此時，端坐於大堂之上的皇帝和官員們再也坐不住了。照這樣的情勢進行下去，估計不出幾個月，這大唐的一半江山都將落在這群落草為寇的土匪手裏，這將怎麼得了？但這一拖也到了當年的十二月，情急之下，唐僖宗任命平盧節度使宋威為諸道行營招討草賊使，負責對招撫這支起義的隊伍，並特賜禁軍3000餘人，甲騎500多隊，同時還命令河南諸藩鎮所遣各軍均由宋威指揮。後來的事實證明，唐僖宗的決策是很不嚴明的，正是這喜歡邀功奪利的特使宋威，讓朝廷和起義軍受盡了苦頭，走了很多彎路，此時暫不評論。且說當年七月，這兩支隊伍在沂州城下交戰。這時第一次王仙芝的隊伍對抗從朝廷欽點的精兵強將。但義軍在這將近兩年的時間裏多次的戰爭已經讓這支隊伍逐漸強大並成熟起來。對於這次的戰爭，他們雖然心裏有些害怕，但還是鎮定下來。王仙芝知道，這次朝廷了下了大決心要把他們剿滅的，所以正麵的對抗對自己的隊伍來說會太勉強，十分不明智，畢竟自己的隊伍還有些弱小。他決定采取避實就虛的戰略措施，率領隊伍經過一個月的長途跋涉，在八月份的時候從西麵進攻河南，並在不到10天的時間裏連連攻破8縣。為組織王仙芝的西進計劃，唐朝官府調動各路兵馬湊成一條以洛陽為中心的強固防線，企圖以此組織起義軍的進攻，進而對他們進行圍剿。但是，官府遠遠低估了這支農民軍的力量。當人民連生存都無法保證的時候，再愚鈍的人也明白，隻要有一線生機，他們當會拚盡全力去爭取。何況在起義的初期，他們已經嚐到了勝利的喜悅。所以當官府妄圖消滅他們時，他們卻有著一股不畏強敵的韌勁攻克了汝州，全殲官軍。
這次戰爭的勝利也許還是不出王仙芝的意料，他知道自己的隊伍有多大能耐。然而這樣以此慘敗，讓遠在京師的唐僖宗和他的官員們震撼了，他們遠遠沒有想到這支隊伍竟然有如此的聲勢。朝廷震怒，唐僖宗為此還取消了本想要好好放鬆一下的重陽內宴，整個朝廷上下籠罩的是一陣人心惶惶的壓抑。
這次軍事對抗讓唐僖宗大大受挫，他覺得現在的形勢下，自己再采取強硬的正麵對抗是最不明智的。一方麵他清楚的看到官兵的實力，他們遠遠不是王仙芝等人的對手。同時這次戰爭的勝利對於王仙芝隊伍是一個不小的鼓勵，他們必然會乘勝繼續攻擊。但是帝王畢竟是帝王，即使再昏庸，但也從小在這官場上耳濡目染。既然不能來強硬的，那幹脆來個懸賞招安。這樣不但可以減弱自己的敵對力量，最重要的是，一有利益的誘惑，必然在他們中間產生離間，這樣朝廷再來個一窩端，乘機消滅他們。後來的史料證明，這個決策比前述的強硬對抗聰明許多。王仙芝在聽到了朝廷的招安以後，心裏確實動搖了。而且，相對來說，他是有成就感的。朝廷現在隻想要他一人投降，甚至給了他也許這輩子想都沒有想過的待遇。他從小就明白為官的好處，現在他一味跟朝廷對抗下去的話，也許能夠做出點什麼來，但也許就光榮犧牲了。這樣比較而言，也許接受招安對自己來說比較劃的來。
但是，朝廷的招安方案卻嚴重傷害了黃巢和其他兄弟們的感情了。大家一起出來起義，憑什麼到後來卻是他王仙芝一人能到好處？於是他們誓死不從朝廷的招安，反正都沒有好下場，還不如利用起義搏一下，這還有點希望。無論怎麼樣，王仙芝最後也放棄了招安，但在這支開始團結牢固的隊伍中卻出現了那麼一些嫌隙。
自從以後王仙芝和黃巢分開活動，但兩支隊伍的發展仍舊十分順利。可見當時的民變思想已經在全國各地紛紛產生，大家都期望利用這樣一個機會能夠改善自己的處境。總而言之，起義得到了民眾的大力支持。王仙芝和黃巢一個在南，一個在北，遙相呼應，拖得唐朝軍隊疲憊不堪，他們已基本無力對抗王仙芝和黃巢的猛烈攻勢。唐朝統治者為了擺脫目前這種被動的局麵，一麵調整自己的戰爭策略，一麵又開始對王仙芝等人進行誘降說，如果他們解甲投降，朝廷定然會給他們授予官職。這時候，王仙芝的想法並沒有改變，於是他再一次寫了降表遞上去，甚至比上一次更為堅定。然而就在招安工作差不多可以實現的時候，卻因一個官員的妒忌一切都化為泡影。接前文所言，當王仙芝寫好了降表，並派他的心腹大將尚君長、蔡溫球等人去跟唐朝統治者談判。他們由招討副使楊複光領著前往長安，但半路卻被招討使宋威本路截獲，他希圖將這兩人俘獲並交由皇帝，以證明他在這次戰爭中的功勞。後來尚君長、蔡溫球被宋威在狗脊嶺（即唐長安城內東市）斬首。
這次事件讓王仙芝徹底放棄了歸順朝廷的幻想。他終於明白自己終究隻是他們的一顆棋子，隻能擺布，而不會真正從此擺脫自己的受苦命運。他又開始帶領自己的隊伍轉戰各地。他現在明白了，隻有推翻這樣一個王朝，建立起自己王朝，自己和弟兄們的命運才能徹底改變。而唐王朝也明白，事情發展到現在，朝廷再用招安的方式瓦解起義軍已經不再可能了，唯一的辦法就是繼續用武力對抗。於是他們調整官兵，提升曾元裕為招討使，潁州刺史張自勉為招討副使，又調西川節度使高駢任荊南節度使兼鹽鐵運轉使。這次朝廷已經集中優勢兵力，加緊圍剿王仙芝。這次調整對於官兵的作戰是十分卓有成效的，此後的申州（信陽）、黃梅之戰王仙芝均戰敗，損失了大部分起義民眾，而王仙芝也遭殺害。
王仙芝最終也沒有看到起義的結局，他帶著遺憾和惋惜離開這他戰鬥了數年的塵世。也許他自始至終也沒有想明白，如果第一次招安成功了話，他的命運又將會怎麼樣？但照他現在的想法來看，也許並不會比現在好多少。畢竟，這樣一個王朝，並不姓王，也不屬於他的這些曾經作為販運私鹽的弟兄們。