得到了口供，胡瑞瀾還沒有就此高枕無憂。此案因為案情變幻反複，審理多次，其間犯人、證人供詞多有矛盾之處，為了讓案件盡快了結，成為定讞，他很是費了一番心思。比如，有證人說同治十二年八月二十四日葛品連因醃菜遲誤毆打小白菜，小白菜自剪其發欲出家為尼，楊乃武聽聞後前往探問，走到王家門口見房內人多，沒有進去就返身而回；但又有證人說看見楊乃武在小白菜房中調情，被葛品連撞見後，楊乃武逃走，葛品連一怒之下毆打小白菜，鄰居前來勸解時，葛品連借口說是因小白菜沒有醃菜。這兩種說法差別很大，胡瑞瀾經過考慮後，改成“該日雖為醃菜遲延爭鬧，實為與楊奸情引起”。又如，葛品連母親喻氏懷疑兒子死因盤問小白菜一節，喻氏先是說小白菜拒不招認謀毒情節，後來又說從小白菜口中盤出與楊乃武勾結謀毒情形。前後說法不一，明顯矛盾，胡瑞瀾改為“葛畢氏初則言語支吾，繼稱楊乃武交給流火藥”。這樣，經過刻意的修飾後，整個結案報告的漏洞均被彌補，看起來天衣無縫。
光緒元年（1875）十月初三，胡瑞瀾將案件審結上報朝廷，稱此案沒有冤情，擬按原審判罰定罪：葛畢氏以因奸同謀殺夫罪，擬淩遲處死；楊乃武以奸夫起意殺死親夫罪，擬斬立決，又以作假呈詞京控，罪加一等；錢寶生擬以私賣砒霜致成人命罪，擬杖八十；王阿木以強令錢寶生遞交悔呈，又為葉楊氏作保京控，與王廷南、姚士法等擬杖八十；楊恭治、吳玉琨等為楊乃武具呈作證，遞具公稟，因不知楊乃武因奸謀命情事，與並未通奸之何春芳，並未詐贓之阮德，均不予追究罪責。
除了結案報告外，胡瑞瀾還向朝廷上呈了《招冊》，即包括案犯楊乃武、小白菜的供詞和沈喻氏、王林、錢寶生等證詞在內的詳細記錄。本來按照慣例，總督巡撫審理的死刑案件隻需呈報審結報告，不需要人犯供述和證人證詞。胡瑞瀾這樣做，自然是為了表示自己秉公執法，沒有徇私舞弊。
由於胡瑞瀾審理此案是以欽差的身份，案件審結後，原承審官員均如釋重負，彈冠相慶，還設宴賓客，都以為此案曆經七審，鐵證如山，不會再有反複了。然而，楊乃武案當時已經眾所矚目，成為輿論的熱點話題。而案情牽扯進來的兩方力量，一派是握有重權的浙江巡撫及湘軍勢力，一派是手無寸鐵的小民。在大多數人的心中，自然而然地同情弱者，不少人更是堅信這是一樁酷刑下造就的冤案。沒想到被寄予厚望的胡瑞瀾最後審理的結果，依舊是維持小白菜淩遲處死、楊乃武斬立決的原判。《申報》將胡瑞瀾的審結報告予以報道後，朝野一片嘩然，輿論洶洶，憤憤不平的人數不勝數。
光緒元年（1875）十月十八日，戶部給事中邊寶泉率先發難，上奏揭發胡瑞瀾與浙江巡撫楊昌浚素來交好，胡瑞瀾辦理楊乃武案時“外示嚴厲，中存偏袒”，有官官相護的嫌疑。尤其在關鍵環節上，胡瑞瀾沒有詳加追究：一來是因為胡瑞瀾本職掌學政，沒有辦過刑事案件，抓不住要害；二來胡瑞瀾為楊昌浚的下屬，其考成決定於楊昌浚，他當然不敢翻案得罪楊昌浚。為了表示公正，邊寶泉建議該案應該交給刑部從頭審理。
這位邊寶泉倒跟前麵那位刑部給事中王書瑞不同，並非浙江籍官員。他原籍奉天遼陽，其祖先隨清軍入關，屬鑲紅旗漢軍籍。在嚴厲防範漢人的清王朝，邊寶泉可謂是朝廷的親信一派了。甚至當年風雲人物直隸總督李鴻章獻瑞表，他也敢上書揭發李鴻章其人妄言妄為，不過是媚上取寵。
