劉錫彤就這樣丟掉了官職。過了很久，他才知道是餘杭秀才楊乃武從中搗鬼，從此懷恨在心，發誓要報複。以致後來他花五千兩銀子再捐官時，一定要做餘杭知縣，就是為了尋找機會對付楊乃武。不過楊乃武多年來為當地百姓做了不少實事，已經是餘杭名震一方的人物，又常把官紳勾結、欺壓百姓等事編成歌謠。對於這樣一個名氣很大的秀才，官府除了說他“慣作謗詩，毀謗官府”外，也無可奈何。
前麵曾經提到過，餘杭倉前鎮是漕米集中的地方。清朝征收糧米，曆來陋規極多。比如，糧胥量米的時候，斛上之米要堆砌成尖，然後糧胥用腳踢三次斛，溢出之米稱為耗米，不許交糧的百姓掃取，而是要充公以彌補儲運損耗。後來朝廷意識到積弊，明令禁止“腳踢淋尖”，且溢米準由糧戶掃取，但唯獨倉前積弊照舊。由於受欺負的都是些中小糧戶，他們叫苦連天。性情豪爽耿直的楊乃武看到後很是不平，不但代他們交糧米，還代他們寫狀子，向衙門控告糧胥克扣浮收，請求官府剔除錢糧積弊，減輕糧戶額外負擔。結果被控告的倉前糧胥何春芳（即逼奸小白菜未遂之人）反咬了楊乃武一口，說他有意鼓動農民抗糧不交，代農民包交漕米是為了從中牟利。知縣劉錫彤如獲至寶，立即傳訊楊乃武，不料楊乃武據理力爭，侃侃而談，讓劉錫彤伺機報複的計劃破產，最後隻說他“吵鬧公堂，目無王法，麵加斥逐”。有劉錫彤的庇護，糧胥何春芳舞弊照舊。楊乃武氣憤之下，寫了一副對子“大清雙王法，浙省兩撫台”，半夜貼在縣衙牆上。
這件事後，知縣劉錫彤和糧胥何春芳均恨楊乃武入骨。但楊乃武有才又有財，始終沒有什麼把柄落在他們手中，現在又高中了舉人，成為天子門生，要加害更是難上加難。不料天上掉下來個葛品連小白菜事件，成了他們最好的報複機會。最初，劉錫彤聽到陳湖大談楊乃武與小白菜撲朔迷離的緋聞以及合謀殺夫的嫌疑時，表麵不動聲色，內心卻早已經竊喜不已，暗道：“好你個楊乃武，這下你終於落到我手裏了！”
不過無論劉錫彤如何威逼利誘小白菜交代與楊乃武的私情，小白菜隻承認自己與楊乃武不過是房東與租客的關係，別無私情，楊乃武和自己均與丈夫葛品連的死無關。劉錫彤反複詢問所謂奸情，卻始終問不出頭緒，但他再也忍耐不住、正準備下令對小白菜用刑之時，一旁的捕役阮德（其姐阮桂金與糧胥何春芳有私情）叫住了他。
回到後堂，劉錫彤才得知自己的親生兒子劉子翰曾經誘奸過小白菜，事情立即變得複雜起來。
當天晚上，劉子翰、何春芳派阮桂金到監獄中誘騙小白菜說：“葛品連是被毒死的，驗屍已經明確。外麵都傳說是你謀殺親夫，罪名一成立，你就要被淩遲處死。要想活命，隻有說是別人叫你毒死的。你在楊乃武家住過，外麵早就說你和他有關係，如果你說出是楊乃武叫你毒死的，你就不會被判死罪了。楊乃武是新科舉人，有麵子，也不會死，不過就是把舉人的頭銜革掉，明年再考，還是舉人。”又恐嚇小白菜不得說出劉子翰之事，不然就要讓她罪上加罪。小白菜早已經嚇得六神無主，也不敢回答。
第二天一早再次過堂，劉錫彤依舊逼問小白菜奸情和毒藥的事，小白菜照舊說不知情。劉錫彤就讓動刑。據《申報》記載，刑罰不但用到了拶刑（夾手指的刑具），甚至還有傳說中最為恐怖的“燒紅鐵絲刺乳，錫龍滾水澆背”，即用燒紅的鐵絲刺穿犯人的乳房，將滾燙的水澆在犯人背上。小白菜幾次昏死過去，終於熬刑不過，按照阮桂金教的話招認了。供狀大致如下：
