隨著社會的發展與變化，食品安全衛生與人類健康問題研究也越來越深入。經過政府監督管理部門、食品企業和學術界的共同努力，食品安全與人類健康問題在近20年內得到了飛速的發展，從而在保障消費者的健康、促進國際食品貿易，以及發展國民經濟等方麵發揮了重要的作用。
人類對食品安全性的認識，有一個曆史發展過程。在人類文明早期，不同地區和民族都以長期生活經驗為基礎，在不同程度上形成了一些有關飲食衛生和安全的禁忌禁規。人類對食品安全與自身健康關係的認識不斷地積累並加以深化。在3000多年前的周朝，我國不僅能控製一定衛生條件而製造出酒、醋、醬等發酵食品，而且已經設置了“淩人”，專司食品冷藏防腐。《唐律》中規定了處理腐敗食品的法律準則：“脯肉有毒，曾經病人，有餘者速焚之，違者杖九十；若故與人食並出賣，令人病者，徒一年，以故致死者絞”。還形成了許多關於飲食衛生和安全的禁忌，孔子對其學生說“五不食”：“魚餒而肉敗不食，色惡不食，臭惡不食，失飪不食，不時不食”。
國外也有類似的食品衛生管理的記述。例如中世紀羅馬設置專管食品衛生的“市吏”。
由於生產的發展促進了社會的產業分工、商品交換、階級分化，出現利欲與道德的對立，食品交易中出現了製偽、摻假、摻毒、欺詐現象。古羅馬帝國時代就曾蔓延為社會公害。當時製定的羅馬民法對防止食品的假冒、汙染等安全性問題做過廣泛的規定，違法者可判處流放或勞役。
英國為解決石膏摻入麵粉、出售變質肉類等事件，1266年頒布了麵包法，禁止出售任何有害人體健康的食品。但製偽摻假食品屢禁不絕。有人記載18世紀中葉英國杜鬆子酒中查出的摻假物有：濃硫酸、杏仁油、鬆節油、石灰水、玫瑰香水、明礬、酒石酸鹽等。直到1860年，英國國會通過了新的食品法，再次對食品安全性加強控製。由於食品檢驗缺乏靈敏有效的手段，製偽摻假摻毒技術層出不窮，食品安全的法律法規滯後，使食品安全性問題長期存在於從古羅馬中世紀直到近代的歐洲食品市場中。
美國，19世紀中後期資本主義市場經濟的發展在缺乏有效法製的情況下，食品安全性與衛生問題也惡性發展。有文章提到牛奶摻水、咖啡摻碳對當時的紐約老百姓是常見的事。更有在牛奶中加甲醛、肉類用硫酸、黃油用硼砂做防腐處理的事例。一些肮髒不堪的食品加工廠如何把腐爛變質的肉變成味美香腸，把三級品變成一級品的故事，被寫成報告文學，使社會震動。當時美國農業部的官員在報刊上驚呼：由於商人的肆無忌憚和消費者的無知，使購買那些有害食品的城市百姓經常處於危險之中。1906年美國國會通過了第一部對食品安全、誠實經營和食品標簽進行管理的國家立法——《純淨食品與藥物法》。同年還通過了《肉類檢驗法》。這些法律對美國州與州之間的食品貿易，加強了安全性管理。
19世紀初自然科學長足進步，給現代食品安全學奠定了自然科學基礎。
1803—1873年，Liebig建立了食品成分分析法對後來的食品成分檢測有重要意義。
1837年Scthwann與1863年Pasteur關於食品腐敗是微生物作用過程的論述以及隨後提出巴氏消毒法至今仍在應用。
1885—1888年。Salmon與Gaertner對沙門氏菌的發現，成為現代食品安全學早期發展的裏程碑。
1851年後，隨著商品經濟的發展，各商家為牟取暴利食品摻假偽造相當猖獗，為控製食品摻假偽造，保持商品信譽，提高競爭能力，也使消費者受益，資本主義先驅各國相繼開始立法。1851年法國頒布《取締食品偽造法》、1860年英國頒布《防止飲品摻偽法》。
