在所有曆史的變遷之中，基督教永遠是波及範圍最廣的經院哲學，但是，隨著時代的發展，基督教內部也出現了嚴重的問題，因為它宣揚仁愛而又高貴得過度。由於其脫離了塵世，將有變成純粹的主觀事實的傾向，人們會選擇逃避，而不是踴躍加入。但是，基督教並沒有完全改造人類的水平，也不能明確上帝是否真實存在，很容易陷入難以自圓其說的境地。
人類最大的麻煩來源於基督教中的經院哲學概念，盡管基督教讓耶穌來擔任救世主，但這個概念卻不能使基督信服耶穌。教會竭盡全力在教義問題上支持這種說法。基督教要想占據絕對的真理，並產生無比強大的影響，就必須要通過某種方式將神性引入現實生活中。但是，怎樣才能把神性與人性融合為一體呢？於是製定教義的人就把一些基本經院哲學真理和一些幾乎沒有教徒能夠理解的哲學理論混合起來，為教徒們提供了一種全新的思考方式。這樣的思考方式將會在以後的時代變得無比神秘。
在基督教的曆史上，盡管各種麻煩不斷，危險重重，但它還是得到了很多有價值的東西。基督教本想把古代的生活方式與自身融為一體，但當它看透了世界本質的時候，卻發現這種生活方式與自己格格不入，甚至是完全相反。之前，基督教從經院哲學的角度看待古代文明和文化。但現在，它卻認為這種生活方式無異於給自己開創了一個新紀元。
古代的文化和文明很樂觀的相信世界是理性的，為了開發這種理性，必須喚醒人類沉睡的力量，難道思想與活力並存的希臘文化不會使基督教卷入最深刻的本性之戰嗎？希臘人熱愛形式中的美，喜歡藝術，但他們所描繪的種種景象，也可能會擾亂基督王國的各項秩序。另外，建立在堅實的組織之上，並用法律手段對待所有社會關係的羅馬思維方式，與天國的仁愛和寧靜格格不入。所以，基督教的精神會迅速落敗，並且變得萎靡不振。基督教會也會遭遇各種各樣的威脅。如果我們不能重新創造一種理論，獲得新的理論源泉，教會很可能麵臨毀滅，基督教雖然會衰落，但起碼能繼續維持一個崇高的理想。
文明世界和基督教在剛開始接觸的時候就已經走向了衰落，這對於後者來說是一個非常不利的因素，基督教的第一目標就是要用自己的“福音”來抵抗這種衰落，並且將一種崇高的生活機製灑向人們的內心。由於外部因素的重大影響，基督教自身發展也陷入了停滯。人性依然存在各種墮落和萎靡。人們對於獲得救贖的渴望超過了以往的所有需求。人們渴望卸下身上的報複，並得到神靈的庇佑。由於相信某種信仰能帶來折磨，人們把各種奇跡和巫術都當作神靈存在的證明。
麵對這樣的思想現狀，生靈似乎因為缺乏肉體而沒有現實的完整性，所以生靈和肉身就合二為一，所有這些就是古羅馬天主教思想家聖奧古斯丁所做的貢獻。他為後代的人創造了一個屬於他自己的思維方式，阻斷了人與神之間的關係，把精神和肉體合二為一，把無形的神和可見的教會結合在一起，所有這些影響一直延續到今天。正是奧古斯丁的所作所為，讓教會的發展更加迅速，正是他對於經院哲學思想的幹涉，使得洪水時代的人們擁有了可以避難的諾亞方舟。不過，由於其思想的狹隘性，這種宿命論並不適合勇敢時代的人們。
基督教的首次修正並不完美，因為第一場反對基督教的運動來自於經院哲學自身。目前，古希臘和羅馬的影響已經消退了，基督教的核心教義及其典型特征又一次獲得充分的理解。由於這次信仰從教會轉移到了個人，基督教得到了一種非常新穎的生活方式，變得更有活力。盡管經院哲學改革的成就是巨大的，但是新舊思想方式的變化依然不可捉摸，並且沒有與現代文化達成一致。所以，整個問題的關鍵還是沒有得到解決。這樣，我們的現代運動也會自發地出現，這個運動不僅對基督教提出懷疑，還對其他的經院哲學也進行了質疑，我們也都卷入了這場為生或死抗爭的運動。
現代思想和經院哲學之間的矛盾衝突在自然科學領域表現得非常明顯，傳統經院哲學對自然的認識相當幼稚，認為地球是一個圓形宇宙的控製中心，這種經院哲學把世界理解為由一個萬能的上帝創造的，這個上帝控製萬物，連接自然，把自然界當作實現自身目的的一種方法。另外，經院哲學還賦予人類至高無上的地位，因為萬事萬物都和人聯係到一起，所有的一切都會隨著人類的喜怒哀樂而變化。
