舉屠刀，是刻意針對江南士子。
順治十六年（1659）閏三月初三，吳兆騫、方章鉞以及方章鉞的父親方拱乾、兄長方玄成等一幹人被同時押送起行，踏上了前往流放地寧古塔的艱難曆程。
寧古塔比之前順天科場案案犯的流放地尚陽堡更遠。尚陽堡在今遼寧開原縣東四十裏，滿語稱為台尼堪（“尼堪”是滿人對漢人的稱謂）。寧古塔在今黑龍江寧安縣內，清初其地尚未開化，行人皆視為畏途。罪犯徙居尚陽堡，猶有屋宇可居，至者尚得活命。而徙居寧古塔的罪犯，有的走至半路即被虎狼所食，或被野人所吃，得生者甚少。當時，隻有謀逆大罪中的相關人犯才流徙寧古塔。可以說，被判流放寧古塔，就相當於被判了死刑。正因為如此，江南士林魁首吳偉業聽說吳兆騫被流放寧古塔後，自知再無相見之日，寫下了一首堪稱絕唱的《悲歌贈吳季子》：
人生千裏與萬裏，黯然銷魂別而已。君獨何為至於此？山非山兮水非水，生非生兮死非死。十三學經並學史，生在江南長紈綺。詞賦翩翩眾莫比，白璧青蠅見排抵。一朝束縛去，上書難自理，絕塞千山斷行李。送吏淚不止，流人複何倚？彼尚愁不歸，我行定已矣！八月龍沙雪花起，橐駝垂腰馬沒耳。白骨皚皚經戰壘，黑河無船渡者幾？前憂猛虎後蒼兕，土穴偷生若螻蟻。大魚如山不見尾，張鬐為風沫為雨。日月倒行入海底，白晝相逢半人鬼。噫嘻乎，悲哉！生男聰明慎莫喜，倉頡夜哭良有似。受患隻從讀書始，君不見吳季子。
吳季子即吳兆騫。吳偉業為人謹小慎微，一向很少出言過激，但此詩不但對吳兆騫寄予了深切的同情，還飽含悲憤之情，寓意極深——可以說，吳偉業已經看清了清廷大興科場案的真正用意。
按照順治皇帝的諭旨，吳兆騫的父母、兄弟、妻子都該受到牽連，被一同流放。但朝中尚有不少人同情吳兆騫的遭遇，設法為他開脫，因而他的父母和兩個哥哥都得以留在關內，其妻葛采真也被允許暫緩出關。這也算不幸中的大幸了。而方章鉞一家數十口人（方章鉞出塞時，幼弟方奕箴因年少免於出塞，三哥方育盛與四哥方膏茂是於次年夏始抵寧古塔）均受到牽連，一同被流放。
吳兆騫因“審無情弊”遭此大罪，可謂“前無古人，後無來者”。平白遭此大禍的他心情奇差，這可以從他《出關》一詩中窺見一斑：
邊樓回首削嶙峋，篳篥喧喧驛騎塵。
敢望餘生還故國，獨憐多難累衰親。
雲陰不散黃龍雪，柳色初開紫塞春。
薑女石前頻駐馬，傍關猶是漢家人。
［清軍入關後，對它的“龍興之地”遼東地區（今東北）實行了特殊的保護政策——“封禁”，即以山海關為限，嚴禁關內人出關進入遼東。這種“封禁”政策大約持續了兩百年左右。但自清廷定鼎於北京後，大部分丁壯人口都跟隨八旗官兵移駐京師，造成了關外地區人煙稀少，土地大量荒蕪，因而被流配到關外的人生活都十分艱苦。］
一行人三月出發，當年七月十一日才抵達極北苦寒之地寧古塔。有種說法，此地即為昔日宋徽宗、宋欽宗被囚禁的五國城。這裏沒有房屋廬舍，當地人都是掘地為屋居住。且天氣極為嚴寒，寒風如刀，一直要到五月，地麵才解凍可鋤，須立即種下蔬菜，六七月便要采食，不然一到白露即枯，到寒露時節，根都要爛腐。
