從在朝廷中的勢力而言，湘軍最盛之時，湘軍將領擔任“總督、巡撫，其他專閫、監司，以勳伐昭著於時者，不可勝數”。同治初年，八大總督之席位，湘淮係常占五位；十六個巡撫席位，湘淮係經常保持在十一位以上。整個湘軍係統中位至總督者十五人，位至巡撫者十四人，其他大小文武官員不計其數。湘軍將領及其幕僚已經成為當時中國政治、軍事舞台的絕對主角。胡林翼、左宗棠、李續賓、劉長佑、蔣益澧、曾國荃、彭玉麟、揚嶽斌、劉錦棠、劉坤一、楊昌濬、李續宜都是從湘軍中成長起來的大名鼎鼎的人才。而重臣中與湘軍有很深淵源的也不在少數，知名者如沈葆楨、李鴻章、嚴樹森、李瀚章、李宗羲、閻敬銘、許振韋等。其中李鴻章作為曾國藩的學生又創立了淮軍，淮軍一係陸續產生了張樹聲、劉銘傳、潘鼎新、劉秉璋、錢鼎銘、郭柏蔭、王凱泰、劉郇膏、丁日昌、周馥等名將，勢力更盛。用王闓運的話說，湘淮兩軍，“偏、裨皆可督撫”。湘軍氣焰之囂張，由此可見一斑。
從人才而言，曾國藩幕下可謂“極一時之盛”。當時天下人聽說曾國藩禮賢下士，跟隨他功名利祿唾手可得，於是爭相從四麵八方趕來投奔。這其中，除了文學之士外，還包括一批卓越的工程師、科學家等。同治二年（1863），留美學生容閎到安慶拜訪曾國藩，如實記錄了所看到的景象：“當時各處軍官（應為官員，原文為officials），聚於曾文正之大營中者，不下二百人。大半皆懷其目的而來。總督幕府中亦有百人左右。幕府外更有候補之官員、懷才之士子。凡法律、算學、天文、機器等專門家，無不畢集，幾於舉全國人才之精華，彙集於此。此皆曾文正一人之聲望道德，及其所成就之功業，足以吸引之羅致之也。”（《西學東漸記》）周遭兵禍，唯安慶一隅人才濟濟，以容閎之見多識廣，對此尚感到驚異和讚歎，可見當時曾國藩的幕府是何等恢宏，隱隱然有成為天下重地之意。
［容閎，字達萌，號純甫。安徽安慶人，遷居廣東香山（今屬珠海）。少年入澳門馬禮遜學校（後遷香港）學習。道光二十七年（1847）年初赴美留學，進入麻省芒鬆學校學習。與其同行的有黃寬等人。三年後，黃寬赴英國蘇格蘭愛丁堡大學學習醫學，獲醫學博士學位，是中國第一個赴歐美學習西醫之人。容閎則考入耶魯大學，鹹豐四年（1854）以優異成績畢業，成為畢業於美國大學的第一個中國留學生。不久後回國，先後擔任香港英府高等審判廳翻譯、上海英商絲茶公司書記等職務。容閎一度對太平天國持支持態度，曾於鹹豐十年（1860）到太平天國首都天京，向當時主持朝政的幹王洪仁玕（洪秀全族弟）提出組織良好軍隊、設立武備學校及海軍學校、建立有效能的政府、頒定教育製度等七條新政建議。但這一趟容閎也看出了太平天國的種種問題，不敢相信其能成大事，因此沒有接受太平天國的任職。同治二年（1863），容閎受曾國藩委派，為籌建江南製造局赴美采購機器，從此投身師夷自強的洋務運動。容閎曾通過江蘇巡撫丁日昌向清朝廷條陳，其中有一條便是選派青少年出洋留學。李鴻章很讚同容閎的建議，也一再上奏。恭親王奕訢更有遠見，反對李鴻章派遣二十歲青年留學的主張，力主選送十六歲以下少年。當時中國人還是老觀點，認為外國是“蠻夷之邦”，而且報名留學者要由父母寫下保證書，申明子女在外生死由命，所以家庭均不願意將自家孩子送出去留學。同治十一年（1872），容閎、陳蘭彬率領好不容易湊齊的三十名少年從上海起程，赴美留學。這其中就有詹天佑、梁敦彥、黃開甲。到光緒元年（1875）九月為止，前後派出四批少年留學生，共一百二十名。身穿馬褂、頭戴瓜皮帽的少年們到達美國時，圍觀者雲集。有美國人見到他們腦後的辮子，大喊“中國女孩子”。自此，少年以留辮子為恥。後吳嘉善接替陳蘭彬任留學生監督，到美國後發現留美少年穿洋裝、入西教，甚至剪發辮，且不向他跪拜，勃然大怒，立即上奏朝廷說少年書沒讀好，倒沾染了不少惡習，請求撤回留學少年。恭親王奕訢最終決定召回了留學生。近代中國第一次官派留學的嚐試遂告失敗。容閎回國後，發現洋務運動並沒有改變中國落後的現狀，對洋務派的無所作為深感失望之下，參加了戊戌變法，失敗後被清朝廷通緝，不得不逃出北京。容閎強國的夢想並未就此熄滅，於輾轉流亡中，又開始支持孫中山進行的革命活動。民國元年（1912）一月，容閎致函祝賀孫中山就任中華民國臨時大總統，四月即病逝於美國。從容閎坎坷的一生中，可以清晰地感受到在屈辱的晚清時期一個有才華有思想的中國人報國無門的痛苦和悲憤。他總是在希望中失望，又在失望中重新燃起希望，希望卻總是再一次地破滅，如此反反複複，最終還是壯誌難酬。］
從時局而言，從鹹豐一朝到同治一朝，再到光緒一朝，除了三個皇帝外，還曾經有三個被公認為有潛力君臨天下的人物——這便是太平天國的最高領導人天王洪秀全、恭親王奕訢以及湘軍主帥曾國藩。曾國藩得以與洪秀全和奕訢相提並論，可見其實力不容小覷。正因為曾國藩有如此聲勢，是以清廷雖然深為猜忌，也絕不敢輕易動他。
［奕訢，道光皇帝第六子，鹹豐皇帝奕詝異母弟。奕詝生母鈕祜祿氏為道光皇帝孝全成皇後，但鈕祜祿氏早死，奕詝改由靜貴妃博爾濟吉特氏撫養，靜貴妃即為奕訢生母。奕詝、奕訢年紀相仿，且由一母養大，關係異常密切，比親兄弟還要親。然而，兩兄弟長大成人後，均成為皇儲的有力人選，猜忌由此而生。奕訢才智見識過人，遠在奕詝等其他皇子之上，道光皇帝最為鍾愛，一度有意立為太子。有一天，道光皇帝召皇四子奕詝和皇六子奕訢入對，將藉以決定儲位。兩位皇子都向自己的師父請教對策。奕訢的師父卓秉恬對奕訢素來有信心，告訴他說：“皇父如有垂詢，當知無不言，言無不盡。”奕詝的師父杜受田則說：“阿哥如條陳時政，知識不敵六阿哥。唯有一策：皇上若自言老病，將不久於此位，阿哥就伏地流涕，以表孺慕之誠而已。”即所謂的“藏拙示仁”之計。兩兄弟都照著自己師父說的做了。道光皇帝晚年身體多病，昏聵不堪，果然如杜受田所料，對奕詝更為滿意，謂皇四子仁孝，儲位由此而定。但道光心中還是喜愛奕訢，死前留有親筆書寫的“朱諭”——即於道光二十六年（1846）六月十六日藏在乾清宮“正大光明”匾額後的立儲禦書——上麵寫著：“皇六子奕訢封為親王，皇四子奕詝立為皇太子。”（此諭旨現珍藏在中國第一曆史檔案館）在後一行漢字的旁邊，還另寫有“皇四子奕詝立為皇太子”的滿文。道光皇帝特意在立儲禦上封皇六子奕訢為恭親王，本意其實是為了防止奕詝壓製奕訢。