廈門風波很快傳到了京城。正為內憂外患而上火的崇禎帝，聞訊自然大怒，立刻下嚴旨，要福建方麵全力一戰。福建總督鄒維璉不敢怠慢，立刻親自到前線指揮，命令鄭芝龍擔綱前鋒。在此事件中丟臉最大的當屬鄭芝龍了，被荷蘭人虛虛實實地玩了一把。廈門一戰被擊毀的戰船，也大多是他的。損兵折將加丟臉，惱怒萬分的鄭芝龍也動血本了。除了調動了自己嫡係精銳部隊外，還以江湖大佬的身份，頒布了懸賞令，即每個參戰士兵，都有二兩白銀賞錢；砍死一個荷蘭人，賞白銀五十兩；燒掉一艘荷蘭戰艦，賞白銀五百兩。換算成人民幣的話，此戰擊斃一個敵人，就可以拿到三萬塊錢獎金；擊沉一艘敵艦，賞金更高達三十萬。重賞之下，全軍士氣高漲，誓要與荷蘭人決一死戰。
但這次的荷蘭人確實比以往曆次都難對付。澎湖血戰的時候，荷蘭人隻是依靠小股海盜從旁協助，尚弄得明軍寸步難行。這一次荷蘭人動用的戰艦數量多達十一艘，全是一等一的重型炮艦，總噸位遠比澎湖之戰要大。此外他們還有劉香的五十艘戰船協助。這個劉香實力強勁，又熟悉鄭芝龍的戰法，極難對付。所以懸賞令雖然下了，但是之後的數月，鄭芝龍一直都很謹慎，靜靜地等待著戰機。
在鄭芝龍的懸賞令下了後，荷蘭人與劉香的聯合艦隊開始了遊擊戰，經常趁鄭芝龍不注意的時候打一把，鄭軍要追擊的時候，他們卻又不見了蹤影。畢竟荷蘭的重型炮艦擁有極強的遠洋作戰能力，明軍是輕易不能冒險的。鄭芝龍的戰船，雖然在火力上遠勝於先前明朝水師戰船，但是比起荷蘭人的大炮艦，卻還是太過遜色了。正因如此，荷蘭人的戰略計劃也很有針對性，他們就是要通過神出鬼沒的遊擊戰，持續消耗鄭芝龍的力量，等到鄭芝龍最疲憊的時候，再發動致命的一擊。
偏偏在這時候，老天爺也來湊熱鬧。從這年九月開始，福建沿海台風大作，暴雨如注，雙方隻得暫時休戰。從九月中下旬起，荷蘭人恢複了對中國沿海的騷擾，他們的戰術是“咬一口就跑”，隻要見到有中國船隻，立刻展開攻擊。甚至劫掠沿海村落，逼迫當地居民向他們提供糧食和淡水。劉香這些海盜們的主要任務，跟抗戰時候的偽軍差不多，一方麵要給荷蘭人帶路，引導他們去攻擊沿海的薄弱防區；另一方麵充當搶劫的急先鋒，每到一地，都率先去打劫村民，劫掠糧食和淡水。荷蘭人的物資補給，基本全靠這些“二鬼子”來辦理。
在與荷蘭海軍對峙的同時，鄭芝龍也以牙還牙。他下令其麾下的戰船，在台灣海峽展開撒網式的搜捕，擊沉一切敢於經過台灣海峽的荷蘭船隻。如此一來，連通向日本的航線也大受影響。對於以商業貿易為生的荷蘭人來說，這樣下去顯然是不行的。既然武力嚇不倒明朝政府，那就必須盡快準備決戰，以一戰摧毀中國海軍的有生力量。九月二十八日，荷蘭人經過考慮，將艦隊全數移至金門。目的很明確，找一個落腳的地方，以便發起對鄭芝龍的總攻擊。
對荷蘭人的算盤，鄭芝龍又怎能不知。以現在明軍的力量，遠洋作戰確實是下策。消極防守，等於把主動權拱手相讓。所以最可行的辦法，就是要找到荷蘭艦隊的集結處，集中優勢兵力發動突襲，將其一次性殲滅。