20世紀中期以後科學技術帶動了工農業生產，但由於生產盲目發展，環境汙染一度失控，公害泛濫導致食品的嚴重汙染。在這一時期，人們新發現了來源不同、種類各異的食品汙染因素。如毒魚、毒貝、毒草以及黃曲黴毒素、單端孢黴烯族化合物等百餘種黴菌毒素；同時發現了更多種類的人畜共患疾病病原、寄生蟲、腸道病毒等生物性汙染；然而，食品汙染因素中發展最快、最具特征的是各種化學性物質和食品添加劑的應用。化學性汙染物中相當一部分可以通過食物鏈生物富集作用造成食品嚴重汙染。1948年生效的關貿總協定（GATT）其中對食品和農產品采取的貿易障礙對保護人類還是必要的。1953年WTO政府體係和世界衛生組織關注了在食品中化學物質用量增加的問題。
20世紀末期，隨著科學的進步和生活條件的進一步改善，食品汙染對人類健康的威脅與不少學者的設想相反，其危害性非但未降低，而且是越來越多地威脅著消費者的健康。20世紀對食品安全性新問題的社會反應和政府對策，最早見於發達國家。如美國在1906年食品與藥物法規的基礎上，於1938年由國會通過了新的聯邦《食品藥品和化妝品法》，1947年通過了《聯邦殺蟲劑、殺菌劑和殺鼠劑法》，兩法以後又陸續作過多次修訂，至今仍為美國保障食品安全的主要聯邦法律。其中，《食品藥品和化妝品法》規定：凡農藥殘留量超過規定限量的農產品禁止上市出售；食品工業使用任何新的添加劑前必須提交其安全性檢驗結果，原來已使用的添加劑必須獲準列入“公認安全”(GRAS)名單才能繼續使用；凡被發現可使人或動物致癌的物質，不得認為是安全的添加劑而以任何數量使用。聯邦《殺蟲劑、殺菌劑、殺鼠劑法》規定，任何農藥在為一定目的使用時不得“對環境引起不適當的有害作用”；每一種農藥及其每一種用途（如用於某種作物）都必須申請登記，獲準後才能合法出售及應用；凡登記用於食用作物的農藥應由國家環境保護局（EPA）據申請廠商提交的資料批準其各自的食品殘留限量，即在未加工的農產品及加工食品中允許的最高農藥殘留限量。世界衛生組織和糧農組織自20世紀60年代組織製定了食品法典，並數次修訂，規定了各種食物添加劑、農藥及某些汙染物在食品中允許的殘留限量，供各國參考並借以協調國際食品貿易中出現的食品安全性標準問題。至此，盡管還存在大量的有關添加劑、農藥等化學品的認證與再認證工作，以及食品中殘留物限量的科學製定工作有待解決，控製這些化學品合理使用以保障豐足而安全的食品生產與供應，其策略與途徑已初步形成，食品安全性管理開始走上有序的軌道。
在我國，近代食品安全性的研究與管理起步較晚，但近半個世紀以來食品衛生與安全狀況也有了很大的改善。一些食源性傳染病得到了有效的控製，農產品和加工食品中的有害化學殘留也開始納入法製管理的軌道。我國於1982年製定了《中華人民共和國食品衛生法》（試行），經過13年的試行階段於1995年由全國人大常務委員會通過，成為具有法律效力的食品衛生法規。但是，我國在即將進入21世紀和麵向全球經濟一體化的時代，食品的安全性問題形勢依然嚴峻，還要從認識、管理、法規、體製以及研究、監測等方麵做更多的工作，才能適應客觀形勢發展的需要。2009年我國政府針對食品安全的現狀決定製定並應用《食品安全法》。這對我國食品安全的研究、監督有重要意義。