事後，南直隸參與圍剿的部隊紛紛上報剿滅倭寇的功勞，彙總了各方的數據後可以知道，圍剿這四五十個倭寇的明軍已經超過了兩萬人，而被倭寇前前後後殺死的軍民則近千人。
四五十個人在浙江和南直隸大搖大擺地晃蕩了一個多月，燒殺搶掠無惡不作，而南直隸和浙江的明軍竟然束手無策，眼睜睜地看著那些倭寇橫行霸道，這頓時激怒了宣德帝，將那些上奏請功的奏章一股腦地摔在了地上，他實在是想不到那些明軍將領還有臉邀功。
與此同時，這也從側麵反映出了南直隸和浙江的明軍訓練鬆懈，士氣低落，以至於戰鬥力低下以及畏戰心理，倘若有一個衛所的明軍拚死力戰，那夥倭寇豈能在南直隸和浙江如入無人之境？
天子震怒，後果非同凡響，那些等著朝廷賞賜的南直隸和浙江都司的將領頓時倒了大黴，被宣德帝撤職查辦，軍閣在宣德帝的禦命下開始追查此起事件存在的怠戰和畏戰等事情，後來又一股腦地牽扯了一大批武官出來，震動了江南軍界。
為了清除一直困擾大明沿海的倭患，宣德帝召集了軍閣閣員、內閣閣員和六部尚書前來議事，準備對倭寇進行大力打擊，以確保大明東南沿海的安全。
李雲天雖然不是軍閣閣員，可宣德帝在結束與韃靼、瓦剌的戰爭後下了一道禦命，讓李雲天“權軍閣事”，這意味著李雲天雖不是軍閣閣員但擁有軍閣閣員一樣的權力。
本來，以李雲天所立下的功績和他在軍中的威望完全能夠擔任軍閣的閣員，不過如此一來李雲天就要放棄講武堂的職務，因為按照規定軍閣的閣員不能統兵。
宣德帝既想讓李雲天進軍閣參與軍務大事，同時又想讓李雲天繼續給大明練兵，故而就想了一個折中的辦法，那就是給了李雲天一個加銜“權軍閣事”。
反正天下間的事情都由宣德帝說了算，既然宣德帝說如此辦理此事可行，那麼朝廷裏自然沒人再多言。
宣德九年十月上旬，乾清宮，東暖閣。
李雲天首次以“權軍閣事”的身份參與了大明這次最高等級的廷議，商議清剿為禍沿海的倭寇的相關事宜。
不過，李雲天的心思並沒有放在廷議上，而是神色擔憂地望著坐在暖榻上不停咳嗽、神色憔悴的宣德帝。
近一年來宣德帝的健康很不好，不僅咳嗽的次數增加而且也越來越劇烈，根據李雲天得到的消息宣德帝現在每天都會咳出血來，而太醫卻束手無策，隻能對宣德帝的龍體進行全力調養。
在李雲天看來，如果宣德帝的病情無法得到有效抑製的話，那麼後果不堪設想，大明將進入一個非常微妙的時期，畢竟太子現在才七歲而已，根本無法承擔起執掌大明的重任，屆時就會發生很多意想不到的事情。
在張輔和楊士奇、蹇義等人看來，如果要清除大明沿海的倭患，那麼就必須要掃蕩了倭寇在海上的據點，使得倭寇無法遠航。
倭寇的據點有日本的對馬島、壹岐、平戶島和五島列島，以及大琉球、小琉球、瓊州，再加上大明和朝鮮王國近海的一些島嶼。
值得一提的是，前期的倭寇是以日本海盜為主，主要活動範圍為臣服於元朝的高麗王國的海域。
這是因為高麗國的軍隊在元世祖忽必烈兩次征討日本的行動中對日本的對馬、壹岐、鬆浦和五島列島等地的居民進行了屠殺，因此前期倭寇以這些地區的幸存者為主要力量，對高麗沿海進行含有報複式的掠奪和殺戮行為。
這樣做，一方麵可以奪回被高麗軍俘虜回國的島民，另一方麵也可以掠奪高麗王國的糧食以彌補因高麗軍的破壞而變得更加羸弱的農業。
因為這個原因，後來的朝鮮王國在史料中將對馬島、壹岐島和平戶島上的日本人稱為“三島倭寇”。
也就是說，這個時期倭寇的產生是為了報複高麗王國。
隨著大明與日本間勘合貿易的盛行，以及對馬島與後來的朝鮮王國之間開放了貿易，前期倭寇也逐漸式微。
後期的倭寇指的是靖難之役後襲擾大明沿海的海盜，由日本人和沿海那些因為海禁而失去生計的大明百姓所組成。
這個時期的倭寇首領有日本浪人，也有日本大名扶持的代理人，還有大明的武裝船主，有著各自的活動區域。
因此，為了剿滅那些倭寇大明要做的就是攻占倭寇們賴以生存的島嶼，迫使倭寇無法在海上續航，以確保大明海域的安全。