辣椒的病蟲害防治應該執行綜合防治的原則。
綜合防治的方法有：重視品種的利用；充分發揮農業防治的優勢，鞏固栽培管理的基礎地位；協調生物防治和化學防治，充分發揮田間天敵的控製作用，優先選擇生物生化製劑；及時用藥防治，用藥時注意對症下藥，避免濫用藥、亂用藥及定時用藥等現象。
（一）辣椒病害的防治
1.辣椒猝倒病
幼苗染病時，莖基部呈黃綠色水漬狀，後很快轉黃褐色，並發展至繞莖一周，病部組織腐爛幹枯而凹陷，產生縊縮；水漬狀自下而上擴展，幼苗倒伏於地。發病初期，苗床上隻有少數幼苗發病，幾天後，以此為中心逐漸向外擴展蔓延，最後引起幼苗成片倒伏死亡。如播種過密、大水漫灌、保溫放風不當，秧苗徒長、受凍，以及地勢低窪、排水不良和黏重土壤及施用未腐熟堆肥等，都比較容易發病。
防治方法：①床土消毒。每平方米苗床用95%惡黴靈原藥（綠亨1號）1克，兌成3000倍液噴灑苗床。②農業措施。
苗床要整平、床土鬆細；肥料要充分腐熟，並撒施均勻。③藥劑防治。及時檢查苗床，發現病苗立即拔除，並噴灑72.2%普力克水劑400倍液，或70%代森錳鋅可濕性粉劑500倍液，或50%多菌靈可濕性粉劑600倍液，或70%代森鋅可濕性粉劑500倍液，也可用藥液灌根。
2.辣椒立枯病
出土後稍大的幼苗發病。幼苗莖基部產生橢圓形褐色斑，逐漸凹陷，並向四麵擴展，最後繞莖基一周，造成病部收縮，植株幹枯。病苗初呈萎蔫狀，隨之逐漸枯死，枯死病苗多立而不倒，故稱之為立枯病。濕度大時病部常長有稀疏的淡褐色蛛絲狀黴。病菌耐幹、喜濕，高濕和床土濕潤利於發病。
床溫變化大，忽高忽低可使病情加重。
防治方法：①用相當於種子幹重0.2%的40%拌種雙可濕性粉劑拌種。②用綠亨1號（惡黴靈、土菌消）或綠亨2號進行苗床消毒。③噴灑辣椒植寶素75~90倍液，可提高幼苗抗病能力。④發現病株噴淋綠亨1號3000倍液，或20%甲基立枯磷乳油（利克菌）1200倍液，或36%甲基硫菌靈水劑500倍液，或5%井岡黴素水劑1500倍液，或15%惡黴靈水劑450倍液。⑤猝倒病、立枯病混合發生時，可用72.2%普力克水劑800倍液加50%福美雙可濕性粉劑800倍液噴布，每平方米用藥液2~3千克。視病情隔7~10天再用1次，連續2~3次。
3.辣椒病毒病
辣椒病毒病症狀類型多樣，常見有花葉、黃化、壞死和畸形等4種，以花葉症狀為主。輕型花葉病株無明顯畸形或矮化，葉片出現濃淡相間的花葉斑駁狀；重型花葉病株嚴重矮化，葉片皺縮、畸形、凹凸不平，凸起部分呈皰狀，病株結果小而少、畸形，產量和品質大降。
防治方法：①選用中椒2號、甜雜2號、雙豐、中椒4號、早豐1號、蘇椒2號、蘇椒3號、農發等抗病品種。②清潔田園，避免重茬，可與蔥蒜類、豆科和十字花科蔬菜進行3~4年輪作。③利用銀灰色膜避蚜、黃板誘蚜。④進行藥劑防治，前期要著重治蚜，減少傳毒媒介。⑤培育壯苗，覆蓋地膜，適時定植，加強水肥管理，增強植株抗病能力。
4.辣椒炭疽病
主要危害果實和葉片，也可侵染莖部。葉片染病，初呈水漬狀褪綠斑，後逐漸變為褐色。病斑近圓形，中間灰白色，上有輪生黑色小點粒；病斑擴大後呈不規則形，有同心輪紋，葉片易脫落。果實染病，初呈水漬狀黃褐色病斑，擴大後呈長圓形或不規則形，病斑凹陷，上有同心輪紋，邊緣紅褐色，中間灰褐色，輪生黑色點粒；潮濕時，病斑上產生紅色黏狀物，幹燥時呈膜狀，易破裂。地勢低窪、排水不良、密度過大、氮肥使用過多、蟲害嚴重時都會加重病害。
防治方法：①選用無病果留種，防止種子傳病。②藥液浸種，方法是用冷水將種子預浸4~5分鍾，再投入10%的硫酸銅溶液中5分鍾，可殺死種子表麵的病菌。③選用抗病品種。④防止果實在強烈的陽光下曝曬。⑤發病前後噴藥2~4次，可選用50%托布津可濕性粉劑500~800倍液，50%多菌靈可濕性粉劑800~1000倍液，70%代森錳鋅可濕性粉劑600~800倍液噴霧。
5.辣椒灰黴病
幼苗發病，幼莖縊縮變細，子葉腐爛，幼苗倒折死亡。成株發病，多於莖部產生不規則形水漬狀病斑，後變褐色至灰白色，病斑擴展到繞莖一周時，其上端枝葉萎蔫枯死。潮濕時病部表麵長有黴狀物。病果病部灰白色、軟腐，後期病部長有灰色黴狀物。棚室內在冬春季，氣溫偏低，放風不及時，棚內濕度大，灰黴病極易發生和蔓延。
