無論馬新貽被刺案有何重大背景來曆，案發後的審訊調查過程和結局卻充分彰顯了中央皇權日益衰弱、政令不及地方的無可奈何。從始至終，刺馬案的本質不過是清朝中央集權和地方軍事集團的較量，而最後還是以清廷的公開退讓而告終。
19世紀中葉，清王朝政治腐敗，社會動蕩，國力日益衰敗。就在此時，鴉片戰爭一聲炮響，驚破了清王朝妄自尊大的天朝迷夢。中華民族遭遇“千年未有之大變局”，內有民變紛起之憂，外有列強瓜分之患。風雨飄搖中，就此掀開了近代中國沒落的序幕。
兩江總督馬新貽遇刺事件就發生在大清帝國統治搖搖欲墜的時候，號稱“開清朝二百年未有之奇”。馬新貽本人也由此成為終清一朝身後是非最多、真實麵目最為模糊的封疆大吏。
清同治九年（1870）七月二十五日（舊曆，以下同）的清晨，天剛蒙蒙亮，東南第一大城江寧城籠罩在一片白茫茫的霧氣中，平日玉帶一般光亮的秦淮河也完全被氤氳遮蓋住了秀麗婀娜的身影，無法觀賞到昔日的風姿。
江寧就是六朝古都金陵，又稱南京（今江蘇南京）。這座曆史悠久的古城，有過金粉繁華的盛況，也有過遍地瘡痍的淒涼。“倚檻春愁玉樹飄，空江鐵鎖野煙銷。興懷何限蘭亭感，流水青山送六朝。”（龔鼎孳《上巳將過金陵》）人間的幹戈起伏，王朝的興亡更替，在這片土地上反反複複地上演了兩千年。可以說，在中國，沒有任何一座城市能像江寧那樣折射出曆史的盛衰滄桑。“英雄一去豪華盡，唯有青山似洛中”。今日的江寧，除了山川地形與六朝時依然相似外，其餘的一切都大不一樣了。江山不改，世事多變，不能不令人慨歎萬千。
自太平天國起義平定後，江寧還得了個新的稱號，叫作“湘半城”，意為城中有一半人都是原湘軍係統的人。湘軍為湖南人曾國藩所創。鹹豐初年，太平天國席卷了半個中國，太平軍攻下重鎮江寧，並改名天京，定都於此，正式與清朝對抗。被清朝寄予厚望的正規軍八旗、綠營兵腐化已久，對抗太平軍毫無還手之力，幾乎一觸即潰。眼見大廈將傾，清朝不得不尋求新的武裝力量，不斷頒發獎勵團練的命令。此時，曾國藩正因母親江氏去世回到家鄉湖南湘鄉（今湖南雙峰）奔喪，情緒十分低落。當他聽說朝廷獎勵興辦地方武裝後，感到機會來臨了，便迅速行動起來，在極短的時間內興辦起了一支地方團練。
曾國藩創辦團練提出的口號是：“重在團，不重在練。”這支武裝力量有一部分是基於曾國藩的個人關係網——家族、親屬、師生、好友，等等，不過更多的來源還是他的湖南同鄉。譬如，與曾國藩家距離不到十裏的荷葉葛葆吾、葛蒞吾（後娶曾國藩弟曾國潢女）兄弟即欣然響應曾國藩的號召，加入團練中。永豐蔡壽崧以經營“永豐辣醬”出名，是當地有名的富戶，也棄商從戎，到團練當了一名下級軍官。蔡壽崧與葛葆吾後來結成了兒女親家，其孫輩中更是出了兩個非常有名的人物，即大名鼎鼎的蔡和森和蔡暢。
正因為曾國藩臨時創建的這支團練絕大多數是湖南人，因而被時人稱為“湘軍”，又稱“湘勇”。湘軍之創辦，意義深遠——不但令曾國藩本人以地方精英的特殊形式進入了上層政權，還由此引發了國家政權結構的變化，改變了清朝自立國以來滿人主政的統治格局，並開近代軍閥割據的先例，被視為“傳統國家的崩潰”與“中國近代史的開始”。
尤其不可思議的是，湘軍這支靠劫掠財物和封官賞爵的辦法來鼓舞士氣的凶悍軍隊，竟然逐漸成長為與太平天國作戰的軍事主力。伴隨著軍功和戰績的增長，湘軍的各方勢力也快速彌漫，一時間竟能權傾朝野，成為當時中國政治和軍事舞台的絕對主角。清廷既要依靠它，卻又猜忌它，如同插在背上的一根芒刺。
不過，當曾國藩九弟曾國荃攻下天京、太平天國正式宣告失敗後，湘軍就失去了利用價值。此時的湘軍，軍紀敗壞，不僅經常發生嘩變事件，而且成為地方公害，“將帥使東南數千裏民之肝腦塗地，而諸將之黃金填庫；民之妻孥亡散，而諸將之美女盈門”（見曾國藩好友王柏心所著《百柱堂全集》），招來朝野上下一致的不滿。老謀深算的曾國藩眼見湘軍成為眾矢之的，又知道朝廷素來猜忌自己手握重兵，便以“湘軍作戰年久，暮氣已深”為由，主動請旨裁減湘軍。這一招極大地緩解了清廷對曾國藩本人的猜忌，但並未從根本上解決問題——大批湘軍將領早已經進入地方實權機構任職，即使是被裁撤的湘軍，也大多是就地安家。湘軍的名號雖然不在了，可人還在，氣勢還在，實力還在。江寧還是叫“湘半城”，依舊是湘軍的江寧。住在“湘半城”中的大小官員，除了湘軍一係的“自己人”，大概沒有一個人能睡個安穩覺，這其中甚至也包括位高權重的兩江總督馬新貽。
故事就從七月二十五日這一天開始了。
每個月的二十五日，都是兩江總督馬新貽親臨校場閱射的日子，按官方的說法，叫作“校閱武牟月課”。被閱射的四營兵，共兩千人，是同治八年（1869）馬新貽親自從江南全省額兵中挑選出來的精銳。
自這四營新兵成立，兩江總督馬新貽每月二十五日閱射，就成了江寧的慣例。而兩江總督府（官方稱呼是“督署”）尚在修建當中，所以兩江總督的行轅就暫時設在位於府西街的江寧府衙門（今南京內橋南、中華路北段西）。
自明朝建國以來，府西街就是江寧府衙所在地，作為南京的中樞已經有長達五百年的曆史，光陰蹉跎中有過不少叱吒風雲的歲月。太平天國建都南京時，這裏還先後住過大名鼎鼎的豫王胡以晃和忠王李秀成。李秀成是太平天國後期政治軍事核心人物，獨立支撐太平天國殘局達七八年之久，但其人性好奢侈，他在蘇州的王府，連李鴻章也為之驚歎“瓊樓玉宇，曲欄洞房，真如神仙窟宅”。進駐府西街後，李秀成對江寧府衙進行了大肆擴建，“牆高矗天，袤延數百步”，府後的花園布滿了太湖石山。英國人富禮賜在《天京遊記》中曾描述李秀成的忠王府，說“全府氣象如一間中國大衙門”。後來湘軍攻陷南京，府衙堂舍全部被燒毀。如今的江寧府衙，是於同治四年（1865）所複建，計建房二百一十六間、穿堂二十二號、上諭亭牌樓一座、內外牌樓六架、監獄一所、擋眾台兩座，範圍包括現南京第一中學校址及原江蘇省糧食廳所在地。
江寧府衙門前，高立著兩座高大的牌坊，坊額分別題有“保厘”“師帥”，看起來相當威嚴氣派。江寧府衙門大門依舊緊閉著，督標中軍副將（相當於總督的衛隊長或副官長）喻吉三率領葉化龍、唐得金兩名武巡捕（清總督、巡撫等官署中設有文﹑武巡捕，均為隨從官，文巡捕掌傳宣，以本省佐雜官充任；武巡捕掌護衛，以低級武官充任），正在晨色中耐心地等候。
