秦孝公決定重用商鞅，改革朝政，於是就讓商鞅在朝堂上和重臣們商議改革之事。大臣甘龍反對說：“賢君不應該變更已有的法令，因為官吏百姓們都已經對舊法習慣了，很難接受新的事物。”商鞅反駁說：“這種說法過於世俗了。不錯，常人是不願意改變舊法舊俗的，學者是難於接受新鮮事物的，然而對他們隻可教化和引導，不能期望他們參與訂立國家的大政方針。夏商周三代以禮治國，但三代的禮是不同的；春秋五霸以法定邦，但五霸的法也是不同的。可見變法並非不妥當的舉措。”
大臣杜摯也反對變法，他說：“沒有百倍的利益，不應該變更法令，沒有十倍的功效，不應該替換器物。隻要遵循古法治國，就不會出岔子。”商鞅反駁說：“隻要對國家有利，不管利大利小，都應該變法。商湯、周武王並不遵循舊法，而能稱王於天下，夏桀、商紂沒有變更古法，卻全都滅亡了。誰說不改舊法就不會出岔子？”
秦孝公聽了這一番辯論，點頭稱讚說商鞅講得對。於是他排除貴族、重臣們的反對意見，任命商鞅為左庶長的高官，讓他主持變法。
●商鞅變法
從商鞅四次和秦孝公對談之事，可以看出兩個問題：首先，秦孝公求賢若渴，即便商鞅一開始講的話並不合他的心意，他也願意一而再，再而三地召見商鞅，態度如此誠懇，人才自然蜂擁而來，秦國必然會因此強大的；其次，商鞅一開始給孝公講帝王之道，說明商鞅的真正理想並非是純粹以法強國那一套便捷法門，他和申不害、吳起等著名的實用派法家人物是不同的，如果秦孝公有為帝為王的素質的話，他或許會拿出完全不同的改革方案出來。
所以，既是商鞅強盛了秦國，換個角度來看，也是秦國成就了商鞅，換一片土地，換一個國家，即便同樣重用商鞅，或許所最終達成的效果也會截然不同的。西秦後來以法治國，除富國強兵外並不考慮長遠利益，輕視文教，愚民勞民，這是由秦國本身的風俗民情所決定的，而不是商鞅強加給秦人的。
那麼，商鞅輔佐秦孝公改革的主要內容是什麼呢？綜合起來說不外乎四條：一，鼓勵生育；二，發展生產；三，嚴明法令；四，獎勵軍功。
先說鼓勵生育和發展生產。僻在西陲的秦國開發較晚，並且氣候相對幹旱，灌溉不足，商鞅想要大力發展生產，就必須首先解決人口不足的問題。當時農業為國家主要產業支柱和經濟來源，人口不足則有大量田地荒蕪，無人耕種，更不可能有多少人能夠脫離生產而去專門當兵打仗。所以商鞅大力鼓勵生育，並且要求百姓分家分產。數世同堂的大家族容易產生惰性，惰性強則財產難以積累，財產少則很難支持多生子女，就算生下來了也養不活。商鞅下令，百姓家中有兩個成年男子而不肯分家的，要收取他們雙倍的賦稅。
商鞅下令大力發展生產，主要是農業和手工業，凡耕田、織布卓有成效的都給予獎勵，甚至可以免除徭役。相反，懶惰、閑散，甚至“事末利”也就是從事商業活動，因此導致家貧的，不客氣，直接把你和你的妻兒、家人都罰沒為官家的奴仆。
其次是嚴明法令。商鞅把老百姓每五家編為一伍，每十家編為一什，讓他們互相監督，互相揭發。如果鄰居犯罪而不告發的，與之同罪，如果及時告發的，則可獲得獎賞，與戰陣之上斬獲敵人的首級同等記功。這種野蠻的“連坐法”，固然在當時對於社會穩定、懲罰犯罪產生了一定的效果，但也因此使得百姓人人自危，互窺隱私，失去了社會的和諧性。
