秦孝公認為商鞅所言非常正確，於是就任命商鞅為主將，渡過黃河，進攻魏國的都城安邑，魏惠王無法抵擋，果然放棄安邑，遷都到東麵的大梁（今河南省開封市）。且說這是公元前352年的事情，在此前一年，魏、齊、楚所以展開大戰，全因為魏惠王進攻趙國，攻占了趙都邯鄲。在被秦軍擊敗以後，魏惠王重整兵馬，很快殺了回來，在襄陵（今河南省睢縣）擊敗齊、衛、宋三國的聯軍，齊威王被迫通過楚將景舍向魏國求和。
次年也即公元前351年，魏惠王把邯鄲還給趙國，兩國達成和解。魏是強國，猶如百足之蟲，死而不僵，惠王在暫停了對趙、齊、楚等東方各國的戰爭以後，掉過頭來直指秦國。公元前350年，魏軍包圍了秦城定陽（在今陝西省延安市東南），秦孝公感到害怕了，被迫前往彤邑（在今天陝西省華縣西南）和魏惠王談判會盟。
前麵說過，商鞅變法分為兩個階段，第二階段開始於公元前350年，也就是秦、魏談判的當年，秦遷都到鹹陽，更為深入地展開變法運動。到了公元前342年，魏軍進攻韓國，齊將田忌、田嬰、孫臏再次進攻魏國以救援韓國，在馬陵之戰中俘虜了魏國的太子申，魏將龐涓自殺。
趁著齊國在東方展開進攻，商鞅在西方再次整備兵馬，大舉伐魏，魏惠王派大將公子卬領兵抵禦。兩軍對圓以後，商鞅寫信給公子卬說：“我還在魏國的時候，和您關係就很要好，現在雖然各為其主，我卻不忍心與您對戰。不如咱們見上一麵，飲酒歡敘，順便談判退兵，則秦、魏兩國全都安穩了，豈不是好？”
魏國剛在東方被齊軍打敗，公子卬也想若能趁機罷兵，乃是上上之策，於是欣然前往會見商鞅。沒想到商鞅早就在會盟地點埋伏下了兵馬，酒過三巡，秦軍突然殺將出來，擒住了公子卬。魏兵沒有主帥，亂成一團，被秦軍徹底擊潰。魏惠王沒有辦法，隻好把殘餘的河西土地全部割讓給秦國——曾經強大的魏國就此一蹶不振。
對於商鞅的這條詭計，後人每多詬病，說商鞅品德不好，擅長詐術。然而在戰場上為了取勝，沒有什麼不可以使用的計策。況且，時代在演進，春秋時期堂堂之旗、正正之師，兩軍商定決戰場所，對圓了衝鋒的舊的戰爭模式早就已經被淘汰了——所以孫子說：“兵者，詭道也。”以此來責備商鞅，未免太過迂腐了。
●可笑的趙良的諫言
商鞅在秦國變法，使秦人得以溫飽，使秦軍得以強大，但同時他也損害了既得利益者，為自己樹立了很多仇敵。《史記》上記載了一件事情，據說商鞅非常尊敬一個名叫趙良的人，想要拜趙良為師，可趙良不但不同意，反而責備商鞅，他說：
“當年五羖大夫百裏奚在秦國為相的時候，多勞累也不乘車，多炎熱也不張傘，以道德教化百姓，使百姓淡泊名利，所以當他死後，秦國男女無不哭泣。可是現在商君你呢？你通過小人景監得以麵見國君，這種行為有損名聲；你不顧百姓的生計而修建新都，算不得什麼功勞；您逮捕處罰太子的師傅，施用嚴刑峻法，必然給自己招來禍患。您不肯以道德教化百姓，反而使百姓驅從於利；你受封為商君，稱孤道寡，打壓貴族。《詩經》上說：‘相鼠有皮，人而無禮，人而無禮，何不遄死？’按照這種說法，您不可能長壽。”
