先後審訊張文祥的，有上元知縣張開祁、江寧知縣蕭某某、臬司梅啟照、理藩司孫衣言等人。據說張文祥供詞出來後，參審官員麵麵相覷，錄供者停筆不敢記錄。魁玉將初審結果急報朝廷，告知張文祥“直認行刺不諱，而訊其行刺之由，尚屬支離狡詐”。之後的一個多月，魁玉每次奏報都不離“一味閃爍”“語言顛倒”“反複屢變”等詞。那麼，張文祥“閃爍”的是什麼？“顛倒”的是什麼？“屢變”的又是什麼呢？魁玉對此沒有奏報。而事實則是，有人用酷刑逼張文祥更改口供，而張文祥不肯答應，這才是口供“支離”的真實情況。
這樣的結果，當然不能令朝廷滿意，王公大臣也紛紛議奏。給事中王書瑞上奏說：“督臣遇害，疆臣人人自危，其中有牽掣窒疑之處，應派親信大臣徹底根究，勿使稍有隱飾。”慈禧太後深以為然，於是立即以五百裏加急的上諭發出，命漕運總督張之萬赴江寧會審。此諭剛發，接著又發出密旨，再三叮囑說：“此事案情重大，斷不準存化大為小之心，希圖草率了事。”的
［漕運是中國曆史上一項重要的經濟製度，為曆代封建王朝所采用。它的核心是利用水道（河道和海道）來調運糧食，稱漕糧，一般是運往京師，供宮廷消費、百官俸祿、軍餉支付和民食調劑。清朝在八大總督之外，專設漕運總督和河道總督，漕運總督管漕糧運輸，河道總督管河道和運河工程，一般由一品大員擔任。］
張之萬是張之洞（後擔任過兩江總督）堂兄，剛好與馬新貽同科，均為道光二十七年進士，而張之萬還是這一榜的狀元。有意思的是，他有個不雅的外號，叫作“磕頭狀元”。隻因為他每天臨睡前都要下跪、磕頭一百次。據張之萬自己的說法，這樣可以活動腰腿、運行氣血，達到健康長壽的目的，集求神保佑和鍛煉身體於一身。此人才幹平庸，卻是官場老手，深通黃老之道，遇事從不出頭，議政從不發言，喜怒不形於色，是典型的“不倒翁”，在朝中還有個外號，叫作“伴食”。
馬新貽的案子落到張之萬頭上後，他隻憂不喜，大為恐慌。很簡單，這案子如果隻是普通的仇殺案，輪不到他張之萬頭上；如果是政治謀殺案，那牽連可就大了，主謀勢必非同小可，敢殺兩江總督，又為何不敢殺他這個漕運總督呢？
張之萬越想越是膽戰心驚，有心推托不去，無奈上諭剛接，密旨又到，聖命實在難違。跟曾國藩一樣，張之萬也是個老江湖，最初采取了一個“拖”字——拖著不去江寧，也許拖著拖著，刺客突然供出了主謀，案情真相大白，就無需他再跑這一趟了。不料江寧將軍魁玉恨不得越早把這個亂攤子交出去越好，不斷行文到清江浦（即淮陰，又稱清河，為大運河樞紐，當時最繁榮的通商大埠之一，與揚州、蘇州、杭州並稱四大名城，今江蘇淮安），催張之萬快去江寧主持審案大局。
［清朝著名大臣吳棠即由清江浦開始發跡。道光末年，安徽徽寧池廣太道道員惠徽因敗於太平軍，被革職留任，不久即病故，遺留下妻子和四個子女，其中長女名葉赫那拉蘭兒，也就是後來大名鼎鼎的慈禧太後。惠徽死後，慈禧一行失去依靠，不得不盤靈回京。孤兒寡母，一路情景淒涼不堪。路過清江浦時，清河縣令吳棠派仆人送奠儀，仆人誤送到慈禧船上。慈禧十分感激，發誓將來必有回報。後來慈禧以秀女身份入宮得幸，並生下鹹豐皇帝唯一的兒子（即後來的同治皇帝），更受寵愛。到鹹豐十年，慈禧母因子貴，實際地位已經超越皇後，還時常代病中的丈夫鹹豐皇帝批閱奏章。也就是在這一年，吳棠得補淮徐道。次年，慈禧垂簾聽政後，立即升吳棠為江寧藩司（布政使），並署理（代理）漕運總督，從普通道員到署理總督，簡直是一步登天。之後的吳棠更加顯赫無比，曆任江蘇巡撫、閩浙總督、四川總督。他從一個小小的清江縣令，因意外做到了封疆大吏，其經曆不可謂不傳奇。］
眼見拖得實在不能再拖了，張之萬才勉強從淮安（今江蘇淮安）起程，自清江浦沿運河南下，趕赴江寧。他是漕運總督，當然知道橫行運河的漕幫的底細。湘軍在兩江的影響巨大，不少遣散後的湘軍都加入了哥老會和漕幫。明眼人都認為馬新貽一案與湘軍有關，難保漕幫不會牽涉在其中。張之萬識得漕幫厲害，調了大批漕標精銳來保護自己。數十艘官船，在運河中連番南下。他自己則一直躲在艙裏不露麵，十分謹慎小心。
這一天到了瓜州，張之萬突然要下船走走，不料趕上內急，情急之下，下令漕標參將帶領兩百親兵團團將茅廁圍住，以確保上廁所時不會遇上刺客。當時正是深秋收獲季節，當地有不少百姓正在收割稻子，突然看到官兵刀劍出鞘，如臨大敵，以為發生了什麼大事，趕去一打聽，才知道是漕運總督在上茅廁。
此事一時傳為笑柄。連漕運總督都如驚弓之鳥，可見當時的局勢如何之險惡。張之萬人還未到，茅廁笑話先傳到了江寧。以致江寧將軍魁玉一見到張之萬，便打趣說：“天下總督，漕帥最闊，拉場野屎都得派兩百小隊守衛。”人
張之萬到達江寧後，傳見參與會審的司道府縣各員，了解到之前的全部審訊情況後，這才開始提審張文祥。此時，張文祥的女兒張寶珍、兒子張長福、同居之舅嫂羅王氏均被捕獲到江寧。而之前負責馬新貽安全警衛的中軍副將喻吉三和武巡捕葉化龍等人也都被逮捕，追究防護失職之責。逮捕了不少人，但審問主犯張文祥卻沒有取得任何進展。
參與會審的孫衣言、袁保慶（袁世凱嗣父）均是馬新貽一手提拔的親信，對此案情遲遲不明很是著急。尤其是袁保慶，馬新貽曾任命他為營務處總管，專門負責對付為非作歹的湘軍散兵遊勇。袁保慶以剽悍著稱，手段嚴厲，抓到這些人往往就地正法，是以湘軍不少人恨其入骨。馬新貽一死，袁保慶懷疑跟湘軍有關，心中更加內疚，總覺得自己對馬新貽的死負有責任，所以在審張文祥一事上格外賣力，大有不揪出幕後黑手絕不罷休之勢。孫衣言也是如此。二人見張之萬審案慢慢吞吞，很不上心，又不準對張文祥用刑，十分不滿。
孫、袁二人卻不知道，張之萬曆經宦海生涯，老奸巨猾，考慮得遠較他們更為周全。現在巴不得張文祥死的大有人在，因為張文祥一死，便是死無對證，一旦用刑，難保不會有人趁機從中做手腳，倘若張文祥“刑傷過重，瘐死獄中”，那可就是他主審官的責任。一向明哲保身的張之萬可不敢冒這個險。對他而言，不求真相，但求不送命、不丟官，就是老天爺保佑，不枉他每天虔誠地下跪磕頭一百次了。
張之萬深知此案極為棘手，審不出結果，朝廷不滿意，他前程難保；審出結果，他可能自己都沒命再回淮安。思來想去，最好的方法就是把這個燙手的山芋丟給新任的兩江總督曾國藩。因此，他采取了一個“拖”字，曾國藩也在刻意拖延，他就更拖，非要拖到曾國藩來不可。