現代科學發展起來後，主要從三個方麵來抨擊經院哲學。首先，早在哥白尼時代起，自然科學就對自己的領域進行了擴展，即從地球延伸到了宇宙，並將地球看作宇宙的一個點，它消除了天地之間的區別，使經院哲學不合理的概念與實際的發現有了衝突。其中最大的問題是，一個運行在無數恒星之間的小衛星，真的能決定萬事萬物的命運嗎？既然宇宙無邊無際，根本看不到教徒們所說的天堂，那我們如何才能升入天堂呢？
其次，伽利略和笛卡爾向人們描述了宇宙內部的變化，所有的精神力量和終極目標都離我們遠去，因為地球僅僅是一個與其他天體一樣通過引力和撞擊產生的一個星體，所有這些原理都簡單明確。這樣，所有的現象都會降低到一個水平，擁有同樣的機製，都遵守一個永恒不變的規律，任何人都無法打破，也沒有哪一個人能具備超自然的力量來改變規律。
這種賦予自然以徹底獨立性的內在思維方式，和經院哲學的世界觀發生了尖銳的衝突，尤其是在神學的問題上。這種思想無法容忍神跡，而神跡在經院哲學中是必不可少的，所以，如果把一切自然現象都劃為自然規律，就相當於摧毀了經院哲學的基礎。
第三，19世紀，進化論的出現又使經院哲學受到了更為嚴重的創傷。一方麵經院哲學仍然給人以指導，另一方麵，現代文化在整體上帶給我們另一種信念，兩者之間產生了巨大的鴻溝。舊有的思維方式認為，人類的精神生活和周圍的環境緊緊地聯係到一起，彼此之間的影響力不斷地在身體內外部碰撞。個人如此，整個世界也是這樣。所有的一切都似乎能在人類的心靈中找到安寧，沒有任何人去懷疑人類形態和萬能統治者的合理性。通過心靈的直接體驗，經院哲學實現了其所有的價值。在上帝的庇佑下，基督教賦予靈魂的地位比其他經院哲學要高很多。
正如我們所看到的那樣，現代運動已經極大地影響了精神生活的價值和地位，靈魂被驅趕出了自然的範疇，同時，也被驅趕出了物質世界。因此，它必須建立一個屬於自己的獨立王朝，在自己的領域裏架構自己的思想和體係。我們越來越能理解這種獨立生活的力量，它被視為自身的存在，但僅涉及和自己無關的外部現象，不再關注事物的內在，因此，靈魂變得過於狹隘，不再發展救世的精神生活。因此，這種不斷擴大的視角直接免除了意識，將注意力轉向靈魂，把自身當作一種純粹的奇跡。因此，生活的專門形式，像藝術、科學、政治和技術，都分離了出來，形成了自己的王朝。一旦這些事情發生，就會形成一整套的文化。
自然科學的運動其實並沒有擊垮經院哲學，而是在某種程度得到了融合，融合的過程在斯賓諾莎時代開始發展起來，它的目標就是把上帝和俗世組成一種不可分割的整體。由於神性穿透了整個世界，並被賦予其神秘特性，人世顯得比直接現象更為燦爛。然而，進入了日常生活中的神性，必須要將所有狹隘的人性拋棄，必須被設想為超越人類的概念界限，並提升到一個包容一切的無限和永恒之地。於是，經院哲學就不再是一個特殊的領域。
神性被淩駕於某些特殊的事物之上，將人和神聯係到一起，並把眾生提升到一個廣闊的宇宙生命中，這就是生存的核心，就理想的文化而言，這些方麵就是科學和藝術。另外，它們珍視一切人類關係，將無限和永恒附加到日常生活之上。實際上，現實越是以這樣的方式建造理性的王國，宇宙越是會遠離剛建造時候的混亂，而人們對於經院哲學的需求也會越來越少。於是，經院哲學就成為那些否定科學和藝術的東西。
盡管泛神論的思想在世界上取得了不小的成就，但它對人性並不十分堅持。一方麵，它對現實進行了深化，這說明它已經超越了經驗。另一方麵，人們對於現實世界早就已經深惡痛絕，這就使泛神論的思想沒有了落腳之地。這種觀點在進行全盤考慮的時候，幾乎把所有的特定現象的非理性部分都置之不理。如果我們的世界不是理性的世界，那麼它就會強迫我們去尋找一個超越泛神論的解釋。這一運動會加劇生活與直接經驗的強烈矛盾，加劇生活和自然文化的矛盾衝突。這種衝突除了對日常生活的合理解釋之外，不會再出現任何的進展、解釋和提升。
毫無疑問，經院哲學已經在人們的信念和社會組織的信念中深深紮根，物質文化的成果也充分得到運用。對於特定的個人來說，他的靈魂和思想構成了一個無形的避難所，用來庇護所有的苦難和痛苦，把自己內心的經驗當作抵擋攻擊的盾牌。不過這種對於個人的庇佑卻不適用於所有的人。盡管人的生命中具有很多神性的特質，但仍然避免不了被日常事務所限製，它並沒有成功地建立一個充實心靈，對抗文化與文明的理想。所以，經院哲學慢慢變成了一種非常隱秘的個人事務，退化到了神秘主義的層麵。最終，再謹慎的觀點也無法阻止經院哲學的滅亡。