劉牢之本來就和王恭多少有點矛盾，元顯的遊說無疑更是一針催化劑——他找來兒子劉敬宣商量，後者張口就勸父親倒戈，說了幾句朝廷縱然不好，王恭卻是謀反逆賊的大道理，進而直切要害：“您和王恭既非骨肉之親，又無君臣之義，相處起來關係並不融洽，背叛他有何不可呢？”
湊巧這話被王恭手下的參軍何澹之聽見了，此人與劉牢之素來不和，獲悉了這天大的陰謀，趕忙跑去報告王恭。可氣更可笑的是王恭也知道何劉兩人不和，於是斷定何澹之是誣告，不僅不處置劉牢之，反倒請他到帳中喝酒，拜牢之為兄，把所有的精銳兵馬都交給他了。王恭以為這樣一來，便顯得自己足夠信賴劉牢之，後者也必然會為了自己甘效死力。然而他早先瞧不見劉牢之的出身，現在態度突然來了個大轉彎，在劉牢之的眼中卻似有催命之嫌。劉牢之心意已決，奉命出征沒走上幾裏，就殺了王恭派去隨征的官員向朝廷投降，轉而將刀鋒指向了王恭。
劉牢之用兵神速，王恭卻是猝不及防，大軍頃刻潰散，自己一個人騎著馬往曲阿（今江蘇省丹陽市）方向奪路而逃。可憐這位名士不擅長騎馬，兩條大腿被磨得鮮血淋漓，隻好轉走水路，半道上終被擒獲，綁作一團押往建康。還沒等到入城，他就被司馬道子下令在城郊的倪塘地方處斬——這位在《世說新語》上被描述為“濯濯如春月柳”的“神仙中人”，就此含恨而終。
王恭雖死，與他一同起兵的殷仲堪及桓玄等人卻仍在率軍逼近建康。司馬元顯自竹裏馳還京都，會同群僚，征發官吏百姓數萬人據守石頭城以抵禦殷、桓大軍，同時派降將劉牢之駐守京城附近的新亭地方。因為倉促征發部隊，引發了大騷亂，軍營裏想要跳江逃走結果被淹死的人很多，元顯親率甲士百人入營，才勉強穩住了軍心。時局至此，雙方又再度轉入僵遲對峙的態勢。
這時候，左衛將軍桓修——他是桓衝之子，桓溫之侄，桓玄的黨兄，卻站在朝廷這一方——獻計說，殷仲堪等人素以王恭為主，現在王恭已死，他們沒有了帶頭人，士氣難免受挫，如果我們再貶斥殷仲堪，而授予桓玄等人高官顯爵，加以分化瓦解，則桓玄必然會背離殷仲堪，到時候再要除掉殷仲堪就容易得多了。
此計果然奏效。殷仲堪與桓玄等人互生猜忌，各自散夥，一路吵吵嚷嚷地回到了駐地。戰禍就此終告結束，朝廷因為司馬元顯功勞最大，加封為散騎常侍、中書令，又領中領軍，持節——中書令就相當於宰相，而中領軍相當於國防部長。元顯倒也信守諾言，果然上表將王恭之位轉賜給了劉牢之，派他都督兗、青、冀、幽、並、徐、揚州、晉陵諸軍事。隻是他當時卻不曾想到，劉牢之既然可以要了王恭的性命，日後也會背叛自己……
●西錄宰相
王恭覆亡，東晉中央政權與地方藩鎮間劍拔弩張的緊張局麵暫時得以緩解。原本追從在王恭左右的諸鎮，隨著戰事失利，一時間也難以對建康朝廷形成實質意義上的威脅，鬥爭的焦點於是重又回到皇室內部的權力爭奪之上——隻不過這一次，角逐的雙方由孝武帝與道子這對親兄弟，變成了道子與元顯這對親父子。
司馬道子這個人，雖然生得相貌堂堂，其實虛有其表。王恭起事，他困居朝堂，非但拿不出任何應敵之策，還因為驚悸過度而染上沉屙，從此無力振作，徹底喪失了管理朝政的興趣。所幸元顯橫空出世，力挽狂瀾，道子便順水推舟，將政務全盤推給了兒子，自己依舊保留著宰相的權位，隻管每日躲在家中狂歌濫飲，倒也過得逍遙自在。
此消彼長，司馬道子庸碌無為、威信盡失的窘境，被他那個心思縝密的兒子全都看在了眼裏。少年得誌的司馬元顯一朝大權在握，野心不可抑止的膨脹起來——既然解決掉王恭這個難題的是他元顯而不是道子，由勝利者來主持大局自然理所應當，卻大可不必仍將一個無所作為的父親當作圖騰去頂禮膜拜。元顯不僅要有宰相之實，更要有宰相之名，父親的消沉於他而言，無疑正是天賜良機。
