但這在當時卻並不太受歡迎。鄭成功的部將大多都是福建沿海居民，當年隨鄭成功征台灣時，本身內部反對聲就頗多，眼見得紮根台灣木已成舟，反對聲也就四起。中國人素來主張“安土重遷”，從不輕易離開故土。而且此時的台灣，雖然已經開發多年，但大多數土地依然處於蠻荒狀態。日久天長，反對定居台灣的聲音愈發高漲起來。鄭成功的態度很明確：必須“紮根”。為了斬斷某些人的念想，鄭成功一不做二不休，采取強製手段，將麾下士兵的家眷盡數接到台灣定居，甚至嚴懲了多名抗命的親兵。雷霆手段下，這支墾荒大軍別無選擇，隻能披荊斬棘，跟著鄭成功開辟新天地了。
在“三大法”中，“建政”法意義同樣不俗。這是中華五千年來，中國政府在台灣島上設立的第一個行政機構，包括有第一個省會，第一所州府，第一座縣城，第一個知府，第一個縣令。然而和諸多的“第一”相比，其“三大法”中的“司法”內容，卻更是開天辟地。其主要法律條文，承襲自《大明律》的相關內容，但明文寫入了保護商業貿易、尊重私有財產、稅製清查等內容，稱得上是中國曆史上第一部帶有商業保護思想的法律。外加“屯田”法中鼓勵工商業發展的內容，中國自西漢開始延續兩千年的“重農抑商”政策，卻在小小的台灣島上悄然轉向。
從南明永曆十六年（1662年）二月開始，台灣的開發在鄭成功的領導下有條不紊地進行。完備的政府機構陸續建立了起來，墾荒工作遍及台灣全島，數萬軍隊以“寓兵於農”的政策，在台灣島上定居了下來，大片的良田以驚人的速度被開墾出來，漢族先進的農業生產技術陸續傳入少數民族部落中，原本“土番”與“漢民”之間森嚴的壁壘被打破，各族民眾逐漸往來密切。而鄭成功煞費苦心製定的法律，事實證明更非“務虛”，他嚴厲推行各項政令，尤其是各類禁止士兵侵掠台灣百姓的條文，更是令行禁止。他的部將吳豪因為掠奪民財，被他憤然處死。首任台灣承天府尹楊朝棟，也因貪汙罪被他論死。這兩個人，是他起兵打天下以來的絕對親信，有了這兩個“榜樣”，明鄭政權上下煥然，令行禁止，震懾全島上下。明鄭政權早期的官風吏治，也因此一派清明。
為了能在短時間內刺激台灣的生產，除了頒令屯墾、招募流民外，鄭成功還出台了各種獎勵政策。比如對移居台灣的百姓，由政府提供耕牛和穀種；對於生產技術落後的部落，派專人教習他們耕作之法。他的苦心也收到了回報，大陸沿海百姓一時間“歸之如流水”，許多少數民族部落也逐漸擺脫了傳統的漁獵生活，轉而定居農耕。台灣島呈現一派蒸蒸日上之勢。然而鄭成功本人的狀況，卻開始江河日下了。
就在鄭成功收複台灣的前後，他卻又遭到了人生裏另一個沉重打擊：被軟禁在北京多年的父親鄭芝龍及其一家十一口，被新登基的康熙帝以“圖謀不軌”為名殺害。這位前半生叱吒四方的英雄，後半生一念之差，落得個客死他鄉的悲慘結局。消息傳到台灣，聽聞噩耗的鄭成功悲痛萬分。就像他少年時喜歡望海思母一樣，後來的很多個夜晚，他獨自一人漫步在海邊，望著北方的茫茫大海痛哭號啕。隻是，值得他思念的親人們，此時皆已陰陽相隔了。