突然，“鐺”的一聲梆鼓響，打破了府衙的肅穆與寧靜。這是卯初一刻的頭梆，專門為衙門官吏作息而設，隨即“咚咚”地響了七下鼓聲。衙門中立即活躍了起來，六房當差的書吏和三班差役盡行起身，大門、宅門先後打開。喻吉三等三人一見大門打開，匆匆與門上（又稱司閽，負責把門的官員）打過招呼，便直奔入內。
喻吉三一行人穿過儀門，進入外署。兩邊廂房的守署胥吏正在各自忙碌著。眾人也不理會，徑自來到蒞事廳，即所謂的大堂。這裏是官府處理重大事件的地方，非要緊之事不會升堂，此時當然是空無一人。蒞事廳東麵有廣積庫一座，類似今天的倉庫，左右設經曆司、照磨所。
眾人繼續前行，到達忠愛堂。忠愛堂堂西是冊庫，為待考官房。忠愛堂後便是官廨，是總督日常辦公的地方。官廨的東側為書房，西側為官廨。為了長官出行方便，官廨的東西還各設有專門的通道直達儀門。
官廨後有一處宅門，有兩名差弁把守，分別是五十一歲的潮桂枝和二十七歲的劉雲青，一老一少，很不協調。二人均是一副睡眼惺忪的樣子，看上去無精打采。喻吉三輕喝了一聲，潮、劉二人吃了一驚，這才強行打起了精神。眾人穿過宅門，正式進入內署，越過影壁，來到花廳，隨即各自悄然肅立等候。
內宅內，兩江總督馬新貽正在起床。小妾金氏一邊服侍他穿衣，一邊低聲嘟囔著問為什麼每個月都會有“二十五”這一天。聽到金氏孩子般的埋怨，馬新貽忍不住笑了。
難怪小妾抱怨，他確實花了太多心思在這四營新兵上。自這四營新兵成立，每個月二十五日的例行校閱，他一次都沒有落下過。唉，正如小妾所言，他這個兩江總督跟別的總督不同，當得實在太辛苦了。可是，不這樣怎麼能讓人放心呢？
兩江素來被視為湘軍的私人地盤，馬新貽的前任曾國藩因平定太平天國功蓋天下，連當今皇帝（同治皇帝）和太後（慈禧）都要忌憚三分。湘軍雖然已經解散了大半，可是退伍後就地安家落戶的人極多，江寧由此得了“湘半城”的稱呼。這些人靠軍功發家起身，轉業後依舊橫行地方，恣意不法，造成了尾大不掉的局麵。當初朝廷決定派馬新貽到兩江，就是想要借他的手徹底收拾好湘軍這個亂攤子。馬新貽是文人出身，卻素來精明能幹，自步入仕途，所到任之處多有政績，是出名的能員和好官。可是唯獨到了兩江這塊地方，他開始水土不服了，花了兩年時間，還沒有完全在兩江站穩腳跟。偌大的兩江，隻有這四營新兵，才完完全全聽命於他。
想到這裏，馬新貽不由得感到一陣燥熱。剛好另一名小妾鄭氏端著一碗冰糖燕窩粥進來，馬新貽順手接過來，一口氣喝下。隻聽見鄭氏說：“大帥，外麵天黑著呢，怕是要下雨了。”
馬新貽一言不發地將碗塞回她手中，從金氏手中取過頂戴花翎，自己戴上，走出了內室。家丁張榮正候在門外，當即上前見禮。馬新貽擺了擺手，抬頭看天，果如鄭氏所言，陰沉沉的天幕上彤雲密布，大有山雨欲來之勢。他卻沒有絲毫猶豫，抬腳便往外走去。
外麵花廳中，喻吉三、葉化龍等人已經等候多時，見到馬新貽出來，一齊躬身行禮。喻吉三上前打了千兒，小心翼翼地稟道：“大帥，今兒恐怕去不成校場了。”順手指了指門外的天。馬新貽臉色一沉，帶著濃重的山東口音反問道：“雨不是還沒下嗎？”領先向外麵走去。未及跨出大門，雨點已經如倒豆子般滾落下來。
天公如此不作美，馬新貽也無可奈何，隻好回頭對喻吉三說：“閱射推遲一日。”
喻吉三應聲退下後，馬新貽有些悶悶不樂，獨自來到官廨東側的書房。他是道光二十七年的進士，進士出身的人，卻要靠軍功起家。想到這一層，馬新貽自己都要苦笑了。這也算是時代的特色吧，不獨他一人，他的前任曾國藩也是如此。曾國藩因平定太平天國被封一等勇毅侯，以文人身份封武侯，開大清立國以來之先例。內亂確實給了更多人向上爬的機會，倘若沒有湘軍，曾國藩可能至今還隻是個吏部侍郎呢。而他自己，倘若沒有內亂，能坐在兩江總督的位子上嗎？
外麵的雨越來越大，小指粗的水柱滂沱而下，如蛟龍得水，翻江倒海。這是江寧今年最大的一場雨，一解入夏以來炎熱的暑氣。但這一天也是馬新貽自任兩江總督以來第一次未能按時循例閱射，他心中開始有一種強烈的不安和危機感。
馬新貽發了一會兒呆，便坐下開始批閱公文。一種無形的陰霾始終籠罩在他心頭，以致他閱覽公文時很是心不在焉。他如此心事重重，竟然沒有留意到房頂有兩處正在漏雨，直到小妾金氏端了茶湯進來，險些因積在地麵上的雨水滑倒，驚叫了一聲，他才反應過來。驚魂未定的金氏放下茶盞，忍不住抱怨江寧府衙門的陳舊，剛說了一句，見到丈夫臉色難看，隨即住了口，訕訕地退了出去。
環顧狹小的書房，馬新貽心中多少有些不是滋味。他身為兩江總督，卻還沒有自己的總督衙門。原來的兩江總督署就是明朝開國皇帝朱元璋所建的漢王府，位於江寧城正中，極具氣勢，是塊難得的寶地。昔日康熙、乾隆皇帝下江南時，均愛其江南特色的園林，選擇此地為“行宮”。後來太平天國攻占了江寧，天王洪秀全也看上了兩江總督署，將其改建成了天王府，據說不惜成本，光是中心建築金龍殿就有五間八架，雕梁畫棟，富麗堂皇，號稱“神仙窟宅”。尤其有意思的是，在這座雄壯瑰奇的大宮殿中，除了洪秀全父子外，再沒有其他男人。太平天國有所謂禁欲的製度，實行男女分營，但天王洪秀全自己卻不遵照執行。不過，偌大一座天王府，裏裏外外全部是美麗的女子，鶯歌燕舞，想來也是一大奇觀。可惜六年前，太平天國敗亡後，天王府被最先攻入城中的曾國荃一把火燒成了灰燼。大火足足燒了十多天，連老天爺都看不過眼，下了一場傾盆大雨，才將大火澆滅。
倘若天王府不毀，肯定會再次成為大清的兩江總督署，那麼馬新貽也應該有機會見識一下當年天王洪秀全是如何窮極奢侈的。可惜，“十年壯麗天王府，化作荒莊野鴿飛”，這一切都被曾國荃和他的吉字營給破壞了！不僅天王府化作了一片廢墟，江寧也四處是殘垣斷壁、碎磚破瓦，連一株完好的樹木也找不到。連當時的兩江總督曾國藩看了都感慨萬千，甚至不打算在江寧重置兩江總督署，而是準備移署到揚州了。
曾國藩曾經創作過不少軍歌，專門教習湘軍。其中《水師得勝歌》的結尾唱道：“仔細聽我得勝歌，升官發財樂嗬嗬。”要論升官，數曾國藩升得最大；要論發財，則首當其九弟曾國荃。太平天國忠王李秀成被曾國荃俘虜後，在木籠中寫下《自述》，其中特別提道：天京城中有聖庫一座，裏麵全部是天王洪秀全的珍藏；而天王的長兄和次兄還各有寶庫一座，裏麵全部是稀世珍寶。但這批巨額寶藏卻在天京被攻破後神秘失蹤，去向不明。湘軍主帥曾國藩上報朝廷時，特意強調說，湘軍攻克天京後除了兩方“偽玉璽”和一方“金印”，別無所獲。當然，隻有傻子才會相信曾國藩的話。