自我租住楊家，楊乃武便對我有意思。剛開始他還有所顧忌，後來他第二任妻子大詹氏因難產去世後，就多次調戲我。同治十二年（1873）九月二十八日傍晚，丈夫去了店裏，楊乃武又來調戲我，我素念楊乃武風流儒雅，把持不住，同意其要求。此後，兩人一有時機，便行苟且之事，不計次數。次年搬離楊家後，兩人仍有來往，被丈夫察覺。八月二十四日，丈夫以我醃製鹹菜遲誤生氣毆打，我剪落頭發哭鬧。楊乃武尋機過來勸慰，說要娶我為妻，我以有夫拒絕，楊就勸我毒死丈夫，並說過門後與原妻地位身份一樣，不分妻妾、大小，我也就應承下來。十月初五傍晚，楊乃武來到我家，交給我一包砒霜末，囑咐我尋機下手。十月初九上午，丈夫因流火疾返家，要我買東洋參和桂圓煎湯服用，我就將砒霜倒入湯中，丈夫吃下就死了。
小白菜招供時，已經是十月十一日的晚上。劉錫彤心花怒放之下，不顧夜色已深，派捕役阮德帶人去抓捕楊乃武。楊乃武一家已經睡下，被阮德敲門叫醒，剛一開門，就被五花大綁了起來，押到縣衙門。劉錫彤不顧年事已高，連夜鞫問。楊乃武本來脾氣就硬，深更半夜又被人莫名其妙地綁到了衙門，正是一肚子火，不但堅決否認與小白菜通奸害人之事，還對劉錫彤極盡嘲諷，說他半夜派人強闖民宅，拘係文人，有違大清律例。劉錫彤拿出了小白菜的口供，楊乃武更是怒斥劉錫彤憑空誣陷。劉錫彤很是惱火，但楊乃武考中舉人，已經是有功名的人，清朝製度規定對有功名之人不得施加刑罰。劉錫彤一時拿楊乃武沒有辦法，隻好將他先押入大牢。
楊乃武被關了起來，暫時失去了自由。他雖然十分氣憤，但卻依舊自信，自認為三日之內必能走出大牢，因為他看到了小白菜供詞中有“十月初五日楊乃武親自交給我砒霜”一說，而十月初五那天，剛好他並不在餘杭城內。
原來當時楊乃武嶽父詹耀昌已經病故，雖已落葬，但並未除靈，定好十月初三除靈，十月初五舉行過繼禮，將詹善政（詹耀昌兄子）過繼給詹耀昌為嗣子。十月初二，楊乃武趕到杭州城辦理中舉事宜（中舉者須在張榜後兩三個月內辦理確認和報到手續，否則將視為棄權處理），初三離開杭州城，直接趕往南鄉詹耀昌家祭奠。與他一同前往的還有監生吳玉琨（詹耀昌的幹兄弟）、沈兆行、孫殿寬等人。此後，楊乃武一直待在嶽父家。十月初五舉行詹善政的過繼禮時，在場的楊乃武、吳玉琨、沈兆行、孫殿寬、楊乃武的堂兄楊恭治等人都在過繼書中畫押作證。直到十月初六，楊乃武才返回餘杭家中。正因為有許多人證，楊乃武有恃無恐，他堅信劉錫彤的誣陷根本無法得逞。
另一邊，劉錫彤也在積極行動，十月十二日一早，他便將連夜寫好的呈文送報杭州知府陳魯，稱楊乃武涉嫌通奸謀毒，要求革去其舉人身份。按照清朝製度，革去功名需由巡撫上報朝廷具題。陳魯與劉錫彤關係密切，見劉錫彤一再強調事關重大，也極為重視，立即呈報給浙江巡撫楊昌浚，再由楊昌浚向朝廷具題。吏部接受具題後，研究是否批準革去楊乃武舉人時，同治皇帝知道了此事。這位皇帝自登上皇位那一天起，便一直生活在其母慈禧太後的陰影下，處處受到掣肘。不過他有一位很好的皇後阿魯特氏，帝後感情很深，因而最恨奸夫淫婦這類的事，便親筆在楊昌浚的具題上批道：“楊乃武著革去舉人，其因奸謀死本夫情由，著該撫審擬。”丈