鄭芝龍的死，雖是因清王朝背信棄義，卻終還是與台灣有關。鄭成功東渡征台的決定，對於中原的“南明遺臣”來說，屬於“逃跑主義”；對於虎視眈眈的清王朝來說，也是“不識趣”。在鄭芝龍被軟禁北京後，出於勸降鄭成功的考慮，清王朝對鄭芝龍一家很是優待，但隨著鄭成功態度越發堅決，鄭芝龍的利用價值也就越來越小。待到鄭成功起兵征台後，清王朝終於明白，這個錚錚鐵骨的硬漢終難為自己所用。於是，鄭芝龍徹底失去了利用價值，清王朝自然不想讓他再浪費糧食，所以羅織罪名將其殺死。忠孝不能兩全，這對封建時代的人來說，大多是掛在嘴邊的教條，但對於鄭成功來說卻是殘酷的人生。
打擊往往是接踵而至的。就在鄭成功得知父喪後不久，他的“君父”也橫遭劫難。南明永曆十七年（1662年）三月，南明最後一位皇帝永曆帝朱由榔在敗逃緬甸後被清朝“平西王”吳三桂捕獲，一個月後被吳三桂用弓弦勒死在雲南府。這意味著自崇禎十七年（1644年）開始，持續近二十年的南明抗清風暴，此時已然塵埃落定，改朝換代的大幕就此落下。
永曆帝的死，是鄭成功在短短幾個月裏遭到的第二場打擊。甚至一開始，他都不肯相信是真的。有記錄說他當場嘔血，也有記錄說他數次痛哭失聲，總之，他一定是悲痛萬分。他一生恪守忠君信條，而今“君”已蒙難，卻還能忠誰？鄭成功不再意氣風發，身體健康每況愈下。
鄭成功依然在堅持，縱然是永曆帝沒有了，但明鄭政權的年號卻不改。跟隨他來台灣的各路英傑中，還有同為明朝宗室的魯王朱以海一家。對這位皇族，鄭成功隻是做貴賓一樣好生奉養起來，並未再做擁立的事情。但不擁立皇帝，不代表他效忠朱明王朝的決心發生了動搖。在曆經千百次失敗後，他依然不曾動搖。沒有了老師，沒有了父親，甚至沒有了效忠的君父，為之奮鬥一生的理想卻依然還要堅持下去。
這時期最讓鄭成功振奮的，就是台灣逐漸繁榮起來的工商業。從紮根台灣起，鄭成功就選擇了一條不同於傳統中國文化理念的發展思路：以商為本。憑著台灣特殊的地理位置，鄭家船隊北至日本，南抵印度洋，甚至與此時剛剛在亞洲站住腳的英國人也建立了貿易往來關係。鄭家多年以來創立的海上貿易網絡，在此後二十年裏盡數交彙於台灣。明鄭政權所獨有的“六符銀幣”，因其對外貿易規模的擴大，竟一度成為東南亞地區流通的主要貨幣。清王朝為困死鄭成功所采取的“遷界禁海”政策反而幫了倒忙。隨著台灣屯田的穩固，農業生產的複興，這個曾經蠻荒的孤島終成沃野千裏的家園。台灣以其豐富的物產，強大的生產能力，取代之前的福建，成為整個東亞海上貿易網的核心。即使是作為對頭的清政府也不得不承認：“通洋之利，唯鄭氏獨操之，而國用饒。”鄭成功知道，要掌控航線，沒有強大的水師是不可能的。收複台灣之戰，更讓他看到了與荷蘭艦隊的差距。在占領台灣後，他就開始著手打造新式戰船，特別是他將荷蘭人留在台灣的武器、裝備、軍火製造圖紙，盡數收入自己囊中，並且命令部將研究仿製。經過他和後人的苦心經營，鄭家終於擁有了一支更加強大的水師。這支水師的規模、火力都遠遠強於之前中國本土的任何一支海上力量。