麵對沸騰的物議和朝廷質疑的目光，曾國藩雖然底氣不足，卻也不得不竭力辯解，說：“並無所謂賊庫者。”意思是說根本就沒有李秀成所提到的聖庫和寶庫，並搶在朝廷欽差到達之前，急不可待地將李秀成殺死。李秀成一死，聖庫、寶庫一事便死無對證，這是典型的殺人滅口。然而，曾國藩可以殺掉李秀成，卻封不住天下人的悠悠之口。時人都知道太平天國財富高度集中，其章領《天朝田畝製度》中對“聖庫”製度作了詳細的說明和規定：“天下皆是天父上主皇上帝一大家，天下人人不受私，物物歸上主。則主有所運用，天下大家處處平勻，人人飽暖矣。”核心要點就是將全體民眾的財富集中管理，民眾所需皆從國庫支取，強調絕對平均。平均未必是真，但財產高度集中卻是絕對的事實。太平天國定都天京之初，累計財富已經達一千八百萬兩白銀，專門在水西門燈籠巷設置“聖庫”，並派六名專職人員負責日常的管理。
據公開的記載，洪秀全的聖庫私藏中有一個翡翠西瓜，是圓明園中流傳出來的。翡翠比篾筐還大，上有一裂縫，黑斑如子，紅質如瓤，朗潤鮮明，渾然天成，為舉世無雙的寶物，洪秀全愛若至寶，從不肯拿出來示人。結果這件寶貝後來出現在曾國荃手中，此為曾國荃搶奪聖庫之明證。
李秀成提到的聖庫肯定存在，這是確定無疑的事實。那麼，這座聖庫到底有多少豐藏呢？
根據太平天國“聖庫”製度的規定，凡藏金一兩或銀五兩以上不繳者，按律問斬。個人手中財產不能超過五兩銀子，其餘的自然都集中到了聖庫，可想而知聖庫是如何的“金銀如海，百貨充盈”了。除了聖庫和天王府外，其他王府、將軍府也都有大量藏金。
毫無疑問，湘軍及曾國荃入天京後發了一筆橫財。那麼，曾國荃個人到底撈了多少好處呢？
有公開的記載說：“宮保曾中堂之太夫人，於三月初由金陵回籍，護送船隻，約二百數十號。”既然曾國藩一再強調“克複老巢而全無貨財”，什麼貨財都沒有，全無所得，怎麼會有如此多的護送船隻呢？顯然，船上全部是金銀珠寶。曾國荃到底得了多少財物，沒有具體資料記載，當時的局麵混亂，又是鼠竊狗偷，也無從統計。不少史書估計說曾氏天京一戰獲資數千萬。數千萬兩銀子大約相當於今天的數十億，在當時更是非常驚人的資產。鴉片戰爭以前，清朝國庫曆年多有結餘積儲。乾隆四十六年（1781）戶部存銀多達七千餘萬兩，曾國荃家堪與之比；嘉慶十九年（1814），戶部庫存銀為一千二百四十萬兩，曾國荃至少三倍之；到道光三十年（1850），戶部存銀大為下降，有一百八十餘萬兩，曾國荃至少三十倍之；太平天國起義爆發後，由於軍費開支猛增，鹹豐三年（1853）時，戶部僅存銀二十二萬餘兩，曾國荃至少一百五十倍之。說其富可敵國，一點兒都不為過。
除了曾氏兄弟外，湘軍的大小頭目也都發了大財，連軍中夥夫都腰纏萬貫。天京城中四十歲以下的女子都被劫掠一空。長江之中千船萬閘，日夜川流不息，都是運往湖南的裝滿財物和女人的船。之後的幾年，湘軍子弟搶購土地，遍及湘鄂，朝野議論紛紛，連恭親王奕訢（道光皇帝第六子，鹹豐帝異母弟，鹹豐、同治、光緒三朝的名王重臣）在京城聽說後都很是不滿，慈禧太後更是心中不快。
正因為太平天國的巨額財富盡數落入湘軍將領之手，曾國荃為了掩飾自己一戰暴富，才有意縱火焚燒了天王府。清廷對太平天國之貯金一直極為關心，一度下令追查。曾國藩則全力為湘軍掩飾，極力為曾國荃鳴冤，說：“吾弟所獲無幾，而老饕之名遍天下，亦太冤矣！”“老饕”為時人給曾國荃起的外號，意為貪吃、好吃。那麼，曾國荃真的冤枉嗎？
湖南人王闓運曾不無諷刺地說：“曾侯工作奏，言錢空縷覼。”意思是曾國荃買箋紙都要一擲千金。若非富得流油，何至於如此。王闓運本人是有名的湖南才子，與湘軍關係密切，曾多次勸曾國藩自己當皇帝，還應邀修《湘軍誌》一書。以王闓運與湘軍的親密關係，他的話斷然不是空穴來風。就連曾國藩幼女“滿小姐”曾紀芬也說她九叔曾國荃“每克一城，奏一凱戰，必請假回家一次”，實際上就是請假將搶劫的財物運回老家。而運回去的金銀則被用來大肆購買田產，正因為曾國荃搶購土地到了瘋狂的地步，當地人才將他稱為“老饕”，以此來諷刺他的貪婪。
［王闓運，字壬秋、壬父，號湘綺。湖南湘潭人。早年飽讀史書，文采斐然，中了舉人後多次到北京參加會試，均名落孫山。他在京城經常參加友人詩會，因才高八鬥而轟動一時。當時朝廷重臣肅順非常重視人才，其幕僚大多是漢人。肅順經常說：“滿人除了會要錢，還會做什麼？當今國家有難，非用漢人不可。”他平時對滿族官員十分苛刻，對漢官卻非常恭敬。有人表示不滿，肅順則說：“咱們旗人都是些混蛋！瞧那些漢官，個個才思敏捷，運筆如飛，哪裏得罪得起啊。”肅順非常賞識王闓運，奉為座上賓，贈予名貴的俄羅斯貢酒，將最重要的文書都交給王闓運起草。有一次鹹豐皇帝看到肅順呈上的公文，讚賞不已。肅順如實告之：“是湖南舉人王闓運所寫。”鹹豐皇帝很是驚歎。王闓運一時成為京城的風雲人物，與肅順幕府裏的李榕、嚴鹹、黃瀚仙、鄧彌之、鄧保合稱為“肅門六子”。鹹豐皇帝死後，慈禧太後發動政變，誅殺了肅順。時在山東的王闓運聽到消息後，十分悲痛，賦詩道：“當時意氣備無倫，顧我曾為丞相賓。俄羅酒味猶在口，幾回夢哭春華新。”並且不顧被株連的風險，暗中周濟肅順的家人。王闓運一生都視肅順為知己，直到晚年與人聊起肅順時，還大聲說：“人詆逆臣，我自府主！”淚水涔涔而下。肅順倒後，王闓運改投曾國藩門下。不過他為人狂狷諧謔，膽大妄為，與謹小慎微的曾國藩完全不是一路人，加上不願意屈尊成為曾國藩的幕僚，隻是一直以清客的身份交往，很快就因為被冷落而離開。太平天國失敗後，曾國藩想要以修誌來紀念表彰湘軍的“功績”，這時候，他想到了學富五車又很熟悉湘軍的王闓運，便派長子曾紀澤出麵，請王闓運修《湘軍誌》。王闓運倒是很幹脆，一口就答應了下來。兩年後，一部十一萬字的《湘軍誌》擺在了曾國藩麵前。曾國藩看後瞠目結舌，原來書中除了褒揚湘軍的戰績外，還詳盡地記述了湘軍初期曾屢戰屢敗的真實狀況，其中包括他本人兵敗欲自殺的狼狽，曾國荃破天京後燒殺淫掠的醜行，以及湘軍將領的腐敗、內部錯綜複雜的矛盾，等等。這樣一本書，自然在湘軍將領中引起了軒然大波。曾國荃大罵道：“虧得王闓運還是熟人，怎麼這樣胡說八道？”甚至一度想要殺掉王闓運。