在批文下達前，監生吳玉琨、詹善政等人聯名向劉錫彤遞交了公稟呈詞，聯合證明楊乃武十月初五人在南鄉，根本不可能當麵交給小白菜砒霜。劉錫彤便安排楊乃武與小白菜當麵對質。小白菜害怕受刑，一口咬定原供屬實。楊乃武當場破口大罵，怒斥小白菜信口雌黃。小白菜默然低頭，內心無限愧疚。由於革除楊乃武功名的批文還沒有到達，劉錫彤不便對楊乃武用刑，但認為根據小白菜的供詞已經開始定案，便當場判定吳玉琨等人是作假證以為楊乃武開脫，隻將結果詳報上司杭州知府陳魯。
十月二十日，劉錫彤將人犯楊乃武、小白菜，人證喻氏、王氏、詹彩鳳等及相關卷宗解押到杭州城，但卻有意扣押了吳玉琨等人遞交的楊乃武十月初五不在餘杭的證詞，沒有上交。不但如此，劉錫彤還親自趕到杭州，上下活動，將小白菜“十月初五日楊乃武親自交給我砒霜”的供詞改成了十月初三。
杭州知府陳魯靠軍功起家，最看不起文人，認為他們隻會吟風弄月、聒噪惹事。對於楊乃武之名，他也早有所聞，據說此人恃才傲物，好議短長，且慣作謗詩，毀謗官府，還曾經在倉前鎮率領糧戶鬧糧，因而他一開始就對楊乃武印象極壞。剛好此時，朝廷革除楊乃武舉人身份的批複已到，陳魯開始審訊，不問其他人，先逼取楊乃武的口供。楊乃武依舊傲氣十足，拒不招供，陳魯便命人對其嚴刑拷打。凡是杭州府有的酷刑都使出來了，如杖打、上夾棍、跪釘板、跪火磚、吊天平架等。楊乃武本來恨極小白菜攀誣自己，在刑訊中幾次死去活來後，才對小白菜的處境有了刻骨的體驗。在那樣的折磨下，他唯一的想法就是隻求速死。最終，他如同小白菜一樣，也沒能熬住酷刑，被迫誣服招供。
涉案的兩名犯人均已經招供，剩下就是追查毒藥的來源——楊乃武是在哪裏買的砒霜。楊乃武從來沒有買過砒霜，根本無從回答，但被拷打得急了，突然想起來曾經見到倉前鎮有一家“錢記愛仁堂”藥鋪，便供認說：“十月初三，我假稱要毒老鼠，花了四十文錢在錢記愛仁堂鋪內買了紅砒，交給了葛畢氏（小白菜）。”陳魯又問藥鋪老板叫什麼，楊乃武信口答道：“錢寶生。”於是陳魯派劉錫彤到倉前鎮緝捕“錢記愛仁堂”藥鋪的老板錢寶生，以獲取罪證。
十月二十七日，劉錫彤回到餘杭，沒有直接派人去倉前鎮錢記愛仁堂找錢寶生，而是先找來訓導章濬（章綸香）商議如何應付。可見他內心已經知道“錢寶生”不過是楊乃武為了避免受刑隨口捏造出來的名字。章濬素來厭惡楊乃武，當即向劉錫彤獻計，由他先寫信通知錢寶生，要錢大膽承認賣過砒霜給楊乃武，便絕不治罪。如果錢不承認，有楊乃武親口供詞為憑，反而要加重治罪。
“錢記愛仁堂”藥鋪的老板被帶到縣衙後，稱自己名叫錢坦，也叫錢鹿鳴，但就是不叫錢寶生。而且他藥鋪從來沒有賣過砒霜，也從來沒有見過楊乃武。這樣的證人如果送去杭州，不是反而為楊乃武開脫嗎？劉錫彤一時十分著急，對錢坦一再威逼利誘，要他承認自己就是錢寶生且賣過砒霜給楊乃武。不料錢坦為人尚有正義感，知道事關人命，堅決不肯同意作偽證。