剛到寧古塔之時，吳兆騫身無分文，生活異常艱辛。他經常獨坐柴門，用斧子敲擊冰塊，然後用冰水煮稗子而食。幸好得到獄友方拱乾的關照，“解衣推食，得免饑寒”。吳兆騫由此與方拱乾父子成為患難之交，經常“商榷圖史，酬唱詩歌”，“談詩論史，每至夜分”。這些所謂的流人寫下了大量詩歌，成為黑龍江地區最早的詩集之一。
就在吳兆騫、方章鉞被押往寧古塔之時，南方時局發生了重大變化。順治十六年（1659）六月，鄭成功稱招討大元帥，率十七萬水路大軍在崇明島登陸，開始北伐。一路上清兵不堪一擊，望風瓦解。在內地反清誌士的引導和幫助下，鄭成功軍很快攻破瓜州，並攻克了長江的重要門戶鎮江及其所屬諸縣。六月二十六日，鄭成功部前鋒已至南京。七月十二日，鄭成功親自率領十餘萬大軍，連營八十三處，將南京團團圍困。
消息傳到北京，順治皇帝嚇得六神無主，打算退位逃回關外，外厲內荏的本性暴露無遺。被母親孝莊太後指著鼻子一番痛罵後，歇斯底裏的順治皇帝一怒之下拔劍砍碎禦座，下令要禦駕親征。孝莊太後急忙派眾大臣諫阻，順治皇帝這才沒有再鬧。
十分可惜的是，鄭成功圍住南京後，自以為破城隻在旦夕，沒有積極進取，而是釋戈開宴，縱情娛樂，致使戰機延誤，戰事拖延了一個月之久。而困守南京的兩江總督郎廷佐假意向鄭成功表示要投降，暗中卻積極備戰。七月二十三日，鄭軍將士上下張樂歌舞，飲酒卸甲，為鄭成功慶祝生日。郎廷佐趁機派軍出擊，大敗鄭軍。鄭軍潰退，鄭成功立腳不穩，倉促退出長江，返回廈門。
鄭成功敗出江南後，江南士民再一次受到清廷的荼毒。清廷出動人馬，在揚州、鎮江、蘇州、紹興等地大肆逮捕曾經擁護和支持鄭成功的人，數千人受到了牽連。這就是清初曆史上著名的“通海案”。被逮捕的江南士紳，情節嚴重的被斬首，如蘇鬆常鎮提督馬進寶曾多次與鄭成功私通信息，被處死。又如浙江慈溪儒士魏耕在鄭成功退出江南、張煌言孤軍無援而陷入倉皇失措時，親到張煌言軍中勸其再接再厲、不要氣餒，也被清廷殺害。情節輕的，也都被發配寧古塔為流人。
可歎的是，正是這些流人一手創建的“流人文化”代表了清朝的關東文化。寧古塔是清廷入關前後黑龍江一帶的政治和經濟中心，但文化貧乏落後，到順治十二年（1655）時，此地依然漢人稀少，也很少能看到書籍。後來大量發配漢人到此為奴，流人帶來了大量書籍和中原文化，一度沉寂而荒涼的寧古塔變得活躍起來。在流人中，文學成就最高的公推吳兆騫。他的《秋笳集》《歸來草堂尺牘》等，在流人文化中占有主要地位。
流人還留下了大量珍貴文獻。吳兆騫到寧古塔不久，便與方拱乾聯袂同遊“東京城”（渤海國上京龍泉府遺址）。吳兆騫曾寫《天東小紀》一文，方拱乾則寫有《遊東京舊址》等詩，記述寧古塔風物、古跡以及所聞所見，成為寶貴的史料。方拱乾後來根據其在寧古塔的見聞，寫成《寧古塔誌》（又名《絕域紀略》）一書。其中分流傳、天時、土地、宮室、樹畜、風俗、飲食等部分，是黑龍江第一部風物誌。