正因為張之萬拖延得太久，早已經等得不耐煩的朝廷終於震怒了，連下三道諭旨，嚴加訓斥張之萬、魁玉二人。朝中大臣也紛紛上書彈劾抨擊張之萬，結果他和魁玉成了眾矢之的。
為了平息眾怒，張之萬和魁玉精心謀劃後，終於擬出了一份新的報告，其中詳細說明了張文祥與馬新貽的“恩怨”：“張文祥，河南河陽人，以做小生意為生。道光二十九年（1849），張文祥販賣氈帽到寧波，結識了河南同鄉羅法善，娶其女羅氏為妻，開小押店（重利盤剝的典當行）為生。鹹豐十一年（1861），張文祥加入太平軍，任侍王李世賢（忠王李秀成弟）的裨將。太平軍敗亡後，張文祥曾向清軍投降，因無人作保，未被清軍收納。張文祥再回寧波，並暗中與海盜有勾結。馬新貽任浙江巡撫後，捕殺了不少海盜，其中很多是張文祥的朋友，張文祥因此懷恨上了馬新貽。後張文祥妻羅氏與吳炳燮通奸，兩人一起逃走。張文祥聞訊追趕，追到了羅氏，但羅氏卷帶的財物卻被奸夫吳炳燮帶走。馬新貽率兵至寧波時，張文祥攔轎告狀，要求追捕吳炳燮。馬新貽認為這是小事，未準審理。不久後，羅氏再次逃走，被張文祥追回後，被逼迫吞煙土自盡。後張文祥的小押店也被馬新貽勒令關閉，理由是違禁私開。張文祥人財兩空，遷怒於馬新貽，決意報複。經再三審問，張文祥矢口不改其供，表示並無他人指使。尚屬可信。”對張文祥的處置，則建議“按謀反大逆律問擬，擬以淩遲處死”。
這報告最關鍵的一點，在於反複強調張文祥行刺馬新貽完全是個人行為。報告中，張文祥妻羅氏背夫潛逃確實真有其事。但報告裏麵有兩處明顯的矛盾。第一，按照報告所說，張文祥通海盜，本來跟海盜是一夥兒，可馬新貽到寧波的時候，他怎麼還敢去找馬新貽告狀呢？第二，既然張文祥的妻子羅氏被人奪走，他為什麼不去殺奪妻的吳炳燮，而一定要殺不受理狀子的馬新貽呢？而最大的破綻就是最後一句“尚屬可信”。這封報告是奏結的法律文書，人命關天，竟然用了模棱兩可的“尚屬可信”，不能不讓人疑竇叢生。
慈禧太後對刺馬一案十分重視，不僅僅因為馬新貽是她派去兩江的心腹，而且封疆大吏死得不明不白，確實有傷國體，倘若不嚴加追查，此風一開，內外大員心存顧忌，擔心成為馬新貽第二，不敢放手辦事。對張之萬和魁玉精心炮製的報告，慈禧太後相當不滿意，對一度寄予厚望的張之萬深感失望。處理的辦法是，諭令曾國藩速回江寧外，另派刑部尚書鄭敦謹作為欽差大臣攜隨員赴江寧複審。這是慈禧太後表現出的一種強硬姿態，不僅撤換了主審大員，就連司員也全部更換，顯示出朝廷要查清此案的決心。
派曾國藩回任兩江總督，自然隱有安撫湘軍的用意。而派刑部尚書鄭敦謹同審，就隱有從旁監視的味道了。對此，曾國藩心知肚明。他表麵上一路遊山玩水，並不著急趕到江寧，其實他內心非常關注江寧的事態發展，非常關心那個背後主使審出來沒有。曾國藩抵達江寧後的第二天，張之萬便急忙趕來交接案件，當天下午就迫不及待地離開江寧這個是非之地，趕回清江浦去了。而曾國藩卻並不著急審案，整天要麼接客聊天，要麼翻閱紀曉嵐所著的《閱微草堂筆記》。唯一做的一件跟馬新貽有關的事情，就是親自書寫了一副挽聯：“範希文先天下之憂，曾無半分逸豫；來君叔為何人所賊，足令百世悲哀。”帶上挽聯去吊唁了馬新貽一番。
盡管曾國藩表麵若無其事，但不少人卻清楚地知道，他的處之泰然隻是一種偽裝，他是刻意在拖延回避刺馬案。到底是什麼原因使得曾國藩如此呢？鄧之誠在《骨董三記》中說：“國藩不欲深求，必有不能深求者在。”不能深求者，除了湘軍一係的，別無他人。
直到欽差大臣鄭敦謹到達江寧的前一天，曾國藩才不得已調閱案卷，記下有關案犯的名字。
鄭敦謹，字小山，湖南長沙人，與曾國藩鄉榜同年，道光十五年中進士。曾國藩也在這一年參加了會試，不過名落孫山。鄭敦謹為人正直，很有清譽。他初任刑部尚書時，山西巡撫趙長齡和藩司陳湜圍剿撚軍不力，尤其陳湜仗著是曾國荃的姻親，放任部下危害地方。慈禧太後派鄭敦謹前去查處。鄭敦謹於大年三十出京，趕往山西，結果按查屬實，趙長齡和陳湜被革職充軍。鄭敦謹自此得了“鐵麵無私”的稱號。由他來江寧審理刺馬案，當時是眾望所歸。他自己也雄心勃勃，一心要把這樁震動天下的疑案審個水落石出，以不辜負“鐵麵無私”的美名。
接到上諭後，鄭敦謹先是入宮請示慈禧太後，隨即束裝就道，帶著刑部滿郎中伊勒通阿和漢郎中顏士璋星夜趕赴江寧。伊勒通阿和顏士璋二人曾跟隨鄭敦謹到山西辦案，很是得力。當時正是冬月，大雪封路，為了不耽誤時間，鄭敦謹一行幹脆下轎徒步涉雪而行。由於雨雪阻滯，到達江寧時，正是十二月二十九日，次日便是大年除夕。
［清朝六部實行滿漢分開製，即有一名漢人尚書，就必須有一名滿人尚書；有兩名漢人侍郎，也就必須有兩名滿人侍郎。］
鄭敦謹到達江寧後，立即會同曾國藩，召集江寧的司、道、府、縣各級官員，詳細查問案情。孫衣言一心想為馬新貽報仇，一上來就侃侃而談，說：“背後主謀倘能逍遙法外，則天下將無畏懼之心，又何事不可為？所以這一案辦得徹底不徹底，對世道人心，關係極大。”機鋒一開始就露了出來，這就是“背後主謀”四個字。包括曾國藩在內，官員們都沒有說話。
隔了兩天，正月初二，鄭敦謹便正式開始審案。參加會審的人最初定了六人：欽差大臣鄭敦謹和他的隨員伊勒通阿、顏士璋；兩江總督曾國藩和他委派的江安糧道王大經、江蘇題補道洪汝奎。後因為孫衣言、袁保慶二人為馬新貽心腹，擔心二人不服，將二人也加了進來。
張文祥依舊是那套老辦法，信口回答，但遇到緊要關頭，便閃避不答。審訊一連進行了十四天，沒有任何進展。看到鄭敦謹著急了，一直默不作聲的曾國藩突然說：“將來隻好仍照魁玉、張之萬二公原奏之法奏結。”他的語氣很平淡，但卻透露著不容否認的堅定。
鄭敦謹一時呆住，他也是個聰明人，刹那間全明白了，難怪審案十四天毫無進展，一切都是早已經設計好了。