最後還是曾國荃逼迫王闓運交出了《湘軍誌》原版，銷毀了事，但《湘軍誌》已經流傳開來。曾國荃又另請幕僚王定安撰寫《湘軍記》，試圖消除《湘軍誌》的影響。但《湘軍記》無論是真實性還是文筆都很難和《湘軍誌》相比，後世有學者稱《湘軍誌》“文筆高朗，為我國近千年來雜史中第一聲色文學”。清朝滅亡後，王闓運堅決不剃辮子，成了著名的遺老。袁世凱當上臨時大總統後，圖謀複辟，見王闓運名望很高，便聘他擔任國史館長兼總統顧問。王闓運站在清朝遺老的立場，在國史館的大門上貼了副門聯：“民尤是也，國尤是也，無分南北；總而言之，統而言之，不是東西。”聯中暗藏“民國”“總統”，關聯時局，諷刺辛辣。不久，袁世凱複辟潮中，王闓運托詞離任，後病死於家鄉。王闓運一生仕途坎坷，確如他寫給自己的挽聯：“春秋表未成，幸有佳兒述詩禮；縱橫計不就，空餘高詠滿江山。”但其在教育事業上頗有成就，有弟子數千，其中著名的有楊度、夏壽田、廖平、楊銳、劉光第、齊白石、張晃、楊莊等。］
在太平天國的問題上，曾氏兄弟的話不可信是有明證的。曾國荃攻占天京後，忙於搶劫財物，太平天國的首腦一個也沒有抓住。天京城破時，天王洪秀全已經服毒自殺而死，但幼天王洪天貴福和忠王李秀成兩個最重要的首腦人物卻都趁亂逃出了天京。曾國藩報功心切，竟然上奏說太平天國所有悍賊均已經被剿亡，幼天王洪天貴福已經積薪於宮中、舉火自焚而死。如此一來，就凸顯了曾國藩和湘軍在鎮壓太平天國上有無可爭議的首功。
不過，不是所有人都相信曾國藩的奏疏。時任浙江巡撫的左宗棠第一個跳出來質疑，認為湘軍是在謊報軍功，幼天王洪天貴福已經逃到湖州一帶。左宗棠出自曾國藩門下，號稱“湘中第一幕僚”。昔日曾國藩在靖港大敗於太平軍，走投無路，幾近自殺，湘軍也陷入了山窮水盡的境地。湖南地方官員已經擬好了奏疏，請求朝廷罷遣湘軍，是左宗棠力挽狂瀾，用計讓曾國藩東山再起，曾國藩由此評價左宗棠說：“才可獨當一麵。”時人也有“天下不可一日無湖南，湖南不可一日無左宗棠”之語。但左宗棠為人剛直清高，慷慨激昂，是非分明，疾惡如仇，他從天京出逃難民口中得知幼天王洪天貴福已經順利逃走後，不顧與曾國藩十幾年的交情，斷然上疏揭發曾國藩的私心。
左宗棠奏疏一上，曾國藩就有欺君罔上的嫌疑，清廷當然十分不滿。曾國藩生平自命以誠信為本，盡管心中有鬼，但為了麵子，卻不得不態度堅決地予以回擊，於是上疏暗示左宗棠之所以虛張聲勢，不過是想邀功請賞；繼而又反咬一口，說左宗棠放走了杭州陳炳文以下“十萬長毛”。左宗棠得知後，又上疏為自己申辯，並對曾國藩大肆口誅筆伐，言詞極為激烈。正當兩名重臣你來我往地大打嘴仗的時候，幼天王洪天貴福在江西被清軍發現，曾國藩才不得不住了嘴。鐵一般的事實證明，左宗棠的懷疑不虛，而曾氏兄弟則撒了謊。
［左宗棠，字季高，一字樸存，號湘上農人。湖南湘陰人。道光十二年（1832）中舉，之後六年中，曾三次赴京會試，均名落孫山。左宗棠自尊心極強，三試不第後，打算“長為農夫沒世”，但他的才幹卻得到了當時許多名流顯宦的推崇。名滿天下的林則徐曾在長沙與左宗棠徹夜長談，認定左宗棠是“絕世奇才”，將來“西定新疆”非他莫屬，將自己在新疆搜集整理的珍貴資料全部交給了左宗棠保管。太平天國興起後，左宗棠先後入湖南巡撫張亮基、駱秉章幕府，初露崢嶸，引起朝野關注。後投入曾國藩幕府。鹹豐十一年（1861），左宗棠由曾國藩疏薦任浙江巡撫，督辦軍務。當時有個富甲一方的杭州商人胡雪岩，號稱“活財神”，曾在左宗棠糧餉短缺時拔刀相助，主動籌集了二十萬石糧食。前任浙江巡撫王有齡曾命胡雪岩辦理全省糧餉、軍械、漕運等事務。左宗棠上任後，委派胡雪岩擔當湘軍糧食轉運的重任，同時還負責與洋人打交道。胡雪岩出錢組建了一支“常捷軍”，聘請法國軍官為教練，裝備以洋槍洋炮，由勒伯勒東任統領，日意格為幫統，後擴充為中英混合軍，配合清兵對太平軍作戰。很快，靠著這支常捷軍的軍功，左宗棠升任閩浙總督，從此踏入封疆大吏的行列，成為湘軍中僅次於曾國藩的第二統帥。但曾國藩九弟曾國荃攻克天京，曾國藩、左宗棠二人因為幼天王下落一事打嘴仗絕交，從此失和，數年不通往還。左宗棠後出任陝甘總督，過湖北時遇到曾國荃，談到昔日的絕交。左宗棠強調當日曾國藩有七八分過錯，自己也有二三分的責任。難得可貴的是，曾左二人雖然絕交，之後卻沒有因為個人恩怨而在公事上掣肘對方。左宗棠西征時，曾國藩負責籌餉，始終盡心盡力，且推薦自己最得力的湘軍將領劉鬆山隨之西征。左宗棠收複新疆的喜訊傳來，曾國藩自歎不如，認為左宗棠的能力天下無二。但西征的勝利又引發了二人新的矛盾。左宗棠平定新疆有功，被譽為民族英雄，清廷擬封左宗棠一等公爵。慈禧太後認為當年曾國藩平定太平天國、克複天京，僅獲封侯，左宗棠收複新疆，湘軍將領劉鬆山功不可沒，而且是曾國藩所派遣，最後決定封左宗棠一等恪靖伯晉二等侯，刻意亞於曾國藩。左宗棠對此憤憤不平，逢人便罵曾國藩。但在曾國藩死後，左宗棠卻出人意料地送來了親手書寫的挽聯：“知人之明，謀國之忠，自愧不如元輔；同心若金，攻錯若石，相欺無負平生。”對二人的相交作了一個中肯的評價。］
太平天國的寶藏如同曾國藩和他一手創建的湘軍一樣，一直是清廷的心腹大患。馬新貽赴任兩江總督，也負有追查這批財富的秘密使命。他還清楚地記得他到兩江上任前，最後一次在紫禁城養心殿覲見慈禧太後時，心情是何等的不安與張皇，出來後竟然發覺自己的內衣都濕透了。那時正是秋天，秋高氣爽，他卻大汗淋漓，汗出如漿，這自然是因為慈禧太後交代的使命太過重大，他深知其中的利害關節，甚至性命攸關，才會失態如此。
盡管馬新貽事先已經有了充分的心理準備，但來到兩江後，他才發現局勢比想象的更為嚴峻和艱難。幾萬湘軍雖然解散，曾國藩的勢力卻依舊彌漫大江南北。尤其是被裁的湘軍大多數沒有回鄉務農，而是四處遊蕩，明目張膽地擄掠，比土匪還要凶殘。連曾國藩本人都不得不承認說：“餘設立水師，不能為長江除害，乃反為長江生害。”湘軍中不少人原來就是哥老會成員，後來更多被裁的湘軍參加了哥老會，導致黑社會勢力大為擴張，成為社會的一大公害。
