1615年，在大阪夏之陣中，真田幸村突然襲擊德川家康本陣而致其死亡。在此戰中幸村運用了“影武者”戰術，其屬下被稱為“真田十勇士”（猿飛佐助、霧隱才藏、三好清海入道、三好伊三入道、穴山小助、筧十藏、由利鐮之助、海野六郎、望月六郎、根津堪八）。
1635年，島原之戰的時候，甲賀忍者為了德川家族的存亡，用忍術鎮壓叛亂，被稱為“最後的實戰”。
1637年，延寶年間德川幕府穩定了政局，忍者遭冷遇。當時，甲賀和伊賀有49個流派被幕府滅絕，察覺到這件事的忍者藤林佐五次把49個流派統一編著在《萬川集海》中，讓忍者的名號得以留存。
1689年，伊賀忍者鬆尾芭蕉（是否是忍者尚無定論）從三月末至八月末，在大約150天的時間裏，行走奧州2400公裏路程，寫下了旅遊日記《奧州小路》。
1852年，德川幕府命藤堂家召出伊賀的忍者。作為伊賀忍者的澤村家當主被起用，派去探索幾內。
第二節“忍”之奧義
日本曆史上的軍事團體都很強調精神的純潔性，擁有著某種類似於宗教思維的心靈鍛煉方式，要求對個體進行心靈上的啟蒙。比如在德川家族統一日本之後的相對和平的幾個世紀中，曾經好戰的武士的技術逐漸形成體係並風格化，如擊劍、徒手格鬥、射箭、棍術等等，都被逐漸精煉成各種“道”的訓練，如空手道、劍道等等，更加儀式化。這種“道”的觀念也包括在書法藝術、插花藝術和軍人的傳統之中。
而忍術則有所不同，並不屬於“道”之列，忍術是一種麵向戰場或政局的實際運用，由於非常實用並且缺少形式上的東西，從而使自身從不能適應轉變為一種係統的“道”的需要。因此，在後來的忍術曆史中（指1603年德川家族出現之後），許多高深的忍者都喜歡把他們的忍術稱為“忍譜”或者“忍者法則”。
不過，忍術仍然很強調精神層麵上的意義，認為其根本目的並不在於獲得登峰造極的暴力和毀滅手段，而是要培養個人同周圍環境的協調，從而產生一種了解並跟隨宇宙法則行動的直覺，換句話說，也就是追求形而上學的“道”，也許，老子的思想也同樣深深影響了他們吧。
讓我們來看一看“忍者法則”的內容：
一、小心使用仁慈，轉過身子意味著你將無法抵禦從背後襲擊的匕首。
二、小心看待“愛”，愛有時必須殘忍，才能使之超越簡單的衝動與怯懦的情感境界。
三、小心靠近你的任何人，永遠不要完全徹底地信任他們，永遠不要因為依賴任何人而減弱你的能力。曆史上諸多失敗的君主就是很好的例子，我們要告誡自己不要重蹈覆轍。
四、如果有人對你宣揚友誼，那麼就讓他們去證明自己吧！同真正為友誼而赴湯蹈火的實際行動相比，語言幾乎沒有任何意義。
五、不要暴露任何弱點，不要承認任何過失，不要表現絲毫的猶豫，否則在別人的眼中你是靠不住的，你缺乏自信的心如同一塊失衡的石子，最容易遭受世人的踐踏。
六、當身處真正需要嚴肅的境遇時，把自己跟那些膽小的傻瓜和弱者分離開來，明確自己擔負的使命和命運，這將賜予你足夠的勇氣和理智穿行在無人敢於涉足的領域。
七、有兩個秘密可以使人變得偉大，其中一個就是永遠不要顯露出你所知道的全部。
八、有兩個秘密可以使人變得偉大，另一個就是在未知的知識和技能麵前表現出強烈的渴望。
九、為了變得強大，你必須願意付出犧牲，不管那是你的一部分，還是你所珍視的東西。力量，本身就是一個交易，一個人必須要有付出才能夠獲得。
十、“榮譽”和“美德”是殺死身體並殺死靈魂的兩個名詞，它們隻是一些抽象的理論，驅使人們走向異端，並帶來個性判斷力的死亡。要對自己真實，並且完全徹底地遵從自己的意願。
十一、不要讓任何一個傷害過你的人“活著”來折磨你，這無異於公開承認自身的弱點。
十二、要知道仁慈的含義，要利用它來作為你的優勢，但永遠不要真正去實踐它或讓它來控製你。
十三、向你的敵人綻開微笑並伸出一隻友誼之手來擁抱他，當你們擁抱在一起時，用你另一隻手中的匕首攻擊他，否則，他肯定會對你做出同樣的事情。
十四、在情感上，記住你有能力消滅任何你不想要的東西或是一切使你感覺不舒服的東西，隻要你真正有這樣的意願即可！
十五、疼痛、恐懼和疲勞是戰士的恥辱，能夠戰死沙場是身為忍者的榮耀。
十六、時間是能夠使一個人逐漸走向成熟並忘卻痛苦的東西，但記住不要抱著等待的態度，不要把它當成一種“武器”來依賴：在這個世界上你真正的武器和能夠依賴的，隻有堅韌強大的“自我”。
十七、放棄心靈和肉體的羈絆，返回到沒有任何負擔的、純潔的精神狀態，成為這樣的忍者，必將能在光明與黑暗之間穿行。
這十七條法則中強烈地透出一種執著、偏激、自我的心態，也許忍者隻有這樣想，才能具備足夠的韌性，背負起黑暗的使命吧！