自鄭敦謹到江寧後，各方人馬紛紛上門拜訪：有馬新貽四弟馬新祐領著他過繼給馬新貽的兒子馬毓楨來要求欽差大人申冤報仇的，有袁保慶等想為馬新貽出頭來刺探底細的，但更多的卻是來遊說勸解的。這些人眾口一詞，說張文祥不怕死，無所畏懼，如果用酷刑逼供，說不定他會胡亂指認，不但無法及時結案，還將導致更多的謠言。又說一旦張文祥被酷刑折磨死，則死無對證，刺馬案將成為千古疑案，對不起馬新貽的在天之靈。還有些人的話就更直接了，說萬一張文祥指認湘軍將領，比如長江水師提督黃翼升，到底是相信還是不相信呢？還有更危言聳聽的，說萬一深入追查引發激變，誰來負責呢？
這裏要特別提一下黃翼升。黃翼升不但是湘軍將領中的骨幹，還與曾國藩有一層極為親密的私人關係，他妻子奉曾夫人為義母，算起來他就是曾國藩的義子。曾國藩一度置妾，都是交給黃翼升經辦。可以說，黃翼升是曾國藩在湘軍中最親信的親信，最心腹的心腹。不過黃翼升的水師軍紀極為敗壞，連曾國藩本人都不得不承認說：“餘設立水師，不能為長江除害，乃反為長江生害。”馬新貽上任兩江總督後，黃翼升照舊任他的長江水師提督，橫行無忌，不加收斂，二人多有衝突。
最值得一提的是，同治九年（1870）五月天津教案發生後，外國列強不斷以武力威脅清廷屈服。清廷一方麵敦促曾國藩盡快處理；另一方麵開始調兵在京畿和海口布防，以防萬一。六月初十，曾國藩到達天津處理教案。六月十四日，內閣大學士宋晉奏道：“和局固宜保全，民心未可消失，欲懲擅殺之罪，必究起釁之根，請飭曾國藩速行查明曲直，秉公辦理，以釋民疑；以長江水師緊要，請飭整頓。”慈禧太後深以為然，也想趁機將長江水師從湘軍將領手中奪過來，急命馬新貽以布防的名義整理長江水師，力除廢弛。長江水師曆來是黃翼升的立身之本，他當然不肯輕易交給對頭馬新貽來整飭，二人矛盾開始表麵化。
六月二十六日，法國軍船進入天津海河。曾國藩聞訊嘔吐大作，一病不起。六月二十八日，慈禧太後再發上諭，諭令李鴻章即帶軍趕赴京畿駐防，命馬新貽迅速調動長江水師，安排江蘇、上海海口防範事宜。就在馬新貽費盡心思地思考如何從黃翼升手中奪過長江水師的指揮權時，他遇刺了。因此不少人都懷疑黃翼升就是刺馬主謀，不過聯想到黃翼升與曾國藩的關係，沒有人敢把這話說出口——黃翼升如果是刺馬主謀，難道曾國藩會不知道嗎？沒有人敢往深層想。
鄭敦謹恍然大悟後，又是惶恐又是無奈，不敢再深究下去，於是也如同曾國藩一樣，開始做起了表麵文章。參加會審的孫衣言、袁保慶看到會審不過是走走過場，將十八名人證點名一次就算審完了，很是不滿，多次要求以酷刑逼問張文祥，都被鄭敦謹婉言拒絕。而在無聊的審訊和官員們的爭辯中，一心要找出真相的孫衣言和袁保慶也精疲力竭了。還
正月二十九日，鄭敦謹到達江寧還不到一個月，便與曾國藩聯名上奏，奏結基本上用的是之前張之萬、魁玉的定擬敘述，不過更加詳細，取供、采證、行文更加縝密。所不同的是對張文祥的量刑更加殘酷，除了擬淩遲處死外，又增加了一條“摘心致祭”，並戮其子。
對於這樣照舊糊裏糊塗的奏結，參加會審的孫衣言、袁保慶拒絕在上麵簽字畫押，以此表示不滿。但鄭敦謹、曾國藩均是飽經世故的人物，手段、謀略遠比孫、袁二人高明，他們索性在奏結中不提孫衣言、袁保慶參加會審一事，這樣就根本無需二人的簽名。
在上奏的同時，鄭敦謹、曾國藩又搶先將供招抄錄分送軍機處、刑部存案，造成定案的既定事實。意思很明白，這是最後定案。在奏章外，曾國藩和鄭敦謹還特意附了一張“片子”，上麵寫著：“該犯供詞，尚屬可信。”與之前張之萬、魁玉的用語一模一樣。
至此，距離張文祥刺殺馬新貽已經有八個月時間。
刺馬案久審不能結案，刺客供詞閃爍，主審官員含糊其辭，前後審案官員多達五十餘人，每次奏結均疑點重重，無法自圓其說。所以一時流言紛紛，各種傳聞迭起，飛短流長，更使得案情撲朔迷離。當年袁世凱年僅十五歲，竟然也十分好奇地去向參與會審的嗣父袁保慶（本為袁世凱叔父，袁世凱被過繼給他為子）探詢。
關於刺馬案，民間有多種傳聞，眾說紛紜，莫衷一是。曾國藩回任兩江總督後，竟然也派心腹彭玉麟、趙烈文、吳汝綸等人四下出動，去民間訪得這些傳聞，作為審案的參考。
流傳最廣的傳聞是馬新貽“漁色負友”說。
傳聞說，鹹豐年間，張文祥與其友曹二虎、石錦標加入撚軍，張文祥是個頭目。當時馬新貽因合肥縣失守被革去縣令一職。馬新貽急於戴罪立功，率領團練與撚軍交戰。在一次戰鬥中。馬新貽兵敗，被張文祥、曹二虎等人活捉。張文祥和曹二虎有意投降清軍，便主動與馬新貽結為兄弟，隨之反正。降軍被編為兩營，因為馬新貽號穀山，稱為山字營，張文祥為營官。山字營隨馬新貽四處作戰，屢立戰功，馬新貽由此不斷升官，一路扶搖直上。
這一版的傳聞多有漏洞，年份、事跡無一與馬新貽年譜和《清史》相符。根據《清史》記載，鹹豐三年（1853）馬新貽任合肥知縣，隨欽差大臣袁甲三攻打太平軍，多有戰功，並沒有被革職一說。之後馬新貽率軍從太平軍手中奪回廬州有功，還升任廬州知府。馬新貽一生中唯一一次被革職是鹹豐八年（1858）任安徽按察使時，在廬州被太平軍英王陳玉成打敗，但也隻是革職留任，兩年後即重新複官。
傳聞又說，同治四年（1865），馬新貽升到安徽布政使，已有些看不起張文祥、曹二虎的意思了。曹二虎卻不知情，還將妻子接至馬新貽的官府居住。馬新貽見曹二虎之妻美豔，頓起歹心，設法騙奸。張文祥得知後，告訴了曹二虎。正當二人商議該怎麼辦時，馬新貽搶先下手，一邊派曹二虎去壽春鎮領軍火，一邊使人告訴該鎮總兵徐周說曹二虎“通撚”。中軍官拿著令箭當眾逮捕了曹二虎，徐周告知原委後，隨即命人在市集將曹二虎公然斬首示眾。張文祥僥幸逃脫後，發誓為曹二虎報仇。他用精鋼打造了兩把短刀，用毒藥淬過。每天夜深人靜後，疊起三四張牛皮，用短刀去刺，練習刺擊的手勁。起先因為手勁不夠，難以貫穿。之後天天練習，堅持了兩年後，已經可以一刀洞穿五張厚牛皮。張文祥這樣做的用意是假定馬新貽身穿革甲，也可以一刀致命。自從功夫練成後，張文祥一直暗中跟隨馬新貽，先後到浙江、福建、江寧，最終找到機會殺了他。據說馬新貽看清凶手是張文祥後，說了一聲：“是你啊！”接著便吩咐左右：“不要難為他！”升
