鄭鴻逵和鄭彩當然沒這麼大膽子抗旨，背後給他們撐腰的人是鄭芝龍。在鄭芝龍眼裏，明朝也好，清朝也好，都是朝廷。這樣一個改朝換代的亂世，各個政權都朝不保夕，提前把本錢拚光了當然不值，按兵不動、觀望形勢才是上策。對隆武帝來說，此時他根本沒有嫡係兵馬，隻是一個傀儡，提前動作，隻能把自己和鄭芝龍的關係搞糟。果然，是年十二月六日，隆武帝見諸將不響應，幹脆自己禦駕親征，招募了幾千民兵，殺氣騰騰地要出福建。這下可捅了鄭芝龍的痛處：隆武帝雖然打仗不咋地，但畢竟有“天子”的名分，真要離開了福建，就好比是蛟龍入海，自己就再也沒法控製他了。隆武帝大張旗鼓地起兵，結果剛出福州，就被鄭芝龍帶兵堵住了，不但親征不成，連福州的皇宮也回不去，被鄭芝龍逼著駐留在延平，從此也就徹底被軟禁了。
這位隆武帝還有個很不好的毛病：氣量狹窄。當年他稱帝的時候，浙江的魯王朱以海也自號“監國”，在紹興建立政權。隆武帝寧可團結農民軍，也不團結自己的宗室親人。後來魯王遭清軍進攻，向隆武帝求救，本來是唇亡齒寒，可隆武帝見魯王的信裏稱自己是“皇伯叔”而不是“陛下”，竟然氣得當場殺了魯王來使，坐視魯王政權覆滅而不救。魯王敗亡後，福建失去了門戶，隆武帝自己也危險了。
鬧騰了半天，隆武帝的“北伐”雷聲大雨點小，但已經平定了浙江的清軍，卻在磨刀霍霍，直指福建。
1646年，在陸續平定了浙江、江西的抗清勢力後，清王朝以貝勒博洛為主帥，大舉進攻福建。在這次進兵前，清政府在“隱蔽戰線”上取得了重大戰果。同為福建人的洪承疇寫信，成功勸降了鄭芝龍。清政府給鄭芝龍的許諾主要有兩條，一是他在清王朝的官位，絕對會比現在高。甚至拿吳三桂、耿精忠之流做例子，“許以破閩為王”。二是保證鄭芝龍的商業利益，尤其是對外貿易的利益。價碼如此之高，鄭芝龍決心“賣”了，他先是允諾清朝，等到清軍南下的時候，他會盡可能撤出沿途關隘，給清軍大開方便之門。八月，清軍進攻正式開始。當時福建與外界的主要關口，是仙霞關、杉關、分水關，號稱福建“三關”，隻要守住這三個易守難攻的要地，就是百萬清軍也進不來。結果鄭芝龍大手一揮：放進來！還沒等著清軍進攻，這三關的守軍就跑的跑、降的降。清軍長驅直入，所過之處，鄭芝龍的軍隊不是避而不戰，就是直接投誠。
隆武帝是管不了的，但危急之下，他還是要最後一搏，辦法就是命令鄭成功火速率軍到分水關迎戰。鄭成功倒也聽命，得令後日夜兼程趕赴前線。鐵心賣國的鄭芝龍，幹脆連兒子也一起賣，他立刻下令停發了鄭成功部的糧餉，結果這支軍隊在半路上就盡數逃散，隻留了鄭成功光杆司令，率殘兵返回安平。
鄭芝龍的兵盡數都撤到了福建沿海他的老窩，而被軟禁在延平的隆武帝，幾乎就是被扔在那裏等清兵俘虜了。危急局勢下，隆武帝做出了最後的努力，他一麵致書鄭成功，請他火速派兵救援；一麵集結自己能集結的幾千兵馬，打算一舉衝出福建，到江西贛州地區發展。值得一提的是，當時贛州地區，也正在進行著慘烈的贛州會戰，明清雙方數萬大軍在此拉鋸。如果隆武帝能來到贛州，以他“天子”的地位號令群雄，很可能扭轉局勢。但人算不如天算，火速救援的鄭成功半路被清軍截擊，一番惡戰後不得不撤退。而一心要衝出福建的隆武帝，也最終在福建丁州被俘，並最終絕食死於清軍監獄。九月十九日，清軍攻破南明隆武政權首府福州，一度是南中國抗清希望的隆武政權就此滅亡了。
從隆武政權滅亡的整個事態的發展看，傻子也能看出來鄭芝龍要幹什麼。鄭成功氣呼呼地找鄭芝龍理論。大勢如此，鄭芝龍也不隱瞞，大搖大擺地承認自己準備降清。這時候清朝博洛貝勒統帥的大軍已經進抵泉州，就在鄭芝龍的眼皮底下，意思很明確：不投降，我就打！雖然知道鄭成功忠義，鄭芝龍卻不慌張。現在大敵當前，整個家族的老少爺們兒都在這裏，不投降也得投降，投降還可以談條件，不降是死路。