從十月十五日福建總督鄒維璉在海澄誓師，任命鄭芝龍為前鋒（其實就是總指揮），準備決戰，到十月二十一日，整整六天的時間，鄭芝龍一直在尋找著荷蘭艦隊的方位，輕易不敢下達出擊的命令。鄭芝龍冷靜，但總督鄒維璉卻沉不住氣了。這次的荷蘭入侵事件，發生在明朝東南沿海的重要貿易港口廈門，國家顏麵掃地，崇禎皇帝怎能不急。崇禎急了，就催鄒維璉，鄒維璉急了，就跟著催鄭芝龍。這時候的鄭芝龍，再次發揮了“會來事”的特長，小心翼翼地伺候著，總算哄得鄒維璉穩住了心神。這期間雙方小戰鬥不斷。十七日，鄭芝龍得到消息，荷蘭與劉香的聯合艦隊正自北而上，在金門附近的外海遊弋。為鎖定敵人方位，鄭芝龍命令部分艦隊進至金門西北角。“投石問路”馬上就有了結果，查知鄭芝龍動向的荷蘭人，火速將艦隊布置在金門西南角的料羅灣，與中國海軍對峙。決戰，終於打響了。
按照之前的戰略部署，在鎖定了敵人方位後，就應該立刻集結所有的兵力，發動對敵人的總攻。但在知道目標是在料羅灣後，鄭芝龍卻猶豫了。常年的軍事經驗告訴他，這次很可能是個圈套。
按照普特曼斯事後對荷蘭東印度公司的報告，他將艦隊部署在料羅灣，也是經過考慮的。料羅灣，位於今天台灣金門島，此地號稱“金門之門”，其東西長九千米，南北寬三千米，呈一道弧形彎向外海。具有火力優勢的荷蘭艦隊，從西南角一字排開，其炮火恰好可以覆蓋整個海灣。再加上劉香的海盜船隊從旁配合，借助風向的優勢，就像是一張罩住敵人的大網。很顯然，這是一個荷蘭人精心設下的圈套，就等著鄭芝龍鑽進來。
可是此時的軍情，已經不容鄭芝龍核實這是不是圈套了：朝廷催問的詔書一封接著一封，再不去收拾荷蘭人，恐怕連自己都要被崇禎收拾了。何況此時荷蘭人與劉香合並一處，正是重創他們的絕好機會，一旦對手化整為零，想一舉殲滅就難了。所以，即使是圈套，卻也要跳進去。
十月二十二日，鄭芝龍跳進來了。
這次鄭芝龍帶來的，大約有一百五十艘戰船，他最精銳的炮船基本都在這支艦隊裏。為了準備這一仗，他特意命令自己的炮廠，為艦隊的大型戰船盡數換上新仿製的英國新型加農炮。黎明時分，明軍出現在了荷蘭艦隊眼前。對於突然殺到的明軍，荷蘭人並不慌張，整個艦隊冷靜地擺開陣勢：十三艘荷蘭重型炮艦居中，每艘荷蘭炮艦四麵，是劉香的輕型戰船。這就是荷蘭人的主意，就是要故意集結在一個地方，吸引你來決戰，然後就地殲滅。
應該說荷蘭人布置陣型是花了心思的。荷蘭的重型炮艦殺傷力強，但行動力弱，而四周布置的小戰船，就有了保駕護航的作用。你要和我對轟，那肯定死得很慘。如果要玩機動，劉香的小船能奉陪。快打也不成，慢打也沒招。看你究竟還有什麼辦法。
荷蘭人這麼布陣，也是來自於長期以來和中國海軍作戰的經驗。萬曆之後的中國官方海軍，主要特點就是船小炮火少，尤其是抗打擊能力弱。以往與歐洲艦隊交手，往往是憑借“船海戰術”，以數量優勢來取勝。但這次要是這麼對付荷蘭人，怕是玩不轉了。荷蘭重型炮艦火炮射程遠，殺傷力強，且十三艘戰艦部署均衡，相互呼應，外圍還有劉香海盜船保護，中國戰船輕易近身纏鬥不得。可若是比拚射程和火力，中國戰船恐怕統統都要被打沉。