於是，趁著某次道子昏醉的機會，這個少年陰謀家單憑一紙詔書，輕而易舉地解去了父親的揚州刺史並司徒之職。不過元顯也明白，自己雖然立有大功，然而突然身居顯位，難免會惹人議論，為了避人口舌，他隻是給自己封了個掌控京畿重地實權的揚州刺史，而把司徒的虛位扔給了孝武帝的兒子、琅琊王司馬德文。等到道子一夢醒來，發覺大權旁落，下手的竟然還是親生兒子，氣得暴跳如雷，無奈木已成舟，它也隻有承認現實而已。
到了隆安四年（400年）十一月，朝廷以揚州刺史司馬元顯擔任後將軍、開府儀同三司、都督揚、豫、徐、兗、青、幽、冀、並、荊、江、司、雍、梁、益、交、廣十六州諸軍事。不久後又拜為錄尚書事。由於司馬道子並未解除錄尚書事的職務，於是時人都將道子稱為“東錄”，而將元顯稱為“西錄”。隻是誰都明白，道子這個東錄宰相有名無實，於是東錄府前門可羅雀，而西錄府前則是車水馬龍，冠蓋雲集。且說元顯那位叫作張法順的謀士，出身會稽，原為廬江太守，因受元顯寵信，在京城中也是呼風喚雨，凜然不可一世，那些出身高貴、位居顯要的達官貴人們因為元顯的緣故，也無不爭相與他結交——世人趨炎附勢，由此可見一斑。
司馬元顯的身旁於是迅速地聚集起了一大幫專事阿諛奉承之徒，一如道子早年故事。這些人張口就誇元顯是“風流名士”，足可當“一時英傑”，元顯畢竟年少，更沒有良師益友的規勸與輔佐，溜須拍馬的言語聽得多了，不免有些飄飄然起來，動輒自謂“無敵天下”，為人愈發驕縱，行事排場也愈發的奢侈腐糜，不顧國庫空虛而大肆斂財，家產甚至超過了皇帝。
這一年，孝武帝和道子的母親、太皇太後李氏駕崩，內廷宣詔道子乘輿入殿，以盡人子之孝。元顯借著這個機會，暗中指使負責掌管典禮章程的官員發出議論，稱自己德隆望重，如今又身為百官之首，內外群臣應該更加禮敬才是。於是在元顯上殿的時候，所有大小文武官員都向他跪拜行禮，如同天子駕臨。元顯以此正告天下，晉安帝不過一個傀儡而已，他才是東晉朝廷實質上的最高統治者。
另一方麵，有鑒於父親在與王恭的對峙中，由於兵權旁落而導致一度處於極為被動的處境，從中汲取教訓的司馬元顯開始籌劃建立自己的直屬武裝——北府劉牢之雖然名義上屬於元顯，然而畢竟不是他的嫡係——他強行征召那些原本附屬於士族豪強、因朝廷的“免奴令”而免除了奴隸身份的青壯年農戶，將他們編入兵籍，號為“樂屬”，也就是自願從軍的意思。憑借這個辦法，元顯在短期內迅速集結起了數量可觀的軍隊，終於擁有了足以與諸鎮抗衡的實力。
然而，這些世代為奴的農戶剛剛獲得自由，平和安逸的日子沒過上幾天，卻又再度淪為同樣地位卑賤的“兵戶”，他們對於元顯的憤怒自然可想而知。而由於元顯組建“樂屬”，平白無故地失去了大量佃客的士族豪強們，在經濟利益方麵飽受重創，也紛紛跳出來表示強烈不滿。司馬元顯堅持自己的蠻橫政策，終於在底層民眾與上層士族間都激起了強烈的反抗。
況且此時元顯的威勢，也隻不過僅能號令京畿地區的會稽、臨海、永嘉等吳中八郡罷了。和其父道子秉政時候有所不同，元顯在成為東晉王朝的執政者後，麵對的是較之於王恭之亂更加嚴峻的外部形勢。當不滿二十歲的元顯還在執著於鞏固自身權位的同時，一度在王恭起兵時充當馬前卒的桓玄已經在藩鎮間的自相殘殺中強勢崛起，並再次將鋒利的矛頭指向了腐敗不堪的建康朝廷。
●荊州刺史
桓玄字敬道，小名靈寶，是已故的大司馬、權臣桓溫的小兒子。他自幼深得父親喜愛，以至桓溫在臨終時一改由長子繼承的傳統，將年僅五歲的桓玄定為繼承人，襲爵南郡公。桓玄七歲的時候，服喪期滿，正趕上原屬桓溫門下的文武佐吏前來和他的叔叔、時任荊州刺史的桓衝告別。桓衝撫摸著桓玄的頭頂對他說：“這些人都是你家的故吏。”桓玄應聲痛哭，哀動左右，眾人無不為之驚詫不已。長成後的桓玄儀容不凡，才華出眾，常以豪傑自許，使人望而生畏，故此，朝廷有所疑慮，一直都不肯委以重用，桓玄不得已閑居建康。