可他著實低估了自己兒子的決心。爺倆見麵以後，先是理論，從大勢、時務說到家族命運。鄭芝龍認為，投降了以後，要什麼有什麼，反正以前也投降過，不吃虧。鄭成功卻認為，福建地理位置重要，投降了等於拱手讓人，而且到時候你本錢全沒了，人家還跟你談什麼條件？理論了半天說不到一起去，就開始吵。鄭成功哭著憤然拽住鄭芝龍的袖子，跪下來苦苦勸。鄭芝龍也急了，甩手一巴掌把鄭成功打到一邊，當場拂袖而去。
在鄭芝龍看來，和兒子鬧的這一場，不過是個小事情。在他眼裏的鄭成功，隻是個乳臭未幹的娃娃。就算你忠君愛國，可現在皇帝都讓人抓了，你還怎麼盡忠。流淚哭勸、誓死不降，不過是小娃娃使性子，過兩天就好了。
但鄭芝龍沒有想到的是，他在兒子麵前拂袖而去的那一刻，望著他漸行漸遠的背影，擦幹眼淚的兒子，腦海裏升騰起一個古老的信念：自古忠孝難兩全！
雖然“難兩全”，但怎麼處理和父親的關係，對從小仁孝的鄭成功來說，還是非常糾結的。對生養自己的父親，不是說翻臉就能翻臉的。但一件意外事情的發生，卻讓他不得不翻臉了。和鄭成功吵完後，鄭芝龍也很生氣，回到大營後，就給自己的親弟弟鄭鴻逵說了一句話，大體就是說，這小子要是再鬧，我就把他綁到清營去當人質，既能表忠心又不讓他添亂，這不是一舉兩得嗎？
但鄭芝龍沒想到的是，自己的這位弟弟和他也不是一條心。在他的眾兄弟裏，鄭鴻逵是中過武進士的，崇禎年間就幹過錦衣衛，又兼眼光獨特，是鄭家老一輩裏少有的明白人。聽了鄭芝龍的話，鄭鴻逵二話不說，轉頭就找了鄭成功，將鄭芝龍的話原封不動轉告了。這還了得，鄭成功急忙集合部將，準備逃跑。
逃跑這種事，當年鄭芝龍也幹過，在日本招呼都不打一聲，跟著就開溜，老婆、孩子全扔了。但相比起來，鄭成功卻跑得很負責任，和老婆、孩子以及母親都打了招呼。本來是想躲躲風頭，但鄭成功的老婆董酉姑更有決心，抱著孩子收拾行李，說一家人要死就死在一起。在鄭鴻逵的幫助下，他們一家人成功離開了安平，來到金門一帶暫且棲身。至於母親田川氏，各種史料裏沒有記錄母子話別時候的對話，但對於鄭成功來說，這應該是隻有他自己知道的，一生最刻骨銘心的一段記憶。這場匆匆的道別，是母子之間的永別。
鄭成功的逃跑讓鄭芝龍很惱火。還沒投降兒子就跑了，畢竟是很沒麵子的事情。更重要的是，對於降清的決定，本來鄭家上下意見就不統一，這下可做出榜樣了。放走鄭成功的鄭鴻逵，也曾多次勸阻鄭芝龍。但這時候的鄭芝龍，已經吃了秤砣——鐵了心，外加還是沒拿鄭成功當盤菜，總覺得小孩子使性子，過幾天就好了，因此又像模像樣地給鄭成功寫了封信，諄諄教誨兒子要聽話。鄭成功回信了，信中有一段斬釘截鐵的話：從來父教子以忠，未聞教子以貳。意思很明確：是做叛徒還是做我爹，你隻能選一個。
鄭芝龍選做叛徒。
十一月十五日，鐵心投降的鄭芝龍不顧眾將勸阻，僅帶五百親兵至福州會見清軍統帥博洛，商討投降事宜。博洛給鄭芝龍舉行了盛大的歡迎儀式，親率文武官員在福州郊外迎接。鄭芝龍的車馬一到，博洛親自迎上前去，挽著鄭芝龍的手走下來。如此推心置腹，可把鄭芝龍感動壞了。他當時檢討自己擁立朱聿鍵即位、對抗清政府的罪過。博洛則很豁達地說：“那都是過去的事情了，以後還要同心協力，共為大清效力嘛。”
儀式很隆重，場麵很親熱，會晤很成功，至於結果……
從十一月十五日至十七日，鄭芝龍每天都得到熱情款待，成日宴會不斷。胡吃海塞到十七日深夜，鄭芝龍突然被博洛從驛館裏叫起來，連同他的五百親兵都一道給看住了：聖旨說讓我立刻回京，跟我一起走吧！
鄭芝龍這才明白，上當了！饒是他算盤打得精，現在卻被人當猴耍。什麼進京麵聖，不過就是找機會軟禁你。逮著了你，你的十幾萬大軍也就群龍無首，消滅起來還不容易？至於什麼入閩為王、封官許願，都是空頭支票。事到如今，你鄭芝龍已經是人家案板上的肉了。
