一、水產食品的病原微生物
健康的鮮魚，其組織內是無菌的，但是體表、鰓以及消化道內都有一定數量和一些特定的微生物存在著。魚經過運輸、儲藏或加工後，魚體上的微生物數量和種類會增加。衛生條件好，微生物汙染較少，否則微生物就會大量增加。魚體汙染的細菌數，每平方厘米可達102～107個，每毫升腸液內可含菌102～103個。
鮮魚汙染的微生物以腐生菌為主，如假單胞菌屬、無色杆菌屬、黃杆菌屬和摩氏杆菌屬等。河流中或海水中往往有一些特定的細菌，水產品在其中生活，就可以汙染其特定的細菌。如淡水魚可以汙染產堿杆菌、氣單胞杆菌、短杆菌屬等細菌。海產魚往往汙染有嗜鹽類細菌。這些細菌以分解鮮魚體組織中的蛋白質、脂肪為主，以致使組織產生吲哚、糞臭質、硫醇、硫化氫等。能產生水深性色素的細菌，還能在魚變質的過程中產生顏色。淡水河流中往往汙染有致病菌，如沙門氏菌、誌賀氏菌屬等，其中的魚類也可以汙染這些病原菌。在霍亂疫區，口蹄疫疫區，其河流中也會汙染有霍亂弧菌、口蹄疫病毒，生活在其中的魚類便不免會汙染這些病毒病菌。海產品在海水中還能汙染致病性嗜鹽菌。
水產品經過鹽製後，仍有大量適合於鹽製環境的微生物。魚體在鹽製後往往赤變，主要是嗜鹽菌中的玫瑰小球菌、鹽地賽杆菌、鹽地假單胞菌、紅皮假單胞菌、鹽杆菌屬等造成，這些細菌在含有18%～25%食鹽的基質中，仍能良好地生長。
二、水產食品檢驗
（一）檢樣的製備
水產食品種類繁多，魚類、甲殼類、貝殼類的生態習性和體型結構差異較大。在對水產食品進行衛生微生物檢驗時，應按各品種性狀合理采樣和處理檢樣。
（二）現場采樣用品
采樣箱、籃，滅菌塑料袋，有蓋搪瓷盤，滅菌刀，滅菌剪刀，滅菌鑷子，滅菌具塞廣口瓶，滅菌棉簽，溫度計，編號牌（或蠟筆、紙）。
（三）操作方法
1.樣品的采取和送檢
赴現場采取水產食品樣品時，應按檢驗目的和水產品的種類確定采樣量。除個別大型魚類和海獸隻能割取其局部作為樣品外，一般都采完整的個體，待檢驗時再按要求在一定部位采樣。在以判斷質量鮮度為目的時，魚類和體型較大的貝甲類雖然應以一個個體為一件樣品，單獨采取一個檢樣，但必須對一批水產品做質量判斷時，仍需采取多個個體做多件檢樣以反映全麵質量，而一般小型魚類和小蝦、小蟹，因個體過小在檢驗時隻能混合采取檢樣，在采樣時需采數量更多的個體，一般可采500～1000g。
水產食品含水分較多，體內酶的活力也較旺盛，易於變質。因此在采好樣品後應在3h內送檢，在送檢途中一般都應加冰保養。
2.檢樣的處理
(1)魚類采取檢樣的部位為背肌。先用流水將魚體表衝淨，去鱗，再用75%酒精棉球擦淨魚背，待幹後用滅菌刀在魚背部沿脊椎切開5cm，再切開兩端使兩塊背肌分別向兩側翻開。然後用無菌剪刀剪取肉25g，放入滅菌乳缽內，用滅菌剪刀剪碎，加滅菌海砂或玻璃砂研磨（有條件情況下可用均質器），檢樣磨碎後加入225mL滅菌生理鹽水，混勻成稀釋液。剪取肉樣時，勿觸破及沾上魚皮。
(2)蝦類采樣的部位為腹節內的肌肉。將蝦體在流水下衝淨，摘去頭胸節，用滅菌剪刀剪除腹節與頭胸節連接處的肌肉，然後擠出腹節內的肌肉，稱取25g放入滅菌乳缽內，以後操作同魚類檢樣處理。
（3）蟹類采樣的部位為胸部肌肉。將蟹體用流水衝淨，剝去殼蓋和腹臍，再去除鰓條，複置流水下衝淨。用75%酒精棉球擦拭前後外壁，置滅菌搪瓷盤上待幹。然後用滅菌剪刀剪開成左右兩片，再用雙手將一片蟹體的胸部肌肉擠出（用手指從足跟一端向剪開的一端擠壓），稱取25g置滅菌乳缽內。以下操作同魚類檢樣處理。
（4）貝殼類采樣部位為貝殼內容物。先用流水刷洗貝殼，刷淨後放在鋪有滅菌毛巾的清潔搪瓷盤或工作台上。采樣者將雙手洗淨並用75%酒精棉球塗擦消毒後，用滅菌小鈍刀從貝殼的張口處隙縫中徐徐切入撬開殼蓋，再用滅菌鑷子取出整個內容物，稱取25g置入滅菌乳缽內，以下操作同魚類檢樣處理。
3.檢驗項目
菌落總數測定，大腸菌群測定，沙門氏菌檢驗，誌賀氏菌檢驗，副溶血性弧菌檢驗，金黃色葡萄糖球菌檢驗，黴菌和酵母計數。
水產食品兼受海洋細菌和陸上細菌的汙染，檢驗時細菌培養溫度應為30℃。以上檢樣的方法和檢驗部位均以檢驗水產品食品肌肉內細菌含量從而判斷其鮮度質量為目的。如需檢驗水產食品是否帶染某種致病菌時，其檢驗部位應采胃腸消化道和鰓等呼吸器官。魚類檢取腸管和鰓，蝦類檢取頭胸節內的內髒和腹節外沿處的腸管，蟹類檢取胃和鰓條，貝類中的螺類檢取腹足肌肉以下的部分，貝類中的雙殼類檢取覆蓋在斧足肌肉外層的內髒和瓣鰓。