這種傳聞首尾俱全，枝葉紛披，聽起來像煞有介事。令其真實性得到加強的是喬鬆年的一首詩。喬鬆年任安徽巡撫時，馬新貽剛好在他手下任安徽布政使。馬新貽遇刺後，喬鬆年寫詩吟詠，其中有“群公章奏分明在，不及歌場獨寫真”之句，顯然是諷刺馬新貽“漁色”。既然馬新貽當時的頂頭上司都說他“漁色”了，民間當然就更加信以為真了。馬新貽死後不久，他的小妾鄭氏在江寧府後院上吊自殺，這小妾便被說成是曹二虎之妻，更成了馬新貽“漁色負友”的佐證。而張文祥一擊得手，精準地刺中要害，表現出職業殺手的素質，也讓張文祥勤練刺牛皮一說更加繪聲繪色，言之鑿鑿。
其實，同治四年馬新貽已經升任浙江巡撫，人根本不在安徽，他在浙江任上做了許多好事，很得當地老百姓的愛戴，這是眾所周知的事實。馬新貽借壽春鎮總兵之手殺曹二虎一事也不合常理，真要殺人滅口，秘密通知徐周即可，何需將曹二虎當眾處死？而馬新貽一生頗有清名，並非傳聞中那般無恥好色，他死時跟在身邊的兩名小妾金氏、鄭氏均已經年過四十，跟隨他已經超過二十年了，又哪裏來的曹二虎之妻？
而喬鬆年有意寫詩嘲諷馬新貽的動機也十分可疑。馬新貽升任浙江巡撫後，喬鬆年調任陝西巡撫。不久，馬新貽升閩浙總督、兩江總督，青雲直上，喬鬆年卻因病被免職。昔日的下屬飛黃騰達，而自己卻江河日下，喬鬆年心中很不好受。此人出身富貴之家，自小養尊處優，要風得風，要雨得雨，身上有極濃的紈絝之氣，即使做過巡撫這樣的大官，也不改其本性。恰好刺馬案發生後，迷霧重重，真相難辨，喬鬆年幸災樂禍，趁機附和“漁色負友”的說法，寫歪詩泄憤，推波助瀾，也不足為奇。
之前馬新貽被張文祥一刀刺中時，大喊了聲：“找著了！”被好事者解釋為“冤家路狹，終於被找到了”的意思，認定馬新貽與張文祥是舊識，讓“漁色負友”說聽起來更加像煞有介事。其實馬新貽是山東人，有濃重的山東口音，他喊的那一句本是：“紮著了！”馬新貽在遺疏中還特意提到自己是被“不識姓名之人”所刺，以他當時命懸一線的狀況，十足可信。
在“漁色負友”版本的傳聞中，張文祥被塑造成忠肝義膽、為友複仇的俠士形象，大有昔日荊軻“風蕭蕭兮易水寒，壯士一去兮不複還”的風度。但如果馬新貽真是富貴背友的話，曾國藩的結案已經多方顧及馬新貽的體麵，作為馬新貽親信的孫衣言、袁保慶，應該考慮到馬新貽的名聲重要，立即接受曾國藩的結案才合情合理，為什麼二人卻拒絕在奏結上簽字呢？對於馬新貽的個人生活，自小跟隨在他身邊的四弟馬新祐（馬新貽被刺時任河南試用知縣）應該最清楚。如果馬新貽真是帷幕陰私，為了澄清人品，馬新祐應該立即接受審訊官員的結案，以為兄長掩飾。可是即使後來張文祥被淩遲處死後，馬新祐還是覺得兄長被刺疑案未明，並為此而悵恨終生。
種種疑點，隻能說明“漁色負友”的故事完全是偽造出來的，有太多牽強附會的成分，根本不足采信。
有意思的是，刺馬案發生後不久，江寧的酒樓茶肆開始傳唱《金陵殺馬》的評彈。沒過幾天，上海租界裏的丹桂茶園又編排出了《刺馬》一戲，其中馬新貽是一個忘友背主、勾結洋教、出賣朝廷的大壞蛋，而張文祥則是一個俠肝義膽的大英雄。戲上演後轟動一時，朝廷竟然也沒有派人出麵幹預。當時正值鄉試，安徽學政殷兆鏞也趕來湊熱鬧，出試題的時候，竟然寓其譏諷。
第二種傳聞則是馬新貽“私通回匪”說。
這種說法來源於張文祥本人的供詞。據陳功懋（其祖父陳鏡題曾參與會審張文詳的錄供研訊）在《張文詳刺馬新貽案真相》一文中說：張文祥供稱鹹豐七年他為撚軍時，馬新貽廬州失守，曾經被其俘獲。但當時他並不知道馬新貽就是廬州知府，因此將馬新貽與隨從時金彪一起釋放。時金彪感激張文祥饒命之恩，曾經暗中告訴他：馬新貽一直暗通甘肅的回民反清武裝。後來張文祥看見馬新貽“私通回匪”，卻還能青雲直上，為之不平，決意為朝廷除害，將其刺殺。
［同治元年（1862）三月，太平軍西征部隊進入陝西，各地回民紛紛響應，從此掀開了西北回民大起義的序幕。當時有個伊斯蘭教阿訇名叫任武，曾經參加過鹹豐年間的雲南回民起義，起義失敗後退回陝西，藏匿在渭南倉渡鎮的清真寺中，時刻準備伺機再起。同治元年春，陝西團練大臣張芾強迫回民抽拔壯勇，又在華州虐殺回民，激起了公憤。任武感覺到時機來臨，於是率領渭南回民揭竿而起，一舉殺死張芾，並攻克華州等地，圍攻西安，占領渭河流域。十分可惜的是，這支一度聲勢浩大的回民武裝很快陷入了與漢人民眾的敵對仇殺中，西安、大荔一帶數十縣均卷入其中，死亡人數多達數十萬人，任武的力量也大大被削弱。同治二年（1863）年初，清朝廷派多隆阿為欽差大臣，西進攻打回民武裝起義，相繼攻陷了回民的後方基地羌白旗、王閣村等地，並以“護漢”為借口，大肆屠殺回民，史家河一帶六十裏之內盡成白地，渺無人煙。任武遭受巨創後，率部退往甘肅一帶。此後，甘肅、寧夏、青海廣大地區的回民也紛紛起義，逐漸形成了四支主要的軍事力量：以馬占鼇為首的起義軍活動於甘肅南部；以馬化龍為首的起義軍活動於寧夏南部；以馬文義為首的起義軍活動於青海東部；以馬文祿為首的起義軍活動於甘肅西部。這其中，以馬化龍部的力量最強，馬化龍也因此成為整個西北回民起義軍的一杆大旗。西北局勢如此動蕩，清廷深感不安。同治七年（1868），清朝廷派左宗棠以欽差大臣的身份西征。左宗棠經過周密計劃後，沒有直接進攻甘肅回民軍，而是先將矛頭對準了在陝甘交界處活動的董福祥部。董福祥部在重兵圍困下被擊潰，董福祥本人突圍而出，但其父董世有和弟弟董福祿被清軍招降。左宗棠又通過董世有招降了董福祥。從此，董部成為清廷對抗回民軍的急先鋒。清軍的下一個目標是回民軍中勢力最大的馬化龍。馬化龍見清軍勢大，多次請求投降，並改名為馬朝清。同治八年（1869）八月，清提督劉鬆山率老湘軍到馬五寨受降，被回軍中反對投降者開槍打死。回軍乘勢反攻，清軍大敗。左宗棠認為馬化龍“陽雖就撫，陰實助逆”，主張“痛剿以服其心”，此後加強了對馬化龍部的進攻，由劉鬆山之侄劉錦棠繼統老湘軍力攻馬化龍基地中心金積堡。同治九年（1870）年底，馬化龍再次投降。左宗棠陰謀“先撫後剿”，命令馬化龍召各地回軍至金積堡就撫。結果各地回軍被騙到金積堡後，左宗棠大開殺戒，一人不留，馬化龍也被處死。不久，左宗棠在太子寺擊敗甘肅南部回民軍，並打敗了青海回民軍馬文義部，占領西寧。同治十二年（1873），甘肅西部回民首領馬文祿戰敗，向清軍投降後被殺，清軍占領肅州。至此，堅持十二年之久的西北回民起義全部失敗。］