第三是獎勵軍功。商鞅規定，即便你是貴族甚至是國君的親戚，如果沒有軍功，就不能任用為官，獲賞爵位，你可以仗著國君的寵信發家致富，但是富歸富，“貴”則和你無緣了。他依照爵位等級，規定了人民在生活享受上的各種規格，爵位不高，就不能穿高級衣服，不能造大宅子，不能擁有過多數量的田產。這種非常明確的等級製度目的隻有一個，想要出人頭地，想要耀武揚威，想要不被別人看不起甚至被別人嘲笑，你就上戰場殺敵立功去吧，光靠著祖宗遺產或者斂財，你一輩子都不會成為人上人。
獎勵軍功的同時，還嚴禁私鬥，私鬥者要給予嚴懲。這一製度根本打破了傳統的貴族社會的舊等級，構建出建立在軍功基礎上的新等級來。此後秦國就逐漸形成了一條不成文的法令，凡拜相者必須有軍功，凡軍功高者，就有資格拜相。
此外，商鞅還建議秦孝公把都城從雍遷到東麵的鹹陽，以對關東各國采取攻勢。在各地設置郡縣，由國君直接委派官員管轄，繞過原本處於國君和百姓之間的世襲貴族。他還統一了秦國內部的“度量衡”，以便於中央集權統治。後世挖掘出一個容積為198.574立方厘米的容器，名為“商鞅方升”，據說就是改革後設定的標準量器。
這一係列改革措施，涉及到秦國社會的方方麵麵，當然不會是一蹴而就的。據說商鞅前後兩次大規模頒布變法的法令，一次是在公元前359年或前356年，一次是在公元前350年，前後相隔十年。而商鞅的官位也從左庶長上升為大良造。
大良造本是由貴族擔任的輔佐國君的要職，自從商鞅擔任此職後，就變成了秦國真正意義上的宰相。與關東各國的宰相名稱相同的“相國”一職，則是在秦武王時代才正式設立的。
●南門立木
改革當然會遇到阻力，這些阻力主要來自於兩個方麵，一是平民百姓，二是世襲貴族。平民百姓並非不願意變更舊法，但他們更希望生活安定，不知道商鞅頒布的新法能夠持續多久，如果三天兩頭變更，朝令夕改，再好的法令也不會給百姓帶來好處，隻能使他們無所適從。
為了取得百姓的信任，商鞅製定好了新法，在頒布執行前先搞了一個試驗。他找了根三丈長的大木頭立在國都雍城的南門，招募民眾，許諾說誰能把這根木頭搬去北門，就賞賜給他“十金”。當時所謂的金，並非真正的黃金，而是指的銅，銅可以用來鑄錢，可以做高級器皿，更可以鑄造工具和武器，在當時的價值和後世的黃金不相上下。
當時的城池都很小，估計從雍城南門跑到北門，也不過半頓飯的功夫，那根木頭雖然粗大，要扛著它穿過整個城池，也不是件很難辦的事情。就為了這麼一件小事，竟然說要賞賜十斤銅，百姓們都覺得新鮮，可是又怕上當受騙，所以大家裏三層外三層地圍觀，卻誰都不願意動手。
隔了一天，商鞅看沒人肯搬木頭，就加重賞格，許諾說要賜給能搬的人“五十金”。重賞之下必有勇夫，有個大漢站出來，心說大不了上當受騙，也費不了我多少力氣，於是扛起木頭就走。他把木頭搬到北門，那裏真的早就有商鞅的部下等著呢，當場兌現承諾，付給了他五十金。
商鞅所以這樣做，就是要向百姓表明，商鞅講話是算數的，不會欺騙群眾。他說要變法，那就一定會變法，法令頒布後即不會輕易修改——經過了這次試驗以後，商鞅才開始正式頒布他的改革法令。
