關於忍者活動的最後記載是在1637年“島原之亂”中，忍者曾作為幕府的部屬作戰。
寬永十一年（1634年）起，島原（今日本長崎縣）、天草（今日本熊本縣）地區連續發生天災，民不聊生。在幕府殘暴的統治下，終於爆發了江戶時代最大的一次農民起義——島原、天草起義。
指揮起義的領袖是年僅16歲的天草四郎。在那之前，天草、島原一帶曾流傳一則預言，“天地要發生變化，人間要滅亡。一位童子出現，他將拯救信仰基督教的人”。天草四郎自小聰穎過人，有“神童”之稱，且外表俊秀。他在民眾中宣傳“天地本同根，萬物是一體，其間並無尊卑之別”的教義，被教民奉為“天童”、“救世主”。四郎於寬永十四年（1637年）率領三萬多名來自島原和天草的基督教信徒起義，占領島原城，於城上豎立起十字架，掛上畫有十字架和聖像的旗幟。
寬永十五年（1638年）2月28日，幕府發動十餘萬軍隊對起義軍發起總進攻，據說在其中就有“忍軍”的滲透與破壞活動，結果起義軍大敗，島原城陷落，四郎受傷被俘，遭到斬首，所有跟隨他的徒眾全數遭到殲滅。
三、忍者曆史
下麵是有關忍者的日本曆史年表：
大和時代
538年，佛教及中國文化傳入。
540年，神、佛教鬥爭時代。
572年，鹿深（疑為隋代百濟僧鹿深，584年到日本）派來人到甲賀郡。
593年，“修驗道”（山嶽地區人民信仰的道教、佛教等混合而成的宗教。比起修習教理，更重視在山野修行）出現，開始中日文化融合。
672年，壬申之亂。
700年，忍術出現，“修驗道”進一步發展。
奈良時代
700年，興福寺建立。
708年，修驗道道場——本覺寺傳授“九字箴言”。
728年，東大寺建立，建東大寺所用的木材取自伊賀、甲賀的東大寺庭院，據說伐木之術是由忍術發展而來，融合了修驗道。
平安時代
804年，（由於密教原因）神佛混流。
807年，佛教聖地“高野山”開山。
935年，承平天慶之亂；日本兵法完成時代；平將門忍法出現；天慶之亂的平定者之一——信濃國佐久郡望月城主三男三郎家，因其戰功，去當郡池源（北地）赴命上任，獲得甲賀郡十六個村落的賞賜。當時的地方就是望月氏的祖籍。
1100年，陰陽道完成；鞍馬八流山伏兵法“忍法”完成；源義經開創日本兵法新局麵；源義經流忍術產生。
1184年，羲仲戰死後，戶科隱助大介逃向伊賀，在戶隱修行，吸納伊賀流忍術，完成了戶隱流忍術。
鐮倉時代
1192年，鐮倉幕府成立。
1333年，北條氏滅亡。
南北朝時代
1335年，兵法分化；軍學、武術、忍術的獨立；因楠木流忍術的推廣，令敵方苦惱不堪。
從室町到戰國時代
1467年，應仁之亂。
1487年，長享元年，近江之雄六角高賴敗給足利義尚，求甲賀忍者相救。甲賀忍者團在望月氏主將的率領下，用其行動使足利軍痛苦三年，曆史上稱之為“釣之障”。
1541年，忍術完成時代。
1543年，從葡萄牙傳入鐵炮。
1579年，第一次天正伊賀之亂：織田信雄（信長之子）攻打伊賀，伊賀忍者慘敗。
1581年，第二次天正伊賀之亂：織田信長的五萬大軍進入伊賀盆地，屠殺當地四萬居民（居民共八萬人）。
1582年，本能寺之變時，德川家康後援被明智光秀所斷，幾乎放棄了回三河的念頭。但是，由於得到甲賀、伊賀的忍者相助，德川家康終於平安回到三河。著名忍者服部半藏開始活躍起來。隨後，半藏手下的200名忍者組成“伊賀組同心”，參加了德川家康之戰。
1590年，德川家康在江戶城設置幕府。服部半藏和“伊賀組同心”遷移到江戶。為了防備後北條氏的殘餘，內藤清成率領伊賀步槍隊，在新宿一帶布陣。
1600年，關原之戰的時候，石田三成攻打德川的據點——伏見城，但伊賀忍者團幫助德川一方奮力抗戰，多名忍者戰死沙場。真田一族把駐守在上田城的德川秀忠的大軍送往關原參戰，命真田昌幸、幸村父子在紀州九度山蟄居以作懲罰。
從關原合戰後到江戶時代
1604年，服部半藏死後，其子半藏正就對幕府不滿，“伊賀組同心”發動罷工反對正就。根據“伊賀組同心”中人們的願望，他們從半藏正就的手下直接轉至幕府統治之下。
1614年，大阪冬之陣，真田幸村參戰。真田幸村誕生於永祿十年（1567年），原名真田信繁，是以權術謀略聞名於天下的真田昌幸的次子，年幼時曾在上杉家與豐臣家做人質。天正十四年（1586年），在大阪出仕。後來他隨昌幸參加了第一次上田合戰、小田原之戰、朝鮮之戰、會津合戰、第二次上田合戰，在關原之戰後，與昌幸一起被流放至九度山。慶長十九年（1614年），幸村聞悉德川對豐臣宣戰，應豐臣家之邀進入大阪城。根據大阪城的弱點，在城南建造“真田丸”出色地打擊了德川軍。最後於大阪夏之戰中壯烈戰死。幸村英勇善戰而被稱為“日本第一強兵”，是一個被後世渲染很深的英雄人物。