和前麵幾次交手不同，這次荷蘭的三桅炮船，普遍都加厚了船舷上的擋板，甚至還裝上了鐵皮，也就是中國人常說的“鐵船”。鄭芝龍的大炮打在荷蘭船身上和撓癢癢似的，半點兒用都沒有，可人家一炮打過來，鄭軍這裏就天崩地裂了。你死我活的海戰打了整整一個白天，荷蘭人沒什麼損失，鄭芝龍這邊卻傷亡慘重，其族弟鄭芝蟒、鄭芝鶴的戰船相繼被擊毀。眼看著要吃眼前虧，鄭芝龍不愧是“好漢”，連忙下令撤退。仗著船小跑得快，總算從荷蘭人的火炮射程裏逃了出來，全軍退到附近的楓亭港休整。
在鄭芝龍身經百戰的航海人生裏，這應該是他為數不多的敗仗之一。顧不上總結經驗，因為荷蘭人像嗜血的鯊魚一樣緊緊跟了過來。好戰的朗必即裏哥的目的很明確：打贏你是不夠的，滅了你才算完。
這時候的鄭芝龍，已經到了人生中最凶險的時刻。跑是跑不了，人家的船不慢，一路盯得緊。就算是跑得了，回去有什麼臉見人？多年打下來的海上霸權，怕是也要一戰賠個精光了。可不跑又能怎麼樣？荷蘭人的戰艦忒硬，火炮忒狠，真恨不得一把火燒了。
危機局麵下，眾將不免人心浮動，有說突圍的，有說交替掩護跑的。關鍵時刻，還是鄭芝龍能撐，他勉勵眾將莫慌，他有辦法對付敵人。
鄭芝龍的辦法很簡單：一把火燒了它。
次日再戰，荷蘭人還是老樣子，排成歐洲海軍慣用的海軍編隊，得意揚揚地點火放炮。鄭芝龍的水師還是一如既往的不經打。照著朗必即裏哥的盤算，用不了多久，這些中國戰船就會被統統打爛。火炮在繼續轟鳴，硝煙彌漫的海洋上，一艘艘中國戰船在起火、沉沒。
朗必即裏哥正欣賞著這動人的一幕，卻忽然覺得不對，不是鄭芝龍的船隊在起火嗎？怎麼燒到我這裏來了？
然後他又聽到了那熟悉的嘶叫聲：火！火！火！
見鬼了，這火從哪裏來的？仔細一看差點兒沒暈過去。鄭芝龍確實沒用火船，那玩意兒危險性大，外加成本高，在這外洋上用不劃算。但不用火船，不意味著我不能燒你。選一群經驗豐富的水手，七八艘小船，每人背倆火藥桶，外加點火的油料，每艘船上有鐵鏈，在其他戰船掩護下，小船迅速突破荷蘭人的火力網迫近對手，然後把小船牢牢釘在敵船上，接著跟點炮仗似的放火，燒！
對於打慣了陣地戰的荷蘭人來說，這招確實很怪，但鄭芝龍卻點到了荷蘭人的死穴上：你的戰艦大，防衛堅固，但船身下部就行動不便，而且有射擊死角，正好被鑽了空子。“劈劈啪啪”一通點火，荷蘭戰艦來了通連環炸，一聲聲轟隆巨響，五艘戰艦瞬間起火。趁著荷蘭人滅火的機會，鄭芝龍開始反擊了。雨點般的炮彈砸向荷蘭艦隊，熊熊烈火中，鐵甲也白搭了。先前牛氣烘烘的朗必即裏哥，眼見敗局已定，不得不匆忙下令突圍。在經過一波三折之後，湄洲島海戰，再次以鄭芝龍完勝而告結束。
對於鄭芝龍來說，湄洲島海戰的慘勝，算是把他“打醒”的一次。這之前的鄭芝龍，雖然反複告誡部下不能輕敵，但因幾次大戰的勝利，也確實飄飄然了。此戰的凶險讓鄭芝龍明白，荷蘭人的野心是不會收斂的。而誌在拓展萬裏海疆的歐洲人，他們的決心和發展能力都是驚人的。上次可以放火，這次可以放炮仗，下次估計就沒這便宜事了。鄭芝龍繃緊了戰備的弦。從崇禎十三年開始，鄭芝龍陸續在福建海澄、漳州各地建立新式兵工廠，禮聘專業技師研發火器。後來他兒子鄭成功的軍火生產廠，就是在這時期奠基的。