馬新貽生性好強，決意采取強有力的手段來對付湘軍。他自上任兩江總督後，勤勤懇懇，花了大力氣來整頓社會秩序，追查太平天國財富的下落，由此引來無數充滿敵意和殺機的目光。馬新貽對此心知肚明，他自知深深地觸犯了湘軍的利益，兩江希望他死的人不計其數。自從來到這座“湘半城”後，他總有孤身闖入虎穴之感，沒有睡過一天好覺。若非如此，他又怎麼會以總督之尊，格外花心思在這四營親自選拔栽培的新兵上呢？
同治八年（1869），先是前任兩江總督曾國藩以“宜練兵不宜練勇”為借口，在原有練軍四千人外，增練八千人；接著是江蘇巡撫丁日昌上奏，說“江蘇省自淮軍全部撤防以後江蘇撫標兵僅有一千六百餘人”，且多有老弱，於是大力招募補充勇丁，分左、右二營，練習洋槍及開花炮諸技；兩江總督馬新貽終於也坐不住了，上奏說：“江南全省額兵一萬二千七百餘人，分防各處，徒有其名，必須化散為整，始能轉弱為強。”（《清史稿·卷一百三十二》）於是從督標內選千人分為左、右營，從浦口、瓜洲營內選五百人為中營，又揚州、泰州營內選五百人為前營。這兩千人以訓練為名，均奉調駐省城江寧。其實馬新貽心中最清楚，這四營新兵，名為剿匪而練，其實是要保護他自己。
“唉，難呐！”馬新貽煩惱地歎了口氣，頭疼不已。太平天國的寶藏至今下落不明，相關之人利益攸關，處處密不透風，稍有追查的動靜，各方警惕狐疑的目光便一起投來。他雖有朝廷的傾力支持，可這裏是兩江，山高皇帝遠，曾國藩實在是樹大根深，絕難撼動。他在兩江總督任上兩年，絞盡腦汁，依然沒有完全站穩腳跟便是明證。要真是逼急了那幫人，還真不知道下麵會發生什麼事情。可是慈禧太後交代的事沒有任何進展，他在兩江總督的位子上又能坐多久？
“他娘的曾剃頭！曾屠戶！”馬新貽用山東話惡狠狠叫了兩聲曾國藩的外號。曾國藩用刑苛酷，史稱“派知州一人，照磨一人承審匪類，解到重則立決，輕則斃之杖下，又輕則鞭之千百……案至即時訊供，即時正法，亦無所期待遷延”。因其殺人如麻，時人稱呼他為“曾剃頭”“曾屠戶”。據說每當金陵小孩夜哭，其母隻要說：“曾剃頭來了。”小孩立即嚇得不敢哭了。在民間有這樣的名聲，在朝中又有各種美譽，這樣一個多麵複雜的曾國藩，在馬新貽看來就格外陰森了。
馬新貽重新將目光投向外麵水簾般的雨幕，心中祝願道：“但願明日是個好天氣。”他還是惦記著自己的那四營新兵，那可是他在兩江唯一可以倚靠的軍事力量。
清同治九年（1870）七月二十六日一大早，小妾鄭氏早早就醒了，馬新貽卻還在熟睡當中。剛想要去推醒丈夫時，鄭氏又有些不忍心起來。她知道丈夫昨夜批閱公文到很晚，上床躺下後也輾轉反側了許久，顯見在苦苦思索著什麼。遲疑了一會兒，見到外麵天色已經發亮，鄭氏歎了口氣，終於還是拍了拍丈夫。
“是誰？”馬新貽如同受了驚嚇的孩子，“騰”地坐了起來，一隻手本能地抄起了枕頭邊的短槍。鄭氏嚇了一跳，不及回答，馬新貽已經反應過來是在自己家裏，歎了口氣，放下短槍，開始穿衣服起床。一旁的鄭氏有些發愣，呆呆地看著丈夫，想問點兒什麼，卻又不知道該怎麼開口。
今天會是個大晴天，馬新貽從床上一坐起來就感覺到了。果然，一出門，晨曦中曙光微露，一股清新的氣息撲麵而來，令他精神為之一爽，人也立即振奮了起來，他大踏步地向外走去。
本來清朝官員出行，講究大張旗鼓，要使用“儀仗”和“儀從”，官越大，排場也就越大。舉例來說，兩江總督出行，馬新貽本人可乘八人抬的大轎，隊伍最前麵有“引馬”兩人，衛士左右簇擁。其他各種儀仗器物如八麵青旗，飛虎旗、杏黃傘、青扇、兵拳、雁翎刀、獸劍、金黃棍、桐棍、皮槊各二，廷
四杆旗槍，回避、肅靜牌各二麵，一共是十三種三十四個。儀仗中還有專人負責鳴鑼開道。鑼聲也講究等級，總督出行，鳴鑼六錘半（敲鑼後立即用手捂住鑼麵，不讓鑼聲蔓延，稱為半錘），而州、縣官出行時，開道鑼隻能鳴三錘半。總督所過之處，百姓必須肅靜、回避。
不過，因總督衙門尚在修建中，馬新貽自上任兩江總督以來，一直暫借江寧府衙門作為總督署，閱射的校場實際上也是江寧府的校場。校場位於江寧府衙門西邊，二者各自獨立，並不相連。但江寧府後院的西門卻有一條箭道直通校場，距離不遠，因而馬新貽閱射也沒有搞過儀仗那一套，曆來都是經箭道徒步來往於衙門和校場，既不騎馬也不坐轎，為的是圖個清靜方便。他性格務實，從這點上也有很好的體現。
出了署府後門，馬新貽便直奔校場演武廳，心腹家丁張榮緊隨其後。除了負責警衛的督標中軍副將喻吉三，武巡捕葉化龍、唐得金外，跟在其身後的還有方秉仁、劉雲青、潮貴枝、王長發等八名差弁。
當時總督閱射已經成為江寧的例行儀式。課試時，允許當場投考員弁，因而每個月閱射時都有五六百人趕來投考，希望能就此吃上軍糧。加上允許普通百姓圍在校場外觀看，也有不少好事者趕來圍觀。再算上委考各道（除馬新貽外的閱射官）所帶的家丁轎役，委實有不少人，圍在校場外和箭道兩旁，煞是熱鬧。
閱射於五點準時開始。當天閱射分為四棚：馬新貽親閱頭棚，洋務局張道台閱第二棚，總務巡營處楊道台閱第三棚，總理保甲局郜道台閱第四棚。檢閱的內容包括洋槍打靶、抬炮動作、長矛對刺，馬新貽最為關注的是新兵使用洋槍射擊。他一向對這四營新兵要求嚴格，規定每日操演兩次，是以新兵們動作嫻熟，槍法的準頭也很好，令人滿意。馬新貽的臉上終於露出了微笑，自昨日一早以來強烈的不安感終於消失了。
上午九點左右，馬新貽檢閱頭棚武生月課完畢，不過其他三棚尚未完成。外麵豔陽高照，開始有些熱的感覺，正好馬新貽有些饑餓，便不等其他三棚閱射完畢，交代督標中軍副將喻吉三留在演武廳中照料其他三棚後，先行由箭道步行回署。
此時，趕來看熱鬧的百姓並未立即散開，依舊聚集在校場外和箭道兩旁。這條箭道，實際就是府署外的一條小路，非常的長，且屬於公共地區，因此警衛不似校場那樣兵士林立。一行人中，武巡捕葉化龍和唐得金在前麵領道，差弁們擁著馬新貽跟在後麵。
當馬新貽走到後院門外、正要進去時，突然有一人奔上箭道，跪在他麵前，操著山東口音叫道：“大帥！”雙手將一封信舉過頭頂。馬新貽認識此人，他是武生王鹹鎮，因好賭輸了錢，曾經兩次以山東同鄉的名義向馬新貽求助，索要回鄉的路費。馬新貽接過信，一邊翻看一邊詢問道：“你怎麼還沒有回去？”王鹹鎮回答說：“回大帥的話，盤纏用完了。今天特來相求大帥。”馬新貽有些不耐煩起來，反問道：“之前不是給過你兩次盤纏嗎？你怎麼又來了。”
武巡捕葉化龍見馬新貽神情不悅，立即上前將王鹹鎮推開，另一武巡捕唐得金隨即上前查問。馬新貽一行繼續前行。剛走了兩三步，右邊又有一人高聲喊道：“大帥申冤！”快步走到馬新貽麵前跪下。
