1857年，由於印度民族大起義的爆發，東印度公司麵臨著被英國政府取消的危險，作為公司的高級職員，密爾當仁不讓地作為公司的代表向議會提交了請願書，為東印度公司在印度的百年殖民統治進行辯護，為此並寫下了很多小冊子。不過，1858年密爾親自起草的請願書有廣義和狹義之分。狹義上講，僅指1858年《東印度公司請願書》（The Petition of the East-India Company）；廣義上，請願書還包括密爾起草的很多小冊子，包括《過去30年來印度政府諒解備忘錄》（Memorandum of the Improvements in the Administration of India during the Last Thirty Years）、《致普通業主法院的報告》（Report to the General Court of Proprietors）、《憲政視野下的印度問題》（A Constitutional View of the India Question）、《建議理事會的觀察》（Observations on the Proposed Council of India）、《實際觀察前兩個問題的建議的印度政府決議》（Practical Observations on the First Two of the Proposed Resolutions on the Government of India）、《印度道德的辯論》（The Moral of the India Debate）、《理事會主席印度最好的政府》（A President in Council the Best Government for India）、《東印度公司致管理局主席的信》（Letter from the East India Company to the President of the Board of Control）。
本節筆者要論述的是廣義上的請願書，因為它們寫於同一年，都是為第一份提交英國議會的請願書更好進行造勢而寫的，內容上是連貫一致的，目的是相同的，均是強烈反對英國政府取代東印度公司在印度的殖民統治。
學者道格拉斯·皮爾斯在他的文章中這樣寫道：“1857年印度民族大起義爆發的消息一旦傳到倫敦，東印度公司的死期就到了。盡管對這次起義的原因存在相當大的分歧，當時和現在評論者一般都同意這樣的觀點：1857年和1858年印度北部民事和軍事叛亂危及到了英國對印度的控製。”害怕失去印度，再加上聳人聽聞的論述，往往虛構的印度男性對歐洲女性犯下的暴力行為，所有這些從英國在印度據點到各大城市引起的恐慌迅速蔓延。印度民族大起義被殘酷鎮壓之後，英國社會的主流呼聲大多是呼籲報複懲罰叛亂的印度人。當時的英國首相帕麥斯頓勳爵（Lord Palmerston）著迷於一項夷平新德裏的提案；而埃倫伯勒勳爵（Lord Ellenborough）也不甘示弱，歇斯底裏地提出閹割印度德裏的所有男人，把德裏改名為閹人阿巴德（Eunachabad）。在這樣一種英國社會“空前團結”的氣氛下，英國的政治家們需要找到一個發泄國民怨恨的替罪羊，很快他們就找到了那個早就遭受非議的東印度公司。但是，東印度公司肯定不會接受這樣的指控。於是作為公司印度通訊處檢查官的密爾就被推到了風口浪尖，負責回擊英國議會內政客們的“栽贓陷害”。於是，密爾臨危受命，采取兩線反擊策略：一方麵，他向英國議會提交了東印度公司請願書；另一方麵，他向廣大英國民眾散發代表東印度公司立場的小冊子（見上文），總的目的隻有一個，就是為公司辯護洗脫罪名。從中，我們可以看出當時英國輿論對東印度公司態度在社會上引起了多大的反響。從當時的情況來看，密爾是在被迫擔負一項不可能完成的任務，為一個氣數已盡的公司撰寫墓誌銘。密爾對東印度公司恪盡職守，無論是在公司被取消時還是在後公司時代，他都堅定支持東印度公司。早在密爾做《威斯敏斯特評論》編輯時，他曾經謝絕過一項提議，原因是那個提議對東印度公司使用了過於苛刻的語氣。
其實密爾為東印度公司寫請願書已不是第一次了，但這次應當是最後一次。如上所述，早在1852年，公司特許狀展期（renewal）時，密爾就曾為公司寫過請願書，不過當時的情況和這次完全不同。那時更多是例行公事，盡管那時，密爾也關注公司的安全問題，但畢竟公司在印度還沒有發展到存亡絕續的地步。不過因為它們都是為東印度公司辯護，因此，很多內容有相似之處。經過我們仔細研究這些請願書，我們發現密爾從一個名不見經傳的小職員，到東印度公司通訊部門的總負責人，經曆了漫長的三十五年歲月。從開始時的年少不經世事，不適應公司官場文化到為了獲得最大利益逐步學會妥協，密爾與公司之間的關係是緊密的，他對印度事務的觀點也開始與公司對印度的那些觀點逐步接近或相似。尤其是到了1856年後，他成為東印度公司通訊部門的總檢查官，某種意義上，密爾本人就代表了東印度公司內的主流話語權。