奕詝繼位為鹹豐皇帝後，起初尚能顧念手足之情，對待奕訢友善，封其為親王，還封養母靜貴妃為貴太妃。鹹豐五年（1855），貴太妃病重，鹹豐皇帝和奕訢時常去探望。某一個夏日，鹹豐皇帝前去給貴太妃請安。迷迷糊糊的貴太妃剛剛睡醒，以為來人是自己的親生兒子奕訢，很不高興地說：“你怎麼又來了？能給你的，我都給了。他（指鹹豐皇帝）性情不測，莫生嫌疑就好。”鹹豐皇帝知道她說錯話了，便叫了聲：“額娘。”貴太妃這才發現來的人是皇帝，而不是奕訢，於是轉身裝睡，一言不發。自此，鹹豐皇帝對養母和奕訢都生了嫌疑。過了幾天，鹹豐皇帝再去向貴太妃請安時，剛好遇到奕訢出來，鹹豐皇帝問起貴太妃病情如何。奕訢哭著跪下說：“怕是沒治了，就等著上皇太後封號，方能瞑目。”鹹豐皇帝隻是淡淡“哦”了一聲，再沒表示。不料奕訢以為皇帝答應了要給生母加“皇太後”封號，便立即趕到軍機處，命人準備冊封典禮。鹹豐皇帝得知後十分氣憤，但木已成舟，不便拒絕，最後還是勉強同意，尊皇貴太妃為康慈皇太後。不久，康慈皇太後去世。鹹豐皇帝不但下令減損皇太後的喪儀，還立即將奕訢的軍機處職務罷免，命其回上書房讀書。奕訢自此在鹹豐一朝備受壓抑和打擊，兄弟二人自此連表麵的和睦都沒有了。回想兩兄弟小時候兩小無猜的手足情誼，不由得令人感歎世上對人改變之大者，無過於權勢。］
然而，形勢變化遠比人想象的要快。同治七年（1868）七月二十七日，曾國藩接到諭旨：“曾國藩著調補直隸總督，兩江總督著馬新貽調補。”直隸總督和兩江總督各自關係北南大局，且直隸總督係疆臣之首，肩負拱衛京師、就近顧問之責，排位尚在兩江總督之上，看起來曾國藩是升了，但實際上卻大有分別——兩江是曾國藩的老巢，如魚得水；直隸地處京畿，王宮貴族雲集，再有能耐的大臣到此，也是龍遊淺灘。
正因為如此，曾國藩很不高興。馬新貽確有才幹，但並無殊勳，又與湘軍、淮軍毫無淵源。由資曆尚淺的馬新貽來接任位高權重的兩江總督，在精於權術和深諳官場之道的曾國藩看來，這是朝廷對他本人的有意貶低。
且看曾國藩本人在七月二十七日這一天日記中的記錄：“早飯後清理文件，習字一紙。坐見之客一次。”一切都很平靜，但接下來“接奉諭旨，餘調補直隸總督，馬新貽調兩江總督”後就完全不一樣了，先是“圍棋二局”，但在這樣的大事麵前，心性終究無法平靜，於是開始“與家人論南北行止事宜”，然後是“坐見之客三次。改複丁雨生、李筱泉兩信稿，約改四百字”。
丁雨生即丁日昌，時任江蘇巡撫，為曾國藩親信。李筱泉即李瀚章，李鴻章親兄長，與曾國藩同為道光十八年（1838）進士，長期為湘軍綜理糧秣、擔任後勤，其人與曾國藩之私人關係比其弟李鴻章還要更親近一層。曾國藩給這二人寫信，很有深意，但他心煩意亂下，改兩封信竟然也未能完成。
之後曾國藩“中飯後閱本日文件。周縵雲（曾國藩心腹幕僚）來久談。小睡片刻。申刻寫丁（日昌）、李（瀚章）二人信，各添二葉（頁）。酉刻課兒甥輩背文。傍夕至後園一覽。小睡良久。夜核批稿各簿畢。至紀鴻（曾國藩次子）房中，見桌有穀牌，而身在他處下棋，天分本低，又不能立誌苦學，深為憂慮，悶坐良久，不能治事。二更三點睡”。
紀鴻即為曾國藩次子曾紀鴻，時年二十歲。他後來成為了一名數學家，並非曾國藩所說的“天分本低”。可見這裏曾國藩“深為憂慮”的並非次子不能“立誌苦學”一事，而是即將離任兩江總督。
之後兩日，曾國藩先後與丁汝昌（字禹廷，亦作雨亭，號次章，安徽廬江人。先參加太平軍，後投降加入湘軍、淮軍，由戰功升任總兵，加提督銜，賜協勇巴圖魯勇號）、吳廷棟（字彥甫，號竹如，安徽霍山人。清道光五年拔貢，任職刑部，累官至刑部侍郎。曾國藩摯友）、魁時若、李小湖、錢子密、黎蓴齋、惠甫、何廉昉、莫子偲秘密久談，並再次在日記中提到“倦甚，不能複治事”。
自鹹豐二年（1852）離開北京後，曾國藩已經有十六年未能目睹天顏。這次調任直隸總督，他必然要入京陛見，而是福是禍，著實難以預料。盡管他刻意在日記中掩蓋心情，盡量在文字中不露痕跡，但還是表現出了忐忑不安、心力交瘁的煩躁，顯然對朝廷調他任直隸總督無法自安。
據說最初慈禧太後屬意兩江總督的人選並非馬新貽，而是時任湖廣總督的李鴻章。李鴻章為淮軍首領，曾國藩為湘軍首領，在朝廷看來，以淮製湘，未必不是一招好棋。分而治之，曆來是慈禧太後所擅長的權術。
然而，李鴻章的淮軍與曾國藩的湘軍雖然一直暗中相互競爭較勁，但二人的關係卻是錯綜複雜且藕斷絲連。李鴻章有三個原因必須要推掉兩江總督的任命。
一是他出自曾國藩門下，素來對曾國藩有感激知遇之恩之心。當初曾國荃久攻天京不下，清廷多次命李鴻章率領淮軍前去會攻。李鴻章卻知道湘軍曆來私心極重，既要占破城首功，又要獨吞城內財富，他不願意為了眼前的小利益去破壞已經存在的某種秩序和關係，因此找各種借口拒命不前，有意不與曾國荃爭功。此處關節，曾國藩心知肚明，也十分感激，在給曾國荃的信中特意提到李鴻章此舉是“深知弟軍之千辛萬苦，不欲分此垂成之功”。
二是李鴻章非常清楚朝廷調曾國藩離開兩江是想有意壓製湘軍，但他自己一旦坐上了兩江總督的位子，難保不會步曾國藩後塵成為朝廷下一個猜忌的目標。換句話說，清廷從來就沒有真正信任過漢人大臣。
三則是李鴻章深知湘軍底細，他知道湘軍散兵遊勇在兩江多有不法之事，一旦赴任，淮軍必將與湘軍起衝突。朝廷對湘軍一向不滿，萬一處理不好還要把他自己的淮軍也搭進去。因此，他不願意去碰這個釘子。這是李鴻章的一點私心，正因為他一直對他的淮軍勢力保護得很好，在曾國藩死後的二十多年中，他在清朝廷中始終居於舉足輕重的地位。
對兩江總督的人選，李鴻章也有自己的看法，說：“湘人習氣之重，他人視為棘手……選州必於湘人，朝廷亦深顧慮。”（李鴻章撰／吳汝綸編《李文忠公全書·朋僚函稿卷十》）此見解極為深刻，李鴻章已經料到非湘軍嫡係無法坐鎮兩江。他雖然也出自曾國藩門下，但由於另立山頭創建淮軍，早已經被排斥在湘軍嫡係圈外。