新法頒布下去以後不久，都城中很多人都跑去商鞅那裏，表示說：“這些新法太嚴苛了，對百姓來說太不方便了。”可想而知，在當時的社會形態下，居住在都城中，能夠見到高官商鞅，並且敢去發表自己意見的，不是貴族也是上層平民，而不會有普通百姓摻雜在其中。這些人的後台是在秦國掌握權勢的世襲貴族，他們看到商鞅的態度很堅決，沒有轉寰的餘地，又看到秦孝公完全支持商鞅的變法措施，於是就慫恿著太子駟故意去觸犯新法，想給商鞅來個難堪。
獎勵軍功，壓抑貴族，這些措施肯定是會使貴族們跳腳的，他們很想看看碰上國君的太子，也就是未來的國君觸犯了法令，商鞅將會怎樣處置。處罰太子嗎？那是不可能的，孝公絕對不會答應；放過太子嗎？則商鞅的威信就會下降，他說的話再沒人肯信，變法也就會不了了之了。
商鞅知道此事後，毫不客氣地稟報孝公說：“新法所以不能廣為推行，是因為在上位者不肯遵守。太子是未來的國君，不能隨意處置，但可以懲罰太子身邊的人，都是因為他們沒有教育好太子，才會鬧出事來。”於是派人逮捕了太子的師傅公子虔，狠狠打了一頓板子，又捉住另一位老師公孫賈，施以“黥刑”。
所謂“黥刑”，就是在臉上刺字，一輩子也抹不去，成為永久性恥辱的標誌，對於當時的貴族士大夫來說，這比殺了他更狠，讓他從此抬不起頭來。這兩個人的氏不是“公子”就是“公孫”，可見都是與秦君有血緣關係的世襲貴族，商鞅拿他們開刀，也是想要殺雞儆猴，給所有貴族們一個嚴重的警告。
據說經過這兩件事情，既安定了百姓之心，又警告了世襲貴族，新法終於得以順利地推行下去了。新法執行了十年，史書上記載說：“秦民大悅，道不拾遺，山無盜賊，家給人足，民勇於公戰，怯於私鬥，鄉邑大治。”那些最初說新法不便於民的人紛紛跑來恭賀商鞅，說：“您做得對，新法真是好東西，對老百姓和國家都太有利了。”商鞅冷笑著說：“這些都是故意搗亂的家夥。”下令把他們流放到邊遠地區去。
當然，守舊勢力是不會就此罷休的，大約在公元前342年前後，公子虔再次跳了出來，違犯新法。這次商鞅更不會輕饒他，將其處以“劓刑”，也就是割掉了他的鼻子。
●商鞅伐魏
商鞅身為秦國的宰相，雖然占居如此高位，他也並不因此把自己排除在新法之外，他必須建立軍功，這樣才能使自己的地位更為穩固，也使反對他的人無話可說，沒碴可找。他是公元前356年就任大良造的，三年以後，爆發了“桂陵之戰”，齊將田忌、孫臏大敗魏將龐涓，楚國也趁機派景舍進攻魏國，占領了大片土地。於是商鞅對秦孝公說：“時機到了，咱們應該立刻出兵伐魏。”
商鞅的建議是：“秦國和魏國距離很近，土地相連，乃是心腹大患，最終不是秦國滅亡魏國，就是魏國滅亡秦國。為什麼呢？魏國的都城在安邑（在今山西省夏縣西北），與秦國隔著黃河相望，東麵是開闊的平原，它力量強大了就可以渡河攻秦，力量薄弱的時候也可以進攻東方諸國，地理位置非常好。現在仰賴國君的賢明，國家日益強盛，而相對的魏國卻被齊國打敗，短期內無法複振。我們正好趁這個機會進攻魏國，則魏國必然被迫遷都到東方去。那時候秦國占有了河東地（今山西地區），不但有黃河，還有太行山作為屏障，就能以高屋建瓴之勢進攻和控製關東諸國了。”