邊寶泉奏疏上後，不但得到百姓的一片叫好聲，還得到了許多官員的鼎力支持。當時懷疑楊乃武案案情可疑的除了浙江籍官員夏同善外，還有大學士翁同龢（江蘇常熟人，光緒皇帝老師）、刑部分管浙江司刑獄的司官林拱樞（林則徐第五子）等官員，因而支持將楊乃武案交給刑部複審的官員勢力很大。但出人意料的是，慈禧太後卻沒有批準，理由是按照清朝慣例，刑部作為職掌全國刑獄的部門，事務極為繁忙，凡外省審理過的案件，不能再遞交到刑部重新審理。不過，慈禧太後雖然否定邊寶泉的提議，但卻同意將此案案卷交給刑部詳細審研，看是否有可疑之處，一一標出後，再交胡瑞瀾進一步查究明晰。顯然，這既是懾於朝野的輿論壓力，也有慈禧太後複雜的心理矛盾。
江浙是朝廷賦稅重地，也是慈禧太後心中最深的痛。自太平天國平定，江浙之地一直為湘軍所把握，成為朝廷的心腹大患。清廷曾經想努力改變湘軍坐大一方的局麵，並為此采取了種種措施，然而隨著同治九年（1870）七月兩江總督馬新貽在南京遇刺，朝廷從湘軍手中奪回江浙的計劃徹底破產。盡管湘軍鼻祖曾國藩不久後去世，但江浙地方實權長期把握在湘軍一係手中，即使是中央政令，也經常有力所不能及的時候。楊乃武小白菜案為浙江封疆大吏親自審定的要案，如果輕易發到刑部複審，那些浙江地方官員如何能服氣？浙江巡撫楊昌浚為湘軍重要將領，在已經七審七決的情況下再懷疑他的審案結果，湘軍那些人會不會又認為朝廷是有意針對他們？就算楊乃武小白菜有冤情，考慮到種種不穩定的因素，慈禧太後也不願意輕易與地方失和。但另一方麵，如果真的是冤案，也許反倒是向湘軍下手的一個機會。正是在這種矛盾的心態下，慈禧太後這才同意將案件發給刑部審查。
刑部接到案卷後不敢怠慢，抽調大量人手日夜閱覽材料，目的隻有一個——那就是找出疑點。很快，一些疑點被羅列出來，如楊乃武向錢寶生購買砒霜，錢寶生作為最重要證人，卻僅僅被餘杭知縣劉錫彤傳訊過一次，其後各次審訊均未提鞫，也從來沒有讓楊乃武與其當麵對質，這豈不是太不合情理？
刑部提出的疑問被發給浙江學政胡瑞瀾，要求他如實答複。胡瑞瀾本來就是個學者，擅長文字上的功夫，立即上了一篇長奏，不但回答了刑部的疑問，還對所有疑問都做了細致彌縫，整個案件看起來更加無懈可擊。
因為眾人心中已經認定楊乃武案是冤案，而朝中大臣為了迎合慈禧太後想借機對浙江官員下手的人大有人在，胡瑞瀾這種答複當然不能令人滿意，質問他的聲音此起彼伏。
就在這個時候，經手楊乃武案的重要人物浙江按察使蒯賀蓀突然於光緒元年（1875）十二月初二病死。不久前，蒯賀蓀之子也因病而死。街頭巷尾將其父子之死與楊乃武案聯係起來，為此議論紛紛，滿城風雨。
紅頂商人胡雪岩也沒有停止對此案的關注。在他的努力下，翰林院編修夏同善召集了在京任職的浙江籍官員，發動大家要為家鄉做實事，當然，這實事就是要為楊乃武翻案。如果楊乃武冤情不得昭雪，整個浙江的讀書人都將沒有麵子。在夏同善的號召下，浙江籍京官包括內閣中書汪樹屏、羅學成，翰林院編修許景澄，戶部主事潘自疆，吏部主事陳其璋，戶部主事張楨、何維傑、周福昌、吳昌祺、徐世昌、徐樹觀，刑部員外郎鄭訓承、（汪樹屏兄長），刑部主事濮子潼、戚人銑，工部員外郎吳文諤、邵友濂，工部主事梁有常共十八人，聯名寫了一份呈詞。其中舉出了楊乃武一案中種種可疑之處，還增加了他們聽聞來自家鄉的消息，要求朝廷將此案交給刑部審理，並昭示天下，以釋群疑。又說此案如不平反，浙江將無一人肯讀書上進矣。呈詞由二十八歲的浙江餘杭人李福泉呈遞到都察院。