此供一出，匪夷所思，驚世駭俗。審訊官員驚愕相視，難以相信。錄供者也停下了筆，不敢記錄。江寧將軍魁玉知道了後，不斷搖頭，連稱“荒唐”。他親自審問張文祥，張文祥隻說：“我為天下除了一個通回匪的叛逆，有什麼不好？”
被追問得急了，張文祥幹脆地說：“將軍是主使人。”魁玉問道：“將軍是誰？”張文祥大笑：“就是江寧將軍你呀。”魁玉由此十分難堪。
後來時金彪被官府逮捕，帶來江寧與張文祥對質。時金彪竭力否認張文祥的供詞說：“張文祥誣我說過馬大人溝通回匪的話，我伺候馬大人多年，他家雖是回教，總沒見他與回教人來往。現在官至一品，更不敢尊奉回教，我如何敢昧良心說馬大人通回匪，實在是他誣報我的。”，
麵對時金彪的對質，張文祥也改了口供：“小的所供時金彪曾向小的告說馬大人溝通回匪的話，是小的前因救過時金彪性命，將他報出幫同作證，好汙蔑馬大人的。現與時金彪對質，小的也不敢狡執了。”
張文祥說馬新貽通“回匪”，是有意為之，將馬新貽繞到勾結回民謀反的大罪裏，主審官員有所顧忌，便不敢再多追問。但這供詞實在太過荒誕，明顯是無稽之談。不過，張之萬、魁玉為了維護馬新貽的清譽，刻意隱瞞，沒有奏報朝廷。尤其是張之萬、魁玉提審時金彪時，隻有布政使和按察使參加，且連審兩次均未錄供。這就難免有欲蓋彌彰的嫌疑，是以物議紛紛，訛言蜂起。
傳聞說，馬新貽是回人，信伊斯蘭教，其父是山東菏澤回人的首領，與甘肅回王一直保持著緊密的聯係。馬新貽與太平軍、撚軍作戰時，軍火多來自回民的資助，所以才屢立戰功，一路升遷。馬新貽對回王感恩，一直想要有所回報。馬新貽的親兵徐義本是太平軍侍王李世賢部下，與張文祥是舊識。有一天，張文祥在杭州偶然遇到了徐義，徐義告訴他說：浙江巡撫馬新貽正與甘肅回部聯絡，要與回王一起逐鹿中原。張文祥聽了很是憤慨，認為馬新貽背叛清朝是壞了良心，當場怒罵：“此等逆臣，吾必手刃之！”剛好此時馬新貽下令取締非法營業的小押店，張文祥的小押店也在其中。張文祥生計被斷，聯想到馬新貽私通回部、蓄謀造反的行為，便決定刺殺他，一是為國除害，二是泄己之憤。
在這個版本中，張文祥已經成了保衛清室、報效朝廷的有功之人，而馬新貽則是通敵的叛國賊。這個故事之所以廣為流傳，得益於漕幫鹽梟在茶坊酒肆中大肆宣揚。以漕幫和湘軍的親密關係，可想而知，如此刻意醜化馬新貽形象的故事，隻能出自被馬新貽以高壓手段對付過的湘軍將領之口。隻是不知道曾國藩聽到這一版本的傳聞後，在麵對傳說中的“英雄”張文祥時，會不會有哭笑不得的感受。
第三種傳聞是張文祥“為天地會複仇”說。
傳聞說，張文祥曾經是湘軍鮑超部下。鮑超是有名的湘軍將領，其部號稱“霆字營”，為湘軍主力，不過軍紀敗壞，經常公然掠奪地方民眾，號稱“所過殘滅如項羽”。張文祥加入霆字營後，由於作戰勇猛，受到鮑超賞識，被提拔為新兵營哨官。當時湘軍內部時興結盟自保，不少人都是哥老會成員，霆字營也有哥老會組織，張文祥加入了哥老會，並成為一個小頭目。湘軍後期，霆字營受哥老會煽動，在湖北金口鬧餉，發生嘩變。張文祥趁亂逃到天目山，躲進一座寺廟裏。剛好寺廟長老是天地會首領，以出家人的身份做掩護，指揮山下的天地會從事反清複明的活動。張文祥知道真相後，加入了天地會。後來馬新貽任浙江巡撫，在寧波、台州大肆“剿匪”，捕殺了不少天地會成員。寺廟長老十分痛心，便委托張文祥殺馬新貽為天地會會友報仇。
這是第一個公然將刺馬案與湘軍聯係起來的傳聞。
第四種傳聞是“洋教”說。
傳聞說，馬新貽在上海與小刀會作戰時受了傷，在董家渡醫院治療時受洗禮加入了天主教。他上任兩江總督後，與法國天主教江南教區的主教郎懷仁來往密切，關係極為特殊。安慶教案發生後，法國駐華公使羅淑亞到江寧同馬新貽交涉，馬新貽對羅淑亞極其友好，一切照法國人的要求辦理。事後，馬新貽與安徽巡撫英翰聯銜發布告示，極力宣揚天主教的善行，勸人維護外教，並勒石豎碑保衛天主教。馬新貽又派兵保護在江寧等地的天主教堂。同治九年（1870），江寧發生反洋教活動，組織者是提督陳國瑞。陳國瑞還得到了江蘇布政使梅啟照的暗中支持，幫助印刷了大量宣傳傳教士殘殺中國幼童的材料。馬新貽知道後十分生氣，派兵捉拿陳國瑞。陳國瑞逃離江寧，經揚州到天津，參加了反洋教的活動，並得到了醇親王奕譞的支持。天津教案發生後，法國傳教士及駐華公使公開以武力威脅，要求懲辦陳國瑞，但由於醇親王的庇護，被軍機處敷衍過去。馬新貽被刺殺後，傳教士反應強烈，鎮江城裏的傳教士還公然為他搞悼念活動。剛好張文祥供詞中有“養兵千日，用兵一時”的說法，又因為如沒有內線指引，張文祥根本就無法進入馬新貽由校場回署的箭道，不可能在光天化日之下、在刀槍林立之中，一刀殺了兩江總督大人。於是，江寧城中又流傳著是醇親王奕譞和陳國瑞指使張文祥刺殺了馬新貽。而更為離奇的是，陳國瑞後來被發往黑龍江齊齊哈爾當差，於光緒八年離奇死於黑龍江戍所，風傳他是被人殺死。
［同治八年（1869）年初，法國天主教教士韓石貞（Plerre
Hende），英國內地會教士密道生、衛養生等人來到安慶，以超低價格強行購買民房，拆除後改建為教堂，由此引發當地民眾的不滿。當年五月，湖南反教揭帖（傳單）傳到安慶。當時正值府院考試，安慶府各地文武考生雲集於此，看到揭帖後群情激憤，對外國傳教士強取豪奪的行徑十分憤怒。到了九月，考場附近貼出了揭帖，號召大眾在某個日期一起去拆毀教堂。九月三十日，英教士密道生、衛養生乘轎趕到安慶府署，要求查辦散發揭帖之人。民眾和考生聽說後，十分憤慨，武舉王奎甲率眾搗毀了位於西右坊、東右坊英法傳教士的住所，密道生、衛養生逃入安慶府署，韓石貞連夜乘船逃往上海。這就是安慶教案。當年十月初三，英國駐華公使阿禮國和法國駐華公使羅淑亞聯合對清廷進行要挾。為了達到恫嚇的目的，羅淑亞還與法國水師提督一起率六艘兵船趕往上海，又派四艘兵船趕赴江寧，另派兩艘兵船經安慶、九江至漢口查辦教案。清廷立即屈服，立即命兩江總督馬新貽等迅速結案。馬新貽對羅淑亞的無理要求一一答允：將安慶城內的官地或倉廒衙署撥給教會作為堂基；賠償損失四千元；懲辦“肇事首犯”等。］法