不過，李鴻章的看法是一回事，清廷的實際決策人慈禧太後的看法則是另外一回事。慈禧太後以秀女身份入宮，起初沒有任何學問見識，後來協助鹹豐皇帝批閱奏章，閱曆才逐漸增多。她利用自己為同治皇帝生母的天時地利，先後在與肅順和恭親王奕訢的爭權奪利中占盡了上風，便自以為權術手段高明，能夠翻手為雲、覆手為雨，豈不知自己的才識根基仍是相當淺薄。同治四年（1865），慈禧太後與恭親王奕訢發生爭執，慈禧責備奕訢議政盡用漢人，奕訢很不以為然。慈禧太後怒氣衝衝地威脅說：“我要革了你。”奕訢毫不相讓，說：“太後革得了臣的官職，卻革不掉臣的皇子身份。”慈禧太後勃然大怒，親筆詔書責備奕訢。詔書中錯別字連篇，詞句多有不通順之處，令人瞠目結舌。這樣一個隻擅長玩弄後宮陰謀的女人，當然也沒有李鴻章在兩江總督人選上的這番遠見。她隻是一心想要將曾國藩這顆眼中釘調離老巢，令其不能有所作為。既然李鴻章推辭不就，慈禧太後隻好另外選人。李鴻章之回避兩江總督，就直接造成了他的同科馬新貽脫穎而出的大好機會，也為日後的刺馬案發生埋下了禍根。
同治七年（1868）七月二十七日，李鴻章也收到京信，正式得知馬新貽調兩江總督，而曾國藩則調任直隸總督。當天，他即提筆給馬新貽寫了一封信。信中說：“畿疆拱衛，非老成碩望不足挽回頹波；江海要衝，非盤錯大才不足坐鎮雅俗，豈唯皖士重庇福星！欣躍不可言喻。”（《李文忠公全書》）大概意思是說曾國藩老成碩望，馬新貽盤錯大才，二人分掌直隸和兩江，各得其所。以李鴻章肱股重臣的身份，如此吹捧馬新貽這樣的後起之秀，實在是很令人費解。
不過在信中，李鴻章也表示了擔心，認為“侯相恐將乞退，處斯時地，似不可行，容專緘勸駕”，意思是擔心曾國藩恐怕不會在這樣的情況下赴任直隸總督，很可能會退休。言下之意不言而喻，他也認為朝廷調曾國藩任直隸總督有貶斥之意，是典型的明升暗降的伎倆。
就在同一天，李鴻章也給曾國藩寫了一封信，大力強調直隸總督位置的重要性——“欲借老成重望拱衛神京，即備就近顧問，親政讚襄之”，顯然有寬慰曾國藩的意思。但在信末卻話鋒一轉，說：“穀山（馬新貽的字）素極謙謹，一切必守蕭規。但威望過輕，長江從此多故矣。”一句“威望過輕”，一句“從此多故”，似乎已經預料到了馬新貽日後的悲劇結局。
顯然，李鴻章給曾國藩的信才能代表他對馬新貽的真實看法，他為什麼又要玩弄兩麵三刀的權術，在給馬新貽的信中肉麻地吹捧對方呢？這要從後來李鴻章請求馬新貽助淮軍籌措軍餉的事情中去尋找答案。實際上，在曾國藩與馬新貽的兩江總督之爭中，李鴻章始終是一個坐山觀虎鬥的旁觀者。這是後話。
那麼，這個令慈禧、李鴻章等另眼相看的馬新貽，到底是什麼來頭呢？
馬新貽，字穀山，號燕門，別號鐵舫，山東菏澤人，為回教徒。他是道光二十七年（1847）的進士，跟李鴻章、郭嵩燾同榜。二十六歲的馬新貽中進士後步入仕途，沒有點翰林，也不曾補京官，榜下即用，分發到安徽當知縣，從此一直在安徽做官，曆任安徽建平、合肥等縣知縣、廬州府知府，以勤明稱。從鹹豐三年（1853）開始在安徽境內與太平軍作戰，因戰功累遷安徽藩司（布政使）。
［郭嵩燾，字筠仙，湖南湘陰人。跟隨曾國藩組建湘軍起家，號稱曾國藩的第一高參。曾國藩也將自己的第四女許配給郭嵩燾之子郭剛基，又幫助郭嵩燾進京入南書房，成為“天子近臣”。光緒三年（1877）起，郭嵩燾出任清朝駐英法公使，是中國第一位駐外外交官。抵達倫敦後，郭嵩燾應邀訪問倫敦附近的電力廠，並參觀了剛剛發明不久的電話。這是中國人第一次接觸到電話。歐洲之旅對郭嵩燾影響很大，他開始不遺餘力地向清朝廷介紹外國先進的管理概念和政治措施，由此引來朝中保守派的仇視，次年便被召回國。郭嵩燾將途中見聞寫成《使西紀程》，希望能清朝能有所借鑒，結果再次受到猛烈攻擊，被誣蔑為“勾結洋人”，從此閑居，再未起用。］
馬新貽精明能幹，有“能員”之稱，曆任巡撫都很賞識他，這也令他的官場大道走得一帆風順。這當然與他本人的才幹有關，但更重要的是，在大動蕩的時局下，他遇到了一係列千載難逢的機會。
同治三年（1864），太平天國平定，曾國藩受到朝廷猜忌，尤其是其弟曾國荃因為卷入奪取太平天國巨額財富一事而成為眾矢之的，為避免兔死狗烹的下場，他主動上書請求裁撤湘軍，力推李鴻章出麵主持大局，打算以淮代湘。一時之間，李鴻章風頭無二，儼然有曾國藩衣缽繼承人的姿態。當然，他還需要一些幫手，而且，最好不是湘軍一係的人，這樣，同年進士馬新貽就進入了他的視線。很快，馬新貽受到李鴻章的暗中推薦，接替開缺回籍的曾國荃，升為浙江巡撫，從此步入封疆大吏的行列。
在這之前，浙江巡撫名義上為曾國荃，浙江軍務也歸兩江總督曾國藩管轄，但其實浙江本是左宗棠的地盤，此時左宗棠正任閩浙總督。馬新貽到杭州上任浙江巡撫後，表麵上還是相當尊敬曾國藩，曾專程到江寧向曾國藩問計，給曾國藩留下了相當精明強幹的印象。馬新貽與左宗棠的關係也很好，曾上書力讚昔日左宗棠在浙江的治跡。
這裏要專門講一下總督與巡撫之間的關係。按照清朝官製，總督和巡撫都是封疆大吏，不相統屬。按照職責而言，總督主管軍事，節製省內綠營提督、總兵各官，且自轄“督標”三至五營；巡撫則主管民事，總管省內政務監察，也自轄“撫標”二營，用兵時也需負責糧餉。一般來說，總督、巡撫選用文人，極少用武人。這是因為武人知兵，不能輕與事權，而文人不習兵事，不妨假以重任，平時以文製武，戰時由朝廷另外特簡經略大臣等專事征伐。另外，一省的民政、財政和司法則分別由布政使和按察使主管，隻聽命於戶部和刑部，也不屬於總督、巡撫管轄。
不過，自曾國藩憑借湘軍以文武雙重身份崛起後，情況開始改變。他受任兩江總督之初，還兼有欽差大臣的身份，有權統轄江、皖、贛、浙四省軍務大權。這樣，原本不屬於他節製的江蘇、安徽、江西、浙江四省巡撫以及各省布政使、按察使均成了他的下屬。在清朝，這可是前所未有的大事。按照清朝製度，總督對文職道府以下、武職副將以下官員有奏請升調免黜的權力，正是在這樣的便宜條件之下，大批湘軍將領倚靠曾國藩進入政權機構，得任地方實職，由此掌握了一方的軍事、財政大權。即便到後來曾國藩主動裁撤湘軍、湘軍為淮軍所取代時，湘軍一係羽翼已成，不但軍事力量雄厚，“七八省政權，皆在掌握”，且五髒俱全，成長為完全有實力分權割據的力量。尤其是曾國藩所管轄的兩江富甲全國，形成了“重地方，輕中央”的政治格局。在這樣的局麵下，以慈禧太後為首的清廷惶惶不可終日，視曾國藩為眼中釘、肉中刺也就不足為奇了。馬新貽升任浙江巡撫，已經是清廷要將曾國藩調離兩江的前兆。
馬新貽任浙江巡撫期間，講究政通人和，積極興修水利，修築海塘，並奏請豁減杭嘉湖等七府浮收錢和漕米，減輕百姓負擔，複興各府書院等，在當地很有名望，頗受百姓愛戴。正因為馬新貽政績突出，次年左宗棠西征之時，便由他接任了閩浙總督。升遷速度之快，令人大跌眼鏡。