在收複台灣的短短幾個月裏，鄭成功以驚人的耐心和決心，推進著經營台灣的大業。僅僅是在他大行屯田數月後，台灣就出現了“田籌日盛，不讓大陸”的繁華局麵。按照江日升《台灣外記》裏的記錄，這也是鄭成功一生裏最繁忙的一段時期，他每日奔走在台灣各地，勸課農桑、督促生產，並整頓吏治，嚴查貪墨害民的劣跡。活越幹越多，飲食起居也越來越馬虎，吃得越來越少。能幹的活，能受的累，收複台灣後的鄭成功全受了。值得一提的，還是他和台灣少數民族的關係。在收複台灣之後，鄭成功采取了開明的民族政策，廢除荷蘭統治時期所製定的殘暴法令，嚴禁部下侵擾少數民族，尊重各民族生活習慣。比起荷蘭人時常召開的忽悠大會來，鄭成功則非常重視保護各族同胞利益。比如他的屯墾法令中，就嚴禁擅自侵奪少數民族的財產土地，並鼓勵漢族與少數民族雜居互通。荷蘭占據台灣時期一度惡化的島內民族關係，從此重歸融洽。
台灣島內很融洽，鄭成功個人的家庭生活卻陡然出現了危機。在相繼失去了父親和母親後，他人生裏又一場決裂到來了。這次的主角，就是他的兒子鄭經。
在鄭成功收複台灣的戰爭裏，作為鄭成功的長子，鄭經還是很賣力的。他率軍鎮守廈門，在陳永華的輔佐下多次擊敗清軍侵擾。雖然中間也發生了叛亂，但沒有功勞也有苦勞，總歸是守住了廈門。
問題出在鄭經的個人生活作風上。趁鄭成功遠在台灣的機會，鄭經居然膽大包天，與自己弟弟的乳母通婚，並生下了一個兒子。按照封建倫理道德說，這屬於“亂倫”大罪。從小恪守儒家禮儀的鄭成功自然不會容忍。但留守廈門的鄭成功夫人董酉姑從旁遮掩，娘兒倆一道唱雙簧，謊稱這孩子是鄭經的小妾生的，並派人給鄭成功報喜。這樣，一件原本是見不得人的醜事，報到鄭成功那裏，就成了一件壯年得孫的大喜事。鄭成功自然喜出望外，立刻派人給夫人董酉姑和兒子鄭經送彩幣，熱熱鬧鬧地慶賀了一番。
世上沒有不透風的牆，偏偏鄭經的嶽父唐顯悅也是個有性格的人物。此人曾做過隆武帝的兵部尚書，以剛直不阿著稱，素來眼裏不揉沙子，很得鄭成功敬重。眼看親家公如此糊塗，唐顯悅憤然給鄭成功寫了一封信，不但詳細敘述了鄭經私通弟弟乳母亂倫敗德的經過，還順帶著挖苦了鄭成功幾句，大體意思是說：你治家都治成這樣，還談什麼匡扶大明。
這一挖苦就惹出禍事來了。
鄭成功本就是個脾氣火爆的人，又兼撞上這樣的醜事，再被親家公這番羞辱，立即暴跳如雷，下令廈門的部將把那個沒廉恥的乳母和雜種孩子處死，連丟人的兒子鄭經、串通鄭經一道糊弄他的結發妻董酉姑，也一並都殺了。
鄭成功的命令直接下給明鄭駐廈門守將黃廷、洪政、王秀奇等人，這幾個都是鄭成功的親信部將，對鄭成功的脾氣心知肚明，但即使這樣，鄭成功命令下來時，眾人還是給嚇傻了：天底下哪有這樣的爹，一怒之下要殺自己的老婆、孩子？這幾個人都是鄭成功的老班底了，除了熟悉鄭成功脾氣外，更熟知“疏不間親”的道理。你可以說殺就殺，真殺了，難保你將來不會遷怒於我。所以對鄭成功的命令，幾個人來回推三阻四，竟把鄭成功給推急了，他又叫來族兄鄭泰，企圖讓鄭泰來做這個“惡人”。但老謀深算的鄭泰非但不幹，反而暗中和黃廷等人訂立攻守同盟，相約一旦鄭成功苦苦相逼，就幹脆反了他娘的。而闖下大禍的鄭經，在眾人的擁立之下，也老老實實地窩在廈門靜待時機。眼看著，如當年鄭成功與鄭芝龍反目一般的悲劇，又要在鄭家上演了。還好鄭成功胸中的這口氣順過來了，外加正是建設台灣的關鍵時期，後方不能起火，也就忍下了這口氣，收回了處死鄭經的成命。但即使如此，鄭經還是窩在廈門不敢去台灣。
