一計不成，阿合馬再生一計。本來當時政府的最高機構是中書省，安童是中書省最高長官右丞相，而阿合馬是副長官平章政事，他要做什麼決定，習慣上都要先經過安童審核同意，這對阿合馬是個很大的製約。至元七年（1270年），阿合馬建議說中書省事務太多，難於處理，不如恢複已經取消的尚書省，劃中書省的部分權力給尚書省，這樣可以減輕中書省的壓力，使國家政務更有條理性。忽必烈認為阿合馬所言有理，就設置了尚書省，並廢除製國用使司，任命阿合馬為尚書省平章政事，實際處理尚書省的工作。
暫時擺脫了安童的掣肘，阿合馬就大肆排擠漢法派官員，任用自己的親信擔任尚書省各級要職，整個兒控製了尚書省。安童冷眼旁觀了一段時間，終於再也忍不住了，去對忽必烈說：“我最近向您建議說，無論尚書省、樞密院，還是禦史台，都應該按規矩呈遞奏章，舉凡大事，必須與臣等中書官員商量，然後再奏聞陛下。您已經應允了臣所請，頒發了相關旨意，然而尚書省仍然不管大事小情，直接上奏，這根本是抗旨之舉。”
忽必烈點頭說：“你說得對。難道阿合馬自恃得到朕的寵信，就敢胡作非為嗎？他不應該有事預先不和你商量，我會責備他的。”安童也知道忽必烈離不開阿合馬，自己一下子扳不倒他，就預設伏筆說：“阿合馬所任用的官員，比如尚書左丞許衡等人，大多不稱職，希望詳加考察，日後就知道他們究竟有能無能了。”
當初設立尚書省的時候，就規定說：凡各級任用官員，上報尚書省的，都必須由尚書省會同中書省一起奏聞、錄用。然而阿合馬任用私黨，根本就不知會安童所掌握的中書省。安童因此埋下伏筆，忽必烈就責問阿合馬，阿合馬公然回答說：“陛下把大小事情都交給臣辦理了，用什麼人，也應該由臣來挑選。”忽必烈竟然覺得阿合馬所言有理，安童沒有辦法，隻好退一步，啟奏說：“那麼從今以後，凡重大案件及任用、罷免各路總管以上官員的，才由臣拍板，別的事情可以交給阿合馬。”忽必烈準奏。
阿合馬雖然利用尚書省攫取了相當大的權力，然而安童總是阻撓，如同橫在他麵前的一座巨山一般，使他食不甘味。當年五月，尚書省準備核實國內戶口，也被安童指使禦史台給攔住了，禦史台上奏說，天下正鬧蝗災，四方捕蝗還忙不過來呢，不宜在這個時候再騷擾百姓。
阿合馬逐漸認識到，設立尚書省是一個躲避的辦法，躲避與安童直接交火，分割安童的權力，卻無法真正把安童架空。於是在至元九年（1272年），他又建議忽必烈廢除尚書省，把尚書省的班子合並到中書省中去。表麵上看起來，是尚書省並入中書省，但實際上阿合馬費盡心機，把自己在擔任尚書省平章政事時候提拔起來的親信，趁機全部帶入了中書省。他再次擔任中書平章政事，兜了個圈子後再回來，權力隻有變得更為穩固。
阿合馬任人唯親，子侄都擔任重要官職。在重新回歸中書省以後，他提拔自己的兒子忽辛擔任大都路總管兼大興府尹，把持了京城地區的行政權，不久又任命另一個兒子抹速忽擔任杭州達魯花赤——達魯花赤是蒙古官名，意為“掌印”，指各路總管府的第一把手。杭州曾經是南宋王朝的首都，是江南地區的政治和經濟中心，阿合馬把兒子們安插在南北兩個要衝上，這就更便於他肆無忌憚地聚斂財富了。
安童終於忍無可忍，於至元十一年（1274年）上奏忽必烈說：“阿合馬、張惠（中書右丞）等人，利用宰相的職權，如同商賈一般搜刮錢財，殘暴地對待黎民百姓，百姓恨不能食其肉、寢其皮，隻是無從投訴而已！”然而搜刮錢財，這正是忽必烈要阿合馬他們去幹的事情，他不但不理會安童的上奏，反而稱讚阿合馬說：“所謂宰相，要上明天意，下察地理，中盡人事，隻有這三樣都做好，才能算是稱職……回回人中，隻有阿合馬的才能堪為宰相。”
有了皇帝撐腰，阿合馬更加肆無忌憚。至元十二年（1275年），因為蒙古西北諸王有不穩的傾向，忽必烈就派皇子、北平王那木罕前往阿力麻裏（在今新疆地區）鎮守，安童也隨同前往——實際上，安童是被阿合馬排擠出了朝廷中樞。