按照清朝律例規定，遇到這類百姓攔路喊冤的情況，官員必須接狀子，不然就是“不作為”。馬新貽當即停了下來，正準備盤問究竟。刹那間，那人右手從靴筒中取出了一把明亮的短刀，站起來直撲馬新貽。馬新貽猝不及防，竟然沒有抵擋。那人左手拉住他的手臂，右手往前一遞，隻見亮光一閃，短刀已經刺入他的右脅肋下。
馬新貽就在這個時候看清了刺客的臉——他的眼睛裏閃耀著猙獰可怕的光芒，臉上滿是興奮和得意之色，整個人呈現出一種生動的刻毒報複。馬新貽突然大喊了聲：“紮著了！”他是山東人，有濃重的山東口音，旁人聽起來則是：“找著了！”
刺客先是一愣，顯然對馬新貽沒頭沒腦地喊上這樣一句話感到莫名其妙，隨即絞動短刀，用力向下拔出。由於用力過猛，短刀竟然已經卷作螺旋狀。
從上前，到刺殺，到絞刀，到拔刀，動作一氣嗬成，嫻熟快捷，沒有任何遲滯，刺客顯然是訓練有素的職業殺手。
短刀一經拔出，馬新貽腹部鮮血汩汩流出，瞬間染紅了半邊身子。他再也站立不住，當即撲倒在地。
事出突然，周圍的人一時都沒有反應過來。距離馬新貽最近的差弁方秉仁先是愣了一下，這才上前抓住刺客的辮子，奪過他手中的短刀。其他差弁一擁而上，將刺客扭住。不料刺客既不抗拒，也不逃跑，束手就擒，態度極為從容，口中不還停地嚷道：“刺客就是我張文祥。養兵千日，用在一朝。大丈夫一人做事一人當，今日拚命，二十年後又是一條好漢。”說罷仰天狂笑。
家丁張榮急忙扶起馬新貽，隻見他麵如土色，雙手緊抱胸部，右臂緊緊夾著右肋，萎縮著身子，已經無法站立。差弁們急忙就近取下一塊門板，將馬新貽抬進江寧府衙門救治。
兩江總督是威震一方的封疆大吏，竟然於眾目睽睽下遇刺，這在清朝開國二百三十多年來還是第一次。此事一經發生，立時風傳四方，朝野震驚，舉國矚目。人們最好奇的是，刺客張文祥到底是何方神聖？如何刺殺了隨從眾多的兩江總督？昔日荊軻刺秦王，窮盡心智，依舊不能得手，張文祥又是如何能在電光火石的瞬間一擊而中？
駐紮江寧的地方官員聞訊後大驚失色，江寧將軍魁玉、江寧知府孫雲錦、署理藩司（布政使）孫衣言、臬司（按察使）梅啟照、學政殷兆鏞等，即刻趕來江寧府衙探視。隻見馬新貽仰臥榻上，臉色慘白，精神十分萎靡。
江寧城中最好的大夫已經都在最短的時間內被召到江寧府衙，但一看馬新貽的傷口深至右肋數寸，血跡模糊，人人搖頭，表示即使華佗再世，也無回天之力。到場眾官員麵麵相覷，除了不斷用衣袖抹滿頭的汗外，束手無策。
此時，馬新貽尚能開口說話，他先是當眾口授遺疏，由兒子馬毓楨（馬新貽無子，以四弟馬新祐之子馬毓楨為子）代為書寫，請江寧將軍魁玉代呈朝廷。遺疏內容如下：
同治九年七月二十七日，奏為微臣猝被重傷，命在頃刻，伏枕哀鳴，仰祈聖鑒事。
竊臣由道光二十七年進士，以知縣即用，分發安徽。到省後迭任繁劇，至鹹豐三年以後，軍書旁午。臣在營防剿，隨同前漕督臣袁甲三等克複鳳陽、廬州等城，馳驅軍旅，幾及十年。同治元年苦守蒙城，仰托國家威福轉危為安。旋蒙文宗顯皇帝及皇太後、皇上特達之知，洊擢至浙江巡撫，升授浙閩總督。同治七年六月，恭請陛見，跪聆聖訓。出都後，行抵濟寧即蒙恩命調任兩江總督，九月到任。兩江地大物博，庶政殷繁。江寧克複後，經前督臣曾國藩、前署督臣李鴻章實心整理，臣適承其後，謹守成規，而遇事變通，總以宣布皇仁休養生息為主。本年來暘雨幸尚調勻，民物漸臻豐阜。臣寸衷寅畏，倍矢小心，儉以養廉，勤以補拙，不敢稍逾尺寸，時時以才智短淺，不克勝任為懼。
五月間，天津民教滋事，迭奉諭旨，垂詢各海口防守事宜。臣一聞外人要挾情形，憤懣之餘繼以焦急，自顧身膺疆寄，苟能分一分之憂，庶幾盡一分之職。兩月來，調派水陸各營並與江皖楚西各撫臣，及長江提臣密速妥商。所有公牘信函皆手自披答，雖至更深漏盡不敢假手書記。稍盡愚拙之分，彌懍縝密之箴。所有水陸布置事宜，甫於本月二十五日詳析密陳在案。二十六日遵照奏定章程，於卯刻親赴署右箭道校閱武牟月課，巳刻閱竣，由署內後院旁門回署。行至門口，突有不識姓名之人，以利刃刺臣右脅肋之下，深至數寸，受傷極重。當經隨從武弁等將該犯拿獲，發交府縣嚴行審訊。一麵延醫看視，傷痕正中要害，臣昏暈數次，心尚明白，自問萬無生理。伏念臣身經行陣，迭遭危險，俱以堅忍固守，幸獲保全，不意戎馬餘生，忽遘此變，禍生不測，命在垂危。此實由臣福薄災生，不能再邀恩眷。而現當邊陲未靖，外患環生，既不能運籌決策，為朝廷紓西顧之憂，又不能禦侮折衝，為海內弭無形之禍，耿耿此心，死不瞑目。唯有伏願我皇上敬奉皇太後懿訓，益勤典學，時敕幾康，培元氣以恤疲氓，運遠謨以消外釁。瞻戀闕廷，神魂飛越！
臣年甫五十，並無子嗣，以胞弟河南試用知縣馬新祐之子胞侄童生馬毓楨為子。臣待盡餘生，語多舛誤，口授遺折，命嗣子馬毓楨謹敬繕寫，齎交江寧將軍臣魁玉代為呈遞。無任依戀，屏營之至。伏乞皇太後、皇上聖鑒。謹奏。
其中對遇刺經過作了詳細交代。因是當事人第一手的材料，未經任何刪改，所以彌足珍貴。最引人注意的是，奏疏中特意提到刺客為“不識姓名之人”，後來在演繹版的傳聞中，被認為是馬新貽欲蓋彌彰之詞。
之後，氣息奄奄的馬新貽沒有再說話。他心中有很多疑團、很多困惑，以他好強的天性，原本不會輕易善罷甘休，但人到了生死關頭，對許多事情的看法會遽然改變。他知道他活不了多久了，官場有句老話：“太太死了壓斷街，老爺死了沒人抬。”到了此局麵，他多說無益，以免身後還要牽累家人。現在唯一能做的，就是體麵地死去，不能讓湘軍那幫人看輕了他。是以，在生命的最後關頭，馬新貽以極大的自製力應付眼前的親人和下屬，甚至包括他自己。
到了當天夜半時分，苦悶無計的眾官員已經各自離去，隻有兒子馬毓楨和兩名小妾還守候在馬新貽身邊。金氏、鄭氏二妾均已經年過四十，跟在馬新貽身邊二十多年。鄭氏的眼淚一直沒有斷過，馬新貽就是她的全部，可現在她除了飲泣外，已經幫不上丈夫任何忙。
次日正午，馬新貽開始呼吸困難。他自知大限已到，用盡最後的力氣，特別向兒子馬毓楨交代說：“別忘了為父當日在菏澤交代你們的話。”眼淚一直在眼眶中打轉的馬毓楨聽了這句話，再也忍耐不住，淚水滾滾而下。金氏不知所措地號啕痛哭了起來，反倒是鄭氏鎮定了下來。她已經打定主意，倘若丈夫真的不在了，她便要追隨於地下，以免他太過寂寞。
