脫脫道德品格很高尚，並不貪戀權勢，但他辦事能力有限，同時還極度的迷信。且說至正四年（1344年）初，脫脫受命兼領宣政院，這是一個管理宗教事務的官職，很多喇嘛、和尚就趁機向他提出，請求恢複早已被裁撤的僧司，理由是：“各郡縣的百姓都過得很苦，仿佛生活在地獄中一般，需要我們的拯救。”脫脫知道設置僧司將會騷擾百姓，給民眾帶來更沉重的負擔，於是一口否決了：“如果我恢複僧司，和在地獄中再設一個地獄又有什麼分別？”
時隔不久，脫脫突然染病，日漸消瘦下去。他認為這肯定是否決喇嘛和尚們的建議所導致的惡果，於是就去求神算命。算命者告訴他，這幾年的流年對他不利，最好遠離紛繁的朝政，於是脫脫就上書辭去宰相的職務。順帝一開始不肯答應，脫脫先後上了十七份表章，順帝無奈之下，才隻好蓋章同意。順帝想封脫脫為鄭王，賞賜無數財寶，都被脫脫婉言推辭了。
脫脫更化，肯定會得罪某些人，他主動交出權力，其實就是慫恿這些敵手來報複自己。果然，脫脫下台以後不久，別兒怯不花繼任為中書右丞相，立刻把矛頭指向脫脫。因為脫脫的名聲太響，朝野愛戴，別兒怯不花不敢貿然動手，於是退而求其次，上書大說特說馬劄兒台的壞話，於是順帝下詔把馬劄兒台流放甘肅。
大概因為前此“大義滅親”，彈劾生父的舉動，有悖於儒家禮法，脫脫想要挽回因此造成的不良影響，所以一聽說父親被流放，馬上表示願意同往。他一路照顧著父親，緩緩向甘肅走去，端茶送水，極盡孝道。父子兩個才到甘肅，順帝又下詔，把馬劄兒台的流放地改為更偏遠的西北地區，隨即因為很多朝臣的諫阻，重新改為甘肅。馬劄兒台年紀大了，經不起這份折騰，於當年的十一月終於病死了。不久後順帝聽說了脫脫一路上的行為舉止，頗為他的孝心所感動，於是又將其召回了大都。
至正八年（1348年），脫脫被拜為太傅，負責教導太子，管理東宮事務。這個時候，朝中黨爭激烈，太平、哈麻等人互相攻訐，哈麻為了穩固自己的權勢，一力保舉脫脫。於是第二年（1349年），太平等人遭到罷免，脫脫第二次當上了元朝的中書右丞相。然而等他重新回到宰相的位置上，舉目四望的時候，卻發現朝局已經混亂不堪，很難複振了。
●變鈔與開河
脫脫離開相位五年有餘，其間阿魯圖、別兒怯不花、朵兒隻等人先後擔任中書右丞相，這些人能力有高低，忠奸有分別，但全都沒有脫脫一般改革舊製的魄力，朝政日益腐敗。本來元朝的統治就已經接近傾垮的邊緣了，或許隻有靠漢法派全麵掌權，休養生息很長一段時間，才能挽救敗亡的命運，可惜脫脫執政時間並不長，雖然重用了很多漢族士大夫，卻不能使政策穩固地延續下去。脫脫一下台，蒙元貴族依然故我，於是社會矛盾進一步激化，加上天災不斷，各地暴動此起彼伏。
最大的天災就是黃河泛濫。脫脫辭相的這五年間，黃河三次決口，淹沒農田村莊無數，河間、山東兩地鹽運司所轄的鹽場也都泡了湯，引發元廷嚴重的財政危機。因為洪災，黃泛區大批百姓流離失所，加之朝廷賑災不力，於是難民們紛紛揭竿而起，比如山東的私鹽販子郭火你赤，山西的曹七七，等等。
天下如此紛擾，元廷內部卻因黨爭而攻訐不止，亂作一團。別兒怯不花、太平、韓嘉納、禿滿迭兒等十人約為兄弟，結黨營私，利用彈劾馬劄兒台的機會把脫脫趕出了大都。康裏人哈麻、雪雪兄弟本是元寧宗的乳母之子，素為順帝寵信，他們在脫脫擔任宰相的時候拍馬逢迎，脫脫一下台，立刻受到別兒怯不花一黨的攻擊。兩派爭鬥的結果是哈麻、雪雪被罷免，太平、韓嘉納等人則被貶官，算是打了個兩敗俱傷。
因為黨爭，朝中大批官員都被免職或者貶官，因為哈麻一直在順帝麵前說脫脫的好話，於是脫脫得以重新回到宰相的位置上來。不知道是出於私心，想要打擊報複曾經反對過自己的官員，還是為了公義，為了鏟除更化的阻力，總之脫脫才一上台，就大肆迫害太平等人，把太平流放去陝西，別兒怯不花流放去山東，韓嘉納和禿滿迭兒則都被殺。哈麻、雪雪等人則不但官複原職，不久後還得到提升和重用。
