林道乾的這段在台灣的經曆，對於台灣的意義是不言而喻的。他和他的部下，是第一批在台灣長期定居的大陸人。為了擴充實力，他大力招募沿海農民來台灣墾荒，並給予優厚的待遇。對台灣當地的少數民族，他也利用自己的“國際貿易人脈”，大力向其收購土特產。當地部落酋長居然和他拜了把兄弟，“民族關係”處理得非常好。而最重要的是，台灣後來享有的“東亞黃金貿易島”的名號，離不開林道乾開辟的貿易航路。說這個人是台灣發展的拓荒者，那是相當妥帖的。
縱觀林道乾做海盜的人生，可以說是強悍得不能再強悍，葡萄牙人、日本人都曾敗在他的手下，明朝水軍裏一度能和他抗衡的隻有俞大猷。俞大猷、戚繼光、劉顯三大名將合圍，竟然還讓他突圍出來。別人不願長住的台灣，他非要住。別人打家劫舍，他收保護費。別人當海盜，他有時候還當“民族英雄”。鳥不生蛋的台南，被他開發得有聲有色。東南亞的國王們，都要給他三分薄麵。大搖大擺地占了在現今泰國、越南、柬埔寨那一帶的領土，屬於“嚴重侵犯別國主權”，對方卻連個“不”字都不敢說，乖乖地忍氣吞聲。如此強悍、奇怪，結合到他的身份，就很正常了——他是個海商。
在當時大航海時代的地球，在資本主義萌芽的明王朝，海商是個新鮮詞，卻也是個必然產生的事物。海商的來路，基本就是早年海禁時代做走私起家的私商們。隨著實力的增強，這些團夥也在迅速膨脹。本身做的就是“違法”生意，當然手裏要有武裝，能做買賣就做，不能做買賣就打，人生的目標就是賺錢，誰不讓我賺錢，管你是官軍、日本倭寇、西方殖民者、東南亞國王，統統打你沒商量。在大航海時代的背景下，狹長的台灣海峽間，他們穿梭於兩岸，來來往往於戰火紛飛裏。無意之中，他們成了連接大陸與台灣島的紐帶。
海商的活動，對台灣的直接影響，首先是開發了台灣。自從林道乾駐紮台灣後，海商們都紛至遝來，比如同時期的林國顯、許棟、何亞八、劉香老、楊四等人，或大或小的，都在台灣島設立了自己的據點，並遷移人口、定居開荒。最早認識台灣“經濟潛力”的，也是他們。他們開始發現，原來台灣的物產是這麼豐富，莊稼種什麼長什麼，年年大豐收。經濟作物也多，台灣當地的橡膠、鹿皮、香料，拿到“國際市場”上，轉手就能賣高價。值得一提的是，這些“海盜”們雖然良莠不齊，但是在台灣島大多還是守規矩的。比如林道乾修築赤嵌，他的那塊土地就是花錢從台南少數民族同胞手裏買來的。盤踞台灣期間，每個月他們都要和當地少數民族同胞開“鄉集”。雙方公平交易，雖然之間也小有摩擦，也有個別不講規矩的人，但總的來說還是和諧的。而且為了保護自己的經濟利益，許多海商還擔負起“保衛台灣”的責任，幫助島上的少數民族部落打跑倭寇，確實是“增進了兩岸人民感情”。他們對台灣的另一個影響是：當時台灣的橡膠、鹿皮等土特產，經他們的手輸入到菲律賓、印度尼西亞等西方殖民地，引起了西方殖民者的貪饞。後來荷蘭、西班牙侵略台灣時，主要就是掠奪這幾種作物。
但是比起同時代得到政府支持的西方海商們，這些中國的海商大多數時候都被稱為“海賊”。而他們的軍事力量，也確實是明帝國海防的威脅。其實他們的發跡，更多的是拜明帝國傳統的“海禁”政策所賜。明朝過去禁止私商貿易、政府壟斷海外貿易的做法，使沿海商人損失頗多，沿海鄉民也因此貧困。在大航海時代下，海禁已經越來越“過時”，海商們其實就成了潤滑劑。隨著嘉靖晚期倭寇漸漸平息，怎樣處理海商問題，也成了明帝國的難題。到了嘉靖皇帝臨近去世的嘉靖四十五年（1566年），許多有識之士提出廢除海禁。這在當時的明朝不是小事，中國封建王朝最重“祖訓”和“祖製”，海禁政策是朱元璋欽定的，如果擅自修改，勢必承受輿論壓力。最早要求廢海禁，是在明朝嘉靖二年（1523年）。之後的四十年裏，明朝政局變幻，官員換了一撥又一撥，爭論卻始終未停。堅持海禁的，大多是些頑固老臣，尤其是那些學理學出身的大臣。而主張廢海禁的，越來越多的是當時新興起的“心學”門派的大臣們，他們受王陽明思想影響，觀念新穎，許多人也曾在東南沿海為官，親眼看到當地“士民紛紛下海”的實情。在嘉靖皇帝去世後，當年十二月，新登基的明朝隆慶皇帝朱載垕，為了海禁一事再次召開廷議。兩派大臣還是爭論不休，反對開海禁派依然拿著“祖製”壓人。這時候明朝戶部侍郎王國光一句“昔撤澎湖巡檢司，亦祖製也”反駁了反對派們：既然當年朱元璋裁撤的澎湖巡檢司都可以恢複，那麼海禁為什麼不可以？中央駐台灣軍事機構的重設，無意中竟成為中國打開國門的鑰匙。次年正月，明王朝正式宣布：廢除海禁，允許沿海商品自由貿易。在大航海時代已經開始近百年的時候，中國的大門，終於主動向世界敞開了。