望到明朝崇禎三年（1630年），機會來了。
這一年的鄭芝龍，不管是身份還是實力，都已“鳥槍換炮”了。他已經不再是占山為王的海盜，而是大明朝的“五省遊擊將軍”。其麾下千艘大小船隻，幾萬海盜，也搖身一變成了大明朝正規軍。官位，錢財，地位，女人，想要的全有了，卻還有一樣沒有：兒子。
功成名就的鄭芝龍，又掛念起了遠在平戶的鄭成功母子。此時距離他在日本“叛亂”已經過去了六年，外加他現在強大的實力，和德川幕府的舊賬早就一筆勾銷了。於是他派同族兄弟鄭芝燕赴日，試圖接回他們母子。可鄭芝燕到日本就碰了壁：此時日本正開始“閉關鎖國”。如上文所講，日本法律嚴禁本國公民離開日本。饒是鄭芝龍想盡辦法，找他在日本的朋友打通關節，可對這事關“國策”的原則問題，卻是誰也不肯鬆動。最後鄭芝龍怒了，他派遣了一艘戰船，上麵有六十多名全副武裝的士兵，由其另一個同族兄弟鄭芝鶚率領，殺氣騰騰地造訪平戶。態度很明確：不交人我就打。這下日本人慌了，一艘戰船，六十多士兵不算啥，但以鄭芝龍此時的實力，把日本沿海打個稀巴爛是很輕鬆的。結果，日本政府給了這支使團“高規格”接待，由彼時日本幕府實際統治者德川家光親自接見鄭芝鶚。據說鄭芝鶚還特意帶來了一張圖畫，上麵繪有鄭芝龍的巨型戰船。這基本算是武力恐嚇了。對這樣的恐嚇，沒實力的日本幕府也隻好忍氣吞聲，集合重臣召開緊急會議，商討對鄭家母子的處理問題。最後總算折中了一下：鎖國令是日本國的基本國策，是不能動搖的，所以田川氏不能離開日本，但鄭福鬆（鄭成功）畢竟是中國人的兒子，所以可以離開。
折中的結果改變了鄭成功的命運。他被叔父鄭芝鶚接走，離開生活了六年的日本和生養他的母親，回到海那邊的故鄉和朝思暮想的父親身邊。對於田川氏來講，辛苦拉扯大的兒子，被突然從身邊帶走，自然是殘酷的，可窩在這日本島上，自然也沒什麼出息，為了兒子的前程，也隻有接受這樣的殘酷了。對隻有七歲的鄭成功來說，這樣的選擇自然也難以接受。史料上沒有記載當時鄭成功與母親分別是怎樣的場景，但是後來有關他的一個生活細節的記錄，卻做了最好的注解。在回到父親身邊後，一直到他二十一歲那年母親從日本歸來，這期間的鄭成功，總保持著一個習慣：經常在夜幕降臨的時候獨自一人站在海邊，向海的那邊癡癡張望，就像他童年生活在日本時一樣。不知當年與他一道望海的母親，是否也正與他一樣隔海相望。
以一場別離，結束另一場別離，這是鄭成功人生裏的第一次。從此以後，一直到他去世，他的生活總是在重複著這樣的別離。
在崇禎三年（1630年）五月這場別離之後，鄭成功回到福建南安，跟隨父親鄭芝龍開始了新生活。對這個兒子，鄭芝龍還是很疼愛的。此時的鄭家也不是當年的海盜身份了，而是富甲一方的官紳。身為鄭家的大少爺，鄭成功自然是錦衣玉食，衣來伸手、飯來張口。比如十五歲那年他去福州參加鄉試，一路上都有鄭家的仆人打前站，包租下最豪華的客房，所過之處，身邊都有一大群傭人前呼後擁地伺候。考試的時候，他在考場裏答題（當時考試全是單間），外麵傭人排著隊往裏送山珍海味，著實是一派奢侈拉風的“官二代”做派。
但這個官二代，有時候也並不順心，思念母親自不必說，畢竟是老爹在國外生的兒子，和父親的關係很長時間也不親近。鄭家的許多長輩看他不太順眼，比如他的叔叔鄭芝豹就經常欺負他。他經常在海邊思念母親，就被一些鄭家的叔叔輩嘲笑。但也有賞識他的人，比如他的四叔鄭鴻逵，就曾斷定這孩子將來必大有作為，曾讚他是鄭家日後的“千裏駒”。這個鄭鴻逵不是一般人，在鄭芝龍的同輩弟兄裏，別人也就練個武、打個仗，他不但能打更能學習，肚子裏有墨水，崇禎十三年（1640年）的時候更高中了武進士，成為明王朝的錦衣衛指揮使。他對鄭成功的判斷，更證明了他的眼光。在後來的一次關鍵時刻，他幫助鄭成功做出了人生中最重要的抉擇。
