廢除“海禁”，史稱“隆慶開關”，是明朝曆史上一件大事。關於它的“偉大意義”，世人說得比較多的，是“促進了商品經濟發展”“增進了中外經濟關係”“製造了明朝東南經濟的繁榮”。公認的事實是，在明末海外貿易最繁榮的時期，世界市場上三分之一的白銀都流入到了中國。但世人關注比較少的，卻是對於台灣的意義。
海禁廢除對台灣的直接好處，就是增進了兩岸的溝通交流。大量的中國沿海商民出海貿易，台灣成了必經之地。許多船隻都在台灣補充淡水、購買貨物，台灣與大陸之間的經濟往來日益增強，而大陸先進的生產方式特別是農業生產，也在台灣本島少數民族中廣泛傳播。越來越多的大陸人開始渡海移居台灣，甚至在當地娶妻生子。與海禁廢除相關的，就是明王朝對“海商”們態度的變化，特別是在名臣殷正茂提督兩廣軍務後，對沿海的海商改成了招撫為主，赦免其罪過。比如那位“創造曆史”的林道乾，他在移居泰國之後，也曾經多次組織兵力侵擾沿海，和明朝的幾次交鋒互有勝負。到了隆慶四年（1570年），他終於接受了明朝兩廣軍務提督殷正茂的招安，被安置在潮州地區。但是他最終沒有得到明王朝的信任。到了萬曆元年（1573年），因為他和明王朝之間常年的相互猜疑，最終他還是決定離開。當時他召集了大批戰船，意圖離開中國到東南亞自立為王，結果明王朝召集重兵圍攻。經過浴血奮戰，林道乾還是突圍而去，再次到了泰國地區定居下來，繼續當他的泰國駙馬爺。可這次明王朝卻不想放過他。為了剿滅林道乾，明王朝動用了“外交壓力”，要求泰國國王除掉林道乾。察覺風聲不對的林道乾提前行動，再次在敵人動手前逃脫。關於林道乾的結局，說法甚多，有說他擺弄火器誤把自己給打死了，也有說他逃到東南亞自立為王。但他確實是一個值得後人紀念的人。
在“隆慶開關”以後，中國東南沿海大規模的海商團夥暫時轉入了低潮。有些招安的海商為明朝帶來了精良的武裝和先進的戰船，在後來的抗倭援朝戰爭中還成了主力。有些海商卻上演了悲壯的結局，比如曾與林道乾同屬一個團夥的林鳳，雖然在中國的知名度不高，在西方國家的曆史上卻是一個很有名的中國人。他與台灣的淵源同樣頗深。和林道乾不一樣的是，他家世代就是做海盜的，到他這一代到了極盛。嘉靖晚期，他一度盤踞在澎湖列島，在元朝“澎湖巡檢司”的故地建立了據點，擁有戰船三百多艘，壟斷了從日本到東南亞的貿易。嘉靖四十年（1561年），名將俞大猷發動進攻，端掉了林鳳設在澎湖的據點，將其部下驅趕。兵敗之後的林鳳，遊走於福建、廣東兩地的島嶼之間，和明朝打起了遊擊戰，一度在海南建立了據點。明朝隆慶元年（1567年），經過多年休養生息的林鳳“反攻大陸”，一舉攻陷與台灣島隔海相望的南澳島，之後又大掠澄海等地，甚至一度兵逼廣州，成了林道乾之後令明王朝最頭疼的人。後來在遭到明朝反擊後，他於明朝隆慶元年（1567年）冬退守台灣，駐紮在基隆地區。他的到來，是繼林道乾後又一次大規模的移民。這次他帶到台灣的部下近萬人，戰船六十多艘。之後他雖然一度侵擾福建、廣東，但勢力日衰。到萬曆元年（1573年）的時候，林道乾不知所終，他留在台南墾荒的幾千部下，也就群龍無首。考慮到明朝此時已經在福建部署重兵，隨時可能東進台灣，林鳳決定去菲律賓開辟新殖民地。第二年，他帶走了在台灣的六十多艘戰船以及五千五百多人，除了作戰部隊之外，裏麵還包括許多農民、工匠。這支遠征軍到達了菲律賓，一度包圍馬尼拉，擊斃了西班牙駐菲律賓的總督戈伊特。值得一提的是，林鳳雖然是“海匪”，但很少濫殺。他在遠征菲律賓時，采取了溫和的政策，不但菲律賓華僑紛紛迎接他，就連當地的百姓也相繼歸附。後來西班牙調集重兵增援，寡不敵眾的林鳳兵敗。萬曆二年（1574年）八月四日，林鳳遭到西班牙優勢兵力包圍，在菲律賓彭加斯苦苦堅守了四個月，眼看著覆滅在即，卻巧妙地用“聲東擊西”之計，用小股兵力引開西班牙艦隊，自己率領主力艦隊成功突圍出來。一個月後，林鳳帶著剩下的四十艘戰船重新出現在台灣島。沒過多久，他又集結起了一百五十多艘戰船，近萬人的規模，在台灣海峽和明王朝周旋。但這個時候，他的內部卻出現了分化。常年跟隨他出生入死的許多親信部下，比如他團夥裏的老二馬至善、老七李成等人，都不願意再打了。這時候的林鳳，也已經年過花甲，進取之心大減。結果，馬至善和李成率領一千多人向明王朝投降。其餘的軍隊，包括當時在台灣的大部分部下，都被林鳳打包帶走。他率領著船隊一直向西，臨走前隻說自己要“至西番國”。然後就不知所終了。關於這支艦隊的下落，至今曆史界爭論頗多。有人說他們葬身於大海，有人說他們去了印度地區。然而在明王朝已然解除海禁的局麵下，繼續與政府武裝對抗，已經漸漸失去了生存土壤。在台灣大航海時代的早期，這些海商無意中成了探路人，此時他們已經走過了屬於自己的時代，也注定要退出曆史舞台了。