《黃帝陰符經》的基礎思想，是依天地自然的運行之道，法陰陽消長變化之理，辨五行生克製化之機，作為修煉、治國、統軍、禦將的道、法、術。
《黃帝陰符經》雖篇幅短，但涉及層麵廣、條目多，內含天機，外契人事。本經全文貫穿著“自然”之義。上、中、下三章含藏著道、法、術三種妙用，前後始終滲透著“陰符”二字。前人將“陰”多以“暗”解，“符”作以“合”解。“暗合”是什麼？是說天道的自然運行。日月往來、陰陽升降、消息盈虛必會自然形成寒暑交替、晝夜晦明、春夏秋冬、風雲雷雨等現象。通過這些現象的升遷變化，隨之就自然產生相互形成、相互製約、相互生養、相互感應、相互克害、相互扶助、相互依賴的造化之機。所以事物的成敗興衰、生死存亡、吉凶禍福、天地與萬物之間、萬物與人之間、事物與事物之間、人與人之間均在暗處契合著相互偷奪、相互竊取、相互損耗的造化之機。本經將此“暗合”一義，列舉論述得很玄妙。首以“觀天之道，執天之行”提醒人們，謹防天地之五氣在暗處偷奪人的命體，因為在暗處，故稱“五賊”。如人能悟察五氣之妙用，反能偷奪天地之五氣。這樣就定會昌盛與長生。故謂“見之者昌”。賊即偷奪，偷奪是暗動之舉。經書中說：“天地，萬物之盜；萬物，人之盜；人，萬物之盜。三盜既宜，三才既安。”這一段突出了一個“盜”字，“盜”即竊取之意。竊取是暗行之意。“火生於木，禍發必克；奸興於國，時動必潰。”意即：火藏木中，奸生國內，然則火燃木自焚，奸興國自破。木焚國破的前因，均在暗處。將此意涉及修身上，就是以“木”喻性，以“火”喻情，以“國”喻身，以“奸”喻欲。木火、國奸之間又暗合著互為消解，互為損耗偷奪的緊密關係。情妄動必失本性，猶如火燃必焚木。六欲逞狂必喪自體，相似奸佞橫行必亂國政。因此，抱道修真之士，戒除諸妄念，一意真誠，精思固守，返情妄歸於本性。方免“奸”、“火”之盜，才能與道合真。經文“不知不神之所以神也”，“不神”即是天道的自然運化之機。天道的運行之機使人難以把握，故亦是“暗”意。再如下卷“禽之製在氣”，意即禽的飛翔，善於製服駕馭氣的技藝，仍是“暗”意。
本經將天地、萬物、人三者之間，相互依賴、生扶、損耗、吸取、偷奪的互生關係以“暗合”一意立論，這和《老子》對宇宙事物發展變化的崇“無為”、法“自然”的觀點是一致的。如不了解《黃帝陰符經》“五賊”和“盜機”的妙用，對《老子》尚“無為”、法“自然”的用意亦不易理解。《老子》“無為”、“自然”的理淪不是消極的無所作為，而是積極的事先作備，待時而動，伺機而發，乘勢而作，順應客觀事物自然規律的發展變化，從而做到有所作為，達到自己理想的目標。
柔弱謙和，是人的美德，常被人擁戴；恃強橫暴，是人的不仁，常遭人厭棄。本經將以“盜機”立淪，而《老子》以“無為”、“自然”立論。綜觀事物的相互轉化，因在暗處，故本經命之“陰符”，而《老子》又說“微明”。
《黃帝陰符經》的主要特點是尊重自然。本經論述天地萬物以及人類社會的支撐力量是“自然”。這裏崇尚自然的觀點列舉論述得很明顯。在首章第一句提示：“觀天之道，執天之行，盡矣。”觀察天的自然運行之道，在人類社會，應遵而行之。這裏說的“盡矣”，就是說人類的修齊治平之道，如順應天道而行，就達到了頂點。除此之外，別無二法。第二章中說的“人知其神而神，不知不神之所以神也。”意即：宇宙自然和人類社會的發展變化，不是敬仰的神靈有意支配的。這和老子所說的“天之道，不爭而善勝，不言而善應，不召而來，繟然而善謀，天網恢恢，疏而不失”的道理是相通的。本經最後說“愚人以天地文理聖，我以時物文理哲”，認為天地之理是天然造就的，而非聖人製定的。順天時，察物情，追本溯源，這才是唯一的至理。由此可見，本經是尊崇自然之道的。