隨著工業革命的發展和新興資產階級隊伍的不斷壯大，英國國內要求自由貿易、開放印度市場的呼聲越來越高。舊的重商主義政策逐漸不適應新的形勢，從而加速了東印度公司在印度壟斷地位的結束。
以後的印度總督韋爾斯利勳爵和黑斯廷斯侯爵的侵略政策使得東印度公司得以控製幾乎所有印度的地區（旁遮普、信德省除外）。印度王公成為公司的附庸。但是全部控製印度的代價是加劇了公司財務狀況瀕臨崩潰的邊緣。東印度公司被迫向議會求助，於是就有了英國議會1813年《特許狀法案》的頒布，其中包括：宣稱英國政府對東印度公司在印度的領土擁有主權；延長公司特許狀二十年，但是剝奪公司在印度的貿易壟斷權（除了茶葉貿易以及公司對中國的貿易壟斷權）；要求公司區別它的商業和地租賬戶；印度向傳教士開放。1813年《特許狀法案》使東印度公司對印度貿易的壟斷權徹底被取消。自此，英印貿易的主導地位逐步過渡到英國私商手中，重商主義政策受到沉重打擊。
英國工業革命和隨之而來的尋找市場與自由放任經濟思想的崛起，是形成英國議會1833年《特許狀法案》的背景。該法規定：廢除東印度公司剩餘的貿易壟斷和剝奪其所有商業職能；公司的政治和行政權力延長二十年；使管理局具備完整的權力和權威來統治東印度公司。正如夏爾馬教授總結說：“管理局主席現在成為印度事務部長。”發起編纂法律的機製；公司統治下的任何職位向所有人開放，不得以宗教、出生地、血統或膚色為理由（事實上這個條款直到進入20世紀仍未能真正落到實處）。從1834年起，東印度公司僅僅作為英國政府管理印度的代理機構而已。
又過了二十年，1853公司《特許狀法案》規定，東印度公司受英國政府的委托繼續管理英屬印度各項事務，直到英國議會另作決定為止。
但是，印度土兵反對英國指揮官的兵變加速了東印度公司的結束，部分原因是英國人試圖把印度“西方化”（Westernise）所造成的惡果。1857年印度民族大起義（英國稱作“大兵變”），也有印度人稱之為“第一次獨立戰爭”。印度大起義曆時半年，最終以被英國鎮壓而失敗，交戰雙方均付出了慘重的人員傷亡代價，此次事件給印度造成廣泛的破壞。大起義沉重打擊了英國在印度的統治，迫使英國必須對印度的統治政策做出調整。之後英國政府接管東印度公司在印度的殖民政府，開始直接統轄印度，預示著英國統治印度時代的到來。英國政府在南亞次大陸委任總督來管理印度，維多利亞女王（Queen Victoria）加冕為印度女皇。1858年，英國東印度公司被解散。1858年8月2日，英國議會通過《印度治理改善法案》，取消東印度公司，成立印度事務部，下設谘詢機構“印度參事會”；總督改為副王，作為英國駐印度的代表。此外，英國還在印度設立了立法委員會，其中增加了印度代表，其目的是為了籠絡印度上層社會人士，讓他們進入統治機構，以便加強英國在印度統治的穩定性。最重要的是，英國議會取消了達爾豪西任印度總督時所頒布的“絕嗣喪權原則”。1859年11月，經過改製後的英印政府，副王舉行了盛大的招待會，並借此宣布，廢除這一侵害王公權力的原則，並表示英印政府準許印度王公指定養子作為自己的繼承人，並把原來東印度公司統治印度時期吞並的一些印度土邦歸還給原來王公的繼承人，這大大緩和了英印殖民政府與印度土邦王公之間的矛盾。在1861年到1864年間，英國還對英印軍隊實行改編，吸取1857年印度民族大起義的教訓，大大增加駐印英軍的數量。19世紀60年代中期，東印度公司在印度的所有財產交付英國政府。應當說，經過英國政府“國有化”運動後，東印度公司失去了在印度所有的行政權力，失去了它的印度財產，包括英印軍隊。但是，東印度公司代表英國政府繼續管理茶葉貿易（尤其是與聖赫勒拿島），直到1874年1月1日《東印度股票紅利贖回法案》生效後，東印度公司法人地位就此終止。《泰晤士報》評論說：在人類曆史上它完成了任何一個公司從未肩負過，和在今後的曆史中可能也不會肩負的任務。有意思的是，東印度公司的員工和前員工在1849年於倫敦成立了東印度會。該會至今仍然存在，會所位於倫敦聖詹姆士廣場16號。