曾國藩本人就是在天津教案上栽了個大跟頭，與洋人有關的一切都令他避之如虎。而醇親王奕譞是恭親王奕訢親弟，慈禧太後親妹夫，正受太後力捧，廣結八旗子弟，整頓神機營，隱有製約湘、淮兩軍的用意，是個絕對碰不得的人物。因此對於這個版本的故事，他不願意相信，也不敢追查。
第五種傳聞是“督撫不和”說。
有傳聞說是江蘇巡撫丁日昌花三千兩銀子買通張文祥，謀殺了馬新貽。
江蘇巡撫為兩江總督下屬，管轄蘇州、鬆江、常州、鎮江四府和太倉直隸州，駐在蘇州。之前，太湖水師哨勇徐有得、劉步標陪同哨官王有明到蘇州看病。當晚，徐有得、劉步標二人閑逛妓院，剛好遇到丁日昌族人都司丁炳、範貴等人。雙方因為爭奪一名美貌妓女起了衝突，打起架來。剛好蘇州親兵營遊擊薛蔭榜帶兵巡夜，將滋事的雙方都抓了起來，各打四十軍棍，以示警誡。偏偏徐有得很不服氣，結果又被加打了四十軍棍。這件事就此了結。
不料四天後，徐有得傷重而死，事情一下就鬧大了。江蘇巡撫丁日昌為了表示自己公正，主動上奏，自請議處。此時他還不知道當天晚上在妓院參與打架的還有自己的兒子丁蕙蘅（時為候補道員）和侄子丁繼祖，後來知道事情經過後，後悔莫及，但也無可奈何。
朝廷將案件交給了兩江總督馬新貽處理。馬新貽接案後，倒也十分認真地秉公處理，但丁蕙蘅始終不肯來江寧投案，派人前去傳喚，丁日昌則推托說兒子夜裏越牆逃匿，不知去向。而實際上，許多人親眼見到丁蕙蘅在巡撫衙門進進出出，毫無顧忌。這期間，丁日昌多次向馬新貽請托，希望他高抬貴手。馬新貽認為丁蕙蘅拒不投案是故意藐視自己，又因丁日昌是曾國藩親信，十分警惕，置之不理。就是從這個時候，“督撫不和”的故事開始廣為流傳。
由於丁蕙蘅拒不到案，此案拖了將近一年也無法結案。馬新貽十分惱怒，決定強行結案，將丁炳、薛蔭榜、丁蕙蘅、丁繼祖等人都處以革職，並判出款一萬兩白銀以安置死者。丁蕙蘅仗著父親是江蘇巡撫，堅持不肯歸案，馬新貽也沒有辦法處理，遂上奏請交朝廷議處。
以上全部是真事。四十天後，馬新貽遇刺。最可疑的是，馬新貽遇刺當天的閱射，按照慣例總督和巡撫都要參加，但江蘇巡撫丁日昌卻並未到場。他已經在刺馬案發生前夕自蘇州趕赴天津。
不過，丁日昌趕赴天津卻是奉旨所為。當時，曾國藩處理天津教案不力，被全國上下痛罵，曾國藩感到難以支撐，便上奏請求另派大臣赴津協同辦案。於是清廷選中了有“洋務能員”之稱的江蘇巡撫丁日昌。六月二十八日，清廷下諭令命江蘇巡撫丁日昌赴津辦理教案，因其路遠，難以速至，又命工部尚書毛昶熙先赴天津。
奇怪的是，丁日昌接到諭令後，沒有立即趕赴天津，而是一直拖到七月十四日。當時，從蘇州到達天津需要十天左右，也就是說，丁日昌是在馬新貽遇刺前十天就離開了蘇州，並且剛好在刺馬案發生的前一天也就是七月二十五日到達了天津。一下船，丁日昌便直奔直隸督署，與曾國藩密談良久。正是在當天，江寧大雨，馬新貽閱射未能成行。
第二天，七月二十六日上午，身在江寧的馬新貽被張文祥刺殺於回府衙的路上的時候，在天津，曾國藩正趕去回訪丁日昌，秘密交談了近一天。
第三天下午，馬新貽因傷勢過重而死時，曾國藩正在午睡，還在日記中記錄當時的心情是“心不能靜”。丁日昌隨後趕到直隸督署，二人又是一番密談，直到深夜。
刺馬案後，丁日昌一直滯留在天津，直到朝廷讓曾國藩回任兩江總督的上諭到達。當時曾國藩處理天津教案不當，“殘民媚外”，備受中外抨擊，回任兩江總督能夠將他從泥潭中拉出來，絕對是一件好事。但曾國藩與心腹反複商議後，決定以身體多病為理由，固辭兩江總督。不料朝廷的態度十分堅決，有病也必須去兩江。
此時，太常寺少卿王家璧上奏，直接指出總督馬新貽被刺與江蘇巡撫丁日昌有關，說：“江蘇巡撫丁日昌之子被案，應歸馬新貽查辦，請托不行，致有此變。”還說：“聞此言者非臣一人，臣所聞者亦非一人所言，其言時皆相顧歎息，及向根詢，則皆畏累不敢盡言。臣思陝西僻在西隅已有所聞，江南必有確實公論，屬吏或難兼采，京師相距較近，亦必有所傳聞。”連京官都這麼說，可見“督撫不和”的傳言流傳很廣，絕非一日之功。
丁日昌在馬新貽遇刺前離開十分可疑。王家璧為此再次上奏說：“此其尤著者，丁日昌本係矯飾傾險小人，江南大小官員甚多，此事不疑他人，而獨指該撫之子，難保盡出無因。或其子妄為而該撫不知，抑或與知而乘其駛赴天津，可以使人不疑，均難懸揣。”一針見血地指出丁日昌趕赴天津是有意要避開嫌疑。
盡管丁日昌有種種證據，可以證實他確實因公事才離開兩江，並非刻意製造不在刺殺馬新貽現場的證明，但朝野上下沸沸揚揚，將懷疑的目光投向丁日昌的大有人在。流言蜚語滿天飛，丁日昌有一百張嘴也說不清。尤其是他到達天津後，奴相畢露，更加明目張膽地賣國求榮，比曾國藩有過之而無不及，以致被人稱為“丁鬼子”。天津人還四處張貼告示，揭露他在江蘇巡撫位上種種貪汙醜行。
丁日昌看到時論的發展對他極為不利，急忙離開天津，火速趕回蘇州。回去後也是如坐針氈，見到曾國藩始終在京城磨磨蹭蹭不起程，實在按捺不住，上奏請求朝廷敦促兩江總督曾國藩盡快到任。
丁日昌是湘軍一係的人物，曾是曾國藩的幕府和親信，他上奏的本意，自然是希望曾國藩來江寧主持刺馬案，局麵會對自己更加有利。不過這道奏折倒也十分符合慈禧太後的心意，立即下旨督促曾國藩起程赴任。
就在丁日昌日夜憂歎的時候，其母突然去世，他需回廣東老家丁母憂。朝廷下諭旨免去丁日昌江蘇巡撫之職，調漕運總督張之萬任江蘇巡撫。此時，曾國藩正在回任兩江總督的路上。
這一版本除了丁日昌是否為刺馬主謀尚待商榷外，其他均為真事，順理成章，是唯一得到了朝廷官方討論的說法，看起來較為可信。尤其曾國藩先是推辭兩江總督之位，不願接手，之後又有意拖延，遲遲不到江寧，態度之曖昧，實在令人起疑。由此一來，“督撫不和”的故事更加蒙上了重重迷霧。
又有傳聞說，在馬新貽被刺前幾天，江寧府衙門接到一封標明“緊急”“機密”的公事。封套上還蓋著大印，不過印文模糊，看不出來是哪個衙門所發。把門差役接到公事後，不敢怠慢，即刻送交外署的門房。門上接收後先登記在冊，再送進位於內署的簽押房——這裏是馬新貽日常辦公的處所。馬新貽打開公事一看，裏麵是一張紙，上麵別無一字，隻畫了一匹死馬。他醒悟過來後，立即派人趕出去追捕投送公事的人，但來人卻已經不知去向。