親人的痛苦是真切地發自肺腑。馬新貽凝視著悲痛欲絕的兒子和小妾，不由得百感交集。他該後悔兩年前不該妄自逞強，接下了兩江這個亂攤子嗎？要知道，最初朝廷屬意的兩江總督人選本是李鴻章。李鴻章身為淮軍首領，手握重兵，又出自曾國藩門下，尚且不敢上任兩江總督，他馬新貽的形勢難道能強得過李鴻章嗎？所以他本人也一度猶豫過。然而，慈禧太後偏偏看重了他並非湘軍一係，又絕無李鴻章那般挾淮軍自重的私心，一心想出力為朝廷辦事，最終說服了他，並表示要給他全力的支持。可是，雖然有朝廷做靠山，雖然他采取強硬的姿態和手段來治理兩江，卻始終無法撼動湘軍多年來在兩江打下的根基，過江的強龍終究還是壓不住地頭蛇。如今連自己的命都賠上了，朝廷的使命卻還沒有任何進展，當真是耿耿此心，死不瞑目。可是，事已至此，說這些還有什麼用呢？刺客背後的主謀，大概此時正在大擺宴席、擊掌相慶吧？
［李鴻章，字漸甫，一字子黻，號少荃（泉）。安徽合肥人。因排行老二，故民間又稱其為“李二先生”。李鴻章年輕時即胸懷大誌，曾寫下“一萬年來誰著史，三千裏外欲封侯”的詩句，並有“遍交海內知名士，去訪京師有道人”的誌向。道光二十七年（1847）中進士，剛好與馬新貽同科，二人一直保持著密切而特殊的關係。鹹豐三年（1853）正月，太平軍攻入安徽，安徽團練大臣呂賢基奏調編修李鴻章襄辦軍務。自此，李鴻章開始在安徽辦理團練。然而不久後呂賢基即被太平軍擊斃，李鴻章五戰五敗，且有三次是臨陣脫逃，被時人譏笑為“長腿將軍”。李鴻章不得已，以“年家子”的身份改投到曾國藩幕府下。曾國藩對其很是欣賞，評價說：“少荃（李鴻章）天資於公牘最相近，所擬奏谘函批，皆大過人處，將來建樹非凡，或竟青出於藍，亦未可知。”後來的事實證明，之後李鴻章的戰略眼光和遠見，確實在曾國藩之上。鹹豐十一年（1861）冬，李鴻章在曾國藩的支持和保薦下，再次赴淮南辦理團練武裝，並募集當地劉銘傳、潘鼎新、張樹聲、周盛波、吳長慶部，由此組編成淮勇。同治元年（1862）正月，李鴻章率領這批淮勇開到安慶，與原湘軍程學啟、郭鬆林部合並，號稱“淮軍”，約七千人，其編製、營規均與湘軍相同。曾國藩曾經讓李鴻章帶帳下的淮軍營官來相見，他本人遲遲不肯出來，有意躲在屏風後麵悄悄觀察。等了一會兒，營官劉銘傳很不耐煩，罵道：“老子等了這麼久，這中堂大人（曾國藩）還不出來，架子也太大了！”事後，曾國藩對李鴻章說：“都是將才，但那個麻臉（劉銘傳）是不可多得的帥才。”劉銘傳後成為首任台灣巡撫。在協助配合淮軍鎮壓太平天國的過程中，李鴻章大量購置洋槍洋炮，聘請外國教官訓練淮軍，逐漸擴充至六七萬人。太平天國失敗後，李鴻章又率領淮軍鎮壓了東、西撚軍。同治十一年（1872），李鴻章任直隸總督後，先後抽調淮軍軍官赴德國學習，並在天津設立水師學堂、北洋武備學堂，大力培養淮係將領。淮軍由此成為中國第一支新式裝備的武裝力量，因裝備精良，成為清朝軍隊中戰鬥力最強的部隊，並形成了在晚清政治格局中占重要地位的淮係政治集團，李鴻章也由此成為晚清政局第一人。光緒十年（1884），淮軍將領張樹聲、潘鼎新等在中法戰爭中兵敗被革職。光緒二十年（1894）中日甲午戰爭中，淮係將領丁汝昌指揮的北洋海軍和葉誌超、衛汝貴等部淮軍均遭慘敗。淮軍勢力漸衰，其地位逐漸由袁世凱統率的新式陸軍所取代。］
一想到這裏，馬新貽心中和傷口均是一陣絞痛。即使他對自己的結局早就有了心理準備，但一旦事情真的發生，他又怎麼能甘心坦然麵對？他望著臥榻邊離他最近的兒子馬毓楨，嘴唇嚅動了兩下。馬毓楨抹了抹眼淚，會意地答道：“父親請放心，我們定會遵照您之前的囑咐，忍氣吞聲，以求自保。”馬新貽似乎有些著急起來，想說點什麼，卻始終說不出來，終於昏厥了過去。
延至下午兩點左右，馬新貽因傷勢過重，救治無效，撒手而去。此時，距離他到兩江上任，還不到兩年。
權勢是一樁孤獨的冒險。無論總督也罷，平民也罷，在死亡之前，都隻有俯首低頭。大清曆史上最年輕的兩江總督馬新貽從他人生的巔峰猝然殞落了，他戲劇性的一生就此結束。
馬新貽死後沒幾天，小妾鄭氏自殺殉夫。人生如夢，富貴塵土。令人扼腕歎息的是，盡管鄭氏出於忠貞的本意主動選擇了死亡，但她的死隻帶來了數不清的惡意謠言和離奇緋聞，令她丈夫的聲譽大受影響。這是她無論如何也無法預料的結果。
兩江總督，正式官銜為總督兩江等處地方提督軍務、糧餉、操江、統轄南河事務，是清朝最高級別的封疆大臣。清朝初年，該總督管轄江南、江西兩省的軍民政務，由此得了兩江總督這個稱號。後因江南省人多物阜，遂分為江蘇、安徽兩省，分別取名於境內之重城江寧、蘇州和安慶、徽州的第一個字。此後，兩江總督總管江西、安徽、江蘇三省以及江寧布政司所屬的蘇北地區，總督衙門一直設在江寧。
兩江曆來是人文薈萃之地，也是朝廷的財賦重地，“國家財富，悉出兩江”。兩江總督封疆三省，清朝最主要的賦稅基本上都是來自兩江總督下轄的地區。因此在當時的八大總督（直隸、兩江、陝甘、閩浙、湖廣、兩廣、四川、雲貴）中，兩江總督是最肥的差使。在太平天國之前，兩江總督大多由滿洲貴族擔任，很少輪到漢人頭上。直到太平天國後，清朝廷才不得不重用漢人，而靠湘軍一手發家的曾國藩想得到這個位子想了很多年。
鹹豐七年（1857）春，曾國藩以父喪為名，擅自離軍回鄉，並上了一個《曆陳辦事艱難仍懇終製折》，一方麵訴說自己報國事君之誠；另一方麵抱怨自己官職太低，隻是個在籍侍郎，沒有兵權、財權和文武黜陟之權，所以辦事艱難。曾國藩原想借此要挾朝廷，索取兩江總督實權。不料鹹豐皇帝本來就是想利用湘軍消耗太平天國的有生力量，讓滿洲貴族統率的江南、江北大營坐收漁利。加上當時漢人軍機大臣祁雋藻認為曾國藩“以侍郎在籍，猶匹夫耳”，不過一書生，卻能在短時間內迅速組建起湘軍，不由深為忌憚，向鹹豐皇帝上奏說“恐非國家之福”。鹹豐皇帝趁機順水推舟，批準曾國藩回鄉奔喪不說，還借機將他湘軍的統率權一並奪走。曾國藩的政敵何桂清則被擢升為兩江總督。
曾國藩偷雞不成反蝕一把米。失去了湘軍，他就失去了在朝中保家立命的根本。追悔莫及之下，隻得再上奏折，表示軍務未定，粵匪未平，自回鄉以後，日夜憂慮，惶悚不安，請求重新統率湘軍，再為朝廷效力。鹹豐皇帝素來忌憚漢人，對曾國藩也沒什麼好印象，照舊置之不理。然而，局勢很快就逼迫他不得不以皇帝之尊向曾國藩“匹夫”屈服。