正在僵持之時，錢坦同父異母弟錢塏得知兄長無故被抓進縣衙後非常著急，也不問明究竟，就開始四處打點。他知道秀才陳湖與知縣劉錫彤關係密切，便托陳湖出麵。陳湖並不了解事情經過，不過他一向好事，為了顯示自己與知縣大人關係非同一般，也不事先與劉錫彤打招呼，直接就帶著錢塏來到縣衙。二人到達之時，劉錫彤正與錢坦密談，二人隻好在外間等候。剛好此時門丁沈彩泉進來，陳湖由此得知了事情經過。他當然希望楊乃武死無葬身之地，便主動向錢塏曉以利害，說楊乃武已經招供買砒霜是毒老鼠，如果他哥哥錢坦不承認，就是包庇殺人犯，也要被同判死刑；如果承認，頂多是杖責而已，決不會吃官司。錢塏聽了大吃一驚，等哥哥錢坦出來，急忙力勸他承認就是“錢寶生”。陳湖也向錢坦保證不會送他去杭州作證。錢坦猶豫後，終於還是答應了，當場在縣衙門房裏寫了一張賣砒霜給楊乃武的具結（舊時交給官府的一種畫押字據）。劉錫彤得到具結後大喜過望，又擔心錢坦反悔，親筆寫下“此案與錢坦無幹”的保證書，隨即放錢氏兄弟回家。
同治十二年（1873）十一月初六，錢寶生賣砒霜的具結送到杭州，杭州知府陳魯認為案情已經大白於天下，隨即根據供詞及具結定案：小白菜因奸同謀殺死親夫罪淩遲處死，楊乃武以起意殺死他人親夫罪斬立決。
清朝製度，死刑案件要逐級審理，陳魯二審後，判決還要上報浙江按察司（掌全省案獄的專職機構）核準。此時，卷宗中記載死者葛品連的“口鼻流血”已經被改為“七竅流血”。
浙江按察使蒯賀蓀也是舉人出身。因為舉人前程遠大，能夠輕易娶到美貌的三妻四妾，楊乃武為一個出身低賤的小白菜下毒殺人，在當時簡直是匪夷所思之事。因而蒯賀蓀接到案卷後，對於楊乃武不顧舉人身份因奸謀毒感到不可理解。為此，他詳細閱覽了全部卷宗，並親自對楊乃武、小白菜進行了兩次訊問。楊乃武、小白菜經過殘酷的身心折磨後，均已經心灰意冷，毫不反抗，竟然沒有把握住這一大好的翻案機會，依舊照前供述。蒯賀蓀還不放心，又向負責初審的劉錫彤和二審的陳魯詢及案情的經過是否有可疑的情況。劉錫彤和陳魯均拍胸脯保證，說此案鐵證如山，絕無冤屈。蒯賀蓀見此，就召案犯、證人畫押通過，將案件按照杭州知府陳魯的意見上報浙江巡撫楊昌浚。
楊昌浚接案後，照例提審了楊乃武、小白菜，但二人擔心再次遭受皮肉之苦，均依樣畫供。楊昌浚於同治十二年（1873）十二月二十日結案，將結果上報朝廷。隻等朝廷批準，就可對楊乃武、小白菜執行死刑。
楊乃武無辜蒙冤後，其家人一刻也沒有放棄營救的希望。其妻詹彩鳳剛剛分娩產下長子，行動不便。其姐楊菊貞不顧舊時女人不便拋頭露麵的習俗，外出多方打探，還親自跑到倉前鎮找到“錢記愛仁堂”藥鋪，經詢問錢坦的母親姚氏和愛仁堂的夥計後，得知他們藥鋪從來沒有賣過砒霜。楊菊貞知道弟弟冤枉，發誓拚死也要挽救弟弟性命。
不過能不能成功翻案，楊菊貞心裏也沒底。她特意到杭州城隍山城隍廟求簽，占卜命運。結果求到一支簽說：“荷花開處事方明，春葉春花最有情。觀人觀我觀自在，金風到處桂邊生。”測字先生解釋說，到荷花開時，冤情可以洗刷，桂花開時，人就可以平安歸來了。她又去扶乩，批了兩句詩說：“若問歸期在何日，待到孤山梅綻時。”都是說楊乃武還有救，這給了楊菊貞莫大的鼓舞和信心。
而獄中的楊乃武得知案情已經上報朝廷後，知道刑部批複一旦下來，那就是鐵板釘釘，再無翻案可能，自己的人頭就此落地不說，還永久地背上了惡名，連累家人。一想到莫名其妙地遭此大難，他又不甘心起來，便在獄中寫了一張申訴狀，說自己是遭小白菜攀誣在先，被審判官屈打成招在後。在申訴狀中，楊乃武列舉了八大疑問：如為何不讓他本人與“錢寶生”當麵對質？如果他與小白菜有奸情，他又怎麼會有意提高房租迫使她搬家？等等。