荷蘭方麵不是慘勝，而是隻剩下慘了。連最能打的朗必即裏哥都歇菜了，外帶五艘精銳戰艦報廢，打一次敗一次，這賠本的買賣無論如何也不能做下去了。此戰後的荷蘭人，算是老實了。明朝崇禎十三年（1640年），鄭芝龍和荷蘭人締結了有關對日貿易的分成協定。按照協議，每年對日貿易的利潤，鄭芝龍拿六成，荷蘭人拿四成。雖然荷蘭人覺得很吃虧，但鄭芝龍腦袋裏卻全然沒有這個概念。和你簽協議就算瞧得起你了，還想拿四成？做夢！結果是協議雖然簽了，可一天都沒兌現，在海洋上鄭芝龍照樣漫天要價就地還錢，荷蘭人一開始也很憤怒。當時的荷蘭駐台灣總督顧恩，曾威脅要劫掠中國商船進行報複，沒想到鄭芝龍立刻反駁道：“你要劫掠我一條中國船，我就劫掠十條荷蘭船！”麵對這個說得出做得到的老對手，荷蘭人隻好服軟了。還有啥辦法，繼續忍吧。
中國東南沿海基本算是消停了，對於這條連接全球的東亞航線來說，這時候的鄭芝龍，真實的角色就是保護者。雖然他沒有維護世界和平的覺悟，每張令旗三千兩銀子的“保護費”也夠高，可對於當時的中國海商來說，這確實是個雙贏的選擇。有錢就出海，出海就賺錢，交點保護費算什麼。更重要的是，按照有關曆史資料的記錄，這時期的東南沿海，從此“海氛頻息”，也就是說太平了。雖然三千兩白銀的保護費夠高，但是過往的商賈可以獲得的利潤，有“二十倍之利”。東南亞的華人數量，每年出海的中國商船，都滾雪球般增長著。一個由中國人主宰，北至遼東半島，南到曾母暗沙的東亞海洋帝國，在鄭芝龍的努力下已經悄然形成了。中國海商靠著“後發效應”，此時正勃勃向上。
荷蘭人是不甘心的，可海洋爭霸靠實力說話，不甘心也隻能憋氣，憋到後來，荷蘭人還要忍氣吞聲，輾轉從日本購買鄭家的令旗。也就是承認了鄭芝龍家族對這片海域的主宰地位。控製這片海洋沒指望了，還是關起門在台灣過日子吧。
而鄭家主宰這片海洋的時期，也是荷蘭人通過台灣為中轉站，與中國大陸貿易的高峰期。比起早期他們的強買強賣、欺行霸市，這時候的荷蘭人算是老實了，每次買貨，都老老實實按照鄭芝龍提供的價格購買。也正是這時期，占有台灣的荷蘭人，輸入大陸的台灣土特產日益增多，比如鹿肉、砂糖、硫黃、牡蠣、鹽魚、鹿皮。同時荷蘭人從東南亞劫掠的象牙、犀牛角這些奢侈品，也同樣通過台灣中轉，輸送入大陸。晚明富貴階層奢靡之風大興，靠轉賣這些物品，鄭芝龍同樣也年年大賺一把。但是他不會想到，他給台灣百姓帶來了災難。
雖然我們說到台灣落入荷蘭人之手的曆史，往往都說“三十八年殖民統治”。但荷蘭人真正開始他們在台灣島上的獨大地位，卻是在鄭芝龍接受招安，離開台灣之後。雖然成為“朝廷命官”的鄭芝龍也曾借著福建饑荒的機會，多次招募流民到台灣墾荒，但醉心於仕途以及拓展海洋航線的他，慢慢地忽視了台灣。他遷去的那些吃苦耐勞的百姓，最後都成了送給荷蘭占領軍的“大禮”。
荷蘭人在台灣關起門過日子，是有一個從懷柔到殘暴的過程的。總的趨勢是一開始很懷柔，往後就越來越殘暴，比西班牙人殺光燒光的做法更狡猾。西班牙人是把占領地的居民當奴隸，想殺就殺、想搶就搶，而荷蘭人則是一開始把占領地的居民當鄰居，賭咒發誓要和睦共處，一開始也還算老實，慢慢地就不老實了。先是小偷小摸占點兒便宜，然後就開始明火執仗地敲詐勒索，等著最後實力強大了，就幹脆露出獠牙，“光明正大”地把你變成他的奴隸。無論是對台灣少數民族，還是對後來源源不斷上島屯墾的沿海漢族百姓，荷蘭人都是這樣的。