威風了一輩子的鄭芝龍，這下算是徹底栽了。曾經叱吒東海的他，此時卻露出了熊包本色，先是可憐巴巴地請求說：“我的部將沒有我，會作亂的，放我回去吧。”見清王朝不理他，就幹脆逆來順受，清王朝讓他寫信勸降，他就寫，封王閩省算是沒指望了，保命要緊。在他的“逆來順受”下，鄭家的主力軍隊，包括施天福、洪齊山、黃庭等人都放下武器。之後幾日，清政府累計招降鄭家軍隊達十一萬五千人，曾經稱霸東海的鄭家大軍，一夜之間就全數玩兒完了。
當然還是有幾個不聽招呼的，比如鄭鴻逵就提前把兵帶走，和鄭成功一道盤踞在金門。不過在清政府看來，這都是小威脅，不足為患。
確認隻剩下“小威脅”的清王朝，幹脆撕破臉了。原先麵子上還尊重鄭芝龍，現在也不用尊重了，這個人能力太強，威脅太大，斬草就要除根。順治三年（1646年）十一月三十日，鄭芝龍還在被押解去北京的路上，清軍就悍然對鄭芝龍的老窩動手了。清軍突襲南平。因鄭家毫無防備，以致南平全境遭屠戮。鄭芝龍乃至鄭家部將留在南平的家小，幾乎被殺戮一空。清軍在當地大肆燒殺、奸淫擄掠無惡不作。而鄭成功的母親田川氏，也在這場劫難中遇害。
田川氏的死因，史料上有多種說法，最可信的應該是江日升《台灣外記》中的記錄：清軍由前明將領韓岱率軍到安平劫掠，大難之下，田川氏手持利劍，站在鄭府大院中央。旁人勸她趕快逃跑，她卻充耳不聞。清軍破門而入時，她憤然揮刃，切腹自盡。這是一個剛烈的母親，用她毅然的犧牲，給兒子上了最後一課：堅持到底，寧死不降。
田川氏很剛烈，但鄭家男人的表現卻相當懦夫。南平周圍不是沒有兵馬駐守，特別是駐紮南澳的鄭芝龍之弟鄭芝豹、鄭芝鵬等人，事發前得到消息，卻一不通知二不救援，隻是慌忙帶著自己的家小逃難，全然不顧別人死活；事後又賣身投靠，步鄭芝龍的後塵降清。得到消息的鄭成功緊趕慢趕，從浯嶼率軍救援，但等他殺散清兵趕到南平時，卻隻見到全城滿地的屍體，燒殺後的斷壁殘垣，還有慘死的母親……
這是鄭成功人生中最悲痛欲絕，也是最重要的一場別離。之前的他，雖然忠心為國，寧死不降，但對於家族，尤其是父親的海商集團，尚懷有幻想。即使是為了抗拒降清、棲身金門，在與父親的書信往來中，仍不忘以忠孝大義勸父親悔悟。但是從此刻起，一切就都不存在了，不再有父子親情，不再心存幻想。國恨家仇，清王朝和賣身投靠的父親都成了不共戴天的死敵。對於他的一生來說，這是一場最徹底的告別。
在厚葬了母親之後，鄭成功還做了一件駭人聽聞的事情，以這件事情，來完成這場最徹底的告別。
他穿上自己在南京國子監讀書時曾經穿過的儒巾藍衫，來到自己曾經讀過書的南安文廟。那是他儒生生涯裏記憶猶新的地方。十五年前他在日本開蒙學的時候，母親用粗淺的漢語，一個字一個字告訴他這些聖人的名字，勉勵他將來要像他們一樣。七年前他考取秀才的時候，曾在這裏拜領儒服，麵對滿屋儒家聖人的雕塑，立下匡扶社稷、忠心為國的誓言。
七年後的此時，物是，人已非。繁華的家鄉已是斷壁殘垣，開蒙學的母親早已陰陽相隔。錦繡文章在兵與火的戰亂中不過廢紙一張，聖人教誨更救不了這災難深重的國。二十二歲的鄭成功一字一淚，對著那一排排曾經心向往之的聖人牌位，說出了自己從此奮鬥終生的誓言：
昔為儒生，今為孤臣，向背去留，各有所用，請先師諒鑒。
然後，他當眾手持火把，脫下儒服，在聖人的靈像前緩緩點燃。烈烈火焰中，滿麵的淚水漸漸烘幹，青衣藍巾，已然換成精鋼鐵甲、青鋒寶劍。這之後，不再有憂懷國事、吟詩弄月，隻有金戈鐵馬、征戰殺伐。
配甲，上馬，出征。
順治三年（1646年）十二月初一，也就是南平浩劫後的第三天，就在清軍征南統帥博洛在奏折裏得意揚揚地向清政府彙報“海賊盡平，東南從此無事”時，二十二歲的鄭成功在金門烈嶼誓師抗清。這之前，他是儒生鄭成功；這之後，他是軍人鄭成功。