此時的馬新貽，盡管實力上遠遠不及，但在聲勢上已經如同前任左宗棠一般，隱隱然有與兩江總督曾國藩相抗之意。不久，東、西撚軍先後平定，清廷長鬆了一口氣，急不可待地開始考慮督撫的調動問題，其實最首要考慮的就是如何讓令朝廷寢食難安的兩江總督曾國藩離開兩江。經過一番商討後，由恭親王奕訢出麵，力薦馬新貽接任兩江總督兼南洋通商大臣，理由是：“馬新貽精明強幹，操守亦好。他在安徽服官多年，對兩江地方最熟悉。剿撚的大功告成，淮軍裁遣回籍，非得要馬新貽這樣的人，才能把那些驕兵悍將妥為安置。”原兩江總督曾國藩則調任直隸總督。
當時的八大總督中，以直隸總督地位最尊，其次是兩江總督。但論實權，兩江總督卻要排在第一。而直隸總督雖位列各地總督之首，但地近京畿，上有朝廷，下有順天府尹，位尊而權輕。加上同時兼任北洋大臣，須常駐天津辦理洋務，並不是一樁輕鬆的好差使。
馬新貽升官速度快得匪夷所思，在不到兩年的時間內就由二品官升到了疆臣中最有實力的兩江總督，實在令人吃驚。當年他才四十七歲，是當時最年輕的總督。這其中，固然有馬新貽個人才幹的因素，但可遇不可求的機遇遠比才華更為重要。當時，太平天國已經平定，曾國藩兄弟名蓋天下，但流言也與功名一樣多。多年以來，中外紛傳曾國藩有謀取帝位的野心。清朝因曾國藩軍功封其為一等侯時，曾國藩幼女曾紀芬說，曾家人聽到後都說：“侯爵太細。”意思是嫌侯爵的官職太小，不滿之情溢於言表。曾國藩勢大如猛虎，這樣一個人在江南坐大，真是讓慈禧太後坐臥不寧，因此考慮將曾國藩調離江寧成為必然的選擇。隻是由馬新貽來接任兩江總督，不僅令天下人驚訝，整個湘軍係統的人驚訝，曾國藩驚訝，就連馬新貽自己也相當驚訝。朝野對此議論頗多，輿論普遍認為馬新貽資曆尚淺，德不高望不重，讓他接替曾國藩任兩江總督，太過破格。
在曾國藩接到調任直隸總督的諭旨前，馬新貽早已知道自己即將接任兩江總督。他的心情，應該是且喜且憂：喜的是他現在是大清朝最讓人眼紅的大紅人，以朝廷心腹的身份當上了兩江總督，受聖眷之隆，一時無二；憂的是兩江素來是湘軍的地盤，他們在那裏經營了多年，豈能輕易讓給他這個外人？
同治七年（1868）五月十六日，時任閩浙總督的馬新貽從杭州坐輪船到達天津，次日到達北京。這個時候，他應該是已經知道慈禧太後的心意。五月二十六日，馬新貽被召進宮中，很久才出來，出來時大汗淋漓，神態極為反常。這之後，他突然請了二十天假，回到山東菏澤老家探親掃墓。離家時，馬新貽突然將二位兄長和兒子召到身邊，秘密囑咐說：“我此去吉凶難料，萬一有什麼不測，千萬不要到京告狀。一定要忍氣吞聲，方能自保。”
此時，正式任命他為兩江總督的諭旨尚未下達，他卻已經在交代身後事，難免令家人大為吃驚。這也就是馬新貽臨死前交代兒子馬毓楨“別忘了當日為父在菏澤交代你們的話”的由來。
顯然，馬新貽在一開始就已經預料到：他孑然一身赴江寧，既沒有自己的軍事力量，還需完成朝廷交代的公開和秘密的雙重使命，無異於孤身入龍潭虎穴。但是，他不想就此服輸。
未到江寧前，馬新貽曾致信給曾國藩，商議交卸等公事。曾國藩除了按禮節回信外，還給馬新貽送去“巡捕鄭興儀一員，戈什哈四名，聊供驅使”。尚未交接，便送去幾名保鏢，這份見麵禮，著實耐人尋味。在這之前，天下人盛傳將來繼任曾國藩兩江總督的人選是其弟曾國荃，就連曾國荃自己也一直認為總督是自己的囊中之物。也許曾國藩也如同李鴻章那樣，擔心馬新貽“威望過輕”，湘軍由此憤憤不平，“長江從此多故”。
［曾國藩有一幕僚名邵順國，邵之妹夫名鄭興儀，一向被曾國藩尊稱為“鄭世兄”，似乎私人關係非同一般。未及考證曾國藩所送巡捕即是此人。］
當年九月二十日，馬新貽到達江寧。九月二十六日，曾國藩向馬新貽交卸關防印信。這期間，江蘇巡撫丁日昌和湖廣總督李鴻章先後趕到南京，麵見曾國藩。曾國藩為此奏請“會商公事，暫緩起程”。
十一月初四，曾國藩終於乘船離開江寧，據說“金陵士民焚香酌酒以餞送者，填咽街巷”。如此情形，想來馬新貽心中也不是滋味。
馬新貽到兩江上任後，立即著手為百姓做了一些好事，比如，奏請以寬免錢糧來勸墾招領江南荒廢田地，使得編民早得複業。這些措施確實為他贏得了一定民心，他一度很受鼓舞，又提出了“應辦最要者六條”，即：培養民生以籌辦善後；修築運堤以宣防河務；清查官虧以講求吏治；選擇將才以整頓綠營；酌留水師以聯絡江防；恪守條約以辦理洋務。當然，他自己心中最清楚，這六條中，“清查官虧以講求吏治”“選擇將才以整頓綠營”“酌留水師以聯絡江防”三條，其實都是有計劃針對湘軍的。
為了有效地製衡湘軍，馬新貽還與手中握有淮軍的李鴻章暗中結成了聯盟。當時，湘軍和淮軍的軍餉主要來源於兩江地區，李鴻章為了保留自己的淮軍精銳，主動向馬新貽求助軍餉。馬新貽爽快地答應了，大大增加了淮軍的軍餉，此長彼消，湘軍的軍餉自然被相應地削減。如此一來，不提馬新貽所謂追查太平天國寶藏下落的秘密使命，單此一項，便是公然得罪了曾國藩和湘軍。軍餉減少涉及最切身的利益，湘軍中大大小小的人物無不因此對馬新貽切齒痛恨，甚至包括那些已經退伍的湘軍。湘軍戾氣本重，最終形成了湘軍暗鬥馬新貽和淮軍的局麵。淮軍尚有舊情可念，馬新貽則是有怨無恩，首當其衝。
然而，盡管馬新貽采取了種種措施來抑製湘軍，但他很快就發現他確實是過於樂觀了。湘軍勢力根深蒂固，從軍隊到後勤自成體係，地方割據局麵已經形成，別說他馬新貽，就是中央朝廷也絕難撼動。雖然他與李鴻章的淮軍暗中結盟，但依舊不過是以軍餉的利益為紐帶，並非牢不可破。實際上，以李鴻章的性格，馬新貽真要出了事情，第一個跑的準保就是李鴻章自己。換句話說，老謀深算的李鴻章其實也是在利用馬新貽來對付湘軍，隻不過他在暗，馬新貽在明而已。
在沒有有力同盟者和支援者的情況下，馬新貽上任兩江總督兩年多徒勞無功就很正常了。他諸多對付湘軍的手段並無任何成效，唯一的結果就是造成了他本人與湘軍——尤其是與湘軍的嫡係和精銳長江水師——嫌隙越來越深。天津教案發生後，曾國藩處理教案不力而身敗名裂——傳說天津教案本身就是朝中有人有意針對曾國藩——湘軍們為此憤憤不平，開始在兩江滋事。而天津教案還引發了外交衝突，外國列強以軍艦聚集於天津和煙台，對清廷進行武力恐嚇。在戰爭一觸即發的情況下，清廷急令馬新貽調長江水師布防。本來就有心惹是生非的長江水師自然不肯聽從調遣，多有陽奉陰違的事情發生，矛盾和衝突開始表麵化了。
