然而談到經驗，卻使問題變得複雜起來。《人類理解論》整個第二卷實際上全是討論人的觀念如何來源於經驗的。然而，講清楚這個問題，又談何容易。
觀念來源於經驗，不錯。但觀念與觀念也有不同。一些觀念，可以直接來源於感覺對象，如顏色、溫度、味道等等。一個沒吃過三明治的人，固然不知道三明治的味道。但這有何難，用嘴一嚐不就行了。但另有一類觀念，卻不是通過感覺對象可以得來的，比如人的思想、知覺、懷疑和推論，請問推理是怎麼感覺出來的。你可以因為不知道三明治而親口嚐一嚐，但你不能因為不明白推論而也親口吃一吃。洛克本人自然也覺察到這一點。於是，在承認一切觀念皆來源於經驗的大前提下，又把觀念的來源分為兩種類型。他說：“感覺的對象是觀念的一個來源——第一點，我們的感官，在熟悉了特殊的可感的物象以後，能按照那些物象刺激感官的各種方式，把各種事物的清晰知覺傳達於人心。因此，我們就得到了黃、白、熱、冷、軟、硬、苦、甜，以及一切所謂可感物等等觀念。……我們觀念的大部分，既導源於感官，既是由感官達到心中的，因此，我們便叫這個來源為‘感覺’。”
但這隻是一種類型，除去這個類型以外，還有第二種類型，他說：“心理活動是觀念的另一個來源——第二點，經驗在供給理解以觀念時，還有另一個源泉，因為我們在運用理解以考察它所獲得的那些觀念時，我們還知覺到自己有各種心理活動。我們的心靈在反省這些心理作用，考究這些心理作用時，它們便供給理解以另一套觀念，而且所供給的那些觀念是不能由外麵得到的。屬於這類的觀念，有知覺(Perception)、思想(thinking)、懷疑(doubting)、信仰(believing)、推論(reasoning)、認識(know-ing)、意欲(willing)，以及人心的一切作用。”他補充說：“這種觀念的來源是人人完全在其自身所有的；它雖然不同感官一樣，與外物發生了關係，可是它和感官極相似，所以亦正可以稱為內在的感官。不過我既然叫前一種為感覺，所以應叫後一種為c反省’。”
於是，洛克的經驗論就具有了二元性質。一方麵，他承認觀念來源於感覺；另一方麵，他又認為觀念來源於反省。而無論那種來源，都屬於經驗這個大範疇內，從這個意義上講，洛克的經驗論，是不徹底的，可以稱之為二元經驗說，感覺——來自外部經驗，反省——來自內部經驗。
除去經驗論的二元性質之外，他的物性觀也帶有同樣的特色。他認為，物體本身也具有兩種性質。一種是物體本身所固有的，無論用什麼方法也不能將其與該物體分開的性質，他稱這種性質為第一性質。例如，物體的堅硬、廣袤、形狀、運動、靜止或數目都屬於此類，一個核桃有兩層皮，不論你感覺如何，它就是有兩層皮，而且外皮總是硬的，內皮總是軟的，這就是核桃的第一性質。然而還有第二性質，即不全包含在物體之內，需要加上人們的感覺才能得到的性質。例如顏色、滋味、溫度種種就屬於此類。將物體的性質分為兩類，而且兩類性質是如何的不同，是令現代人難於同意的，而且他的後繼者也不同意，例如貝克萊就不同意此說。
但是，洛克關於物體性質的分析並非完全沒有科學或哲學價值。至少他的這種分析方法對後來的心理學就有重要的借鑒價值。這點，我在前麵已經介紹過了，而且它的意義，未止於此。洛克的哲學思想，固然以反對天賦觀念最為著名，但僅僅反對天賦觀念，不過是一個觀念，而不構成一種新的哲學體係。洛克不但看出觀念必定出於經驗，而且要對經驗、物體和觀念作進一步的分析，這無疑是對舊有經驗論的一種深化。雖然這深化猶未徹底，但畢竟給後來的貝克萊、休謨以很大啟發，也為他們的哲學發展指示了一塊新的天地。
