此時孫中山還醉心於考察日本鐵路，無論走到哪裏，他都帶著他手繪的中國地圖。
這是1913年3月22日，宋教仁已被暗殺兩天，孫中山還一無所知。
這是孫中山準備回國前夕，他與好友宋嘉樹住在長崎旅館，他們在這裏等盧慕貞、倪桂珍和宋靄齡，幾天前她們在東京出了車禍，好在傷都不重，住幾天院就會趕到長崎來。
一張碩大的中國地圖幾乎鋪滿了一間20坪的大廳，孫中山與宋嘉樹伏在地圖上，用紅藍鉛筆勾畫著，地圖上標出的未來準備興建的鐵路網如蜘蛛網一樣密集。
宋嘉樹說：“考察了日本後，建鐵路的信心更足了。”
孫中山扔下紅藍鉛筆，坐在地圖上說：“主要是錢。”
宋嘉樹說：“我總是想，你若當了總統才有權，才有錢，這麼大的資金，袁世凱會給你嗎？”
孫中山沉思說：“是呀，我想到了這一點。袁世凱問過我，你所到之處，幾乎都是萬人空巷，這麼受人民愛戴，你為什麼一定要退出政壇搞實業呢？”
“明知故問。”宋嘉樹說，“你該告訴他，不是為了滿足你的野心嗎？你馬上滾下台，我孫文當然要重新執政。”
孫中山說：“我能那麼不給他麵子嗎？我對袁世凱說，10年之後，國民如果還想讓我出來為他們服役，也不算晚。是呀，10年後實業振興了，國家強大了，我再出來實現政治理想也很好啊。”
這時宋靄齡進來了，笑吟吟的。
孫中山問：“出院了？都沒事了？”
“碰破一點皮。”宋靄齡說，“那個司機為了躲一個行人，才把車撞到了電線杆子上的。”
孫中山說：“不幸中的萬幸，當時我們正在煙戶參觀明治軍事學校，一聽你們在東京出車禍的消息，你爸爸嚇壞了，腿都發軟了。”
宋嘉樹問：“你媽媽和孫家嬸母呢？”
宋靄齡說：“她們在安頓行李。”
話音剛落，倪桂珍和盧慕貞進來了，倪桂珍的胳膊還吊著，托在木板上，盧慕貞的太陽穴處還貼著繃帶。
倪桂珍說：“差點見不著你們了。”
孫中山說：“大難不死，必有後福啊。”
宋嘉樹說：“你們再不出院，我們就回國了，船票都訂好了。”
戴季陶走進來，告訴大家，回國船票都拿到了，是天洋號海輪，明天下午4點啟程。
孫中山說：“好，還有什麼安排嗎？”
戴季陶給他報了個日程表：要出席基督教青年會和長崎華僑歡迎午餐會，還有長崎官民歡迎會、留學生招待會，不是還要探視日本友人鈴木天眼的病況嗎？這隻好放在晚上9點以後了。
倪桂珍歎道：“孫先生真快累垮了，所到之處，開不完的會。”
孫中山說：“這也是宣傳的機會呀，總比我當年在紐約吃閉門羹，叫人轟出門來好受。”
人們都樂。
宮崎滔天神色緊張地拿了一份電報進來，說：“孫先生，黃興的急電，出事了。”
“出了什麼事？”人們一下子圍過來，孫中山接過電報。
宮崎滔天說：“宋教仁在上海火車站被刺身亡，前天的事！”
孫中山被巨大的悲痛擊倒了，他臉色鐵青，半晌才說：“這是為什麼？什麼人幹的？什麼人幹的？肯定有背景。”
“這裏還有第二封密電。”宮崎滔天遞上電報說：“凶手已經抓住，是袁世凱的國務總理趙秉鈞指使內務部秘書長洪述祖直接指揮的。”
孫中山的拳頭砸到了桌子上，幾乎是吼叫著說：“回國，馬上回國！”
孫中山的心再也不在那張鐵路藍圖上了，他在心裏罵著自己的輕信和軟弱。是啊，宋教仁遇刺的槍聲，猛然把孫中山從埋頭實業建設的幻想中驚醒過來。他不能坐視自己與同誌奮鬥了19年的成果，斷送在獨裁者手中，孫中山自己對自己說，應驗了，應驗了。
從前，黨內有人提出袁世凱不可輕信時，孫中山說過，他即使背叛了共和也不可怕，再打倒了就是了。打倒袁世凱，總比推倒有幾千年根基的皇權要容易。
這不是真的必須重新革命了嗎？
孫中山是3月27日回到上海的，黃興立即把他接到了自己寓所。陳其美、居正、戴季陶等被召集來開緊急會議。
氣氛相當的低沉，與會者的臉色都很沉重。
不用說，孫中山的黨，孫中山的三民主義，孫中山的革命都麵臨著嚴重的挑戰。
孫中山說：“袁世凱公然暗殺宋教仁，這是反革命的信號，光天化日之下派人刺殺他的農林總長宋教仁，這已屬罪大惡極，全黨無不悲憤萬分。我意立即調集各省兵力，一致聲罪致討。”