就在安童被排擠出朝的前後不久，忽必烈麾下的很多漢族重臣，比如劉秉忠、史天澤、趙璧等，也都先後去世，漢法派勢力日趨薄弱，幾乎要被阿合馬壓得透不過氣來。於是他們隻好去尋找更大的靠山，逐漸聚攏在皇太子真金周圍，以與阿合馬相抗衡。
●坑陷忠良
史書上說阿合馬“多智巧言”，他為人十分聰明，又善於詭辯，漢法派的重臣史天澤、張文謙、廉希憲等人都曾經當廷和阿合馬辯論過，卻都紛紛敗下陣來。忽必烈也知道阿合馬的權勢過大，某些時候也斥責幾句，或者暫時限製一下阿合馬的權力，但他始終認為阿合馬理財得法，理財有功，所以相關財政方麵的問題，從來都聽從於阿合馬的建議。
至元十二年（1275年），元大將伯顏渡過長江，對南宋小朝廷發起全麵進攻，很快就占據了大半個江南地區。忽必烈就派阿合馬、姚樞、徒單公履、張文謙等眾臣開會商議，是否要把北方的鹽法、鈔法也在江南地區予以推行。姚樞認為：“江南百姓從沒用過寶鈔，貿然推行，恐怕會引起恐慌，妨礙百姓生計。”徒單公履說：“伯顏下江南的時候，為了安定人心，曾經張榜明文，說不用寶鈔替換江南的宋交子，現在如果行鈔法，就會失信於民。”其他很多漢法派朝臣也都表示反對。隻有阿合馬一力主張推行鈔法，因為隻有這樣，他才能更順利地在新占領地區搜刮錢財。忽必烈最後排除眾議，獨獨聽取了阿合馬的意見。
不僅如此，在阿合馬的建議下，元朝把江南地區的食鹽和藥材也全都收歸官賣，此舉給江南百姓帶來了沉重的災難，卻填滿了阿合馬等一幹蠹蟲的腰包。因為阿合馬不僅僅為忽必烈和元朝國庫斂財，他也為自己斂財，很多商賈靠向他行賄就能取得官職。他還喜歡女色，廣搜美女，而那些進獻美女的人也都可以得到高官厚祿。
上行下效，阿合馬如此貪贓，他的親信們，當然也包括忽辛等子侄們，也都利用職權之便大肆搜刮民脂民膏，甚至侵盜國庫財物。有人向忽必烈揭發這些人的不法行為，忽必烈詢問阿合馬，阿合馬卻回答說：“我派往江南的官員們在任時間都不長，就算侵吞公款，能侵吞多少？他們的前任在職時間長，可能會侵吞更多，應該先從那些人開始清查。”忽必烈竟然點頭表示讚同。
至元十五年（1278年），中書左丞崔斌上奏彈劾阿合馬說：“阿合馬從前為怕引起非議，請求不要授予其子弟官職，然而現在他擔任中書平章政事，子侄們或為行省參政，或為禮部尚書、將作院達魯花赤、領會同館，等等，全都擔任要職。阿合馬違背前言，有虧公道！”還說：“杭州是非常重要的地區，官員任免必須格外小心。阿合馬因為自己的私心，讓無能的兒子抹速忽當了達魯花赤，這哪裏是朝廷量才任用之道呢？”於是忽必烈下詔，免除了抹速忽等人的官職，但他仍然不肯罷黜阿合馬。
因為這一事件，阿合馬對崔斌恨入骨髓。很快他就把崔斌排擠出朝，前往江南擔任江淮行省左丞。第二年（1278年），更栽贓陷害，羅織罪名，把崔斌給害死了。據說崔斌之死，“天下冤之”，連皇太子真金正在吃飯，聞訊都匆忙扔下筷子，派人去阻止行刑，可惜已經來不及了。
忽必烈手下有名衛士，名叫秦長卿，相貌魁梧，素有大誌，很得忽必烈的信任。他也上書揭發阿合馬的罪惡，說：“臣雖然愚蠢，卻能看透阿合馬其人，他當政以來，手持權柄，能讓人活，也能讓人死，所以人人都畏懼他，不敢說他的壞話，然而心中莫不恨其入骨。臣看阿合馬其人，堵塞言路，排斥忠言，好象是秦朝的趙高；他私人積蓄超過國庫所有，內存異心，好象漢朝的董卓。請陛下深查其奸，盡早誅殺阿合馬為好。”阿合馬聽說此事後大為惱火，就動用手中權力把秦長卿外調去做地方官，然後誣蔑他貪汙，把他逮捕下獄。案子還沒審結，阿合馬就下了毒手，派獄吏把秦長卿綁起來，用濕紙塞住他的口鼻，把他給活活悶死了。