可惜的是，洛克本人未能深入開掘自己的理論，他的經驗主義在體係方麵，也就無法擺脫二元論的框架與局限，即使他的實體論，也大抵如是。讀者大約也體悟到西方的實體概念與一般中國人所理解的有所不同。例如斯賓諾莎哲學中的實體就不等於物質實體。洛克也是如此，他的實體其實是由物質和靈魂兩部分內容組成的，這就使他的實體觀同樣不能脫離二元化的束縛與限製。西方哲學史家梯利在分析洛克的實體概念時，作了如下介紹。他說：“世界由實體所組成，實體是能力、性質和活動所依附和所由產生的支持者或負荷者，是性質和活動的根據和原因。實體有兩種，即物體和靈魂。物體是這樣的實體，它的屬性是廣袤、堅實或不可入性以及能運動和被推動的性質。這些是第一性的性質，通過感官我們能夠感受。可以有不存在物體的空間，或純粹空間，即真空。我們能夠設想沒有堅實性的空間，運動就證明有真空。除了物質實體之外，還有精神實體或靈魂。靈魂是實在的存在物，我們有清晰明確的靈魂觀念。知覺或思維能力或推動物體運動的意誌或能力是它的屬性。”應該說，梯利的介紹完全符合洛克實體觀念的實際。
但是，“靈魂是實在的存在物”，這個觀念確實和笛卡爾的“我思故我在”有些相象，洛克本人也確實說過：“我心中關於思維的觀念既然同關於堅實性的觀念一樣清晰明確，我不明白為什麼不可以容許一個沒有堅實性、非物質而能思維的東西存在，像容許一個不能思維的堅實的東西，即物質存在一樣，特別是因為設想沒有物質的思維存在，並不比設想物質竟能思維困難。”
很顯然，洛克認識論中的二元觀念是很難自圓其說的。羅素在《西方哲學史>一書中，就以其人之矛攻其人之盾，說他的學說中有自相矛盾之處——存在悖論。然而洛克先生“跟悖論總不願有半點瓜葛”。他本人對此可能有所覺察，卻沒有使用真正的哲學方法使之清晰順暢，而是王顧左右，一筆帶過。
鑒於洛克哲學的二元特征，使得他有關人類科學知識的分類也得出彼此隔絕的結論。《人類理解論》的最末一章以“科學的分類”作結。他說：“凡可歸入人類理解範圍以內的東西，可以分為三種，第一就是事物本身的本性，以及其各種關係和作用的途徑。第二就是一個人（有理性而能自動的主體），在追求一種目的時（尤其是幸福）所應做的事情。第三就是達到和傳遞這兩種知識的途徑。”他認為第一類知識屬於物理學的範圍，第二類知識屬於倫理學範圍，第三類知識屬於標記之學的範圍，所謂標記之學，似乎和邏輯與批評最為相類。然而這三類知識也如同具有不同屬性的觀念和實體一樣，它們之間“是有天淵之別的”，“它們就是理智世界的完全獨立的三大領域。”如此結論，出自一位大哲學家之口，不免有些生硬與淺薄。洛克生先真該認真聽聽萊布尼茨的批評，而且，看來過於順利的人生經曆，似乎也不是一件十全的好事。
因為洛克的認識論具有這種二元化的不徹底性，所以後來的哲學家包括貝克萊也包括馬克思，對他這個缺點都不能也不肯輕易放過。
由於洛克經驗主義哲學本身的局限，加上他自身的特點以及當時英國現實文化的影響，使他未能也不願作出更深入更係統的理性思考。實際上，洛克哲學，本身就帶有輕視形而上學的傾向。但也為此，他的哲學在涉及抽象思維的地方，總不如萊布尼茨或笛卡爾來得縝密與深刻。
曆史地看待洛克，思維科學似也並非他的長項，他更重要的貢獻還是他的自由主義觀念和他的政治學說。
3.洛克的宗教觀念
洛克並非無神論者，但他主張信仰自由和宗教寬容。
洛克的宗教觀念源於他的政治理論學說和他的哲學思想。他在哲學上反對天賦觀念，在政治理論上反對君權神授，表現在宗教方麵則主張宗教寬容。
洛克之前的經驗主義哲學家，個個於神學不利。培根的辦法是給神學劃界，讓神學隻管上帝的事，而把人間的事統統交給知識和科學。霍布斯則是一位激進的世俗論者，他幹脆否定宗教，也不承認神學。但曆史證明，宗教作為一種曆史文化，以簡單的方式否定它並非高明的意見，而且也不能取得長久的效果。洛克的辦法雖然不如霍布斯的激烈，卻遠比霍布斯來得中肯和高明。而他的這個主張也和當時英國多數人的意見十分相契，隻是一般英國人沒有他講得那麼通透明白、有根有據也就是了。