值得一提的是，楊乃武還在申述中大力攻擊了小白菜，甚至編造了許多並不存在的謊言：如說小白菜與餘杭糧胥何春芳有不軌行為，楊乃武發現後告訴了葛品連，葛品連為此打了小白菜，小白菜從此對楊乃武懷恨在心，所以才攀誣與其通奸謀毒；又說知縣劉錫彤之子劉子翰與捕役阮德曾經向楊乃武敲詐勒索錢財，因未能得手，一直尋機報複，於是就誣陷楊乃武與小白菜偷奸。這些故事都是楊乃武臨時捏造出來的，一是可以報複小白菜對他的誣陷指證；二來可以證明小白菜與自己早有嫌隙，有誣陷的動機，翻案更加順利。但後來的事實證明，他將為這些謊言付出慘痛的代價。
這張申訴狀寫好後被楊乃武的家人分抄送到杭州各級衙門，包括浙江巡撫和浙江按察司，但基本上石沉大海，毫無動靜。楊菊貞見地方官員根本不重視，終於決定去北京告禦狀。同治十三年（1874）四月，楊菊貞帶著弟弟楊乃武在獄中寫就的申訴材料，踏上了赴北京的漫漫長路。同行的還有楊乃武嶽父家的長工王廷南和王阿木。三人先從杭州到上海，再從上海乘輪船到天津，再從天津走陸路，曆時二十餘天，這才到達北京。
因為女子不能出麵，楊菊貞不得不委托長工王廷南到都察院遞交申訴材料。遞交之前，需要先將遞交人情況報告給都察院。不料王廷南走到都察院門口時，突然害怕起來，無論如何都不敢進去。王阿木隻好冒稱自己就是王廷南，代他遞交申訴狀。
都察院接到申訴狀後，認為楊菊貞、王廷南等人違反律製越級上告，不予受理不說，還派人將三人押解回鄉，嚴厲警告三人不準再告。不過，都察院作為最高監察機關，也不是全無作為，還是下了一紙公文給浙江巡撫楊昌浚，要他重新複審此案。楊乃武、小白菜案在當時看來是大傷風雅的事情，楊昌浚不願意理會這等案件，也不覺得案情有什麼可疑之處，便將案件轉交給杭州知府陳魯複審。陳魯裝模作樣地又傳訊了地保王林、房東王心培等證人，結果跟原審無異。楊昌浚按照原審判決上報都察院。都察院見複審沒有發現什麼疑問，便同意結案。
在這期間，楊菊貞多次到倉前鎮“錢記愛仁堂”藥鋪找關鍵證人錢坦，也就是所謂的“錢寶生”，聲淚俱下地請求他能站出來說實話。錢坦不敢招惹知縣劉錫彤，為了避免楊菊貞糾纏，幹脆躲了起來。楊乃武家人還多次去找原告葛品連的母親喻氏，請求她撤訴，並願意以黃金地產酬謝。但喻氏一是想為兒子報仇；二是畏懼官府勢力，沒有答應。分娩不久的楊乃武妻子詹彩鳳多次帶著繈褓中的孩子到衙門哭訴冤情，均無結果。
本來這件案子看起來已經毫無扳回的希望，但卻意外因為媒體的介入而有了轉機。自案件發生後的第二個月，新創刊不久的《申報》（由安納斯脫·美查等英國商人創辦於同治十一年，是中國最早的報紙之一）便對案件作了報道，開始還是作為地方上的桃色刑事案件來寫，不過是要娛樂一下大眾。但後來隨著案件反複審理，甚至都察院都介入，《申報》開始作大版麵的跟蹤報道，一時之間，浙江和北京兩地無人不知無人不曉，並且越來越多的人開始關注此事，這其中就有著名的紅頂商人胡雪岩。
