王安石的下台，並沒有使新學立即退出主流學術的地位。宋徽宗時期，依然以新學為正統，禁止其他學術“聚徒傳授”。北宋末位皇帝宋欽宗為了挽救國家頹勢，進行學術解禁，但也隻是短暫地改變了王安石“新學”的獨尊地位。南宋時期，王安石的學術地位有所下降，但王安石的著作在很長時間裏都是教學的主要參考書。秦檜主政時期，還一度恢複過王安石《三經新義》的教學地位，《三經新義》成為官辦學校的專授課程。南宋首位皇帝宋高宗準確地指出：“秦檜尚安石。”一直到南宋建立約80年後的宋寧宗時期，官辦學校的教材才改為理學家著作。
除了王安石學術的淡出，王安石的個人榮譽也經曆了很長時間才趨於沉寂。王安石很早就因才高名重而被譽為聖人，王安石的女婿蔡卞（蔡京之弟）寫了《王安石傳》，將王安石推到“追堯舜三代”的高度。自徽宗朝開始，王安石父子被列入孔廟供奉，與顏孟並列。南宋以後，王安石父子依然位列孔廟，但祭祀的地位開始下降。南宋建立約110多年後，宋理宗時期，孔廟之中徹底沒有了王安石的身影。
宋朝延續很長時間的激烈黨爭，是對於國家政策最為激烈的批評史，其激烈和公開程度，古今中外少有。如果說在這個思想觀念的激烈交鋒過程中，出現過一些人身打擊，我們發現，將觀念和人身打擊結合起來的，主要就是信奉王安石理論的改革派，而非王安石的反對派。相反，王安石的反對派，也就是被視為保守的儒家正統知識分子，倒是屢屢遭受改革派的人身打擊。儒家正統知識分子，從一開始就不主張禁錮思想、唯我獨尊。漢代“罷黜百家，獨尊儒術”也被現代人嚴重誤讀。“獨尊儒術”中，我們應該注意“術”這個字。“術”是指技藝和方法，因此，“獨尊儒術”的本義隻是指祭祀活動或皇帝、國家禮儀采取儒家的禮儀製度。劉邦草莽出身，缺知識少文化，更不懂禮儀。直到儒生叔孫通出現，才開始真正感受禮儀製度的必要。但是，劉邦草莽習性難改，隻喜歡禮儀製度中的威嚴，並不能體會禮儀製度的本質。叔孫通為迎合劉邦，所製定的禮儀也有很多屬於秦始皇時期的排場。到了漢武帝，才真正將儒家的禮儀製度確立為國家大事的禮儀方式。這是“獨尊儒術”的本質，它隻是確立一種禮儀上的方式、方法，而非思想。
漢武帝確立“獨尊儒術”時，沿襲自春秋戰國時期諸子百家的思想依然暢行不止。例如道家思想在這一時期開始轉化為道教，佛教也在這一時期開始傳入中國，沒有受到儒家的任何壓製。其他如法家、陰陽家、農家乃至墨家，同樣在社會上流傳，甚至被融入到政治之中。對於宋朝來說，王安石所代表的“改革派”表現出強烈的排除異己的特征，而所謂“保守派”卻寬容得多。例如，司馬光主政，現代人都說他“盡廢新法”，事實上，司馬光並沒有完全廢除王安石的做法。此外，司馬光所代表的“元黨人”也沒有把王安石的學術思想禁錮起來，司馬光隻是不同意將王安石“新學”與曆史上的儒家先賢並列。蘇軾還在王安石落魄時專程去探望。而且，長期以來，理學在宋朝一直處於民間自主發展的狀態，即便到了南宋理宗朝，理學成為官方學術正統，理學的主要代表人物朱熹也沒有全盤否定王安石。在學校教育中，朱熹明確指出，王安石父子的學說“亦可采”或“兼取”。這與王安石信徒的禁止其他學說“聚徒傳授”實在有天壤之別。
利益集團政治的代議製是指由各利益集團的代表代為捍衛各個利益集團的權利，大家討價還價，最終達到平衡。設計理念不錯，但是，如果有些利益集團在政治中沒有自己的代表，或者各個利益集團的勢力本身就不均衡，這種方式就會出現問題。中庸的儒家思想成為正統，實際上是允許一種思想的代議製。信奉各種思想學說的人，都被允許在政治中發言，以至於社會上的各種利益集團都能通過思想學說，間接地找到自己的代理人，而非現實利益上的直接代理人。
人們常說，儒家思想成為了正統，也可以看成是唯我獨尊。實際情況是，除了儒家思想以外的任何一種思想成為正統，都采取打擊其他思想、排除異己的方式，隻有儒家思想不會，因為儒家思想主張“天下為公”。例如，宋朝的很多知識分子信奉宗教，王安石、蘇軾等人對於佛教就頗為涉入。宋朝還有一些皇帝信奉道教，宋朝還有很多來自中亞的伊斯蘭信徒。如果不是儒家思想成為正統，任何一種宗教思想占據主導地位，都有可能造成對其他宗教的排斥。從唐朝開始，猶太人從陸路、海路來到中國，北宋時期，一批猶太人定居於京城開封。在當時的歐洲，羅馬教會勢力一家獨大，學術思想隻有經院哲學，猶太人也遭受諸多不平等的待遇。正是在強大的外界壓力下，歐洲猶太民族才從內部發生強烈反彈，堅決地維護自己的傳統，以至於到了近乎偏執的地步。而在宋朝的儒家思想主導下，開封猶太人史稱“藍帽回回”或“挑筋教”，與周圍的人們和其他教派沒有任何矛盾，大家和諧共處。明清時期，西方傳教士發現了這批在中國的猶太人，他們非常驚訝地看到，這些猶太人已經同當地的文化融為了一體，這在全世界猶太曆史中絕無僅有。被稱為世界宗教博物館的泉州，是宋朝最重要的通商口岸之一，這裏至今還有大量曆史遺存。當今世界能夠有此稱謂的城市，大概隻有耶路撒冷，但是，那是一個戰火紛飛的世界。而在宋朝，正是由於儒家思想成為正統，各種宗教、各種思想才能共存，並和諧相處。