洛克的宗教觀念，集中反映在他的4封信件中。其中第一封信是寫給他的好友菲力 範 林堡格的，後三封信則是對一位教士反對他第一封信的觀點的答複。但第4封信尚未寫完，他就故去了。這4封信曾合編出版，題名為《論宗教寬容》。但其基本觀點，已基本包含在第一封信中。
洛克主張宗教寬容，其立論之基礎包括如下兩點：
第一，批駁“君權神授”思想，認為政、教必須分離；
第二，認為宗教非國家公事，而是公民個人的私事，應該保證每個公民的信仰自由。
對第一點，他這樣講：“在我看來，國家是由人們組成的一個社會，人們組成這個社會僅僅是為了謀求、維護和增進公民們自己的利益。”洛克並非無神論者，非但不是無神論者，對無神論，他還極為反感，力主嚴懲。但他認定人們組成國家僅僅是為了給自己謀利益，確與宗教傳統大相徑庭。不僅如此，他還極力主張政、教必須分開，二者井水不犯河水，公民個人權益，隻需國家保護，本質上也與教會無幹。對此，他寫道：“為了使另一些人也不得以宗教的名義為其自由主義和放蕩行為尋求赦免——一句話，為了使誰都不得以效忠於君王或竭誠禮拜上帝為幌子，欺騙自己，或欺騙他人。我以為下述這點是高於一切的，即必須嚴格區分公民政府的事務與宗教事務，並正確規定二者之間的界限。如果做不到這點，那麼那種經常性的爭端，即以那些關心或至少是自認為關心人的靈魂的人為一方，和以那些關心國家利益的人為另一方的雙方爭端，便不可能告一結束。”
不僅如此，他還堅決認定：”不論個人還是教會，不，連國家也在內，總而言之，誰都沒有正當的權利以宗教的名義而侵犯他人的公民權和世俗權力。對此抱有異義的人應當鄭重考慮：他們將會對人類播下多麼致命的紛爭和戰亂的種子！煽起何等強烈的嫉恨、掠奪和屠殺！隻要那種認為統治權是上帝的恩典；可以使用武力傳教的意見占了上風；那麼，在人與人之間便不可能建立並保持和平和安全，不，甚至連普通的友誼也談不上。”
教權隻是教權，並且隻有在教會內部才有其權。曆史證明，無論那種社會勢力，一旦粗暴地超越其自身應該具有的權力，其後果都不堪設想。軍隊超越其權可能變成盜匪，政黨超越其權又可能變成法西斯，就如同當初希特勒的黨衛軍和衝鋒隊一樣。而由於愚昧和迷信造成的越權行為，則不僅危及肉體而且毒害靈魂。
洛克認為，宗教信仰全然是個人私事，它是公民自由權的一個重要組成部分。人們怎樣生活，人們就可以怎樣對待宗教。他的這個觀點，在那樣的曆史時代，確實非常大膽而且富於挑戰精神。難怪他的這封信一公布，馬上帶來如此多的讚譽與爭論。他寫道：
“我們的全部論點總括起來就是，每個人應當享有同其他人同樣的權利。你容許以羅馬的方式禮拜嗎？也請容許以日內瓦的形式禮拜。你容許在銜市上講拉丁語嗎？也請容許那些想講拉丁語的人在教堂裏講拉丁語。你以為任何人在自己家裏跪著，立著，坐著或取其他姿勢，或者穿白，穿黑，穿長，穿短這些都是合法的嗎？那也就不要把在教堂裏喝酒，吃麵包和以水施洗定為非法。一句話，凡屬法律準許人們在日常生活中自由做的事，也請允許每個教會在神聖禮拜時享有這種自由。”
非但如此，他還認為信仰哪種宗教和信仰哪個教派也完全是公民個人的自由權利。這觀念與神學傳統簡直相去千裏萬裏，但他的理由卻更其充分，他本人也充滿自信，而且仗義執言，侃侃而談。他認定，既然“那些叛亂分子、殺人犯、盜竊犯、搶劫犯、通奸犯、造謠分子等等，無論屬於哪個教會——是國教會，還是其他教會，都應該受到懲處和鎮壓”；“那麼傳布和平教義，行為端正無可指責的人們，則應與其他臣民們享受平等的待遇。”他的結論是：“如果允許任何一種信教者舉行神聖聚節目慶典和公眾禮拜的話，那麼，這種同樣的自由，也應當給長老會、獨立教會、再浸禮會、亞美尼亞教會和教友會。不，如我們可以公開地說真話，那麼就一個人與一個人的關係而言，貝無論是異教徒、伊斯蘭教徒，還是猶太教徒，都不應當因為他的宗教信仰不同而被剝奪其社會公民權。”