十八名官員聯名呈控非同小可，都察院立即奏報給慈禧太後。慈禧太後尚在猶豫不決之時，與夏同善關係親密的刑部侍郎袁保恒（河南項城人，袁保慶堂弟，袁世凱叔父）與大學士翁同龢也上奏疏指出胡瑞瀾結案報告中疑點重重，如果再要胡瑞瀾重審，隻能適得其反，他必然全力掩蓋案件中的漏洞和疑點，彌縫周圓，隻有將此案發刑部重審，這才能秉公論斷。慈禧太後見楊乃武案已經轟動天下，又有這麼多的浙江籍官員支持重審，疑慮被打消了，當即同意將此案發到刑部重審。刑部尚書皂保和桑春榮接奉諭旨後，不敢拖延，一麵組織官吏閱覽此案的全部卷宗，一麵通知浙江巡撫楊昌浚，將有關犯人和證人押解到北京刑部。此時，已經是光緒二年（1876）的正月。
然而，光緒二年（1876）正月十六，楊乃武一案中重要的證人錢寶生突然在杭州大獄中暴斃身亡。事情發生在最關鍵的時刻，錢寶生之死自然引來多方猜測。浙江巡撫楊昌浚和浙江學政胡瑞瀾上報說錢寶生是在獄中病故。但有衙役說錢寶生是自縊身死。也有曾與錢寶生同獄的犯人出獄後說，錢寶生是餘杭知縣劉錫彤和杭州知府陳魯聯合買通獄吏殺死的，為的是殺人滅口。《申報》的報道則說胡瑞瀾為答複刑部疑點，曾將錢寶生提杭州審訊，之後派差役押解其回餘杭縣，錢寶生回到家中，突然腹痛如絞，隨即病故。
不論事實的真相如何，直接證人錢寶生一死，給審案帶來極大的影響。無奈之下，隻好由錢寶生的母親姚氏和藥鋪店夥楊小橋作為替補證人。在臨出發前，楊乃武家人找到楊小橋，送上銀洋六百元，不求其他，隻求他能說實話。
因為擔心路途上再出意外以及犯人、證人串供，押解分批進行。最先被押解上路的隻有小白菜一人，她坐在囚車當中，枷鎖鐐銬加身，四周都是戒備森嚴的兵丁衙役。雖然是生平第一次踏上了遠途，但前方不知道什麼樣的命運在等待著她，心情之淒涼可想而知。當時輿論雖然支持翻案，但無論是官員還是百姓，同情的均是楊乃武，對攀誣楊乃武的小白菜則極盡辱罵鞭撻之能事。《申報》更是公然報道她“本為土娼”，並不是葛品連明媒正娶的妻子，她一個人下毒謀害了丈夫葛品連，又誣陷素有仇隙的楊乃武，作為報複。相比於楊乃武備受憐憫關注的處境，她可謂千夫所指了。
第二批押解的是證人，包括喻氏（葛品連母）、沈體仁（葛品連繼父）、王氏（小白菜母）、王心培、何春芳、姚氏（錢寶生母）、店夥楊小橋等，一共數十人。浙江巡撫楊昌浚曾以姚氏患有癲癇病、王氏有年幼女兒為借口，請求免提二人進京，隻寫出證詞畫押即可。但被刑部斷然拒絕。
楊乃武被單獨安排在第三批。一路上，他和小白菜的刑傷都得到了治療，這是因為之前胡瑞瀾等人均上報說沒有動用酷刑。因為刑部的嚴密關注，沿途均由當地官府照顧，路上倒是沒有出什麼差錯。