所以，不到一個月後，當刺客一刀刺中馬新貽的時候，他感到這是他早已經預料到的結局，才大叫了一聲：“紮著了！”
不過，刀紮中的不僅僅是兩江總督馬新貽，還有慈禧太後的心痛之處，以及清王朝的風雨飄搖的時局。馬新貽遇刺後，舉國側目，疆臣人人自危，朝野為之震蕩。
馬新貽遇刺後，江寧將軍魁玉用六百裏飛驛緊急馳奏朝廷。奏折送到北京後，十五歲的同治皇帝看了大驚失色，深感駭異，將這一事件比喻為“武元衡盜起身旁”。
［武元衡，字伯蒼。緱氏（今河南偃師東南）人。武則天曾侄孫，清雅俊逸如鶴，有唐朝第一美男之稱。曾任西川節度使，與名妓薛濤交好。薛濤所得“女校書”的稱號，就是他向朝廷奏請所得。唐憲宗時任宰相，因力主削藩，遭藩鎮忌恨。元和十年（815）六月初三早朝時，為藩鎮派遣的刺客暗殺，號稱“唐朝第一驚天大案”。］
次日，清廷連發了四道諭旨：第一，命魁玉督同司道各官趕緊嚴訊，務得確情，盡法懲辦；第二，曾國藩著調補兩江總督，未到任以前著魁玉暫行兼署；第三，密旨安徽巡撫英翰加強長江防務和地方治安；第四，著魁玉督飭司道各官，設法熬審，務將因何行刺緣由及有無主使之人一一審出，據實奏聞。
［雍正七年（1729），雍正皇帝在設立軍機處的同時，還建立了“廷寄”製度。“廷寄”與“明發”相對應。所謂“明發”，是指皇帝的諭旨由軍機處代起草後，先經過內閣，次及於部院，層層下發，無需保密，稱為“明發”。而對於需要保密的諭旨，則不經過內閣，由軍機處本處密封後，直接交給交兵部捷報處，用寄信的形式發出，直達收件人，稱為“廷寄”（又稱“寄信”）。“廷寄”的內容一般均為機密要事，下發時，根據緩急程度，分為日行三百裏、四百裏、五百裏、六百裏及六百裏加快幾種。凡給經略大將軍、欽差大臣、參讚大臣、都統、副都統、辦事領隊大臣、總督、巡撫、學政的叫“軍機大臣字寄”，凡給鹽政、關差、布政使、按察使的叫“軍機大臣傳諭”。字寄、傳諭封口處蓋有軍機處的印信，封函的表麵均注明“某處某官開拆”，隻許受命者本人拆閱，不許別人代拆。“廷寄”製度的建立，減少了很多中間環節，加強了中央和地方的聯係，大大加快了辦事速度；同時，也使得皇帝擺脫了內閣的約束，使皇帝的意誌可以毫無阻礙地直達地方。］
因一件事一天之內連發四道諭旨催辦，這在清朝的曆史上是十分罕見的。四道諭旨的口氣越來越嚴厲，可見清廷一開始就意識到此案非同一般，懷疑張文祥背後另有主謀。
四道諭旨中，最值得關注的是第二道——重新命曾國藩回任兩江總督，這是恭親王奕訢的意思。第三道給安徽巡撫英翰的密旨也不容忽視。英翰是滿人，不屬於湘軍一係。而且他本人與馬新貽交好，可以說是目前朝廷在兩江唯一信得過的實權人物。秘密交代英翰加強防務，實際上就是預防兵變。可見從一開始，湘軍就已經被朝廷放到了懷疑的天平上，現在就要看曾國藩的反應了。
對於曾國藩，執掌大權的慈禧太後和恭親王奕訢都對他沒有任何好感。曾國藩能掌握兵權，得益於鹹豐朝禦前大臣肅順的倚重和推薦。尤其是後來曾國藩得到夢寐以求的兩江總督，全仗肅順的居間運作。說肅順對曾國藩有莫大的知遇之恩，一點兒也不為過。
恭親王奕訢一向與肅順不和。奕訢為鹹豐皇弟，才幹過人，差點被道光皇帝立為皇儲，所以一直被兄長猜忌。鹹豐登上皇位後不久，勒令奕訢退出軍機處，改由肅順取而代之。鹹豐皇帝重用肅順，明顯有牽製奕訢的意思。奕訢與肅順從此成為冤家對頭。鹹豐皇帝病死於承德避暑山莊後，六歲的兒子載淳繼位，是為同治皇帝。以肅順為首的八名“讚襄政務王大臣”受遺詔輔弼幼主，掌管朝政。奕訢在皇族宗室中名望最尊，竟然無緣輔政大臣之列，由此勢必要與肅順等人展開一場權力之爭。
而慈禧太後與肅順的恩怨，則更加是你死我活的局麵。昔日漢武帝臨死前擔心“主少母壯，女主幹政”，處死了太子劉弗陵的生母鉤弋夫人，肅順曾經以此故事遊說鹹豐皇帝除掉載淳生母懿貴妃，也就是後來的慈禧太後。雖然鹹豐皇帝一時心軟，未能下手。後來慈禧太後知道究竟後，恨肅順入骨，務必除之而後快。
而肅順之前曾大力整頓吏治，懲辦貪汙，得罪的人不計其數。戊午科場案中，力主將主考官、大學士柏葰斬首；又彈劾戶部寶鈔處與官票所官吏和不法商人因緣為奸，交通舞弊，籍沒官吏、商人數十家。他為人剛硬，辦事不講情麵，加上恃寵而驕，目中無人，引起不少王公大臣的忌恨。這些人為了自己的利益，爭相投奔到恭親王奕訢或是慈禧太後門下。其中，就包括手握重兵的蒙古親王僧格林沁和兵部侍郎勝保。
鹹豐皇帝臨死前雖然將朝政交給肅順等八名輔政大臣，但為了防止重新出現清朝初年權臣鼇拜欺君專權的情況，又分授私章“禦賞”和“同道堂”給皇後鈕祜祿氏和懿貴妃那拉氏（實際上是給了小皇帝載淳，但由懿貴妃掌管），即後來的慈安和慈禧太後。這兩枚私章作為皇權的象征，代表了至高無上的權力，凡下達詔諭，必須有二章為印訖。由此杜絕了權臣專政，卻也撕開了後宮女人幹政的口子。慈禧太後時年二十五歲，沒有年輕守寡的悲痛，反而野心勃勃，不甘心朝政大權落於肅順等人之手。剛好此時禦史董元醇上疏，以皇帝年幼為理由，請求由皇太後暫時權理朝政。慈禧太後也一心想效法古人垂簾聽政，遂聯合慈安太後，努力與肅順八大臣及恭親王奕訢爭權。董元醇上奏的第二天，慈禧太後召見肅順八大臣，要求他們照董元醇所奏傳旨實行。肅順等“勃然抗論”，並聲稱自己“係讚襄皇上，不能聽太後之命”。雙方爭論激烈，嚇得同治小皇帝啼哭不止，以致“遺溺後衣”。這便是清朝著名的“垂簾之爭”。最後，肅順等以祖製無垂簾之禮為理由，駁回了董元醇的建議。但慈禧太後並未善罷甘休，開始在朝中尋找新的聯盟力量。
就在慈禧太後、肅順八大臣以及恭親王奕訢三方明爭暗鬥、形成三足鼎立之勢時，肅順心腹幕僚王闓運寫信給曾國藩，勸他與肅順聯手，率湘軍入北京，阻止慈禧太後的垂簾聽政。曾國藩表麵對這封信沒有作出回應，但內心未必沒有大起波瀾。