脫脫複相以後，雖然想要繼續推行更化政策，卻不得不先解決河患和財政問題，然而就在這兩個重大問題上，他的補救措施操之過急，反而引發了更大的動亂，並且最終宣告了自己和大元王朝的滅亡。
首先是財政問題，想要充實國庫，最快捷的方法就是變更鈔法。元朝大量發行紙幣，紙幣和銅錢同時使用，依靠發行新的紙鈔的方法，確實可以在短時間內解決財政危機。然而順帝時代，紙幣本就已經貶值得很厲害了，再靠變更鈔法斂財，怎可能不造成社會的大混亂和大動蕩呢？
至正十年（1350年）四月，左司都事武琪首先提出變鈔，並且得到了吏部尚書偰哲篤的支持。脫脫會集中書省、樞密院、禦史台等部門長官開會商議，以集賢殿大學士兼國子祭酒呂思誠為首的很多官僚都提出反對意見，但先後被脫脫壓製了下去。脫脫本人是支持變鈔的，因為他認定除了這個辦法外，更無良方以挽救國家財政。
於是脫脫一意孤行，實行變鈔。朝廷發行新的紙幣“至正交鈔”（其實隻是在舊中統交鈔上加蓋新的“至正”印以混充新鈔），每貫價值銅錢一千文，與舊用的至元交鈔兌換比率則為一比二。此外還鑄造至正通寶錢，和曆代舊錢並用。
鈔法變更沒有多久，整個社會都引發了嚴重的通貨膨脹，據說在大都城中麵值五百貫的紙幣還買不到一鬥糧食。至於地方上，則往往倒退回以物易物，百姓都放棄了使用紙幣甚至銅錢。國庫因為變鈔而暫時度過了危機，但這些危機並沒有因此消亡，而是轉移到了地方上，轉移到了百姓們身上。變鈔之策可以說是徹底失敗了。
變鈔的同時，脫脫還準備花大力氣治理黃河。都漕運使賈魯在經過實地勘測後，提出一整套治河方案，工程浩大，賈魯認為“不動大的手腳，則河患永不能停息。”賈魯的計劃原本是正確的，但當時社會動蕩，百姓流離失所，飯都吃不飽，誰還願意去參與那麼大規模的國家工程呢？
脫脫再次不聽取任何反對意見，一意孤行，決定治河，他自信滿滿地說：“從來事有難為，就象病有難治，河患自古以來就是難治之病，但我今天下定了決心，一定要把它治好！”他知道河患一日不除，饑民、“盜賊”問題一日不能根治，所以打算破釜沉舟，一舉把所有社會問題都通過開河來個大規模的整治。
然而，最終是所有社會問題通過治河來了個大規模的爆發。且說至正十一年（1351年），元廷任命賈魯為工部尚書兼總治河防使，征汴梁、大名等地的十五萬民工，以及廬州等地的二萬名士兵前往治理黃河。經過一百九十天的整治，河患終於暫時平息了下來，然而隨即就爆發了聲勢浩大的元末農民大起義。
●自毀長城
元末有一首曲子這樣唱道：“堂堂大元，奸佞專權，開河變鈔禍根源，惹紅巾萬千。官法濫，刑法重，黎民怨。人吃人，鈔買鈔，何曾見。賊做官，官做賊，混愚賢。哀哉可憐！”
通過變鈔和開河兩番舉措，使得脫脫從“賢相”變成了“奸佞”。且說當時在河南、江淮一帶流傳著一種名叫“白蓮教”的宗教，據說這種宗教源出佛教淨土宗，後來又與彌勒宗等派別相融合，主張吃素念佛，虔誠祈禱，就會有“彌勒佛下生”、“明王出世”，拯救蒼生，消災救厄。因為很多農民暴動都借用了白蓮教的思想，於是被元政府咒罵為“食菜事魔”，遭到鎮壓——甚至連明教、祆教等宗教也受到牽連。
這一擴大打擊麵，白蓮教在民間的傳播隻有更為迅速，醞釀著規模更大的農民起義。白蓮教的首領韓山童、劉福通、杜遵道等人響應了曆史趨勢，暗中在開河工地上埋下一尊獨眼石人，並且到處傳播民謠說：“莫道石人一隻眼，挑動黃河天下反。”
就這樣，通過開河，民工們被組織了起來，進而被挑唆發起了暴動。至正十一年（1351年）五月，韓山童等人在白鹿莊聚眾三千，殺白馬黑牛，祭告天地，準備起事。雖然因為消息泄露而遭到官兵的圍剿，韓山童被殺，但劉福通等人逃了出去，隨即在潁州發動起義。起義軍人人頭裹紅巾，稱“紅巾軍”或“香軍”，很快就蔓延到中原各省。