湘軍自建立之初，便是依據明代抗倭名將戚繼光所創的“戚家軍”模式，以家族、同鄉、師生等關係為紐帶，依托於一張強大的私人關係網。整個湘軍從上至下采取層層相依、各對其上級負責的辦法，由曾國藩指定統領，統領自選營官，營官自選哨官，哨官則自行招募什長。各營編列番號，互不統屬，直接受曾國藩指揮。這一套係統，開近代軍閥製度“兵為將有”之先河，成為清代兵製一大變革。最直接的後果，就是導致湘軍具有很強的排他性，除了曾國藩外，旁人很難指揮得動。曾國藩坐了一年多冷板凳後，戰局惡化，湘軍將領完全不服清廷調遣，鹹豐皇帝才不得不再次起用曾國藩，但仍然對他心存顧忌，未把他所希望得到的兩江總督位子給他。
直到鹹豐十年（1860），清廷用來圍困太平天國京師天京的江南、江北大營徹底瓦解，已經到了無兵可戰、無餉可發的絕境。鹹豐皇帝才被迫讓步，不得不將鎮壓太平天國的希望完全放到曾國藩等漢人大臣身上。他這一生中，最不能放心的有兩個人，第一個是他的弟弟奕訢，第二個便是曾國藩。要說不放心的程度，曾國藩尚排在奕訢之上。可是皇帝現在卻要倚靠一個他最不能放心的人來挽救清朝統治，這實在是曆史絕大的諷刺。
鹹豐十年（1860），在禦前大臣肅順（清朝宗室，鑲藍旗人，鄭親王烏爾恭阿第六子，鄭親王端華之弟）的傾力推薦下，曾國藩終於如願以償，被任命為兩江總督，統轄江蘇、安徽、江西、浙江四省軍務，巡撫、提督以下悉歸節製，從此集軍、政、財權於一身，成為清軍鎮壓太平天國的最高統帥。
諷刺的是，恰好就是在這一年，英法聯軍進犯北京，闖入圓明園，大肆搶掠之後，將這座中外馳名、精美絕倫的“萬園之園”付之一炬。圓明園的命運浸透著那個時代的風雨煙塵。最美好的東西，卻被以最粗暴的方式毀滅——在戰亂歲月，中國的人和物的命運常常如此。不過，最具有諷刺意義的是，當外國強盜們將圓明園燒成殘垣斷壁的時候，在中原腹地兩江，號稱大清中興第一名臣的曾國藩卻正在傾盡全力圍剿太平天國。
曾國藩在兩江總督的位子上一坐就是五年。這期間，湘軍已經攻破天京，曾國藩被封為一等勇毅侯，成為清代以文人封武侯的第一人。他隨即被任命為欽差大臣，調去圍剿撚軍，由李鴻章接替他做了兩江總督。不過，李鴻章兩江總督的位子還沒坐熱，曾國藩因圍剿撚軍無功，被免去欽差大臣職務，改由李鴻章接任，曾國藩又重新回來做了兩江總督。
［“撚”本為淮北方言，意為一股、一夥。撚子（又稱撚黨）則為明末清初興起於淮河流域的一個秘密民間組織，後逐漸擴大到山東、河南、蘇北等地，成員主要為貧苦農民、小手工業者、鹽販、魚販、遊民等。一股少則數十人，多則數百人，稱為一撚，首領稱為“撚頭”或是“趟主”。各撚之間互不統屬，也無統一綱領、旗幟等。太平天國興起後，各地掀起反清起義高潮，河南、安徽等地的撚子也群起響應。其中以安徽亳州（今安徽亳縣）撚頭張樂行勢力最大，並開始有“撚軍”之稱。各地撚軍起義後，均是各自為戰，很少聯係。但隨著時局的深入發展，各撚首領開始感到有必要聯合起來共同禦敵。鹹豐五年（1855）秋，各路撚軍會盟於安徽蒙城雉河集（今安徽渦陽），公推張樂行為盟主。從此，撚軍聲威大震，由分散漸趨統一，成為北方的抗清主力，也成為太平天國的北方屏障。鹹豐七年（1857）二月，太平軍李秀成部與撚軍龔得樹、蘇天福等部會師於霍丘。張樂行力排眾議，率領撚軍加入太平天國，正式接受太平天國的領導。撚軍將士開始蓄長發，軍中也以太平軍旗幟代替原來的五色旗，各部將領接受太平天國封號、印信。兩軍聯合以後，撚軍勢力更為壯大，不僅在淮河流域牽製了部分清軍主力，減輕了天京的壓力，並且與太平軍配合進行過多次重大戰役，有力地支持了太平天國。不過，撚軍參加太平天國是有條件的，即所謂“聽封而不能聽調用”。與太平軍有事則聯合作戰，無事則各自行動，依然保持著某種獨立狀態。同治元年（1862），太平天國英王陳玉成敗死，太平軍皖北根據地完全喪失，軍事形勢急劇惡化。同治二年（1863），清科爾沁親王僧格林沁率軍大肆圍攻撚軍，張樂行連戰不敵，連根本之地雉河集也落入清軍之手，張樂行僅率二十餘人突圍。張樂行與子張喜、義子王宛兒藏匿於鄉民李勤邦家，結果被李勤邦祖侄李家英出賣，被清兵俘獲後淩遲處死。撚軍將領張宗禹、任化邦等率領撚軍餘部在河南南部與太平軍賴文光部會合後，奉賴文光為新的領袖。賴文光隨即將撚軍按太平軍軍製進行大規模整編，改建成一支戰鬥力很強的新軍。同治四年（1865），賴文光率撚軍一舉全殲了僧格林沁的蒙古馬隊。僧格林沁本人逃入麥田之中，結果被十三歲的撚童張皮綆搜到，一刀刺死。僧格林沁一直是清廷倚重的猛將重臣，他的敗亡對清朝造成了巨大的震撼，清朝急調曾國藩為欽差大臣督師剿撚。曾國藩采取挖壕設防、堅壁清野之策，力圖圍困撚軍。撚軍首領賴文光為了保存實力，決定將主力分為兩支：由遵王賴文光、魯王任化邦、首王範汝增、魏王李蘊泰等率東撚軍圍轉戰於河南、山東、湖北等地；梁王張宗禹、幼沃王張禹爵（張樂行侄）、懷王邱遠才等率西撚軍進軍陝、甘地區，與西北回民起義軍聯絡。自此，撚軍分為東、西兩支，互相配合作戰，曾國藩也因為剿撚無功被撤換。同治六年（1867），東撚軍經過贛榆、壽光兩次大戰，主力損失殆盡。當年十二月初八，遵王賴文光搶渡六塘河，率兩千餘人突破重圍，沿運河東岸南下多次，力圖渡過運河，均遭挫敗。不久，賴文光在揚州瓦窯鋪因坐騎為清軍擊斃而被俘，被押到揚州處死。東撚軍失敗。起初，西撚軍得知東撚軍被圍消息後，立即東進救援，計劃直接進攻北京，以吸引清軍主力，解東撚軍之圍。並於同治六年（1867）一月二十二日突破了清軍的黃河防線，經山西、河南進入直隸。同治七年（1868）一月，西撚軍直逼北京西南盧溝橋，京師大震。清廷急命恭親王奕訢會同神機營王大臣辦理巡防事宜，又命欽差大臣左宗棠總統直隸境內各路清軍防堵西撚軍。西撚軍因孤軍深入，陷入清軍重圍，寡不敵眾，損失慘重。最終被圍困於黃河、運河、徒駭河之間。六月二十八日平南鎮一戰，西撚軍全軍覆沒，僅梁王張宗禹率十八騎衝出重圍，不知所終。至此，長達十六年、縱橫八省的撚軍起義失敗。］
眾所周知，湘軍因曾國藩而崛起，之後湖南名人層出不窮，湖南一省開始在中國近代史上以強者的姿態出現，甚至出現了“中國不可一日無湖南”的說法，成為晚清曆史上顯赫的一頁。