就在這個時候，慈禧太後主動聯合恭親王奕訢，在北京發動了辛酉政變，搶先逮捕以肅順為首的八名顧命大臣。慈禧太後本想以貪汙罪置肅順於死地，不過抄家時才發現肅順各處家產加起來不到二十萬，連恭親王奕訢的十五分之一都不到，最後不得不定了個“假傳聖旨”的罪名。八名顧命大臣中，肅順處刑最重，被立即押赴菜市口斬首，怡親王載垣和鄭親王端華被迫自盡，其餘人則被革職。鹹豐十一年（1861）十一月初一，慈禧太後與慈安太後在養心殿正式垂簾聽政。由於慈安太後性情“和易少思慮”，不願多問朝政，朝廷大權遂落入慈禧太後一人之手。自此，這個少年喪父、青年喪夫的女人正式登上了中國的曆史舞台。在之後長達四十七年的政治生涯中，她還將經曆中年喪子、晚年喪國的不幸。
牆倒眾人推，肅順敗亡後，僧格林沁趁機將第二次鴉片戰爭期間天津的敗績諉過於肅順。曾國藩對此十分不滿，慨歎說：“天下無真是非。”以他陰冷虛矯的性格，加上為人之謹慎，出此言語十分罕見，可見他對肅順並非如傳說中那樣沒有任何感情。
［鹹豐十年（1860），英法兩國政府為了在中國掠奪更多的特權，開始積極籌備侵華戰爭。當年春天，英法兩軍陸續開到中國。六月中旬，英法聯軍艦隊兩次在天津大沽口外集結。當時，清朝負責天津一帶防務的為科爾沁親王僧格林沁。僧格林沁將全部重兵布置在大沽，在北塘一帶隻埋設了一些地雷，沒有布置任何防務。此情況被先期到達渤海灣刺探清軍軍情的俄使伊格納切夫得知後，密報給英法聯軍。於是英法聯軍決定自北塘登陸，再抄襲大沽炮台後路。六月十五日，英法聯軍順利登陸北塘，沒有遇到任何抵抗，大沽炮台立即陷於腹背受敵的境地。七月初三，英法聯軍開始進攻大沽口。鎮守北岸炮台的清直隸提督樂善率守台將士頑強抵抗後，全部壯烈殉國，北炮台最終陷落。駐守南炮台的僧格林沁見大勢已去，率部撤往天津。直隸總督恒福在英軍的威脅下，將南炮台及全部軍火物資拱手交給英法聯軍，自己也逃回天津。僧格林沁撤回天津後，認為天津“較之大沽，不啻天淵”，更難扼守，於是將天津炮台大炮拆下，連夜運回北京，小炮及綠營官兵則撤至通州。此舉相當於將天津拱手讓給了英法聯軍。七月初八日，英法聯軍入駐天津，因與清廷談判無結果，又繼續向北京逼進。鹹豐皇帝一麵派人與英法聯軍議和，一麵令僧格林沁在河西務一帶防堵。談判破裂的當日，僧格林沁兵敗，通州失陷，英法聯軍繼續向西推進。八月初八，鹹豐皇帝自圓明園逃往熱河。八月二十一日，英法聯軍抵達北京城下，負責防衛的僧格林沁不戰自潰，退往西郊圓明園。英法聯軍尾追不舍，於次日占領圓明園。在進行大肆搶掠後，侵略者放火焚燒了這座世界名園。］
慈禧太後垂簾聽政後，不遺餘力地鏟除肅順黨羽，對肅順一手力保扶持的曾國藩自然也沒有什麼好印象，不過當時湘軍勢大，清朝廷又需依賴湘軍剿滅太平天國，是以慈禧一直對曾國藩和顏悅色，除了示好籠絡外，別無他法可想。
慈禧太後派人抄肅順的家時，發現了一個大箱子，裏麵裝的是全國各地官員與肅順的往來書信，各省督、撫、將軍、都統等地方政要無不在其中，卻偏偏沒有曾國藩的。之前肅順當權時，幕府中有著名的“湖南六子”，其中的王闓運更是與曾國藩交情匪淺。而肅順“平日與座客談論，常心折曾文正公（曾國藩）之識量”。這樣一個被肅順經常掛在嘴邊的人，卻沒有一封往來的書信，這是相當可驚可怖的，若非深謀遠慮、心機深沉之人，絕難做到。雖然曾國藩由此擺脫了與肅順的黨朋瓜葛嫌疑，但其心計與遠見，無疑更加讓慈禧太後耿耿於懷、坐立不安。後來慈禧太後調曾國藩到直隸、派馬新貽到兩江，表現得迫不及待，就是不安的明證。
除此之外，清朝自立國以來，便嚴加防止漢人掌握實權。後來雖然不得已重用曾國藩等漢人官員，清朝顯貴心底深處卻依舊是漢人隻可利用、不可重用，隻可使用、不可信用的觀點。尤其是對坐大一方的曾國藩，其人有野心獨步天下的謠言不絕於耳，怎麼能令慈禧太後睡得安穩？正因為她費盡了心計，好不容易才將曾國藩這條潛龍從兩江的深海中撈出，擱置到了直隸的淺灘上，但現在又要重新放龍入深海，這又是什麼道理？
馬新貽遇刺的消息傳到北京時，慈禧太後剛剛喪母，正處於悲痛之中，身體也不是很好，政事由恭親王奕訢處理。奕訢與慈禧當時正處在麵和心不和的時期，他也知道馬新貽是慈禧心腹，負有追查太平天國寶藏的秘密使命，因而不敢多說馬新貽一案，隻是提議讓曾國藩回任兩江總督。
［慈禧太後姓葉赫那拉氏，小名蘭兒，最初以秀女身份入選進宮。她父親長年在南方為官，那拉氏自幼隨父親生長在南方，擅長唱南方小曲，由此得到鹹豐皇帝寵幸。鹹豐五年（1855），時為懿嬪的那拉氏“遇喜”（即懷孕），鹹豐皇帝欣喜若狂，破例下旨允許那拉氏之母入宮。那拉氏之母入宮照看孕中之女開了清代宮廷先例，後來更被寫進《欽定宮中現行則例》中《遇喜》一條：“內庭位有生母者，許進內照顧。”］
以奕訢的才幹和眼光，自然一眼就看出了事情的關鍵——他知道被裁湘軍流落在兩江，多有不法之事，而馬新貽赴任兩江後認真辦事，得罪了一大批湘係的人。馬新貽之遇刺，湘軍決計脫離不了幹係。以兩江眼下的局麵，隻有曾國藩回任，才能鎮撫得住。
當時曾國藩正在天津處理教案，對洋人卑躬屈膝，殺害中國無辜良民取媚外國，身敗名裂，被國人稱為“賣國賊”，已經到了千夫所指、眾口唾罵的地步。就連一向以出了曾國藩為傲的湖南同鄉也將京師虎坊橋長郡會館、教子胡同湖南會館等處由曾國藩所題的匾額砸爛焚毀，把凡有“曾國藩”之名者盡數刮掉，以此來表示對其人賣國的鄙夷和唾棄。
［自鹹豐十年（1860）《北京條約》簽訂後，法國天主教傳教士在天津望海樓設立了教堂。這種靠侵略強行進來的外來事物，在很長時間內都為有良知的中國人所抵製。尤其是教堂長期以來不斷強占民田，拐騙人口，聲名很差，更加引發了民眾的怨恨。同治九年（1870）五月，設置在教堂附近的育嬰堂突然離奇死了三四十名嬰孩，教堂偷偷外運屍體時被民眾發現，引發了軒然大波。與此同時，天津不斷有用迷藥拐騙幼童的事情發生，傳說與教堂有關。五月二十一日，拐騙犯武蘭珍在用下有迷藥的紅薯糖誘騙幼童時，被民眾當場抓獲。武蘭珍被扭送到天津知府衙門，知府張光藻本不想問案，但見民眾群情激憤，不敢不接，隻好當眾訊問武蘭珍及一幹證人。武蘭珍供出了迷藥來自天主教民王三，所拐騙的幼童均交給了育嬰堂，王三付給報酬洋銀五元。又有親眼看見死嬰屍體的證人說屍體胸膛盡開，心肝俱無，眼珠也被挖去。張光藻懷疑有人借機煽動民心，造謠鬧事，但還是同意去找洋人對證。隨後，天津知府張光藻與天津道周家勳聯名向法國育嬰堂發出照會，讓他們交出罪犯王三，但是遭到了拒絕。五月二十三日，張光藻、周家勳帶著武蘭珍和人證來到育嬰堂對質。結果，育嬰堂裏沒有王三這個人，武蘭珍在法國傳教士及教民的指責下也說不出所以然來。張光藻和周家勳隻好當場向法國人賠禮道歉，訕訕而退。官府退走後，民眾依舊憤憤不平，與教士發生了口角，繼而演變成互毆。法國領事館離教堂不遠，領事豐大業（Victor宮
