孫中山趁此機會發表宣言，指出“袁氏專為私謀，倒行不已，以致東南人民荷戈而逐，旬日之內，相連並發。大勢如此，國家安危、人民生死，胥係於袁氏一人之去留。”這是孫中山向全國人民發出的倒袁號令。
但是國民黨人的準備是不充分的。7月22日上海討袁軍向製造局的北洋軍發起進攻，孫中山寄予極大的希望，他一直在等待消息。
但陳其美帶來的是壞消息。他說，蔣介石的93團上去，營長張紹良陣亡了，鄭汝成在海籌號兵艦上向我們發炮，我們退下來了，退到閘北，被英國人繳械了。
隨後南京方麵的陳之驥叛變，陳其美、鈕永建血戰上海7晝夜不下，幾個宣布獨立的省份又相繼取消了獨立。
孫中山發動的二次革命僅僅堅持了48天就以慘敗告終，孫中山不得不再次流亡海外。當輪船駛離中國大陸時，回首苦難深重的祖國，依然風雨如晦，多少年的奮鬥成果，全都付之東流了，孫中山陷入矛盾的深深的思索之中。
國內二次革命開始時，正是宋慶齡結束學業準備回國的日子，她從東海岸乘坐太平洋大鐵路的快車，橫穿美國大陸，來到了舊金山等船。她想到了回國能見到孫中山，又知他喜歡吃水果，就想買些世界聞名的加州香蕉和蘋果帶回去。
水果很快買來了。
一個旅館的侍役用小平車推來兩箱水果，敲開門，對宋慶齡說：“小姐，你要的加州水果到了。”
宋慶齡說聲：“謝謝。”給了小費。
侍役又拿出一封電報：“小姐，有一封從日本神戶發來的電報。”
宋慶齡看了電報，奇怪地自語：“船票我都買到了上海，家人怎麼又去日本了呢？”
宋嘉樹已到了神戶，讓宋慶齡不要回上海，要直接去神戶見麵。宋慶齡絕對想不到她的一家人已隨著二次革命的流產亡命日本了。
她問侍役：“能幫我訂一張去日本的船票嗎？”
“小姐要乘哪國的船？”侍役問。
宋慶齡說：“哪國的都行，越快越好。”
“好的。”侍役走了出去。
這次宋嘉樹到日本避難極為倉促，但他畢竟還不是日本政府限製登陸的人，孫中山就險些被拒之門外。
孫中山是8月9日早晨乘日輪信儂丸號到達神戶港的。
孫中山向岸上一看，見港口碼頭上遍布日本警察，知道事情不妙，便對船長郡寬四郎求救，船長是孫中山的朋友。
船一拋錨，神戶水上警察立刻擁上來一大群，不由分說開始了大搜查。見事情不妙，郡寬郎把孫中山藏到了他的船長室，然後迎著警長詢問為什麼事搜查。果然是對著孫中山來的。
警長說，奉了外務省的命令來搜捕中國的流亡總統孫中山，因為袁世凱通過外交途徑向日本政府提出了緊急照會。郡寬四郎說孫中山坐過他的船，那時是尊敬的國賓，他們認識，但今天的船上根本沒有孫中山，並且拿了乘客的名冊給警察們看。因為孫中山是特殊乘客，郡寬四郎根本沒在名冊上登他的名字。
警察在船上足足翻了三四個小時，連庫房、冰凍倉、機器房、煤倉都查看了，惟一沒敢去的是船長室。後來多虧頭山滿、犬養毅出麵，直接找了山本首相，拿到了山本的準許孫中山登陸的手令，兵庫縣知事才不再說什麼了。但是他怕擔過，一再叮囑要秘密上岸，孫中山被藏在了神戶諏訪山的常盤別墅裏。
諏訪山是神戶的製高點，樹木茂盛，有好幾座廟宇，因為上山的路十分陡峭，很少有人攀登。孫中山住的常盤別墅是一個日本企業家的私產，他與犬養毅是至交，才讓了出來。
常盤別墅坐落在諏訪山密林中，居高臨下，可以看到遠處的海灣。
孫中山與宋嘉樹坐在庭院中花藤棚下喝著茶。宋嘉樹的一隻手總是卡在腹部。
孫中山說：“這回到了日本，好好看看你的腎病吧，你的症狀像有結石，不單是腎盂腎炎。”
“再說吧，沒心情。”宋嘉樹歎口氣說，“本來是朗朗晴空，忽然間雷雨交加，這是怎麼了？”
“軟弱，輕信。”孫中山說，“與其說失敗於敵人的狡猾、強大，還不如說敗給了我們自己，一盤散沙，號令難行啊。”