順治十七年（1660）八月十九日，正值清朝在江南大興“海獄”之時，董鄂妃病死。順治皇帝痛不欲生，開始沉迷於釋道。當年九月，他請僧人茆溪森為其淨發，決心披緇山林。孝莊太後屢勸不止，以燒死茆溪森為威脅，才迫使順治皇帝打消了出家的念頭。一場鬧劇就此收場。但順治皇帝出家之心依然不死，又改派親信太監吳良輔代替自己出家。三個月後，順治十八年（1661）正月初七，順治皇帝因染上天花病死於養心殿。因事出突然，民間多懷疑皇帝並沒有死，而是去五台山出家了。時年八歲的皇三子玄燁即位，是為康熙皇帝，並頒詔大赦天下。大赦令下後，被流放的鹽商之子程度淵由於在京師認捐鍾鼓樓，獲準返回了江南。方拱乾也設法籌集了一筆錢，認修京師前門城樓工程，於是一家人就此贖歸赦還。
［不過，方家人的悲慘命運並沒有就此結束，繼方拱乾舉家流放後，其孫與曾孫兩代又因文字獄之禍再次被流放寧古塔。方氏赦歸後，方拱乾長子方玄成曾到雲南、貴州遊曆，剛好遇到吳三桂反清，因拒絕接受吳三桂所授官職，被黔撫曹申吉拘留。方玄成假裝癲狂發瘋，才找機會逃掉。返回江南後，追記在滇黔所見所聞，撰成《滇黔紀聞》一書，內記南明諸多史事。後來方玄成同鄉——著名學者戴名世著《南山集》一書，書中關於南明永曆朝事多引自《滇黔紀聞》。康熙五十年（1711），左都禦史趙申喬彈劾翰林院編修戴名世妄竊文名，恃才放蕩，私刻文集，肆口遊談，倒置是非，語多狂悖。康熙皇帝下令有司嚴察審明，結果發現《南山集》中用了南明年號，清廷由此大興文字獄。戴名世被斬首；方玄成當時已死，也被開棺戮屍，方孝標之子方登峰並其妻、子方式濟一起發配卜奎（今黑龍江齊齊哈爾）；為《南山集》作序的方苞等人免予治罪，入旗；出錢刊刻《南山集》的龍雲鍔、方正玉也被流放。方式濟著《龍沙紀略》一書，後被收入《四庫全書》，是《方輿書》中很有名的一本著作。方式濟的兒子方觀承每年都徒步出關探望父親、祖父，因此而親曆山川險要，飽閱人情世故，後來竟然因為閱曆官至直隸總督，成為乾隆一朝不經科第、不由軍功而官至封疆大吏的極少數漢人之一。］
方家人走後，吳兆騫的生活更加孤苦艱難。他感慨自己的身世，寫下“寄羈臣之幽憤，寫逐客之飄零”之句，由此更加思念江南的故鄉，殊不知江南已經今非昔比，物是人非。鼇拜等顧命大臣崇尚武治，對江南士民的態度較之順治皇帝更為激烈。
先是順治十八年（1661）春，莊廷鑨私著明史案發。莊廷鑨，浙江烏程（今湖州）南潯鎮人，出身一個巨富而知書的家庭。入清以後，莊廷鑨趁明天啟朝大學士朱國楨一門敗落之際，以銀千兩將朱國楨生前所撰明史稿本購得，並廣聘名士，增補天啟、崇禎兩朝史事，輯成《明史輯略》，未及刻印，莊廷鑨就於順治十二年病故。其父莊允城費時五年，於順治十七年冬將書刻成，刊行於世。由於書中有詆毀貶斥清朝的文字，如稱清太祖為建州都督，直呼努爾哈赤；再如自天命至崇德皆不書其年號，相反，於南明隆武、永曆則大書特書等，因而書刊行後，不斷有好事之徒前來恐嚇，借以勒索錢財。當時歸安縣知縣吳之榮罷官居家，欲通過索詐而償還八萬兩贓款以複官。事情不成後，他便指使前任浙江糧道李廷樞向湖州知府陳永命告發此事。不料，陳永命早已接受了莊允城數千金的賄賂，拒不審理。吳之榮惱羞成怒下，將購得的初刊本呈交法司。清廷得悉消息後，遂興大獄。凡刊刻、參校、藏書、售書者，以及失職之官吏，均株連治罪。此案牽連極廣，直至康熙二年（1663）才最後了結。