日複一日，刺馬案的頭緒也越來越多，盤根錯節，牽涉太廣。僅以上五種傳聞，就牽扯上了回王、湘軍、天地會、洋教士、陳國瑞、醇親王以及丁日昌。
從曾國藩的角度看來，五種版本中，“漁色負友”說和“私通回匪”說如果是真的，將有損馬新貽聲譽，朝廷和馬家人都不會滿意，因此無需追查；如果是假的，當然更加不必追查。“為天地會複仇”說牽扯到了湘軍，他也絕對不會追查。“洋教”說牽扯到洋教士和醇親王，情節更是複雜，諱莫如深；曾國藩一生就敗在教案上，沾了洋字的他都要退避三舍；醇親王不僅是皇叔，還是慈禧太後的妹夫，當然更加動不得。至於“督撫不和”說就更加微妙了，如果丁日昌是刺馬主謀，那丁日昌為什麼要在刺馬前一天趕到天津？曾國藩不是有極重的同謀嫌疑嗎？所以，此說是最不能追查的。
而案子拖延不結，隻會招致更多傳聞物議。思來想去，曾國藩認為之前張之萬和魁玉的奏結最為妥當。在經過深思熟慮後，他決定不再追查，仍照張之萬、魁玉奏報所擬罪名，比照謀反叛逆上奏。
關於刺馬一案，張之萬、魁玉、曾國藩、鄭敦謹四位大員反複公開強調說：“毫無確供。”既然沒有準確的口供，為什麼明知不應為而為之，一定要用一篇漏洞百出的口供給張文祥定罪呢？
之前慈禧太後對張之萬和魁玉的奏結大加訓斥，十分不滿，等看到曾國藩幾乎相同的奏結後，她終於明白了，刺馬案不可能再弄清了，這口氣必須得咽下去。她將不得不接受這一事實，以及稀裏糊塗的審案結果。在慈禧太後的首肯下，朝廷終於發出了諭旨，正式肯定曾國藩、鄭敦謹的奏結，以“張文祥潛通海盜圖謀報複”定案。這份漏洞百出的奏結最終成為官方認可的定讞，現存於台北故宮博物院。
同治十年（1871）二月十五日，曾國藩奉旨監斬，在江寧小營刑場將張文祥淩遲處死，並摘心致祭。馬新貽四弟馬新祐為了增加張文祥的痛苦，特命劊子手用鉤子鉤肉，鉤一下割一下，從上午九點開始，到下午四點才割完。在殘酷的處刑過程中，張文祥始終未出一言，視死如歸，頗有英雄氣概。他的名字卻在史籍中被刻意改為“張汶祥”，“文”字加水，表示其江洋大盜的身份，有蔑視他的意思。
受到牽連的還有不少人。張文祥的兒子張長福時年十二歲，也受到牽連，被閹割後發往新疆為奴。其女張寶珍、張秀珍因許嫁已定，並不知情，各歸本夫。督標中軍副將喻吉三因疏於防護，被革去提督銜，降二級調用。把總唐得金等人均因失職罪名被斥革。
馬新貽被運回山東菏澤老家安葬。對於他的身後事，朝廷也極盡隆重之能事——同治皇帝親賜祭文、碑文；諡“端敏”；恩加太子太保，入賢良祠，以總督陣亡例議恤；在江寧、安慶、杭州、海塘、菏澤等地為其建造專祠，春秋官為之致祭。其子馬毓楨加恩賞給主事，分刑部學習行走。如此生榮死哀，實為晚清督撫中從所未有的待遇。但無論如何，隨著馬毓楨扶柩離開，馬氏在兩江再沒有任何勢力。
隨後，曾國藩具折奏請為已故督臣馬新貽於本籍建祠，奏折中稱讚馬新貽“家世謹厚，矜式鄉閭。生平踐履篤實，亦自卓然可傳”。曾國藩為人謹慎，從不輕易褒貶人，對一個從來就沒喜歡過的人，突然出這番讚語，實在叫人起疑。因為他和他的湘軍是刺馬案中唯一的受益者，因此也一度被懷疑是刺殺馬新貽的主謀。
空前絕後、轟動一時的刺馬案以張文祥一人之死落下了帷幕，但流言反而愈演愈烈。朝野議論紛紛，均說刺馬一案必定別有隱情，不能公宣於眾。從始至終參加會審的孫衣言為馬新貽寫了一篇神道碑銘，裏麵寫道：“賊悍且狡，非酷刑不能得實。而叛逆遺孽，刺殺我大臣，非律所有，宜以經斷，用重典，使天下有所畏懼。而獄已具且結，衣言遂不書諾。嗚呼！衣言之所以奮其愚憨為公力爭，亦豈獨為公一人也哉！”公然指責結案太過草率，背後隱情尚未查清。
孫衣言碑銘一出，輿論大嘩。然而，即使是慈禧太後，此刻也無力回天。審案已經長達八個月之久，前後介入審訊的官員多達五十餘位，依舊是最初模棱兩可的結果，再追查下去，局麵實在難以預料。隻有息事寧人，才是最好的選擇。
最令人玩味是刑部尚書鄭敦謹的行為。他在張文祥未明正典刑之前，已經決意離開江寧，明顯表示出對定讞結果的不滿。曾國藩贈送他二百兩白銀作為路費，以曾之為人，這已經是很慷慨了，還特意聲明這銀子出自廉薪。不料鄭敦謹一點兒都不念舊情，分文不取，銀子全部退回。倒是隨行的兩名郎中伊勒通阿、顏士璋每人各自收了一百兩銀子。鄭敦謹離開江寧之時，曾國藩率眾地方官員到江邊相送。從來喜怒不形於色的鄭敦謹一改常態，憤然登船，頭也不回地揚帆而去，隻留給江寧人一個蕭然而蒼涼的背影。
離開江寧後，鄭敦謹的心緒並未就此平複下來，心頭百般複雜滋味，又是痛心，又是慚愧，又是不甘。他到達清江浦後，會見了新任漕運總督張兆棟，便刻意停留了幾日。不久，張文祥被淩遲處死的消息傳來。鄭敦謹勃然變色，聲稱自己得了重病，要立即回老家長沙去養病，不能回京，隻打發兩名郎中代他回京交旨，並代他辭官。
鄭敦謹是以欽差大臣的身份出京，按照清製，不回京師交旨要重重治罪。兩名郎中極力勸阻，卻絲毫不得要領。追問鄭敦謹辭官的原因，他隻答了八個字：“外慚清議，內疚神明。”這句話，正是當日曾國藩處理天津教案不當、招致朝野唾罵之時有感而發的話。
當日，鄭敦謹不計後果，堅持坐船回了長沙。他本是帶著雄心壯誌和朝野上下的殷殷期望而來，然而形勢始終比人強，盡管他有“鐵麵無私”的美譽，卻最終不得不無奈地屈服在形勢下，唯一能做到的，便是滿腔憤懣地離去。鄭敦謹曆有名績，《清史稿》對此評論說：“江寧之獄，論者多謂未盡得其情，敦謹未複命，遽解官以去，其亦有所未慊於衷歟？”（《清史稿·卷四百二十一》）
慈禧太後知道鄭敦謹離開後一度十分惱怒，自己派出去的人，隻有去的，沒有回來的，馬新貽是一個，鄭敦謹又是一個，這還像什麼話。還是恭親王奕訢代為圓場，慈禧太後這才沒有追究鄭敦謹的責任。此後，鄭敦謹始終不再出仕為官，孤燈衾影中，隻剩下綿綿不盡的自慚與歎息，直至最後終老於鄉裏。
鄭敦謹的兩個隨員回到北京後，結局也令人困惑。滿族郎中伊勒通阿奉旨回鄉，“給全俸”頤養餘年；漢族郎中顏士璋則被外放到蘭州做替補知府，不久即回籍賦閑。
顏士璋回到老家後，寫了一本《南行日記》，記述了跟隨鄭敦謹赴江寧審案的全部過程。他的曾孫顏牧皋曾經看過這本日記，說其中白紙黑字地寫著：“刺馬案與湘軍有關……刺馬案背後有大人物主使。”