光緒二年（1876）三月二十七日，第二批上路的證人抵達北京。在按照慣例搜身時，刑部人員從葛品連的母親喻氏身上搜出一張字條，寫著“刑部司員文起暨浙江糧道如山宅內居住之劉殿臣，餘杭縣署內薑位隆懇托”的字樣。因為字條中涉及刑部官員，刑部立即如臨大敵，審問喻氏字條從何而來。喻氏說是家鄉餘杭的遠親薑位隆所寫，擔心她來北京後無依無靠，讓她投靠文起和劉殿臣。調查後，發現刑部司員中並沒有一個叫文起的人，隻有個叫文超的。因為楊乃武案情重大，刑部不敢疏忽任何一個細節，為了證實喻氏的話，竟然發告示在全國通緝劉殿臣和薑位隆。後來才知道，薑位隆本來要寫的是“文超”，粗心寫成了“文起”。此事弄得風聲鶴唳，草木皆兵，不過最後隻是虛驚了一場。經查，文超、劉殿臣和薑位隆均與案件無關。
有意思的是，這次檢查還查出了證人詹善政並不是真的詹善政，原來詹善政不願意進京作證，已經潛逃躲避起來，改由楊乃武嶽母張氏家的幫工王順發頂替。經過一番折騰後，詹善政最終還是被緝捕，押解進京。
等到涉案人員全部抵京後，刑部舉行了一次大審，又叫三法司會審，指由刑部主審，都察院、大理寺會審。主審官是刑部尚書桑春榮和皂保，發話訊問的是刑部浙江清吏司郎中剛毅和另一位都察院刑科主事。當時趕到刑部署中觀審的官員不計其數，“觀者如堵”，後來者連插足的地方都沒有。然而在審訊過程中，大堂上下鴉雀無聲，眾人無不傾耳細聽案情經過。可見這一案件當時受矚目的程度。
犯人一帶上來，就明顯有受過酷刑的痕跡，這一點與之前楊昌浚具題、胡瑞瀾上奏中所說的並無刑訊一節顯有不符。因為楊乃武的膝蓋受過刑，還沒有痊愈，無法下跪，審訊官破例允許他坐在地上回答。楊乃武知道這是他最後的機會，於是就推翻前麵的口供，說出了自己案發時根本就不在餘杭，後來承認有罪，都是畏刑誣服。仇
到小白菜時，她開始尚不敢翻供。姿色出眾的她雖然一再受刑，很是憔悴，但依舊還是能見到昔日風韻。審訊官見她畏懼，料到是怕上刑，便溫言安慰，鼓勵她照實直說。小白菜終於鼓足勇氣，說隻以為丈夫病死，不知丈夫是服毒，毒藥從哪裏來的也不知道，楊乃武並沒有給她毒藥，二人也無奸情。
其他證人也均據實作證。錢寶生母親姚氏和店夥楊小橋均說藥鋪從來沒有進過砒霜，也沒有見過楊乃武。尤其是仵作沈祥供認，驗屍時並不能確認葛品連是中砒霜而死。形勢急轉直下，開始對楊乃武、小白菜有利。為了確認葛品連的死因到底如何，刑部緊急調運葛品連的屍棺到北京，準備重新勘驗。路途遙遠，為了防止屍棺被調包，刑部進行了嚴密的防範，派出兵丁押送，並在棺材上貼上封條。
光緒二年（1876）十二月初九，葛品連屍棺運抵京城，停放在朝陽門外的海會寺前。刑部尚書皂保率領刑部官員，偕同五城兵馬指揮等地方官，在海會寺前當眾開棺驗屍。犯人和所有證人也都被押到現場。楊乃武和小白菜身穿紅色囚衣，被關在一旁的木籠當中。由於影響巨大，前來觀看開棺驗屍的人山人海，甚至還有一名法國記者。
刑部選調的荀義、連順都是當時北京最有名望的老練仵作。二人打開棺材後，發現屍體皮肉已經腐爛殆盡，隻剩下骨殖。如果是中毒，骨殖應呈青黑色。二人由上至下仔細詳驗，發現葛品連鹵門骨，胸部龜子骨、牙齒、牙齦、手指、足趾骨尖及周身大小骨殖均呈黃白色，並無砒霜中毒的跡象，屍骨經過蒸煮也沒見異常，與《洗冤錄》所載正常病死符合。最後得出權威結論：葛品連確係因病而亡，並非中砒霜之毒而死。