不幸的是，對於東印度公司來說，1857年印度大起義（英國人稱為印度兵變），有關它的死亡、災難的創傷故事，和明顯的政治管理不善，不可避免地被英國政府和在野反對派視為一個失敗，要求英國議會通過一個激進的立法來進行補救。的確，1857年印度民族大起義給了東印度公司的對手們一個反擊的絕佳機會。
從商業的角度講，因為公司對印度和東方貿易的壟斷，早就引起很多競爭不過它的同行的怨恨。英國東印度公司從1600年成立起，它與其他競爭對手之間的鬥爭就一直存在，但是由於英國政府的庇護，公司的根基並未動搖，但還是在1813年做出了讓步。英國工業和商業利益傳統上就敵視東印度公司，指責公司蓄意阻撓他們進入印度市場。
宗教團體對東印度公司也不滿，而且也是由來已久。因為自18世紀後期以來，傳教團體在印度受到東印度公司的排斥。東印度公司當時為了避免讓印度人產生這樣的錯覺，即英國傳教團體的活動有可能傷害到印度人的宗教感情，如果這樣的話，將會引發印度社會的動蕩，因此東印度公司禁止福音派在印度任何形式的傳教活動。禁止傳教的另外一個原因可能與基督教自身的教義有關。眾所周知，基督教義中的平等思想，如果被習慣了專製的印度人切實領悟，將會對公司在印度的殖民統治極為不利。
英國議會中有些利益集團也呼籲英國政府取消公司，目的是為了保證它們自己不受阻礙地獲得英屬印度殖民地提供的諸多資源和機會。
另外，純粹的文學家對於東印度公司這樣一個商業機構統治千百萬印度人的命運表示擔憂，認為公司在印度的殖民專製統治會潛在地威脅英國人一直引以為豪和極力標榜的所謂自由理念和代議製度。當然這些人更多是從人道主義的角度出發，他們與東印度公司之間並不存在任何個人恩怨。
對於以上“敵人”的圍攻，東印度公司其實也在逐步做出某些妥協。像前麵提到過的1813年《特許狀法案》，東印度公司就放棄了對印度貿易的壟斷權；1833年《特許狀法案》公司又放棄了對中國貿易的壟斷權。隨著東印度公司的商業職能在19世紀上半葉的逐步消失，它已經轉型為一個政治機構。雖然期間也有過解散東印度公司的呼聲與訴求，但公司並未感受到真正的威脅。一方麵，這恐怕和英國政府的態度有直接的關係。因為英國政府發現，直接統治印度，很可能給自己帶來很多不必要的麻煩，比如說經濟、社會和政治問題的尷尬，在這一點上英國政府在美洲和其他地方已經得到了足夠多的教訓，英國政府不想重蹈覆轍。與其出力不討好，還不如讓東印度公司做自己的代理人走向殖民統治的前台，英國政府則在首都倫敦發號施令更穩妥，而當時的雙重政府管理機製運行尚可，所以，英國政府在1857年印度民族大起義之前從未真正下定決心廢除東印度公司在印度的殖民統治。
另一方麵，多年來東印度公司自恃有英國政府的庇護和支持，對於英國國內不同敵對團體的批評基本是不屑回應，或者說對反對聲音反擊力度不夠。所以針對東印度公司的過激的批評言辭逐漸在英國形成了一股不容忽視的力量，這些都不利於公司在英國公眾心目中的形象。到了1857年，情況開始明顯不一樣了。因為英國倫敦當局麵對來自印度的鋪天蓋地的各種信息，難辨真假，即使是那些曾有過印度經曆、對印度情況比較了解的政治家們也開始不知所措。畢竟，此時的英國公眾輿論幾乎一邊倒地批評東印度公司在印度鎮壓起義不力，導致了英國人在印度生命財產的巨大損失。以後的事實證明，東印度公司在1857年印度民族大起義初期的確沒有高度重視，沒有及時出兵平叛，導致起義迅速在印度各地蔓延。公司事後承認低估了這場危機的嚴重性，或許因為它對於自己治下印度臣民的哭聲早已習以為常。應當說，1857年印度民族大起義，使英國政府認識到要維持並擴大不列顛在印度的殖民統治，就必須要有一個強有力的組織領導機構，而這個機構又必須直接由代表整個英國的王國政府來控製和領導。
1857年9月，印度大起義的信息早已傳到倫敦，此時的密爾和他東印度大廈的同事沒有什麼不同，他在寫給妻子哈麗特的信中說，印度新聞在我看來的確很糟，但我認為，沒有任何不好的苗頭。不過，密爾和他的同事們很快意識到問題的嚴重性。由於來自於印度的危言聳聽的各種消息，以及上述講到過的東印度公司眾多“敵人”的惡意詆毀與中傷，英國政府承受著來自社會各方麵巨大的壓力，發現自身麵臨著艱難的抉擇：要麼取消東印度公司，要麼對印度實行直轄殖民統治。
到1857年底，東印度公司的董事會獲悉英國帕麥斯頓政府正在著手準備實施新措施，結束公司對印度的殖民統治，公司董事顯然已經指示密爾和其他顧問開始準備為東印度公司在印度的殖民統治辯護。然而，他們仍然沒有得到確切的有關帕麥斯頓政府新憲製安排的相關信息。12月31日，董事會主席據此向帕麥斯頓提交了一份簡短的為東印度公司立場辯護的文件，並谘詢帕麥斯頓的印度條例草案的細節。但是，直到1858年1月18日帕麥斯頓才答複說，他的政府對東印度公司的意見會給予應有的重視，但是，在政府新的印度條例正式提交英國議會審議之前，對新條例他不便提供任何更多信息。東印度公司董事們盡管仍然一頭霧水，但還是意識到自己的時間已經不多了。公司也開始展開反擊，因此，為東印度公司在印度百年殖民統治進行辯護成為一項艱巨的任務。在這個大膽的辯護反擊中，密爾起到了至關重要的領導作用。