趙良這樣說，大概當時商鞅因為大權在握而變得非常驕傲（雖然他和趙良的對話倒是挺恭敬的），認為秦國的政務都必須我說了算，認為我的權柄和地位無可搖撼，所以趙良說他無法長壽，滿招損，謙受益，這樣下去，遲早會招來禍患。可是趙良下麵的話就有點不象樣了，他說：
“公子虔閉門不出已經八年了，公子賈等人也對你滿懷怨恨。《詩經》上說：‘得人者興，失人者崩’。你的統治根本就不得人心啊！想想看，你每當出門的時候，後麵都必須跟隨十輛副車，上麵裝著武器，用力氣大、武藝高的人陪伴你乘車，這些條件不具備，你都不敢出門。《書經》上說：‘恃德者昌，恃力者亡。’你這種狀況危如晨露，隨時都可能消逝，怎可期望長壽呢？你不如把封地還給國君，自己隱居起來，同時勸說秦君提拔人才，養老愛孤，教育百姓尊敬父兄，尊重有德行的人，這樣你才可能生存下去。你現在貪圖於商之地的富庶，貪圖高官顯爵，導致百姓人人怨恨，一旦秦君不在了，你還可能長保富貴嗎？”
趙良分明是和貴族們一鼻孔出氣，他認為商鞅打擊舊貴族勢力，懲罰公子虔、公孫賈他們就是“失人”，認為連百姓都會怨恨商鞅。傳統史家也都認為商鞅改革速度太快了，手段太嚴苛了，應該對原本支撐秦國的舊貴族作一定妥協，如果這樣，他就不會落個最終被車裂於市的下場。
這種想法其實是很不合乎時宜的。改革必然會觸怒既得利益者，不管你改快，改慢，做多大程度的妥協，這些既得利益者都不會放過你，在他們看來，一切遵循舊法，毫無變更才是最好的政治。所謂改革速度不應過快，那是為怕引起社會的動蕩，引發百姓的疑惑，而不是一定要向舊貴族做妥協，做讓步。從史料記載來看，商鞅在秦國的改革並沒有引起什麼社會動蕩，百姓們又怎會痛恨他呢？
事實上商鞅變法最大的弊端不在於損害了舊貴族的利益，而在於這利益損害得還不夠，不在於處舊貴族以重刑，而在於沒把他們都殺幹淨。商鞅很快就會因為自己的心慈手軟而嚐到惡果的。
趙良最後提出的建議完全是個餿主意，商鞅如果交出權力，真的去隱居了，舊貴族即日就會發起反撲，他連秦國都城都逃不出去就會被殺，根本不可能安享天年。曆來的政治鬥爭都是如此，象範蠡、張良之類功成身退的例子所以被千古傳唱，就因為是在太罕見了，並非是個人就能學樣的。後來還有人勸曹操放權去隱居，被曹操一口回絕了，曹操說：“誠恐己離兵為人所禍也。既為子孫計，又己敗則國家傾危，是以不得慕虛名而處實禍，此所不得為也！”
所以商鞅聽了趙良那番話，隻是冷冷一笑，並沒有按照趙良所說的去做。應該說，商鞅其後的身遭慘禍，確實是由其本人性格及所施行的法令而導致的，但和趙良所言，根本完全不是一碼事。
●悲劇收場
公元前338年，秦孝公死了，太子駟繼位，就是秦惠文王。商鞅的後台突然之間倒塌，公子虔之流立刻就跳了出來，指使人誣告商鞅謀反，惠文王本來就不喜歡商鞅，而且自己以前犯罪差點就落在商鞅手上，全靠兩個師傅幫忙頂罪才全身而退，因此他立刻下詔逮捕商鞅。