對於鄭成功來說，這樁醜事是壓垮他的最後一根稻草。
這之前的鄭成功，承受著很多壓力，比如要開發台灣、通商四海，樣樣都很忙；也遭受過很多打擊，永曆帝的死，父親一家被抄斬，樣樣都錐心刺骨。但沒有哪一件比自己兒子的背叛更讓他傷心了。痛苦萬分的鄭成功偏又感染了風寒，隻得暫且休息兩天。偏在這時候，壞消息又傳來了：當年從他這裏叛逃的黃梧，竟然帶人掘了他家的祖墳，這更將鄭成功氣得幾乎昏厥，發誓他日一定要挖黃梧的祖墳。連番打擊之下，鄭成功終於支撐不住了。
據台灣當地的說法，當年五月，台灣本土風暴肆虐，席卷海岸線。按照迷信的說法，這是鄭成功這位大英雄去世的先兆。
鄭成功本人似乎也預感到了生命的終結。從五月初一病倒後，養了幾天病，五月八日那天，他突然想起來什麼似的，一反常態地找出拋棄了十多年的冠帶儒服，端端正正地穿在身上，然後恭恭敬敬地捧出明朝開國皇帝撰寫的《太祖訓》，供在香案上莊重行禮。然後，坐在床上一邊飲酒一邊翻讀，時而朗聲大笑，時而高聲呼喝，時而淚流滿麵。
對於他的這一番失常舉動，後人的說法也頗多。有人說他心情憂鬱，縱酒泄憤，也有人說他憂懷時局，情係抗清大業。但可以確信的是，這個一生忠義、流血不流淚的漢子，此時此刻所讀的，絕非是《太祖訓》裏刻板的教條，卻是他波瀾壯闊的一生。
被人辱罵的海盜兒子，驕奢淫逸的富家子弟，指點江山的熱血文士，挺身而出的少年將軍，匡扶南明的耿耿忠臣，隻手擎天的鐵血將軍，虎踞東南的海上梟雄，收複台灣的民族英雄，別母、求學、立誌、盡忠，然後是父子反目，家破人亡，轉戰東南，孤軍奮戰，揚威靖海，震撼清廷，揮師東進，再造台灣。這一切，隻為一個從青年奮鬥到此時的理想：精忠報國，匡扶社稷。
多少磨煉，多少忍耐，多少輾轉，多少彷徨，換來多少輝煌，多少風光，多少氣概，多少鋒芒。卻又有多少失去，多少愧悔，多少扼腕，多少迷茫。
在那個深夜裏，鄭成功與其說在讀《太祖訓》，不如說是一個苦苦堅持到最後的人，在人生的最後時刻，回首一生走過的道路。在幾番的喟歎、感慨、流淚後，鄭成功愴然昏厥，在一番搶救蘇醒後，他自知病入膏肓，不但拒絕吃藥，更長歎一聲，道出一個孤忠臣子人生最後的呐喊：
“自國家飄零以來，枕戈泣血，十有七年，進退無據，罪案日增，今又屏跡避荒，遽捐人世，忠孝兩虧，死不瞑目，天乎天乎！何使孤臣至於此極也。”
南明永曆十七年（1662年）五月初八，一代民族英雄，南明永曆王朝延平王鄭成功，因感染傷寒病逝於台灣，享年三十八歲。
如果單看鄭成功臨終時的時局，以及他個人的憤懣，他的一生顯然是很失敗的。奔波一生的抗清大業，屢屢功敗垂成，至此前路渺茫。辛苦經營的鄭氏集團，此時也隱隱有分裂的危險。連他的長子都敢和他唱反調，部將也敢不聽號令。然而在這一切的背後，卻是他繼承鄭芝龍的事業，稱霸東亞海洋的風光。他離去的背影裏，更有一個已然欣欣向榮、貿易繁華的台灣島。他人生中最壯麗的一筆，永遠地留在了這片國土上。