但威風八麵的鄭經卻看不到這些，外加此時他身邊的部將也有問題。鄭經此次出征，幾乎帶走了明鄭政權所有的精兵猛將，包括劉國軒、陳勝武等名將都在這支軍隊裏，但他最信任的人，卻是侍衛馮錫範。對比足智多謀的陳永華，馮錫範是個既能打仗又能拍馬屁的人，深得鄭經信任。他和陳永華一樣，都是鄭經多年的貼身親信。鄭經當年渡海破鄭襲時，正是由他率兵破敵，立下擁立大功。但是在這場戰爭裏，他的短視卻幾乎葬送了鄭經的大好局麵。此時據有漳州、泉州、廈門、潮州的鄭經，已是各路勢力拉攏的對象，和耿精忠更約定“有事相援，不得侵擾”。雙方共同進退，在東南沿海同清軍對峙。康熙十五年（1676年），耿精忠的部將馬英林暗通鄭經，表示願把原屬耿精忠的丁州城進獻鄭經。本來鄭經也很顧忌與耿精忠的“盟友”關係，意圖拒絕。但馮錫範認定機會難得，磨破嘴皮子地忽悠，最終忽悠著鄭經笑納了丁州。貪了這點兒小便宜，後果很嚴重，暴怒的耿精忠提兵攻打鄭經。雙方在漳州、泉州大打出手，反而讓對麵的清軍看了笑話。趁著他們死掐的機會，清朝康親王傑書率領大軍，一路摧枯拉朽進入福建。腹背受敵的耿精忠內外交困，竟主動向清朝投降。原本大好的抗清形勢一下子土崩瓦解。而唇亡齒寒的報應，也馬上降臨到鄭經頭上。是年九月，清軍發動了對鄭經的猛攻。因惱火鄭經“不仁義”，原屬耿精忠的各路兵馬更紛紛請戰，甘給清軍當急先鋒。兩麵夾擊下，鄭經的“王師”迅速崩潰，辛苦打下來的漳州、泉州、興化各地相繼淪陷，損兵折將的鄭經隻得退守廈門。貪一個小小丁州的便宜，卻葬送了整個抗清的大局。
多年征戰錘煉出來的鄭氏軍隊保持了強悍的作風，雖遭受重創，但很快就緩過勁來。康熙十七年（1678年）二月，在廈門養精蓄銳的鄭經再次發難，連克漳州、同安，兵圍泉州，一時間“東南大震”。但這次進兵的條件並不成熟，耿精忠已然敗亡，廣東的尚之信也盡數投降，整個東南地區就隻剩下鄭經一路軍隊孤軍奮戰，橫挑強敵固然勇敢，卻著實不明智。果然，從是年九月起，清軍集結大軍反擊，寡不敵眾的鄭經再次敗退，辛苦打下來的漳州、同安地區相繼丟失。康熙十九年（1680年）一月，清朝福建總督萬正色集結各路大軍合擊廈門，鄭軍林陛、劉國軒各部相繼戰敗，不得不忍痛放棄廈門。月底，鄭經率殘軍撤回台灣島。
這場西征以損兵折將結束，究其原因：一則明鄭水師雖然強悍，但陸戰能力有限，活動區域僅限於沿海，自然無法立足；二則鄭經本人在大戰略上屢犯錯誤，沒有抓住機會深入內陸，又和耿精忠發生內訌，最後成了光杆兒司令，戰敗也就難免。最重要的一點是民心。這是一場把鄭經形象徹底“敗壞”了的戰役，當年那支紀律嚴明、與民秋毫無犯的“國姓爺”的王者之師，此時卻隻剩奸淫擄掠、燒殺害民。在這場戰役的進程裏，清王朝始終沒有放棄招撫明鄭政權的努力。康熙登基後至收複台灣戰役開戰之前，就“招撫”問題，雙方一共進行了十次談判，其中發生在鄭經盤踞福建期間的就有六次，當時受命平定福建的康親王傑書，多次親自致信鄭經，商談招撫問題，一直到了康熙十九年（1680年）一月，鄭經盤踞的廈門已經遭清軍壓境時，康親王傑書依然不放棄努力，甚至做出讓步，允許鄭經在台灣“封王”。但鄭經得寸進尺，竟然獅子大開口，要求清朝提供餉銀六萬，直把清朝上下氣得跳腳。
鄭經的這些做法，在後世頗遭指責。尤其是在多次“議和”中，鄭經始終堅持拒絕剃發，堅持台灣的歸屬要“仿朝鮮例”，也就是要求清政府承認其獨立的地位，並且要求和朝鮮“平級”。此舉在他身後遭到頗多非議。但如果仔細看看鄭經一輩子的所作所為，他從年輕時候起，和所有對手之間的“議和”，全都是緩兵之計，沒有一次是真的。所謂“仿朝鮮例”等獅子大開口的要求，其實也是看準了清王朝不會答應，靠談判來拖延，爭取休養生息的時間而已。至於他的真實想法，或許他寫於永寧王宮裏的詩作，反而可以表明心跡：“故國山河盡變色，舊京宮闕化成秋。複仇雪恥知何日，不斬樓蘭誓不休。”這個在軍事才能上遠遜於其父的王爺，卻與父親有著同樣奮鬥到底的理想——抗清複明。
但現實很殘酷。鄭經兵敗福建後，一度轟轟烈烈的三藩之亂很快落下了帷幕：吳三桂、耿精忠、尚之信這些人或降或亡。清王朝的統治繼續鞏固，所謂抗清複明也就更成了浮華泡影。何況就個人能力而論，鄭經雖然在建設台灣上建樹頗多，但論起雄才大略，比起海峽對麵的康熙帝相差太遠。在他兵敗回台後，其母董酉姑就曾指責他“無略果斷”“不能任人”。對此鄭經也默然。從此之後鄭經性情大變，成日沉迷於享樂之中，花天酒地荒廢政事，抗清複明的理想也給拋到了九霄雲外。明鄭政權在經曆了十幾年高速發展之後，此時終於走入了下坡路。收複台灣、華夏一統的日子臨近了。
對於清王朝來說，此戰的影響有兩點：一是徹底和明鄭政權撕破了臉，台灣的歸屬終要靠戰爭解決了。二是強大的明鄭水師，依然給了清軍極大震撼。在整個福建的海上戰役中，明鄭水師馳騁海麵，銳不可當，即使是最後大勢已去的廈門之戰，明鄭水師仍然能夠衝破清軍水師的重圍，揚長而去。其強大的戰鬥力令清朝上下極為警醒：要完成收複台灣的大業，必須要啟用一個同樣強大的人。
而在當時，這個人選隻有一人：施琅。