防治方法：①地膜覆蓋栽培，注意密度不要過密。②施足基肥，適時追肥，嚴防大水漫灌。③做好溫、濕度調控，盡量降低棚內濕度。④及時摘除病果、病葉，攜出棚外深埋。⑤藥劑防治。可用50%撲海因可濕性粉劑1500倍液，或50%農利靈可濕性粉劑1000倍液，或50%速克靈可濕性粉劑2000倍液，或75%百菌清可濕性粉劑500倍液，或50%多菌靈可濕性粉劑1000倍液加50%撲海因可濕性粉劑2000倍液，交替使用，隔7~10天1次，連續用藥2~3次。亦可用10%速克靈煙霧劑，每畝每次200~250克熏蒸，隔7天1次，連續2~3次。
6.辣椒疫病
主要危害葉片、果實和莖。幼苗期發病，多從莖基部開始染病，病部出現水漬狀軟腐，病斑暗綠色，病部以上倒伏。成株染病，葉片上出現暗綠色圓形病斑，邊緣不明顯；潮濕時，其上可出現白色黴狀物，病斑擴展迅速，葉片大部軟腐，易脫落，幹後成淡褐色；莖部染病，出現暗褐色條狀病斑，邊緣不明顯，條斑以上枝葉枯萎，病斑呈褐色軟腐；潮濕時斑上出現白色黴層。果實染病，病斑呈水漬狀暗綠色軟腐，邊緣不明顯；潮濕時，病部擴展迅速，可全果軟腐，果上密生白色黴狀物，幹燥後變淡褐色、枯幹。
防治方法：①選用抗病品種。②實行3年以上輪作。③培育無病壯苗。④避免田間漬水，雨後及時清除發病中心。⑤畦麵覆蓋地膜或稻草。⑥注意排水，控製田間濕度。⑦藥劑防治。可用25%甲霜靈可濕性粉劑或64%殺毒礬M8可濕性粉劑500倍液澆根和噴灑地麵及葉片，每7~10天全株噴藥1次，連噴2~3次。
7.辣椒白絹病
發病初期葉片不變化，後逐漸變黃；莖基部皮層組織暗褐色，近土層處開始腐爛；莖基部發病常有肉眼可見的白菌絲狀體，植株基部土層也可見。後期，菌絲墊土出現白菜籽大小的由淺黃轉褐的小菌核，與土壤相接觸的果實和枝條也可受到感染。高溫地區發病廣，高溫、高熱利於白絹病發生。雨後，天氣突然幹旱，病症表現得更厲害。
防治方法：①3年以上輪作。②結合整地深耕，每畝撒石灰粉50~100千克。③凡用有機肥作基肥的，一定要充分腐熟。④及時拔除中心病株，穴內撒石灰粉消毒。⑤發病初期，用77%可殺得可濕性粉劑600倍液，或70%代森錳鋅可濕性粉劑600倍液，或25%多菌靈可濕性粉劑600倍液，或70%甲基托布津可濕性粉劑600倍液噴淋植株基部。交替使用，每隔7~10天1次，連用2~3次。
8.辣椒灰斑病
主要危害葉片，有時也危害葉柄和莖。發病初期，葉片病部呈褐色小點，迅速擴展成為圓形或不規則形病斑，中間灰白色，邊緣暗褐色；病部中央常破裂穿孔，病葉極易脫落。病害多從下部葉片開始發生，逐漸向上發展，嚴重時整株葉片落光而形成光稈。潮濕時，病部可見深褐色黴狀物，可與白星病區別。高溫高濕、偏施氮肥、排水不良等都會誘發病害。
防治方法：①苗床使用的有機肥要充分腐熟，床土要消毒，育苗地不能用發過病的舊床。②苗床要通風透氣，及時拔除發病植株。③苗床中後期要噴70%代森錳鋅可濕性粉劑500倍液2次，成株期可結合炭疽病同時防治。
9.辣椒白星病
主要危害葉片，苗期和成株期均可染病。葉片染病，從下部老熟葉片起發生，並向上部葉片發展。發病初始產生褪綠色小斑，擴大後成圓形或近圓形，邊緣褐色，稍凸起，病、健部明顯，中央白色或灰白色，散生黑色粒狀小點，即病菌的分生孢子器。田間濕度低時，病斑易破裂穿孔。發生嚴重時，常造成葉片幹枯脫落，僅剩上部葉片。連作地、地勢低窪、排水不良以及種植過密、通風透光差、植株生長不健壯的田塊發病重。
防治方法：①注意輪作。②合理密植，深溝高畦栽培；雨後及時排水，降低地下水位；適當增施磷鉀肥，促使植株健壯，提高植株抗病能力。③保持田園清潔。④藥劑防治。在發病初期開始噴藥，可選用80%新萬生可濕性粉劑800倍液，或80%山德生可濕性粉劑600~800倍液，或50%托布津可濕性粉劑1000倍液，或77%可殺得可濕性粉劑1000倍液，或75%百菌清可濕性粉劑600倍液，或70%代森錳鋅可濕性粉劑600倍液等，每隔7~10天噴1次，連續噴2~3次。
要有針對性地用藥。病蟲害的發生有規律可循，必須抓住初發階段，在對藥劑抵抗力較為薄弱的時候，進行噴藥防治效果最好。這樣能減少用藥防治次數、減輕農藥汙染、減少生產成本。