結果一經宣布，現場歡聲雷動。法國記者急忙跑到木籠邊，對楊乃武和小白菜喊道：“無毒！無毒！”據說後來這位法國記者還到浙江采訪過楊乃武，並在國外媒體上作了報道。
刑部官員又當眾詢問餘杭知縣劉錫彤、仵作沈祥當時勘驗情況。二人承認，原來勘驗時，試毒銀針並未按要求用皂角水反複擦洗，不符合朝廷規定的檢驗程序；沈祥向劉錫彤隻報服毒而死，卻未報何毒致死。
至此，案情已經基本清晰。
光緒二年（1876）十二月十六日，刑部尚書皂保命將所有犯人、證人帶到大堂，環跪一圈，當麵對質。在眾目睽睽之下，沒有人敢再說假話、作偽證。全案的來龍去脈，始末經過，至此全部水落石出。曆時三年，經過七審七判的疑案，屢經曲折，柳暗花明，至此終於大白於天下。
楊乃武小白菜一案真相大白後，剩下的就是結案量刑的問題。對於犯人、證人還好說，對於之前曆次承審官員的處理就是個難題了。尤其是楊昌浚、胡瑞瀾這樣的一品大員，身後還有湘軍做靠山，要下決心查辦，實在不是件容易的事。如果說之前的黨爭還隻是潮流暗湧的話，隨著案情的明朗，朝中大臣很快就分成了兩派，派係爭鬥公開化了。
一派以大學士翁同龢、翰林院編修夏同善、張家驤為首，主張對浙江承審官員嚴懲不貸。這一派多是浙江、江蘇人，稱為江浙派。又因為大多是文臣諫官，因而又被稱為朝議派。
另一派則認為刑部審驗不足為憑，應該維持楊昌浚、胡瑞瀾原判。這一派以湖南、湖北籍大臣居多，稱兩湖派。因掌握地方實權，又稱為實力派。不過他們的首腦人物，並非兩湖人士，而是貴州平遠人丁寶楨。
丁寶楨的出現十分富有戲劇性。他當時任四川總督，剛好回京城辦事，聽說刑部在海會寺當眾開棺驗屍後，立即氣勢洶洶地趕去刑部，斥責刑部尚書桑春榮老耄糊塗，說葛品連已經埋到地下三年，毒氣早已消失，不能憑屍骨呈現黃色就認定不是中毒死亡，而是應該維持楊昌浚原判。還大發雷霆說：“這個鐵案如果要翻，將來沒有人敢做地方官了，也沒有人肯為皇上出力辦事了。”當時桑春榮已經寫好了參革各承審大員的奏疏，丁寶楨聲色俱厲的態度當即就把他嚇壞了，竟然當場答應先壓下奏疏，慎重研究後再說。
丁寶楨聲名鵲起、令天下人刮目相看是在同治八年（1869）。那一年的七月，慈禧太後派親信太監安德海出京，被當時還是山東巡撫的丁寶楨抓住後就地正法。因為這一件事，京官都十分畏懼丁寶楨。更有一種傳說廣為流傳，說在背後支持丁寶楨的就是恭親王奕訢和慈安太後。正因為如此，丁寶楨大鬧刑部、直接介入楊乃武小白菜案令局麵更加複雜化，此時已經不僅僅是中央朝廷與湘軍軍事集團之間的爭鬥那麼簡單，傳說恭親王奕訢和慈安太後均有意趁此機會打壓慈禧太後，所以丁寶楨才氣焰極盛。
正因為涉及種種勢力，慈禧太後一時之間也不知道該如何處理，無論偏袒哪派，另一派都不會答應。就在這位帝國的最高執政者猶豫不決的時候，都察院禦史王昕上了一道奏折，這就是著名的《奏楊乃武葛畢氏冤案折》。奏折全文如下：
伏讀本月（光緒二年十二月）十六日上諭：刑部奏承審要案複驗明確一折，浙江餘杭縣民人葛品連身死一案，該縣原驗葛品連屍身係屬限毒殞命，現經該部複驗，委係無毒因病身死，所有相驗不實之知縣劉錫彤，著即行革職，即著刑部提集案證，訊明有無故勘情弊，及葛品連何病致死，葛畢氏等因何誣認各節，按律定擬具奏。欽此。仰見我皇上欽恤用刑，慎重民命之至意。臣愚以為期罔為人臣之極罪，紀綱乃驅下之大權。我皇上明罰敕法，所以反複求詳者，正欲伸大法於天下，垂炯戒於將來，不止為葛畢氏一案雪冤理枉己為。