令人汗顏的是，洛克310年前講的這些話，直到今天依然沒有失去其理論價值，甚至沒有失去其現實價值！
4.洛克的自由主義觀念與政治學說
在洛克生活的時代，他的政治理論雖遠非最為激進的，但卻是最有成效的；雖遠非最能激動人心的，卻產生了更為深遠的社會效應。
英國革命，從頭至尾，差不多有半個世紀之久。其對世界的影響力，也是前所未有的。這樣一場革命，必定產生各種各樣的理論需求。從人類曆史發展的經驗看，過分誇大理論的作用，並不足取，但完全沒有理論的革命，也似乎聞所未聞。不論東方還是西方，大抵如此。英國革命年代，理論紛紜，異見迭出，其中頗有代表性的政治理論包括：激進主義的平等派理論，共產主義色彩濃烈的掘地派理論，風格銳利影響巨大的共和派理論，主要以哲學形態出現的“利維坦”式的專製理論，還有就是以洛克為最主要代表的自由主義政治理論。上述理論還不算那些頑固站在舊勢力立場上的各種君主專製論，以及根本夠不上理論資格的各式各樣的為英國舊政體舊王朝進行辯護的奇談怪論。洛克的《政府論》上篇，就是對這些奇談怪論的一次性大報廢。
在這些理論當中，除去洛克之外，為中國知識界熟知的，主要是掘地派領袖溫斯坦萊的公有製思想和共和派代表彌爾頓的名作《為英國人民聲辯》。
彌爾頓（1608-1670年），是一位大政論家，更是一位偉大的詩人。他才華橫溢，氣勢如虹，其共和思想如潮如溺；反擊舊勢力更是勢如破竹，高屋建瓴。他有一句名言，“殺人隻是殺死了一個理性的動物”，“而禁止好書則是扼殺了理性本身”。他與保皇黨大戰，披荊斬棘，雷霆萬鈞。保皇黨人出版《神聖君主的偶像》，他就寫下《為英國人民聲辯》。這是他最具代表性的作品，也是他不惜生命代價寫出的作品。用中國人的話講，這部著作不是用墨汁寫出的文章，而是用鮮血造就的檄文。作此書時，他已經一目失明，書寫成時，他雙目盡失。文章品格如雷如電，如鐵如血，喜笑怒罵，皆成顏色。據說他的論敵因為被他批駁得理屈辭窮，竟然惱羞成愧，自殺身亡。
但是，從英國當時的實際情況考慮，彌爾頓的思想不甚合乎英國曆史與現實的最佳需求。他的文章，也不免雄辯有餘，理論不足。正如天邊烏雲密布，大雨將來的一道利閃，疾則疾矣，亮則亮矣，但不能產生持久的理論影響，尤其不合現實政治生活中的實用之意。
溫斯坦萊（1609-約1652年）是英國“掘地派”的領袖人物。“掘地派”反對的就是英國的圈地行為，而他所代表的正是千千萬萬喪失了土地的英國農民。溫斯坦萊的理論，對這種巧取豪奪充滿怨憤。但他並不以彌爾頓一樣的詩人和政論家氣度對其極盡諷刺謾罵之能事，而是力圖挖根尋源，在至關緊要的地方動手術，想辦法。他的理論的核心之點，是反對土地私有製。他認為窮困是一切受奴役的根源，“一個人沒有吃的還不如不要活著。”他反對土地買賣，在他看來，僅靠誠實勞動不能致富，買賣尤其是土地買賣可以致富，但財富不均則導致權力不均，而權力不均導致對窮人的壓迫。唯有土地公有，才有可能從根本上解決貧困問題。他寫過一本名為《自由法》的小書，講述他的這些理想，並把這小書獻給克倫威爾。他要求廢除土地私有製，把農產品放入公共倉庫，以便所有公民都能從中領取。他認為一切身強力壯者都應參加勞動，至少在40歲前必須如此。他主張實行普選製，並且認為教會應該成為普通的公共教育機構。但他並非無神論者。他是將人的良念與神的慈悲統一起來，使它們成為共同’的理由與依據。他說：“按照造物者的本意，大地被創造出來，是為了成為一切動物的共同財富，而現在卻被買賣，被少數人所霸占，這是對偉大的造物主的一個極大侮辱，似乎偉大的造物主崇拜個別的人，似乎他很樂意讓少數人過豐衣足食的生活。”