黃興說：“武力解決，我們有那麼大實力嗎？”
孫中山顧不了那麼多了，他認為機不可失。畢竟袁世凱就任正式總統不久，立足未穩，推翻他較為容易。
黃興更實際些，南方革命軍裁了不少，不加以整頓、訓練，不可能有戰鬥力，民國已成立，可以訴諸法律解決。黃興這又未免過於天真了。
孫中山冷笑道：“法律，法律權柄不是在袁世凱手上嗎？”
陳其美說：“若不然發電報給廣東、湖南，征詢一下胡漢民、譚延意見再決定，怎麼樣？”
孫中山說：“可以，但會後要全麵準備，必要時非用武力討袁不可。”
孫中山的武力解決方案遭到同誌的抵製，這令他心頭不快。
在4月13日於靜安寺召開的宋教仁的追悼會上，各界團體有兩萬人來吊唁，孫中山的挽幛上寫著：“作民權保障，誰非後死者！為憲法流血，公真第一人！”他的另外一幅挽聯也十分悲壯：“三尺劍，萬言書，美雨歐風誌不磨，天地有正氣，豪傑自牢籠，數十年季子舌鋒，效莊生索筆；五丈原、一坡土，臥龍躍馬今何在？冠蓋滿京華，斯人獨憔悴，灑幾滴萇弘血淚，向屈子招魂。”
黃興的挽聯雖然直白，叫人看了痛快：“前年殺吳祿貞，去年殺張振武，今年殺宋教仁；你說是趙秉鈞，他說是洪述祖，我說是袁世凱！”
宋教仁的追悼會是一次號召、一次誓師，很多人看清了袁世凱的真麵目。
這時陳其美告訴了他一件事，袁世凱是有過拉攏宋教仁之意的。當宋教仁想要實現政黨組閣時，已令袁世凱惶恐不安了，袁世凱送了一套價值3000元的禮服，另有一張50萬元的交通銀行的支票給他，可他把支票退了回去，分文不取。他公開聲明“今革命雖告成功，也隻是指種族主義而言，政治革命的目的，尚未達到”，也正因為如此，袁世凱稱宋教仁“口鋒如此尖刻”，一天也不能容他了。孫中山尚不知他的代理理事長的業績，在全國19個省份中，選舉出的500名議員中，國民黨人居然占338人，2月份在參眾兩院870個議席中，國民黨也占了392席，占45%。顯然，袁世凱怕孫中山交了的權再由宋教仁以合法的手段拿回去，這才是他對宋教仁下黑手的原因。
孫中山脫口說了一句：“漁父比我要看得深刻。”這實在是他對死者的最高評價了。
袁世凱得到孫中山、黃興在上海策劃二次革命的消息，便采取了惡人先告狀的手段放出風來，說：現在看透了，孫中山、黃興除了搗亂外，別無本領，左是搗亂，右是搗亂，我受四萬萬人民付托之重，不能以四萬萬人之財產生命聽人搗亂……孫中山與之談過話印象頗佳的那個袁世凱的麵具徹底被袁世凱本人撕碎了。
黃興來告訴孫中山，袁世凱正在準備討伐國民黨呢。而且，袁世凱不經國會批準，私自向5國財團借款2500萬英鎊，已經暴露了他要武力鎮壓的麵目，這一次，連黃興也不再強調實力，堅決要武力發動二次革命了。
此時，譚延、李烈鈞、柏文蔚、胡漢民已經聯名通電，反對袁世凱非法借款，孫中山已電告他們準備武裝北伐。
孫中山對宋靄齡說：“你把錢拿來。”
宋靄齡提出一口袋錢：“這是5萬。”
孫中山對黃興說：“你先拿去，我再籌款，過幾天我去廣東，找陳炯明談一談，我們必須促使控製在我們手裏的廣東、湖南、江西、安徽首先獨立。”
黃興說：“好吧，我去找陳其美，上海更應及早準備。”
就在國民黨內遲疑未決時，袁世凱搶先下手了，找了個借口，說胡漢民、柏文蔚、李烈鈞3個都督違抗中央命令，曾通電反對借款，罷免了他們的職務。隨後，袁世凱兵分3路向革命勢力開刀。第一路是由段芝貴率王占元的第二師和李純的第六師，由京漢路南下攻李烈鈞的江西；第二路由馮國璋統張勳、雷震春各部沿津浦路南進攻擊南京；第三路由倪嗣衝率眾攻安慶，連鄭汝成、湯薌銘的海軍也調去鎮壓。
孫中山不再猶豫，立即派主戰激烈的李烈鈞回江西籌備通電討袁，二次革命正式拉開了戰幕。這是7月12日。
兩天後，黃興和夫人徐宗漢到達南京，召開了軍事會議，南京第一師師長章梓、第七師師長洪承點、第九師師長冷辶、第八師師長陳之驥等人出席，決定在蚌埠和淮揚一帶布防，抗擊南進的馮國璋、張勳。
隨後，柏文蔚的安徽宣布獨立，上海的陳其美為討袁軍總司令，也宣布獨立。