伏查此案奉旨飭交撫臣詳核於前，欽派學臣複審於後，宜如何悉心研鞫，以副委任。萬不料徇情枉法，罔上行私，顛倒是非，至於此極。現經刑部勘驗，葛品連委係因病身亡，則其原定供招證據盡屬捏造，不問可知。夫借一因病身亡之人，羅織無辜，鍛煉成獄，逼以淩遲重典。在劉錫彤固罪無可逭，獨不解楊昌浚、胡瑞瀾身為大臣，迭奉嚴旨，何忍朋比而為此也。胡瑞瀾承審此案，熬審逼供，唯恐翻異，已屬乖謬。而其前後複審各折片，複敢狂易負氣，剛愎估終，謂現審與初供雖有歧異，無關罪名出入，並請飭下各省著為律令。是明此案盡屬子虛，飾詞狡辯，淆惑聖聰，其心尤不可問。而楊昌浚於刑部奉旨行提人證，竟公然斥言應取正犯確供為憑，紛紛提解，徒滋拖累。是直謂刑部不應請提，我皇上不應允準，此其心目中尚複知有朝廷乎？臣揆胡瑞瀾、楊昌浚所以敢於為此者，蓋以兩宮皇太後垂簾聽政，皇上衝齡踐，大政未及親裁，所以藐法欺君，肆無忌憚。此其罪名，豈止如尋常案情專欲故人誤入、已決未決比例輕重也？
臣唯近年各省京控，從未見一案平反，該督撫明知其冤，猶以懷疑誤控奏結。又見欽差查辦事件，往往化大為小，比小為無，積習瞻徇，牢不可破。唯有四川東鄉縣一案，該署督臣文格，始而回護，繼而檢舉。設非此案在前，未必不始終欺飾。可見朝廷舉動自有風聲，轉移之機正在今日。臣亦知此案於奏結時刑部自有定擬，朝廷必不稍事姑容。唯念案情如此支離，大員如此欺罔，若非將原審大吏究出捏造真情，恐不足以昭明允而示懲儆。且恐此端一開，以後更無顧忌，大臣尚有明比之勢，朝廷不無孤立之憂。臣唯伏願我皇上赫然震怒，明降諭旨，將胡瑞瀾、楊昌浚瞻徇欺罔之罪，予以重懲。並飭部臣秉公嚴訊，按律定擬，不得稍有輕縱，以伸大法於天下，以垂炯戒於將來。庶幾大小臣工知所恐懼，而朝廷之紀綱為之一振矣。
這道奏折語氣尖銳，除了彈劾胡瑞瀾等承審官員“羅織無辜，鍛煉成獄”外，更是巧妙地把胡瑞瀾的膽大妄為歸結為欺負“兩宮皇太後垂簾聽政，皇上衝齡踐，大政未及親裁”。慈禧太後讀到奏折後，勃然變色，終於下定了決心。
光緒三年（1877）二月十六日，最後的結果終於顯現，刑部向兩宮皇太後和光緒皇帝上奏本案審理結果，擬處餘杭知縣劉錫彤革職，從重發往黑龍江效力贖罪，因清律規定年逾七十的罪犯可以以銀贖罪，當時劉錫彤年過七十，判決還特別規定他不準收贖；生員陳湖（陳竹山）已在監獄病死，免予追究；仵作沈祥杖八十，徒二年；門丁沈彩泉杖一百，流放兩千裏；杭州知府陳魯，寧波知府邊葆城，嘉興知縣羅子森，候補知縣顧德恒、龔世潼、鄭錫滜均革職；按察使蒯賀蓀已病故，不論；訓導章濬（即章綸香）革職；喻氏（葛品連母）杖一百，徒四年，須交銀才能贖罪；王心培杖八十；錢寶生已經病死，免予追究；薑位隆、劉殿臣各笞四十。
對於浙江巡撫楊昌浚、學政胡瑞瀾，二人均是從一品官員，刑部不敢擬處，而是“恭候欽定”。奏折遞上去的同一天，諭旨下達，將楊昌浚、胡瑞瀾二人即行革職。