當時也有不少人認為刺馬案肯定與湘軍有關。曾任江蘇巡撫、湖廣總督的郭柏蔭對孫子郭公鐸說：“張文祥行刺有幕後慫恿者，應是這一類人物，最初有意製造流言的，也是他們。”二人之言如出一轍——馬新貽表麵死於流浪漢張文祥之手，其實是死於湘軍之囂張氣焰。
對於馬新貽被刺的原因，李鴻章曾感歎說：“若七年秋不妄更動（指同治七年馬新貽上任兩江總督一事），或穀山（馬新貽字）僻在海濱（馬新貽原任閩浙總督），竟免斯厄。每讀負乘致寇之語，不禁瞿然。江介伏莽最多，非極威重，不足銷無形之隱慝也。”（《李文忠公全書》）大概的意思是說，馬新貽接了本不該屬於他的兩江總督位置，這就是他必須死的原因。可謂一語道破了天機。
而一度被懷疑是刺馬案最大主謀的曾國藩則穩坐兩江總督寶座，直到兩年後死去。兩江總督寶座從此長期掌握在湘軍一係手中，其他人絲毫不敢染指問津。盡管曾國藩及其繼任者最終並未割據分權，但“重地方、輕中央”政治局麵的形成已經不可避免。
自太平天國興起，朝政大權逐漸落入漢人重臣之手，清廷的權威極大地被弱化。能令這些漢族重臣在朝中立身保命的並非所謂的蓋世奇功，而是其手中直接或間接掌控的龐大的地方軍事力量，曾國藩如此，李鴻章也是如此。湘軍和淮軍的出現確實挽救了岌岌可危的清王朝，令其統治多苟延殘喘了幾十年，但湘軍、淮軍首腦人物也借此進入了中央要津，開始左右政局，由此開近現代軍閥割據的源頭。直到民國初，割據中國的軍閥無不與湘軍有著千絲萬縷的淵源關係。
無論馬新貽被刺案有何重大背景來曆，案發後的審訊調查過程和結局卻充分彰顯了中央皇權日益衰弱、政令不及地方的無可奈何。從始至終，刺馬案的本質不過是清朝中央集權和地方軍事集團的較量，而最後還是以清廷的公開退讓而告終。
但慈禧太後也不是沒有絲毫的報複行為。最初鄭敦謹到達江寧主持審理刺馬案，有人趕來暗示他，萬一張文祥胡亂指認湘軍將領該怎麼處理，其中特別提到了長江水師提督黃翼升。黃翼升的水師軍紀極壞，但有曾國藩的庇護，一直安然無事。曾國藩死在兩江總督任上後，慈禧太後急不可待地拿黃翼升開刀。不過這次她學乖了，沒有派出什麼心腹股肱之臣，而是選派了另一湘軍將領彭玉麟，來以湘製湘。
彭玉麟幼年曾與親戚之女梅姑有白頭之約，但後來梅姑被父母逼迫另嫁他人，梅姑為此殉情而死。彭玉麟痛不欲生，此後雖然仕途顯赫，但一有閑暇，便要畫梅花。“無補時艱深愧我，一腔心事托梅花”。即使在戎馬倥傯之時也是如此，表示無忘梅姑。這個習慣保持了一生，到死之時，他一共畫了十萬多幅梅花圖。
彭玉麟為人頗有正義感。跟鄭敦謹一樣，有“鐵麵無私”之稱。他奉旨巡視水師，發現長江水師確實問題嚴重，首當其衝的就是提督黃翼升。黃翼升自知曾國藩一死，靠山已倒，隻好以傷病為名，主動上疏請求辭職。上諭不久即到，嚴厲斥責黃翼升，準其革職，黃翼升從此失意於官場。直到光緒十八年（1892），慈禧太後歸政於光緒皇帝，黃翼升才由光緒重新起用為長江水師提督，不久便死於任上。此刻，清朝滅亡的腳步已經越來越近了。
同治七年
五月初三，從兩江總督曾國藩之請，創設長江水師，長江事宜均由水師提督黃翼升（曾國藩親信）主持。
七月二十日，調兩江總督曾國藩為直隸總督，閩浙總督馬新貽為兩江總督，以福州將軍英桂為閩浙總督。
七月二十二日，以曾國藩調補直隸，長江水師係屬初創，恐黃翼升一人不足資控製，著彭玉麟於百日後迅赴江、皖，會籌水師事宜。
七月二十七日，曾國藩接到諭旨：“曾國藩著調補直隸總督，兩江總督著馬新貽調補。”
八月初五，命馬新貽充辦理通商事務大臣，丁日昌幫同辦理。
十一月初八，時在揚州的曾國藩致信新任兩江總督馬新貽，特別提及因長江水師初建，務必湊齊其所需十六萬軍費。
十二月二十三日，馬新貽奏：“蘇省荒廢田地，設法勸墾招領，請酌定年限寬免錢糧。著照所請，以各項情形不同分別年限，暫免錢糧，俾編民早得複業。”
是日，馬新貽又奏：“現在應辦最要者六條：培養民生以籌辦善後，修築運堤以宣防河務，清查官虧以講求吏治，選擇將才以整頓綠營，酌留水師以聯絡江防，恪守條約以辦理洋務。諭令其實心實力為之，勿騖虛名，勿求速效。”
十二月十四日、十五日、十六日及次年正月十七日，慈禧太後在一個月時間內四次召見曾國藩，縱談練兵、選將要務。當曾國藩此時入朝時，千官矚目，人人想望其豐采。次年正月十六日，太後賜群臣宴，滿員以倭仁為首席，漢員則以曾國藩為首席。曾國藩一生追求的聲名，至此可說達到極峰。
同治八年
三月二十日，兵部議複曾國藩酌改江蘇水師營製事宜，江蘇水師改為內洋、外海、裏河三支；江寧設立船廠，按年輪修戰船，輪船應由上海船塢整理；水師專以管船為主，其無船之弁兵，一律裁撤。從之。
四月初七，以湘軍兵變，劉鬆山未能預防，著革職留任。
四月十九，以陳湜留任山西防務，詔免發遣。
（七年春，犯畿輔。湜以疏防褫職，譴戍新疆，巡撫鄭敦謹疏請留防。冬，陝回將乘隙渡河，屢擊走之，詔免發遣。）
同治九年
五月二十三日，天津教案發生。
六月初十，曾國藩到達天津處理教案。
六月十四日，內閣大學士宋晉奏和局固宜保全，民心未可消失，欲懲擅殺之罪，必究起釁之根，請飭曾國藩速行查明曲直，秉公辦理，以釋民疑；以長江水師緊要，請飭整頓。從其所奏，命彭玉麟迅速啟程，赴江南等省，會同馬新貽實心整理長江水師，力除廢弛。
六月二十六日，法國兵船進入天津海河。曾國藩聞訊嘔吐大作，一病不起。
六月二十八日，以曾國藩病重，命江蘇巡撫丁日昌赴津辦理教案。因其路遠，難以速至，又命工部尚書毛昶熙先赴天津。
是日，諭令李鴻章即帶軍趕赴京畿駐防。命馬新貽迅速安排江蘇、上海海口防範事宜。
七月二十四日，丁日昌抵達天津。
七月二十六日，馬新貽遇刺，次日死。
八月初三，調直隸總督曾國藩為兩江總督，湖廣總督李鴻章為直隸總督。
八月初十，曾國藩以病推辭兩江總督。不允。
八月二十五日，李鴻章抵達天津。
八月二十九日，命曾國藩等辦結天津教案，丁日昌著即速回原任。
九月十一日，曾國藩六十歲生辰，賜禦書匾額“勳高柱石”。
九月十八日，命曾國藩進京。
九月二十五日，曾國藩到達北京，次日覲見。
同治十年
二月初五，就馬新貽遇刺案發布上諭。