五、掃蕩了敵人的集團武力後，治安工作由民眾自衛和警察來維持。為此，要確立通過保甲製度而形成的民眾自衛組織和訓練有素、裝備精良的警察，使之保持密切的聯係。隨著清鄉地區治安的確立，日華軍隊撤離清鄉工作區，駐於其外圍，以防敵人奪回該地區，同時做好下一步對相鄰地區采取行動的準備。
六、在確立治安的同時，重建精幹的地方行政機關，以便穩定政治和經濟。為此，要事先選派已經訓練的行政委員隨同討伐軍一起行動，迅速重建行政機關。但要盡快以當地頭麵人物為主組成自治組織，由此取代區公所以下的地方機關。
首先要提高清鄉地區的民眾生活水平。當前，要采取強有力的保護經濟的政策，爭取掌握民心。而且，要謀求複興產業和引進民族資本，以期清鄉地區的財政獨立。
七、日軍對政治和經濟不幹預。為此，在清鄉工作開始的同時撤走日軍在清鄉地區的政治、經濟領導機關和物資機關。
第一期清鄉地區定為蘇州附近的常熟、無錫、江陰、昆山、太倉五個縣。
八、第一期清鄉工作，宜通過四個月準備，三個月討伐，大致完成。所需經費向行政院告借兩千萬元，清鄉委員會於一年後向政府還清。
（日方和汪偽政府一起製定的清鄉工作大綱原文摘自上海譯文出版社1985年出版的晴氣慶胤的《滬西“七十六號”特工內幕》）
後來，清鄉工作大綱經過汪偽政府的傳達，逐漸簡化為以“軍政並進，剿撫兼施”、“三分軍事，七分政治”為方針，首先從蘇南地區開始，其次在太湖東南、上海郊區及蘇、淮特別區進行，接下來又在鎮江、蘇北及浙江部分地區展開，最後在安徽、廣東、湖北部分地區推行。
而“清鄉運動”的第一步是“軍事清鄉”：汪偽政府在清鄉地區修築碉堡炮樓、封鎖溝、封鎖牆、竹木籬笆，拉設鐵絲網、電網，分割和封鎖抗日根據地，然後對抗日根據地實施“掃蕩”；
第二步是“政治清鄉”：汪偽政府在清鄉地區廣泛宣傳“中日親善”、“和平建國”，在對群眾進行宣傳的同時，實行編組保甲、連坐聯保，組建警察保安武裝，推行自首和策動告密的方法，以強化其法西斯統治；
第三步是“經濟清鄉”：汪偽政府在清鄉地區實施嚴格的物資統製政策和物資封鎖禁運政策，對抗日根據地實行經濟封鎖；
第四步是“思想清鄉”：汪偽政府在清鄉地區建立機構控製學校，出版報刊，組織“青少年團”，開展反共教育。
（清鄉運動的步驟摘自《抗日烽火之烽火燎原》）
李士群操縱“清鄉委員會”
清鄉運動開始後，李士群在南京舉辦了清鄉工作人員訓練班，調集了汪偽政府和汪偽76號的千餘名骨幹，開始了針對遊擊戰的訓練，而李士群在上海特工總部也開辦了特工人員訓練班，訓練大批特務，配合清鄉。
1941年6月，汪精衛決定以蘇州為清鄉試驗區，先在蘇州實施清鄉，然後再沿京滬鐵路向四麵展開。李士群對此非常滿意，作為清鄉委員會蘇州辦事處處長，他打算大幹一場。
為了搞好蘇州的清鄉運動，李士群還向汪精衛申請，要求汪偽政府海軍部和航空署配合清鄉行動，加強水上巡邏和空中偵察，得到了汪精衛的許可。雖然當時汪偽政府的海軍和空軍隻有兩艘艦艇和三架教練機，但李士群還是非常樂意獲得這兩艘艦艇和三架教練機的調配權。
經過一個多月的籌備，清鄉委員會駐蘇州辦事處的各個機構在1941年7月上旬籌建完畢，李士群的清鄉委員會蘇州辦事處足足有三百多人，規模龐大。辦事處建設好後，李士群請汪精衛來視察，當時，汪精衛正好去日本“謀求增進兩國親善關係”，實則就是去討好他的日本主子，不能來蘇州視察，於是汪精衛的夫人陳璧君和汪偽政府內政部部長陳群、宣傳部部長林柏生就到蘇州去視察了李士群的清鄉委員會蘇州辦事處。
蘇州辦事處成立後，晴氣慶胤帶著幾名日軍參謀來到了蘇州，名為來替李士群出謀劃策，實則是監督李士群的清鄉運動。
在清鄉運動開展後，李士群和日軍的部分作戰部隊配合，打擊了新四軍的部分力量，占領了常熟、東塘等抗日根據地，破壞了當地的抗日遊擊隊和中國共產黨的地方組織，還“清剿”了當地老百姓的糧食。
隨即，李士群不斷加大清鄉力度，逐漸擴大自己的勢力範圍，從蘇州開始，“清”完了江蘇全境。李士群以清鄉為由，開始幹涉蘇州周邊大大小小的行政事務，最後，李士群在影佐禎昭的幫助下，向汪精衛申請，兼任了汪偽政府江蘇省政府主席。
自此，清鄉委員會的實權，幾乎全部落入李士群手中，清鄉委員會副委員長陳公博、周佛海因為並無實權，也沒有人馬，被李士群架空，李士群操縱清鄉委員會，打擊中國共產黨的遊擊隊，給中國共產黨的武裝力量造成了很大的損失。