商鞅預先得到了消息，匆忙逃出鹹陽，跑到函穀關口。此時天色已黑，他打算先寄宿一宿，明天一早就出關去，逃往別國，沒想到旅店主人因為不認識他，所以不肯收留，說：“按照商君所訂的法令，如果我收留了沒有通行證明的客人，是要連坐被判刑的。”據說商鞅仰天長歎：“呀，沒有想到我所訂立的秦法竟然還有如此弊端！”
這則小故事記載在《史記》中，行文的筆法正說明司馬遷並不喜歡商鞅，他在其後的“太史公曰”中就說：“商君，其天資刻薄人也。”其實旅店主人就算認識商鞅，也未必敢於收留他，因為商鞅所訂立的秦法是無私的，一切都由國法所規定，不因人的身份地位高下而有所區別，按照法律，即便商鞅沒有遭到秦惠文王的追捕，他不攜帶通行證明，照樣哪裏都不能住。而商鞅最後慨歎秦法的弊端，恐怕隻是在哀傷自己的命運不濟，認法不認人，又有何弊端可言？
況且，商鞅雖然沒有住進旅店，照樣還是出了函穀關，說他沒有攜帶通行證明，恐怕不確，這個故事很可能是後人編造出來的。總之，商鞅離開秦國，想要逃到魏國去，但魏人早就對他恨之入骨，堅持不肯接納。商鞅想要通過魏國跑到別國去，魏國人認為：“商君是秦國的罪犯，現在秦國正強盛，他們的罪犯經過魏國逃亡，是會觸怒秦人的。”於是把商鞅又趕回了秦國。
商鞅沒有辦法，隻好逃回自己的封地於商，召集部屬，發兵去攻打鄭國。至於他是想殺開一條血路，跑到別國去呢，還是想占據鄭國以自立，那就沒有人知道了。
沒有國君的命令，擅自發兵攻打他國，這其實就是新法中所明令禁止的“私鬥”。商鞅自己破壞了新法，被迫展開“私鬥”，立刻就被舊貴族抓住了把柄，惠文王正式發兵進攻商鞅的軍隊，在鄭國境內的澠池交了一仗，商鞅兵敗被殺。即便如此，舊貴族們還覺得不夠解恨，於是就把商鞅的屍體載運回來，在鹹陽施以車裂之刑。惠文王宣告說：“這是一個教訓，看以後誰還敢象商鞅一般謀反作亂！”
其實商鞅根本沒有謀反，他既沒有割拒於商，抵抗秦軍，也沒有攻陷任何秦國的城池，隻是拉著隊伍想殺到外國去，保自己一條活命而已。
商鞅在秦孝公的支持下變革秦法，使得秦國日益富強，惠文王雖然殺了商鞅，也並沒有把法令再改變回來，此後的秦國就沿著商鞅所設定的道路逐步走向富強。這說明，要說秦人皆恨商鞅，那是不對的，痛恨商鞅的隻是公子虔等舊貴族而已。然而商鞅極大地損害了舊貴族的利益，甚至殘害公子虔、公孫賈等人的肉體，卻依舊饒過他們一命，除惡不盡，這才會反受所害。照理說，他應該想到一朝天子一朝臣，一旦孝公去世，太子駟登基，很可能聽信公子虔等人的讒言謀害自己，別人且不去說，這些圍繞在太子身邊的舊貴族，必須盡數鏟除，才能保證自己的人身安全和新法的不被傾覆呀！
不過從另一個角度去考慮問題，商鞅的新法固然有強國的一麵，卻也有愚民的一麵，老百姓從此就被限定在“耕”、“戰”這兩個字上，除了種地和打仗，什麼都不用想，什麼都不用管，隻要老老實實在新法的條條框框裏生存而非生活就行了。在這種情況下，統治階級再鬧什麼紛爭，誰死誰活，和老百姓全都沒有關係，所以商鞅之死，秦人並不哀傷，這對於商鞅本人來說，就更增添了濃厚的悲劇色彩。
商鞅之死，雖是悲劇，卻也是活該。