Fontanier
Henri）聞訊後勃然大怒，立即要求三口通商大臣崇厚派兵鎮壓。崇厚不願意事態擴大，裝模作樣地派了幾名官弁應付了事。豐大業十分不滿，帶著秘書西蒙（Simon）闖入崇厚的衙門，向崇厚開槍恫嚇，幸好沒有射中。回去的路上，豐大業剛好遇上聞訊趕來的天津知縣劉傑一行。暴怒下的豐大業二話不說，拔槍就射，結果打死了劉傑的隨從高升。周圍的民眾怒不可遏，一擁而上，當場將豐大業及西蒙打死，接著鳴鑼聚眾，焚毀法國教堂、育嬰堂、領事署及英、美教堂，先後打死二十名外國人。這就是天津教案。事件發生後，法、英、美、俄、德、比、西七國聯銜向清廷提出抗議，並調集軍艦到天津、煙台一帶，進行戰爭威脅。清廷先是派直隸總督曾國藩赴天津“查辦”，又改派李鴻章會同辦理。曾國藩、李鴻章判處中國民眾二十人死刑，緩刑四人，二十五人充軍，天津知府張光藻、知縣劉傑也被革職遣戍，向外國賠款白銀四十九萬兩，並派崇厚為欽差大臣赴法國賠禮道歉。］
其實，曾國藩之前主持平定太平天國時，就曾在日記中相繼記載了其處理洋務時的主張：“此前英法聯軍進入北京，不傷毀我宗廟社稷，眼下在上海、寧波等處幫助我大清王朝攻打太平軍和撚軍。二者皆有德於我。中國不宜忘其大德而計較小怨。”在他看來，英法聯軍打入北京燒殺搶掠，僅僅因為沒有推翻清廷，就是大德。而一係列喪權辱國不平等條約的簽訂，不過是小怨而已。
在這樣的思想原則指導下，曾國藩與外國人打交道時腰杆子就沒直過，天津教案隻不過是他主張的一個小小體現而已。不幸的是，國人終於在這次教案中看清了他的嘴臉，他本人靠平定太平天國積累起來的聲名，最終在這次教案中毀於一旦。
更令曾國藩憂心的是，天津教案其實是因謠言和起哄產生的暴力衝突，之所以鬧得一發不可收拾，是因為有直隸提督陳國瑞在其中挑撥離間、造謠生事，因而這件事還不僅僅是中國與法國之間的外交糾紛這麼簡單。陳國瑞當時正受醇親王奕譞（道光皇帝第七子，光緒皇帝生父，福晉為慈禧親妹）寵信，風頭極勁。台灣著名史學家吳相湘（湖南常德人，於2007年病逝於美國，享年九十五歲）在其著作《晚清宮廷實紀》中指出：天津教案實為醇親王奕譞指使與曾國藩素有積怨的陳國瑞所為。自蒙古親王僧格林沁為撚軍殺死後，八旗子弟自動集中在醇親王周圍，意圖恢複昔日八旗勁師雄風，與湘軍、淮軍抗衡。醇親王甚至還與僧格林沁的兒子布顏納謨詁結成了兒女親家。醇親王策劃天津教案的主要目的，就是要打擊曾國藩（直隸總督兼任北洋大臣，須常駐天津辦理洋務）。而醇親王背後的支持者，自然就是他的妻姐慈禧太後。
［陳國瑞，湖北應城人。少年時曾被太平軍擄為童子軍，後改投湘軍將領黃開榜，被黃收為義子，因驍勇善戰、性嗜殺，成為轟動一時的勇將。陳國瑞有一句名言說：“戰要戰得穩，追要追得狠，退要退得緊。”後加入僧格林沁部，極得信任，與僧王情若父子。僧格林沁被撚軍殺死後，身負重傷的陳國瑞本已僥幸逃脫，聞訊後又冒死潛回，找到僧格林沁的屍體背上，晝伏夜行，七天後才回到軍營，在當時傳為佳話，因而“僧戰死，從將多獲罪，國瑞以驍勇獨留軍”（吳相湘·《近代名人小傳》）。不過陳國瑞為人桀驁不馴，喜鴉片，好美色，加上自恃功高，自僧格林沁外，罕聽節製，且不約束部下，時常與友軍爭奪軍餉槍械，與曾國藩、李鴻章、左宗棠等人多有衝突，因而總被這些重臣刻意壓製。後來他出錢助修黃鶴樓，擬一對聯道：“黃鶴飛來複飛去，白雲可殺不可留。”時人均不解“白雲”之意。陳國瑞自己解釋說：“君未讀唐詩乎？‘總為浮雲能蔽日，長安不見使人愁。’浮雲比安祿山，非其可殺者乎？”（清·王之春·《椒生隨筆》）有一種說法，陳國瑞筆下的“白雲”即是指曾國藩，以致一度傳出他酒後持劍追殺曾國藩的故事。事見清人吳光耀所著《華峰庚戌文鈔》。吳光耀為湖北人，與陳國瑞同鄉，曾在四川為官。《華峰庚戌文鈔》主要是記載同治、光緒年間名將軼事，對曾國藩等湘人多有責言，而為鄂人鳴不平。］
就在同治八年（1869）的七月，也就是刺馬案發生整整一年前，慈禧太後親信太監安德海奉差出京，到處招搖滋事，被山東巡撫丁寶楨逮捕後就地正法。這件事，毫無疑問是朝中另一主事者恭親王奕訢針對慈禧太後所為。安德海事件在一定程度上昭顯了慈禧太後在朝中的孤立。自那以後，這位秀女出身的太後開始全力扶持自己的妹夫醇親王奕譞，意在與恭親王和漢人重臣抗衡。有了慈禧太後的庇護，醇親王為所欲為；有了醇親王的支持，陳國瑞也敢在直隸境內興風作浪。後來法國人查清天津教案跟陳國瑞有關後，要求曾國藩交出陳國瑞，態度堅決而強硬。而曾國藩明明痛恨陳國瑞這種人，卻因為深知其背後有人，不敢得罪不說，反過來還要在洋人麵前全力斡旋維護，真是啞巴吃黃連，有苦說不出。就
正因為天津教案有著種種錯綜複雜的背景，從一開始曾國藩就知道這案子不但是針對他，還要他本人來背這個黑鍋。內外交困下，如同多年前戰敗於太平天國、幾欲投水自殺時那次一樣，曾國藩再一次有了強烈挫敗感，沮喪地說：“內疚神明，外慚清議。”據說正好到了“耳順之年”的他已經做好了死的準備，甚至催促兒子趕緊為自己準備棺材。而在天津教案後不久就發生了刺馬案，這顯然不是巧合，兩個案子即使沒有直接聯係，也必然有連帶關係。
馬新貽被刺的消息就在曾國藩最焦頭爛額的時候傳到了天津，他的第一反應是大吃一驚。平心而論，曾國藩確實不喜歡馬新貽，但畢竟大清總督在光天化日之下遇刺身亡是從所未有的事。以他在槍林彈雨中度過的十幾年，以他經曆的種種官場黑幕，他深知此案絕非一般凶殺案件。其中的玄機是什麼？背後又有什麼陰謀？為什麼朝廷偏要他處理這等棘手之案？
馬新貽的死亡帶給曾國藩的苦惱比以往任何時候都更為強烈。連續幾天，他夜不能寐，成天陰沉著臉，許多時間都是一言不發地呆坐。思前想後，曾國藩決定不蹚這攤渾水。於是提筆上書，以身體有病為由，拒絕回任兩江總督。清廷的答複很快回來了——曾國藩必須赴兩江之任，直隸總督由李鴻章接任。很簡單，很幹脆，沒有任何選擇的餘地。