鄭芝龍把兒子從日本接回來，自然不是為了讓他做“官二代”的，相反是要他做千裏駒。這時候的鄭成功，已不叫原先的名——“福鬆”，而是改叫“鄭森”。取這個名字，也足見父親對他的希望。像那時代大多數官宦家族一樣，做了官的鄭芝龍也希望兒子走正規的科舉仕途，金榜題名光耀門庭。對兒子的教育，鄭芝龍自然不敢馬虎，為他請了當地最好的老師。對這個老師的姓名，史料上一直有爭議，但沒爭議的是，他被小鄭成功搞得很頭疼。
讀書了的鄭成功，跟學齡前的鄭成功一樣，是個不聽話的孩子。比如老師要求他讀四書五經，別的他也就敷衍著看兩眼，偏偏逮著《春秋》和《孫子兵法》讀個沒完。老師要求他讀書要認真，做到精益求精，他偏偏“不治章句”，還不知天高地厚，喜歡邊讀邊修改，覺得書上說得不對的，就在旁邊空白處寫意見。又比如老師要求他好好學習，一心隻讀聖賢書，他卻很熱衷業餘活動，比如習武練劍。練得上癮了，功課就全扔一邊去。這樣“頂牛”的孩子，放在哪個老師身邊自然都頭疼。
但鄭成功的這位老師，卻著實是個不怕頭疼的好老師，對鄭成功的“不聽話”，不但不壓製，反而因勢利導。喜歡讀《春秋》，就講《春秋》裏的名人趣事；喜歡看兵法，那就探討兵法，順便學習一下古代軍事家的詩篇作品；至於習武練劍之類的“業餘活動”，孩子喜歡當然也不攔著，但功課一定不能落下。一來二去，也把小鄭成功調教得像模像樣。外加天資聰穎，鄭成功八歲就能背四書五經，十歲就能寫八股文，科舉考試要考的功課，樣樣都進步很快。科舉考試不考的功課，他也學得頗有心得。比如武功練得好，兵書讀得多，卻並不紙上談兵，反而活潑好動，閑著沒事就去父親軍營裏閑逛，逮著當兵的，就跟人家侃行軍打仗的趣事。他還是一樣邊讀書邊寫意見，在他給《孫子兵法》的批注裏，曾有“揮塵談兵效古之英豪，究心天下封侯非所願”之語。青蔥少年的胸懷中，已經有了淩雲之誌。
少年鄭成功就這樣按照父親設計的人生路線走著——科場登地，光宗耀祖。他走得很不錯，十五歲就中了秀才，還是福建南安二十名“廩膳生”之一。所謂“廩膳生”，就是明朝享受“國家財政津貼”的秀才。能得到這種待遇的可不是一般人，其名額有限，攤在每個縣也就二十個左右，必須得是當地學業成績出色的優等生才行。十五歲鄭成功，就是這些優等生中的一員。在這段時日裏，他與父親鄭芝龍的感情，也漸漸從疏離變得親近起來。就學以後的鄭成功，在父子交往中謹守孝道，禮敬有加。隨著他漸漸懂事，父親橫掃海疆、力挫外敵、保衛一方平安的光榮事跡讓他欽佩不已。在他十六歲以前的詩文中，有許多關於這方麵的詠歎。
學業優等的同時，鄭成功也迎來了人生裏的又一件大事——結婚。十七歲那年，他娶了泉州董家的女兒董酉姑。這個董家不一般，新娘的父親董颺先（有說叔父）做過明王朝的禮部侍郎，在當時以剛直不阿著稱。但對鄭成功來說，這位成為他妻子的董酉姑，對他一生的影響更不一般。這是一個知書達理且外柔內剛的女子，在日後幾十年的風風雨雨中，她以其沉穩精細、堅韌果敢，成為丈夫的支撐，一生事業裏重要的助手。在後來波瀾壯闊的歲月裏，她與鄭成功不離不棄，相攜走過。
按照封建迷信的說法，不一般的女子，一般都有旺夫相。娶了董酉姑的鄭成功，家庭事業都是越發的興旺，婚後第二年就有了兒子，即後來繼承他的事業，紮根台灣的鄭經。學業也蒸蒸日上，在當地聲名鵲起。到了鄭成功婚後第三年的時候，他以福建省第一名的成績，考取了南京國子監，成了一名監生。對於這個小吏出身、靠海盜發家、打打殺殺多年的家族來說，這更是旺到祖墳上都冒青煙了：國子監是當時中國的最高學府，讀書人夢寐以求的文化聖殿，地位尊貴且前途遠大。光宗耀祖的金光大道，儼然鋪在了鄭成功眼前。