此時正逢司馬道子執政，某次桓玄跑去參加道子的酒宴，道子喝得酩酊大醉，忽然朗聲向眾人詢問說：“我聽說桓溫晚年想要造反，是不是有這樣的事啊？”此言一出，舉座愕然。桓玄嚇得一頭拜伏於地，不敢起身。這時，有位名叫謝重的長史舉起笏板上前回答說：“故宣武公（桓溫）貶黜昏庸，擁立明主，功勞超過古代的尹伊、霍光。現在外麵眾說紛紜，您更應該加以裁定，以正視聽。”道子回過神來，連聲用吳地方言表示“儂知、儂知”（我知道了），舉杯向桓玄示意，後者這才趕緊從地上爬了起來。
道子說的完全是昏話，桓溫晚年雖然確有謀逆之心，然而形跡未露，又廢黜海西公而使簡文帝登上皇位，從這個角度而言，還算得上簡文帝父子的恩人。道子現在當著人家兒子的麵說他想要造反，桓玄心裏羞憤交集，從此就對道子切齒痛恨。再加上朝廷素來對桓玄諸多猜忌，於是他就逐漸萌發出了篡逆之心。
太元末年，朝廷任命桓玄為義興太守，他鬱鬱不得其誌，登高眺望太湖，歎息說：“父親當九州霸主，兒子卻為五湖之長！”於是棄官回到了故鄉江陵。這時候，朝廷任命殷仲堪當荊州刺史，仲堪忌憚桓氏家族經營荊襄數十年，根深蒂固，對桓玄非常敬畏，而荊州的民眾也是懼桓玄更甚於殷仲堪。桓玄因此得以大展拳腳，勢力日漸擴張。
王恭起事，殷仲堪遲疑不決，桓玄認定這是個建立功業的好機會，於是遊說殷仲堪說：“王國寶素來與諸君敵對，唯恐不能早些下手。現在他和王緒執掌大權，互為表裏，想要收拾誰都是輕而易舉的。隻是孝伯（王恭字）身為國舅，朝野所重，他們一時不敢輕動，唯有先拿你開刀了。”他還向殷仲堪表示：“如果朝廷派他人作荊州刺史，調您入京，奪去兵權，那時候您要怎麼辦呢？”
殷仲堪聽從了桓玄的勸說，於是與王恭一同舉兵東進。司馬道子殺王國寶以釋眾怒，桓玄趁機上表求擔任廣州刺史。於是道子就任命桓玄都督交、廣二州，為建威將軍、平越中郎將、廣州刺史、假節——在他想來，那麼偏遠的地方，你想去就去吧。可是桓玄接受了任命，卻遲遲不肯赴任，仍舊留屯荊州，靜觀其變。
等到隆安二年（398年），王恭被司馬元顯所破，兵敗身亡，朝廷依從桓修之策，為了分化殷仲堪和桓玄兩人，就任命桓玄做江州刺史，桓修為荊州刺史，殷仲堪屬臣南郡相楊佺期為雍州刺史，而將殷仲堪本人貶為廣州刺史。殷仲堪聞訊，惱怒萬分，一度敦促桓、楊等將從速進軍，然而桓、楊二人得了好處，擁兵自重，不想再為殷仲堪賣命，對他的命令視若無睹。殷仲堪於是回師荊州，派人去告訴桓、楊營中的士兵們說：“如果你們不各自散去，我到了江陵就殺光你們的家人。”
楊佺期和桓玄害怕起來，急匆匆地在尋陽（今江西省九江市）趕上了殷仲堪。殷仲堪丟掉了荊州刺史之職，反過來不得不借助桓玄的聲勢，而桓玄羽翼未豐，也仍舊要依靠殷仲堪。於是殷仲堪、楊佺期和桓玄重又在尋陽結盟，推桓玄為盟主，三方互換人質，共拒朝命。他們還一起上書替王恭喊冤，朝廷被迫讓步，重又宣布恢複殷仲堪為荊州刺史。然而桓玄取得江州，占了最大的便宜，開始漸漸顯露出欲圖並吞殷、楊的跡象。
殷仲堪為人與王恭相仿，同為當世名士，同樣的擅於清談而不擅料理實務，慣以小恩小惠博取賢名，他自己不會打仗，軍務素來交與楊佺期指揮。且說楊佺期出身名門弘農楊氏，祖上是漢朝太尉楊震，素以家世自矜，卻一直得不到江東士族的認同，桓玄既為盟主，致力打壓楊佺期，借口正是他出身“寒門”。楊佺期和桓玄就此勢成水火，矛盾不斷加深，終於也把一直夾在中間的殷仲堪拖了進來。