盡管密爾絞盡腦汁、處心積慮地為東印度公司辯護，但公司在印度的殖民統治明顯氣數已盡。英國政府最終還是決定直接統治印度，但密爾並非沒有收獲。至少他相當滿意地看到必要的製衡被包含在新成立的印度體製中——他認為這對印度的“好政府”至關重要——通過國務秘書的理事會適當地納入新的權力分配。密爾平靜而略帶驕傲地回顧了他曾扮演的角色，在致澳大利亞政治家亨利·查普曼（Henry Chapman）的信中，他說：“我此時的感情，東印度公司將被取消，但我們已經成功地得到幾乎所有我們為之主張的原則，在組成的印度新政府中被采用，最初攻擊我們的人比我們自己更遭受打擊。”
後來，在《自傳》中，密爾對東印度公司的命運表示了擔心，“東印度公司為了討好英國議會，換句話說，為了討好帕麥斯頓勳爵，結束了自己作為國王之下的印度政府的一個分支，把印度的行政管理淪為英國議會二流政客們爭奪的產物”。
在1858年8月，為表彰密爾傑出的能力和多年來對東印度公司孜孜不倦的熱情，尤其是在為公司辯護的最後歲月中的傑出貢獻，以及最近英國議會討論期間對公司的幫助；東印度公司董事贈予他一份特殊的禮物——五百基尼。9月2日，東印度公司在英國國內的政府正式結束，密爾從東印度大廈離開。他拒絕了印度新理事會提供的職位，拒絕接受東印度公司同事贈送給他的銀墨水瓶架（silver inkstand），和永遠不會再次在英屬印度國內政府尋求或擁有一官半職。事實也是如此，在東印度公司改組完成之後，印度國務大臣斯坦利勳爵邀請密爾擔任評議會委員一職，後來評論會為了填補自身的一個空缺，再次向密爾發出了邀請。然而，作為東印度公司辯護人的主要領導者，密爾拒絕接受印度新理事會提供給他的職位。關於婉拒的理由，密爾給出的答案是：“因為我一生中對東印度公司的貢獻已經足夠大了……新製度下的印度政府的狀況使我預料到參與其政隻會給我帶來煩惱和浪費精力；而此後發生的一切未曾使我後悔我的這一謝絕。”或許還有這些原因，比如說密爾對英國政府直接統治印度根深蒂固的偏見，以及他關心妻子的健康和後來悲痛於他妻子的離世等等，都導致了密爾不再從事與印度有關的職業。
英國政府直接統治印度的時代開始了，維多利亞女王根據1858年的《印度政府改進法案》，發表了《告印度人民書》。在這篇敕文中，維多利亞女王首先申明，東印度公司過去在印度所占領的土地和對印度的統治已正式移交英國政府，這些領土上的印度臣民必須效忠英王及其繼承人，印度臣民要服從英王委派的管理印度的全印總督。文告用了近三分之一的篇幅宣布英國政府對1857年印度民族大起義的處理態度：即英國政府準備采取寬大處理的原則，對於那些“誤入歧途”但願意“洗心革麵”的印度人予以寬恕。但是文告同時強調，對於那些在大起義中對英國人犯下“滔天罪行”、不可饒恕的人，將會嚴懲不貸。文告不無自豪地說：“我們在軍事上鎮壓了那次叛亂，顯示了我們的威力。”真是一語道破天機！最後，維多利亞女王代表自己和大英帝國做出承諾：“刺激印度的和平工業，發展和改善公用事業，為我們居住在此的所有臣民的利益而實施行政管理。他們的繁榮就是我們的力量；他們的滿意就是我們的安全；他們的感激就是我們最好的回報。”1858年11月，維多利亞女王正式加冕為“印度女皇”，這標誌著東印度公司的終結和英國政府對印度全麵直接統治的開始。與維多利亞女王對印度未來充滿信心形成鮮明對比的是密爾失落沮喪的情緒，麵對朝夕相處為之工作了三十五年的東印度公司行將成為曆史，密爾不無感慨地說：“東印度公司的命運就是提出由一個文明國家（英國）統治一個半野蠻附屬國（印度）的真正理論，並且在完成這項工作之後，就終結了自己（東印度公司）。在兩代或三代之後，如果這種經過深思熟慮得來的成果會成為我們在印度統治所剩下的唯一果實，那麼這將是一筆獨特的財富。”的確，密爾對自己的東印度公司工作生涯還是蠻眷戀的，“我現在不知道還能找到什麼能維持生計的職業，而且能比我這份職業更適合一個沒有依靠卻又總是渴望從二十四個小時中抽出部分時間用於個人的知識追求的人”。盡管多少有些傷感情緒，但是密爾還是很樂意在領取所授予的豐厚退休金後解甲歸田。