對於本案的兩個主要人物，楊乃武與小白菜雖無通奸，但同食教經，不知避嫌，並在申冤訴狀中誣陷何春芳等人以脫己罪，杖一百，被革舉人身份不予恢複；小白菜因與楊乃武同桌共食、誦經讀詩，不守婦道，致招物議，杖八十。
至此，曆時三年半、轟動全國的楊乃武與小白菜案結束。
一件沒有殺人犯的葛品連病死案，卻導致自巡撫、學政至司道府縣被革職者十六人，鐫級撤任被議者十餘人，號稱百年以來的巨案。有人為此歎道：“此案所以成為軒然大波者，良非無故。蓋其中有科名門地之爭，官民之爭，省籍成見之爭，內外官之爭，尤大者為疆吏枉法欺罔朝廷之問題……各方鉤心鬥角之態可掬。”（黃濬《花隨人聖庵摭憶》）可謂一針見血的精辟點評了。
光緒三年（1877）二月底，京師寒風凜冽，備受身心折磨的楊乃武與小白菜終於走出了刑部大牢，重獲自由。楊乃武的家人和親朋好友都早已經等候在門口，當他看到為自己曆經艱辛的姐姐楊菊貞和妻子詹彩鳳時，忍不住淚如雨下。對於那些危難之中幫助他的朋友，他隻能用伏地叩拜來表示感謝。
而一邊的小白菜就顯得形單影隻了，沒有一個親人來迎接她。她本來也不在意他們，此時她唯一想做的事情，就是走過去對楊乃武說上幾句話，表達她的愧疚之情。然而，當她看到楊乃武形容枯槁、雙腿已經殘廢時，再也沒有勇氣。她默然轉身離開，淚水無聲地流過了她的臉頰。
楊乃武後來去拜會叩謝在京的浙江籍官員，有的人見他，更多的卻是不見他。對此，楊乃武也無話可說。這已經不是人情冷暖的簡單問題，那些人幫助他，有出於同情的，也有要趁機搞政治鬥爭的，但無論如何，終究是幫了他的。
之後楊乃武回到餘杭老家。他家人為了救他，已經變賣了所有家產。靠著胡雪岩的資助，他重新開始了生活，以養蠶種桑為生。在他的悉心培育下，其所育“風采牡丹，楊乃武記”蠶種竟然成為名種，遠近都來購買。對於親身遭受的冤獄，楊乃武並沒有忘記，曾將此案的邸報抄錄下來，還將案情經過補寫了日記。可惜後來這些珍貴的當事人的第一手材料均散失。不過其妻詹彩鳳生有一子一女，兒子名楊卿伯，女兒名楊濬。楊濬後來根據自己記憶中的父親所寫的日記，寫下了《記我父楊乃武與小白菜的冤獄》。本章中不少細節均根據這篇文章而來。民國三年（1914），楊乃武病故，終年七十四歲，葬於餘杭西北舟枕鄉安山村附近。
小白菜回到餘杭後，公婆和生母都不再接納她，孤苦無依的她隻好到餘杭南門外石門塘準提庵出家為尼，法名慧定。因庵裏香火不盛，隻好以養雞種菜為生。從此，小白菜就在晨鍾暮鼓、青燈蒲團中了卻殘生。
終究還是悲多歡少的結局。她有時候還是會情不自禁地想到楊乃武，回首前塵往事，不由得恍然如夢，其實她也不知道自己是否得到過哪怕一點點他的心。“花徑塵香鳥自啼，屧廊人去苔空綠”。這，大概就是命運的安排吧。
民國十九年（1930），小白菜圓寂，終年七十五歲，葬於餘杭東門外的文昌閣。據說臨死前她托人寫了一張字紙，大意是說：“楊二爺蒙天大不白之冤，人身受盡殘酷摧殘，遭終生之殘，此時此事，終生難忘。均我所故，均我所害。二爺之恩，今生今世無法報答，隻有來生再報。我與二爺之間絕無半點私情，純屬清白。後人如有懷疑，可憑此字條作證。”可見她至死也沒有忘記楊乃武。
死者已逝，楊乃武和小白菜一案被編成戲曲，從此流傳民間。