李鴻章也在這個時候寫信來安慰曾國藩，其中尤其提到了刺馬一案，說：“穀山（馬新貽的字）近事奇絕，亦向來所無。”毫不遲疑地表達了對馬新貽在光天化日之下遇刺的震驚。但緊接著又立即說：“兩江地大物博，斷非師門莫辦。”一方麵是勸曾國藩趕緊回任兩江總督；另一方麵也是交底，表明自己對兩江絕無染指之心。這兩句話緊連在一起，實在耐人尋味。
不過安慰歸安慰，精明的李鴻章並不想真正去幫助恩師曾國藩解決煩惱，他甚至在這個時候玩起了“痞子腔”（安徽話，意為耍流氓手段）。曾國藩因處理天津教案不當正備受天下人唾罵，李鴻章擔心自己卷入其中後也會受到時論的譴責，因此在到達直隸邊境後便借口肝病複發停了下來，一方麵寫信給曾國藩，表示支持曾“拿犯”；另一方麵又公開表示要等恩師將天津教案“凶犯”議罪正法後再到天津接任，以免“初政即犯眾惡”，意欲等曾國藩收拾好天津教案的亂攤子後再說。昔日曾國藩曾對李瀚章（李鴻章親兄長，曾國藩親信）評價李鴻章說：“青出於藍而勝於藍。”顯然，此時的李鴻章在玩弄手段方麵確實已經超過了他的老師。曾國藩雖然失望，卻也無奈，隻好將處理天津教案的結果定擬上奏，自己背了黑鍋。
但曾國藩也是老奸巨猾之輩，他雖然被迫接任了兩江總督，但卻故意拖延時間，正好以等待李鴻章來天津交接為由，遲遲不動身南下。一直到九月二十三日，他才動身離開天津，不過也不是南下兩江，而是前往北京。顯然，曾國藩此舉旨在刺探朝廷對馬新貽被刺一案的態度。
九月二十五日，曾國藩到達北京。次日早朝時，同治皇帝和兩宮太後在養心殿召見曾國藩。皇帝和慈安太後都沒有說話，隻有慈禧太後問了他幾句關於身體和病情的話，無關痛癢。正當曾國藩納悶之時，慈禧太後終於提到了馬新貽，問道：“馬新貽這事豈不甚奇？”曾國藩誠惶誠恐地回答道：“此事甚奇。”慈禧太後沉默了一會兒，又說：“馬新貽辦事甚好。”曾國藩回答說：“他辦事和平精細。”本來以為還有下文，不料慈禧太後突然揮了揮手，叫他跪安退出。
九月二十七日，慈禧太後又在養心殿召見曾國藩。曾國藩豎起耳朵也沒有聽到“馬新貽”三個字，慈禧太後隻是問他何時啟程前往兩江，隱隱有催促之意。但曾國藩依舊模棱兩可，逗留於京師，遲遲不肯動身。
十月初六，終於有軍機大臣前來傳旨，催促曾國藩赴江南任。十月初九，曾國藩遞折請訓，傳宣召見，奏對十數語。出乎他意料的是，慈禧太後再未提起任何與刺馬案相關的話頭。
此時，距離馬新貽被刺已經有兩個多月。與最初朝廷一日發四道諭旨追查馬新貽案形成鮮明對照的是，朝廷突然表現出異乎尋常的冷漠，再未有催曾國藩辦理馬新貽案的諭旨。曾國藩先後在天津和北京逗留盤桓，有意拖延時間，朝廷也沒有絲毫催促，任其耽擱。似乎曾國藩在試探朝廷態度的同時，朝廷也在試探他的反應。
曾國藩在朝中四處刺探，始終感到朝廷似乎對馬案並不關心。這實在是令人費解，馬新貽作為慈禧太後心腹被派往兩江，卻莫名其妙地死在當地。朝廷明明該大加追索報複，卻為何沒有要將案子查到水落石出的意思？不過，既然朝廷是這樣的態度，他曾國藩也不會自找麻煩，非要去追查到底，馬馬虎虎過去就行了。但明裏對朝廷可以這樣敷衍了事，暗裏對他自己還需有個交代，他個人實在很好奇，到底是什麼人能在戒備森嚴的校場將封疆大吏一刀殺死。思考了很久後，他給駐紮在江寧的心腹彭玉麟寫了封信，讓他先秘密查訪事實真相。
曾國藩在京師時，剛好趕上他本人的六十大壽。一時間極為熱鬧，同治皇帝親禦書“勳高柱石”匾額一麵、禦書“福、壽”字各一，慈禧太後禦賜蟒袍、如意等賀禮，榮耀無比；軍機處在法源寺設盛宴為曾國藩祝壽；湖南同鄉則在湖南會館為他祝壽。
觥籌交錯之中，醺醺然之際，曾國藩似乎又回到了昔日幕下賓客如雲的日子，回到了昔日從太平天國手中奪回南京的時候——那個時刻，是他一生中最鼎盛最輝煌的時刻，寫有“曾”字的旗幟飄揚於大江南北。連一向出言謹慎的他也得意得忘了形，高興地說：“長江兩岸，無一處不張鄙人的旗幟。”
他又想起了那個他很欣賞又為之惋惜的忠王李秀成。此人確是個人才啊，太平天國中無人能及。據說曾經有不少太平軍將領力勸李秀成自立，取代天王洪秀全，但李秀成勃然大怒，還寫了兩首詩抒發胸臆：
舉觴對客且揮毫，逐鹿中原亦自豪。
湖上明月青箬笠，帳中霜冷赫連刀。
英雄自古披肝膽，誌士何嚐惜羽毛。
我欲乘風歸去也，卿雲橫亙鬥牛高。
鼙鼓軒軒動未休，關心楚尾與吳頭。
豈知劍氣升騰後，猶是胡塵擾攘秋。
萬裏江山多築壘，百年身世獨登樓。
匹夫自有興亡責，肯把功名付水流。
如此有慷慨氣概的一個人，也算有情有義的英雄人物，可惜偏偏加入了太平軍。當初南京克複，李秀成被俘，曾國荃用刀子割其臂肉、股肉，也未能使其降服。最後還是曾國藩出麵勸說，李秀成這才俯首。並於囚籠中寫下萬言《自述》，對曾國藩極盡吹捧之能事，那是令曾國藩極有成就感的一件事。也正是在那個時候，不少人勸曾國藩自立為帝，於南京城頭易幟，他不是沒有動過心，可當他再一次讀李秀成的《自述》時，他恍然明白了，這也許正是李秀成所期待的——他率湘軍揭竿而起，與清廷對抗。無論誰勝誰負，都是間接給太平天國報了仇。
因而，當他的心腹愛將彭玉麟將勸進的書信轉交給他時，他立即將書信一口吞下，不悅地說：“雪琴（彭玉麟的字）如此試我，其心可誅。”最終令他遽然而醒的是李秀成，而並非旁人。“匹夫自有興亡責，肯把功名付水流”，說得真好啊。
一切都遠去了，李秀成早已經被他殺了，他早已經過了知天命的年齡，再無能力行非常之事，可朝廷為什麼還是對他放心不下呢？這次調他回任兩江總督，是不是朝廷已經懷疑到湘軍的頭上？他的這次回任，到底是禍是福？
六十大壽之後，當年十月十五日，曾國藩終於離京起程南下，閏十月二十日才抵達江寧。此時，離馬新貽被刺已經五個月之久。
馬新貽被刺後，金陵城中的大小官員處於極度的恐慌和茫然的憤怒中，這並非他們對馬新貽感情深厚，而是憂懼朝廷怪罪，陷於了神經質的苦惱。
與審訊官員驚慌失措形成鮮明對照的是，刺客張文祥相當沉著鎮定。正因為他的態度太過泰然自若，一時間令人懷疑他的來曆。張文祥被當場逮捕後，先被押到江寧府衙門等候審問。江寧將軍魁玉看過馬新貽的傷勢後，隨即開始審問張文祥。張文祥雖然一副桀驁不馴的樣子，但開頭也很爽快地回答了魁玉的問題，供稱自己是河南人，對刺殺馬新貽的行為也直認不諱，但對自己的行刺動機卻閃爍其詞，堅不吐實。魁玉便下令將張文祥帶往上元縣（江寧府分上元、江寧兩縣，同城分治）嚴刑訊究。