對少數民族，荷蘭人“翻臉”比較快。天啟四年（1624年）他們上島，欺負少數民族不懂數學，連裝可憐帶忽悠地騙了幾塊地。等著城堡修起來後，一開始也還算老實，除了首任總督宋克曾強行征服新港社部落外，基本算是和當地部落公平買賣，交換土特產品。他們開始大規模武力征服，是從明朝崇禎二年（1629年）開始。那年荷蘭人入侵麻豆社，反而遭到麻豆社痛打，死傷五十多人。事發後荷蘭人很惱火，但麻豆社是個大社，以荷蘭人當時在台的兵力很難一下征服，荷蘭人於是“殺雞給猴看”，沒去找麻豆社算賬，反而大舉進攻和麻豆社相鄰的家遛彎，將這個相對弱小的部落全部燒毀。在欺軟怕硬的荷蘭人眼裏，麻豆社也好，家遛彎也罷，都是“土番”，殺誰都一樣。
荷蘭人在台灣開始“不怕硬”，是從料羅灣海戰結束後開始的。料羅灣海戰後，遭到慘敗的荷蘭東印度公司大為震驚。為了應對鄭芝龍越來越近的威脅，開始大力加強台灣少數民族上的防務。那位在料羅灣被打得頭破血流的台灣總督普特曼斯，一再給荷蘭東印度公司寫信，要求增加在台灣島的防衛力量。到了崇禎九年（1636年），荷蘭人在台灣的兵力增加到了四百七十五人。人多了，荷蘭人也膽大了。之後，就是長達八年的對台灣少數民族的血腥征服。先是當年被荷蘭人“殺雞儆猴”的麻豆社，被荷蘭人強行燒掉了所有的房屋，大肆殺戮。荷蘭人帶來了當時歐洲流行的天花病，導致當地瘟疫橫行，三千多麻豆社居民，僅死於瘟疫的就有三百多人。這還是來自荷蘭人的統計，顯然是縮了水的。在荷蘭人的重壓之下，麻豆社被迫同荷蘭人簽訂契約，宣誓效忠。
比起小琉球島百姓的遭遇，麻豆社的同胞還算是幸福的。崇禎十年（1637年）春，荷蘭人對小琉球群島發動了大規模進攻。為了繼續“殺雞給猴看”，他們居然在當地搞起了種族屠殺。一千二百名小琉球群島居民，死於戰火和屠殺的有四百多人，另有一百多青壯年被荷蘭人挑選出來，分批賣到東南亞做奴隸。部落的所有女人，則分配給士兵做“禮物”。整個小琉球島幾乎滅族。此舉之酷烈，甚至驚動了荷蘭東印度公司總部。巴達維亞東印度公司十七人董事會經過投票發表聲明，認定這種做法“不是很妥當”。
當然，所謂“不是很妥當”，也就是隨便說說，“不妥當”的事該做還是做。比如荷蘭人之所以對一些部落並不趕盡殺絕，而是和他們簽訂契約，建立統治，其中的目的之一，就是為了方便強征他們的兵馬，再去征服別的部落。既省力氣，還能挑動各部落間的仇恨，可謂一舉多得。從崇禎九年（1635年）到崇禎十七年（1644年），荷蘭人用燒毀部落糧食房屋，強迫簽訂契約等方法，陸續征服了台南各主要少數民族部落。在荷蘭人的《熱蘭遮城日誌》裏，隻要涉及少數民族部落，滿篇都是“不妥當”的事。比如在記錄荷蘭人對虎尾龔社的征服時，荷蘭人用細致的筆墨，描繪了他們三次掃蕩虎尾龔社村落的全過程。每次都是在秋收之後動手，將該村落過冬的糧食、房屋全部燒毀。從崇禎九年（1636年）至崇禎十五年（1642年）連續幹了三回，要的就是讓這些村民在入冬時節吃不上飯，也沒地方住。荷蘭人在《熱蘭遮日誌》裏詳細記錄了這些躲避殺戮的少數民族，在回村後麵對慘景集體失聲痛哭的景象，然而很得意揚揚地說：“他們終於明白拒絕文明開化的後果。”歐洲殖民主義者的冷血心腸，在字裏行間昭然若揭。
到崇禎十六年（1643年），荷蘭人趕走盤踞基隆的西班牙人，從此獨霸整個台灣。經過八年的征服，這時期荷蘭人控製的少數民族部落已經有二百一十九個，六萬一千六百九十六人。部落多了，管理起來卻也麻煩多。為了方便管理，荷蘭人又別出心裁，搞出了“地方集會”製度。這是崇禎十七年（1644年）擔任台灣總督的卡隆提出來的。主要內容是每年在台灣的重鎮赤坎城，舉行由各部落頭領參加的“地方集會”，分別是三月份舉辦的北方集會和四月舉辦的南方集會。會議的主題隻有一個——忽悠！忽悠台灣同胞做順民。