胡雪岩，名光墉，字雪岩。他是中國曆史上著名的徽商，其人生經曆跌宕起伏，充滿了傳奇色彩：他本貧窮出身，幼年幫人放牛為生，長成後從錢莊學徒開始做起，通過結交朝中權貴顯要王有齡、左宗棠等人，納粟助賑，為朝廷效力，一躍成為顯赫一時的紅頂商人。其勢力最盛時，整個江浙商業都在其操縱下，財產達兩千萬兩銀子以上，田地在萬畝以上。
楊乃武案發生時，胡雪岩正在杭州籌辦胡慶餘堂中藥店。他有一個幕友名叫吳以同，剛好與楊乃武是同科舉人。吳以同與楊乃武相交頗深，知其為人正派，此案必有蹊蹺。他將楊乃武的情況告訴了胡雪岩。尤其當胡雪岩得知楊乃武姐楊菊貞正準備二次進京、冒死上告時，深為感動。他派人將楊菊貞接到自己的住處，表示願盡綿薄之力，資助她上京的全部費用。
正在這個時候，浙江籍官員翰林院編修夏同善因丁憂期滿，準備起程回京。胡雪岩為其餞行時，有意讓吳以同作陪，席間趁機說了楊乃武一案的經過。夏同善深為震驚，當即答應要鼎力相助。
同治十三年（1874）七月，楊乃武妻子詹彩鳳帶著母家幫工姚士法再次進京告狀。到達北京後，二人先去找了夏同善，夏同善暗中指點二人不要再將申訴狀交給都察院，而是轉交給步軍統領衙門。申訴狀遞進去後，更是被《申報》以《浙江餘杭楊氏二次叩閽原呈底稿》為題全文刊登出來。尤其《申報》還進一步比較了中國與西方國家的法律現狀，對於中國司法中的秘密審訊、濫用刑罰和官官相護等弊端給予了強烈的抨擊。一時間，朝野上下都在談論楊乃武一案。步軍統領衙門備感壓力，便將申訴狀上奏慈禧太後和同治皇帝。不久，諭旨下達，要求浙江巡撫與浙江按察使重新複查此案。
浙江巡撫楊昌浚接到諭令後，為了表示不先入為主，秉公執法，不枉不濫，將案子委托給新到任的湖州知府錫光和紹興知府龔嘉俊、富陽知縣許嘉德、黃岩知縣陳寶善四人共同審理。此次複審，楊乃武見審訊官員換了一撥新人，料到事情有了轉機，便立即推翻原供，聲稱自己與此案根本沒有任何關係。小白菜見這次沒有動刑，也趁機翻供，堅決否認自己毒死了丈夫。
錫光雖然剛剛到任，卻是個老滑頭，一看情況不妙，審了一次後就托詞不再參與，審訊官就剩下了紹興知府龔嘉俊和知縣許嘉德、陳寶善。但審了幾次，兩名主犯就是不認罪，三名審訊官也不知道該如何處理。正在尷尬之際，同治皇帝突然駕崩，全國舉哀，審案就此暫停。拖了一段時間後，三名審訊官也不管案件依然懸而未決，主動向楊昌浚遞了辭呈，請求另派大員來審理。
光緒元年（1875）正月二十日，光緒皇帝（帝名載湉，醇親王奕譞子）即位，年僅四歲，由慈禧太後垂簾聽政。本來新皇帝即位，照例要大赦天下，但楊乃武、小白菜一案因審而未結，且案情重大，悖逆人倫（古代妻子殺死丈夫是以下犯上，被視為“逆倫”），因而不在特赦之列。不過之前審案時楊乃武、小白菜雙雙翻供的消息已經被《申報》報道出來，由於案情反複，撲朔迷離，引來朝野矚目。朝中不少大臣尤其是一些浙江籍京官開始密切關注此事。本來一樁單純的刑事案件，終於因為有朝中官員的介入，而引入了錯綜複雜的黨爭背景。
