HCV病毒體呈球形，直徑小於80納米（在肝細胞中為36～40納米，在血液中為36～62納米），為單股正鏈RNA病毒，在核衣殼外包繞含脂質的囊膜，囊膜上有刺突。HCV體外培養尚未找到敏感有效的細胞培養係統，但黑猩猩對HCV很敏感。
HCV具有顯著異源性和高度可變性，對已知全部基因組序列的HCV株進行分析比較其核苷酸和氨基酸序列存在較大差異。並表現HCV基因組各部位的變異程度不相一致，如5′-CR最保守，同源性在920%～1000%，而3′NCR區變異程度較高，在HCV的編碼基因中，C區最保守、非結構（NS）區次之，編碼囊膜蛋白E2/NS1可變性最高稱為高可變區。
丙型肝炎的傳染源主要為急性臨床型和無症狀的亞臨床病人，慢性病人和病毒攜帶者。一般病人發病前12天，其血液即有感染性，並可帶毒12年以上。HCV主要血源傳播，國外30%～90%輸血後肝炎為丙型肝炎，我國輸血後肝炎中丙型肝炎占三分之一。此外還可通過其他方式如母嬰垂直傳播、家庭日常接觸和性傳播等。
丙型肝炎發病機製仍未十分清楚，當HCV在肝細胞內複製引起肝細胞結構和功能改變或幹擾肝細胞蛋白合成，可造成肝細胞變性壞死，表明HCV直接損害肝髒，導致發病起一定作用。但多數學者認為細胞免疫病理反應可能起重要作用，發現丙型肝炎與乙型肝炎一樣，其組織浸潤細胞以CD3+為主，細胞毒T細胞（TC）特異攻擊HCV感染的靶細胞，可引起肝細胞損傷。
知識點
衣殼
衣殼，是包圍在病毒核酸外的一層蛋白質，是由一定數量的殼粒組成。殼粒是衣殼的形態學亞單位。由於病毒核酸的螺旋構形不同，衣殼的殼粒數量及排列方式也不同。病毒衣殼呈現3種對稱型，可作為病毒鑒定和分類的依據。
（1）螺旋對稱型：病毒核酸呈盤旋狀，殼粒沿核酸鏈走向排列成螺旋對稱型，見於流感病毒等。
（2）20麵體立體對稱型：病毒核酸濃集在一起形成球形或近似球形，其衣殼的顆粒呈20麵體對稱排列，如脊髓灰質炎病毒、流行性乙型腦炎病毒等。
（3）複合對稱型：是既有螺旋對稱又有立體對稱的病毒，如痘類病毒和噬菌體等。
病毒衣殼的功能：①保護病毒核酸，使之免遭環境中的核酸酶和其他理化因素破壞。②參與病毒的感染過程。因病毒引起感染首先需要特異地吸附於易感細胞表麵，而無包膜病毒是依靠衣殼吸附於細胞表麵的。③具有良好的抗原性，誘發機體的體液免疫與細胞免疫，這些免疫應答不僅有免疫防禦作用，而且可引起免疫病理損害，與病毒的致病有關。
延伸閱讀
丙肝疫苗
丙肝跟乙肝一樣都屬於是傳染性肝炎，主要通過血液、性生活、母嬰垂直傳播。但是非常遺憾的是醫學界目前尚未研製出有效預防丙肝的疫苗。因為丙肝病毒是RNA病毒，極易變異，研製疫苗的難度很大，因為除了人和黑猩猩以外，其他動物都不會患上丙肝，因此疫苗研製難以找到動物模型，所以唯一的有效的處理方式是高危人群及早做丙肝抗體檢測，及早發現疾病並積極治療。