在東南沿海的這些改變背後，是明朝人觀念的改變。早期的明朝人，對待商人基本是鄙視的，商人的地位比較低。國家的政策，一直是“農為本，商為末”。政府的財政收入來源，主要是農業稅。可是重商主義的思潮，在明朝中期就出現了。最著名的當屬明孝宗（1488—1505年在位）時期的名臣丘濬，他在其著作《大學衍義補》中提出了一個石破天驚的觀點：“食貨者，生民之根本也。”翻譯成白話就是：商業，是國民經濟的根本。而從明朝景泰（1450—1457年）年間開始，內閣大學士徐有貞就提出放鬆海禁。之後到明朝嘉靖年間，明朝的“海禁”政策時緊時鬆。總的趨勢，卻是越來越鬆。從事“私商”貿易的群體，從早期的商人、士紳、官員，到最後也有了底層的平民。當西方人不遠萬裏，冒著死亡的威脅尋找走向東方的航線時，大洋彼岸越來越多的中國人，也在嚐試著衝開沿海的屏障，走出一條新的生存道路。兩者的交彙之處，就是台灣。
說台灣是一個“交彙”，看看地圖就知道了。台灣島與大陸東南沿海隔海相望，一個島嶼足夠屏蔽中國東南五省。對於一心衝破海禁，走向遠洋的早期中國私商來說，台灣是他們的必經之地。對不遠萬裏開辟航路、一心敲開中國大門的西方殖民者而言，台灣，同樣是他們的第一站。一個要走出去，一個要打進來，兩股力量的碰撞，勢必發生激烈的化學反應。當西方殖民者來到中國沿海後，迅速爆發了倭寇之亂。
對於明朝時期的中國來說，倭寇不是個新鮮詞，早在元朝末年就有了。從明朝建國之後，一直都是小打小鬧，今天劫掠個州縣，明天打劫個村鎮。明朝雖然一直在“抗倭”，也不過是把他們當作土匪而已。然而，就是在西方殖民者到達東方後，倭寇變得不一樣了，變得更強大、破壞範圍更廣、破壞力更強。特別是在明朝嘉靖（1522年——1566年）年間，倭寇，成了一場波及整個東南沿海、持續四十多年的大禍害。之所以如此不一樣，是因為此倭寇非彼倭寇。
明朝初年的倭寇，雖然也間或有中國人參加，但主要成員基本都是日本人。但嘉靖時期的倭寇，卻有日本人、中國人、葡萄牙人，甚至還有東南亞人，成分五花八門。裝備更是鳥槍換炮，用上了當時連明朝正規軍都沒有的鳥銃和佛郎機炮。戰船也不是當年的小帆船，甚至有了比明朝水師更大型的武裝炮船。前後累積有數百股倭寇，大的團夥居然有上萬人。不同於早年倭寇打一槍換個地方、見了正規軍就跑，嘉靖年間的倭寇，很多時候把正規軍打得狂逃。比起普通的土匪來，這群怪胎可是難對付得多。
“怪胎”的產生，當然是拜日本所賜。此時，日本處於“戰國時代”，日本的“中央政府”早歇菜了，各路諸侯一邊搶地盤一邊跑到中國打劫，忙得不亦樂乎。倭寇的規模和數量，自然要大得多。但日本人隻是催化劑，根子卻還在中國自己這邊。這時期東南沿海走私猖獗，沿海各地私商林立，明王朝對“海禁”的打擊也日益嚴厲，甚至有了“舉家連坐”的法律。但打擊越嚴，反彈就越厲害。為牟巨利，一直在拚命衝破“海禁”的沿海私商們，早就結成團夥、組建武裝。這時候西方殖民者已經來到中國沿海。葡萄牙人從明朝正德年間開始，就屢次進犯東南沿海，一麵通過走私收購中國的貨物，一麵趁機大肆劫掠。這自然和私商們一拍即合。外加這時期倭寇猖獗，幾股勢力合流，也就有了“倭寇”這個怪胎。這時期的沿海私商們，幾乎都有自己的武裝團夥，遊走於明朝政府、西方殖民者和倭寇之間。大部分都是“有奶就是娘”，誰給好處多就和誰合作。於是從明朝嘉靖二年（1523年）開始，東南沿海的大規模暴亂就越演越烈，大批人口被擄掠，無數村鎮化成灰燼。海防廢弛的明朝沿海軍隊屢屢潰不成軍，中國東南沿海遭遇一場空前的災難。
這場持續幾十年的災難，為曆史留下了諸多記憶：慘無人道的倭寇暴行，明王朝的抗倭戰爭，戚家軍、俞家軍蕩氣回腸的戰鬥。然而對於災難中遭受荼毒甚深的台灣島來說，一件不起眼的小事，卻促成了台灣島命運的改變。
“明嘉靖四十四年（1565年），林道乾寇亂邊海，都督俞大猷逐道乾於台，因設巡檢守之。”也就是說，在這一年，一個叫林道乾的海盜騷擾沿海，被當時的福建都督俞大猷驅逐出台灣，明朝遂重新設立澎湖巡檢司，加強防衛。從明朝洪武年間開始廢止近二百年的澎湖巡檢司，就這樣恢複了。
這件看似不起眼的小事，後來證明，成了一件影響明末清初台灣命運的大事。