光緒元年（1875）四月二十四日，刑部給事中王書瑞（浙江長興人）率先上疏彈劾浙江巡撫楊昌浚等人“複審重案，意存瞻徇”，指責浙江官員是有意拖延案情，目的就是要讓楊乃武、小白菜二犯和相關證人不堪折磨，瘐死在大牢中，從而可以草率結案，維持原判，以利考成（指官吏的升遷降貶）。王書瑞還進一步分析了造成這一現象的深層原因，說是楊昌浚明顯懷有私心，以致“明知事有冤抑，隻以回護同官，礙難從實辦理，不承審此案，現俱設法脫身，以致日久未能昭雪”，並指出如果繼續拖延，隻會給楊昌浚機會讓他暗中布置殺楊乃武、小白菜等人滅口。
這一奏疏言辭非常尖銳，矛頭直指浙江巡撫楊昌浚。而且王書瑞奏疏上後，京官應者雲集，紛紛緊跟著上疏彈劾。楊昌浚一時間成為眾矢之的，不得不上疏為自己辯護，說絕非有意遷延案情，實在是因恰逢封篆，又遇上國恤，兼有本省科考；又指出楊乃武、小白菜雖然翻供，但藥鋪老板錢寶生供詞始終如一；楊乃武家人還多次到藥鋪鬧事，脅迫錢寶生翻供。
盡管如此，由於此案鬧得朝野聳動、家喻戶曉，受到的關注度實在太高，慈禧太後還是決定不理睬楊昌浚的辯護，派剛簡放浙江學政的禮部侍郎胡瑞瀾（湖北武昌人）就近複審，並嚴命楊昌浚好生看管犯人和證人，一旦有瘐斃發生，將給以嚴懲。特別要強調一句，楊昌浚（湖南湘鄉人）是湘軍的重要將領。關於湘軍與中央朝廷的矛盾，《刺馬案》中已經有明述。實際上，從政治力量開始介入楊乃武和小白菜案，更為複雜的暗中角力就已經開始了。案情開始籠罩上一片陰霾。
胡瑞瀾是個典型的文官，其人以飽學聞名，所著傳世的作品有《讀史日抄館課詩賦》《湘帆雜詠》《越吟草》《星軺雜紀》《星軺續紀》《海槎日記》《海槎續記》《訓士質言》《教士申約》《教士隅說》等。慈禧太後選中他，就是因為他在浙江當地很有些名望。這樣學富五車的人來審案，結果應該能令人心服口服。不過胡瑞瀾的名望完全是來自學術，他本人絲毫不諳刑名，所以當楊乃武得知新任審訊官是胡瑞瀾時，知道翻案無望，在獄中自挽一聯道：“舉人變犯人，斯文掃地；學台充刑台，乃武歸天。”
楊乃武與小白菜案已經成為舉國矚目的疑案，胡瑞瀾被欽命為主審官，受命於浪口峰尖，他本人壓力也相當大。而他人一到杭州，浙江巡撫楊昌浚就派人來告知說：“此案已經反複審問多次，無偏無枉，不宜輕易改動，不然引起士林不滿，地方官吏今後也難以辦事了。”這實際上是一種威脅，既是說給胡瑞瀾聽的，也是說給朝廷聽的。
胡瑞瀾看了幾天卷宗，也看不出個所以然來。他也知道自己從沒審理過案件，能耐實在有限，所以又臨時選了寧波知府邊葆誠，嘉興知縣羅子森，候補知縣顧德恒、龔世潼四人共同審理。特別要強調的是，這四人均由楊昌浚向胡瑞瀾推薦，其中邊葆誠和羅子森均是楊昌浚湖南同鄉，邊葆誠還是餘杭知縣劉錫彤的姻親。胡瑞瀾這位老夫子，辦事堪稱認真，但他一上來不是查看案件源頭，而是抓住了楊乃武寫的申訴狀不放，所以這次複審從一開始就偏離了方向。
經過緊鑼密鼓的調查後，胡瑞瀾發現楊乃武的申訴狀中有許多捏造的事實，正如前麵所提到的，小白菜與糧胥何春芳有奸情等。甚至連之前長工王阿木冒名王廷南到都察院遞交申訴材料都被胡瑞瀾窮追猛打地挖了出來。在這樣的情況下，胡瑞瀾認為楊乃武有意欺瞞，一心要掩蓋事實、銷證滅跡，因而提審犯人過堂時，胡瑞瀾命人對堅持翻供的楊乃武和小白菜動用了酷刑。楊乃武雙腿被當場夾斷，小白菜的十指也全部被拶脫，露出了白骨。二人受不了嚴刑拷打，再次照原供誣服。