一、飲料、飲品中的病原微生物
飲料中的微生物含量一般都較少，而果類製品如果汁常帶有各種微生物，特別是在果汁製造過程中，能汙染更多的微生物。但是，果汁的pH較低，糖度較高，這些都能抑製某些微生物的繁殖。
果汁中經常可以檢出酵母，其中以假絲酵母屬、圓酵母屬、隱球酵母屬和紅酵母屬等為主。例如葡萄果汁中，最多的酵母為檸檬形克勒克氏酵母(Kloeckeria apiculata)，其次為葡萄酒酵母(Sacch.clipsoideus)，其他如卵形酵母（Sacch.oviformis）、路氏酵母(Succh.ludwiggi)等也有發現。在柑橘果汁中存在有啤酒酵母、葡萄酒酵母、圓酵母等，主要是加工過程中汙染到果汁中去的。
果汁中黴菌以青黴屬最為多見，如擴張青黴(Pen.expansum)、皮殼青黴(Pen.crostosum)，其他還有構巢曲黴、煙曲黴等。果汁中還存在乳酸菌、琥珀酸杆菌(Bacteriumsuccinicum)、腸道杆菌等。由於加工不良、汙染嚴重，還可以汙染沙門氏菌屬、痢疾杆菌、葡萄球菌、鏈球菌及肉毒杆菌等致病菌。
冷凍食品由於具體條件的不同，還可能存在各種細菌和真菌。冷凍食品鮮凍初期，多為黃杆菌屬、假單胞菌屬、嗜冷微球菌等嗜冷菌，隨著鮮凍至中末期，冷凍食品的溫度也已升高，此時腸杆菌科各屬細菌和球菌類等漸次增殖。另外，冷凍時的菌相與製作原料的汙染程度和原料中的原有菌有關。該類食品在製作過程中由於原料、設備及容器消毒不徹底，常常造成各種微生物的汙染和繁殖，有可能造成食品中毒及腸道疾病的傳播。
二、飲料、飲品檢驗
（一）樣品的采取和送檢
(1)瓶裝汽水、果味水、果子露、鮮果汁水、酸梅湯應采取原瓶、袋裝樣品；散裝者應用滅菌容器采取500mL，放入滅菌磨口瓶中。
(2)冰淇淋采取原包裝樣品，散袋者用無菌方法采取，放入滅菌磨口瓶內，再放入冷藏或隔熱容器中。
(3)食用冰塊取冷凍冰塊放入滅菌容器內。
(4)樣品采取後，應立即送檢，最多不得超過3h。
（二）樣品采取數量
(1)冰棍班產量20萬支以下者，一批為一批；20萬支以上者，以工作台為一批。一批取3件，一件取3支。
(2)汽水原裝兩瓶為一件。
(3)果味水、果子露、果子汁等飲料原裝兩瓶為一件。
(4)冰淇淋4杯為一件，散裝采取200g。
(5)食用冰塊500g為一件。
(6)散裝飲料采取500mL。
（三）檢樣的處理
(1)瓶裝汽水、果味水、果子露、鮮果汁水、酸梅湯等飲料檢樣用點燃的酒精棉球燒灼瓶口滅菌，用石炭酸紗布蓋好，再用滅菌開瓶器將蓋啟開，含有二氧化碳的飲料可倒入500mL滅菌磨口瓶內，口勿蓋緊；覆蓋一滅菌紗布，輕輕搖蕩，待氣體全部逸出後，進行檢驗。
(2)冰棍用滅菌鑷子除去包裝紙，將冰棍部分放入滅菌磨口瓶內，木棒留在瓶外，蓋上瓶蓋，用力抽出木棒，或用滅菌剪子剪掉木棒，置45℃水浴30min熔化後，立即進行檢驗。
(3)冰淇淋在滅菌容器內待其融化，立即進行檢驗。
(4)酸性飲料用10%滅菌碳酸鈉調pH至中性再進行檢驗。
（四）檢驗項目
菌落總數測定，大腸菌群測定及致病菌測定。