元廷派兵鎮壓紅巾軍起義，但屢屢失敗，於是脫脫就派兄弟禦史大夫也先帖木兒率領大軍前往征剿。然而也先帖木兒是個徹底的廢物，十餘萬大軍才走到汝寧沙河（在今河南境內），半夜突然鼓噪起來，也先帖木兒不及查問實情，竟然上馬掉頭就跑，一口氣逃回了大都。
脫脫護短，沒有處罰也先帖木兒，因此朝野上下的壓力紛至遝來，令他不堪重負。就連順帝也不再信任脫脫了，某次疾言厲色地問他說：“你曾經說天下太平無事，現在國內半數地方都有紅巾，丞相打算怎麼解決這個問題呢？”
萬般無奈之下，脫脫隻好親自出馬。至正十二年（1352年）八月，他親率大軍出征徐州，進攻芝麻李所部紅巾軍。脫脫此人在用兵方麵還是頗有才能的，加上兵馬眾多，很快就攻克了徐州，殺死芝麻李，並且進行了野蠻的大屠殺。隨即元軍又在河南、江西等地取得部分勝利，紅巾軍起義進入了低穀。
然而在此前後，很多不屬於紅巾軍體係的暴動也紛紛出現，比如張士誠、方國珍，等等。其中張士誠起於泰州，很快就攻克了高郵等地，並且自稱皇帝，國號大周，年號天佑。為了討伐張士誠，至正十四年（1354年）九月，脫脫再次領兵南征，並且順利地包圍了高郵城。然而他料想不到，就在這個時候，朝中正醞釀著一個趕他下台的大陰謀。
陰謀的策劃人就是哈麻，他在脫脫的幫助下升任中書右丞，後改宣政院使，卻仍不滿足，心生怨恨。哈麻自認為自己是脫脫複相的大功臣，然而脫脫信任汝中柏等漢法派官僚，沒有把哈麻擺在僅次於自己的位置上。於是哈麻開始尋找更穩固的靠山，他看中了皇後奇氏和奇氏所生的兒子愛猷識理達臘。
哈麻對脫脫說，應該建議皇帝立愛猷識理達臘為皇太子，但是脫脫不肯答應，反駁說：“那原本的太子怎麼辦？”脫脫因此得罪了奇氏母子，這母子兩人全都權力欲旺盛，此後多次想推翻順帝自立，現在謀為太子隻是第一步而已。於是奇氏母子就和哈麻勾結起來，屢屢在順帝麵前說脫脫的壞話。
據說哈麻一黨曾向順帝推薦了西番僧伽磷真，教順帝“演揲兒”法（漢譯為“大喜樂法”），這是一種密教合璧雙修的養生法門。傳統認為這種邪法講究男女混雜淫樂，讓宮女裸舞，稱“天魔舞”，毫無羞恥之心，直接把順帝給帶壞了。然而事實上那隻是一種宗教儀式而已，即便不能理解，也不應該多加詬病。況且順帝本就不大理會朝政，他在後宮養生也好，淫樂也好，對國家又能有多大損害呢？
按照中國傳統的說法，君主不需要聰明，更不需要主政，隻需任命合適的宰相人選，然後把國政都交給宰相管理，自己加以監督就可以了。如果順帝真能把內外大事都交給脫脫，或許元朝還能多苟延殘喘個幾年吧。
然而通過這些宗教儀式，造成的唯一惡果是順帝日益疏遠脫脫，同時極為信任哈麻兄弟。脫脫自己也手軟，汝中柏曾勸他除掉哈麻，他卻總是猶豫不決。等到脫脫二度領兵南征，哈麻立刻被順帝任命為中書平章政事，當上了副宰相。於是哈麻指示禦史彈劾脫脫：“出師三月，毫無功勞，卻把國庫的資金都取而自用，把朝廷的官員當成自己的親隨，兼之其弟也先帖木兒卑鄙無能，有罪卻不受懲處，實在罪大惡極。”順帝聽信了讒言，同時也害怕脫脫變成第二個伯顏，於是下詔免除脫脫的兵權。
就這樣，發生了本文開頭的那一幕，脫脫被罷官流放，哈麻還怕他再爬起來，到時候饒不了自己，幹脆假傳聖旨，一杯毒酒要了脫脫的性命。這杯毒酒殺死了脫脫，同時也徹底傾覆了大元朝的江山。十年以後，有禦史上書順帝說：“奸臣陷害忠良，以致於臨陣換將，軍勢不振由此發端，錢糧空耗由此發端，盜賊橫行由此發端，生靈塗炭由此發端。假使脫脫不死，當今天下還會如此混亂嗎？！”
脫脫死後十二年，大都終於被北伐的明軍攻克，順帝北逃，元朝就此滅亡了。