宋嘉樹問：“怎麼辦？又要重頭來嗎？”
孫中山一指懸在門楣上的一幅大字，是“卷土重來”4個字。孫中山說：“這是胡漢民昨天來我這寫的，這正是我的決心。”
“好一個卷土重來。”宋嘉樹說，“胡漢民也逃到日本來了？”
孫中山說：“他，還有廖仲愷，我們是一起從廣東出來的。”他們原指望在廣東再組織軍隊北伐，龍濟光已經投靠了袁世凱，捕殺革命黨人，廣東已無法立足了。
宋嘉樹問：“聽說一開始日本方麵不讓你登陸？”
孫中山說：“可不是，我坐的信儂丸一到神戶，水上警察就上船來指名道姓地搜查我，搜了3個小時，連錨庫都查了，豈不知，船長郡寬四郎是我的好友，他把我藏在了船長室裏，警察隻有一間船長室沒搜到。”
“好險啊。”宋嘉樹說。
“有驚無險。”孫中山說，“後來多虧犬養毅、頭山滿上頭有關係，直接去找了山本首相，山本答應了，外務省的命令才失效了。不過朋友們仍然怕袁世凱派爪牙來暗殺，把我藏在這所常盤別墅裏。”
宋嘉樹說：“這別墅很漂亮啊。”
“當然了。”孫中山說，“這是川崎造船所所長的別墅嘛，你在上海是不是遇到麻煩了？不然不會舉家出逃。”
宋嘉樹說：“小意思，他們隻是向我的二樓窗戶打了兩梭子子彈，打壞了幾塊玻璃，我本來是無所謂的，倪桂珍害怕，非要出來躲一躲。”
“躲一躲對，”孫中山說，“不怕死，也不等於願意無謂的死。現在，可惡的袁世凱已經下令解散國民黨，各地都在抓人、殺人，我們好多好同誌犧牲了。還記得廣東的鄧慕芬嗎？她被敵人追捕，後來她在肇慶的鼎湖山下投飛水潭自盡了。”
宋嘉樹說：“這一次損失太大了。我們出來了也好，我和靄齡還可以多為你做點事情。對了，慶齡大學畢業了，馬上要到日本來了。”
“是嗎？又多了一個革命黨。”孫中山說。
“你這麼自信？”宋嘉樹說。
孫中山說：“慶齡必是個出色的革命者，我心裏有數。”
宋嘉樹說：“我的孩子一個個都叫你征服了，把我的女兒一個個搶走了。”
孫中山笑道：“這可不對了，慶齡來日本，可不是我發出的命令啊！”
二人哈哈大笑。
宋慶齡是1913年8月29日到達日本橫濱港的。
當宋慶齡夾在人群裏走下輪船時，宋嘉樹快步跑上去，同女兒擁抱起來。
宋慶齡問：“媽媽和大姐呢？”
宋嘉樹說：“在家給你準備好吃的呢。”
宋慶齡招呼挑夫把行李、水果都放到了汽車後麵，與父親登上了車。她問：“我不大相信，全家人會是趕到日本來接我的吧？”宋嘉樹口氣裏有幾分憂鬱：“二次革命失敗了，袁世凱在殺人，殺了一萬多革命者了，我是逃亡出來的。”
“那，孫叔叔呢？”宋慶齡有幾分緊張。
“他也在日本，前些天在神戶，現在又到東京去了。”
宋慶齡鬆了一口氣：“他沒事就好。有他在，就還有希望。”
宋嘉樹笑笑：“看不出，你比我都有信心。”
宋慶齡嫣然一笑，說：“他若因為一次挫折就灰心喪氣了，他就不是孫中山了。”
“嗬，”父親樂了，“你倒比我了解孫中山了。”停了一下，他又問，“你走了，美齡沒哭鼻子嗎？”
“她可不像你想像的那麼嬌氣。”宋慶齡走前幫她轉到馬薩諸塞州韋爾斯利女子大學了，子文在哈佛，離她近，成為她的監護人了，這是令家人放心的一舉。
“這主意是誰出的？好極了。”宋嘉樹說。
“當然是我。”宋慶齡有些自豪地說，停了一下，她又問：“姐姐當秘書當的怎麼樣？”
“不錯。不過……”宋嘉樹談吐間似乎有什麼難言之隱，宋慶齡察覺了，問：“你好像有話沒有說完。”
“沒什麼。”宋嘉樹說，“明天我帶你到東京去見孫中山。”
“太好了。”宋慶齡說，“你不說我也要去的，我給他特意帶的加州香蕉，再不送去快爛了。”
孫中山搬到東京後，住進了赤阪區靈南阪町27番地一所古老而漂亮的日式宅子，這是海妻豬勇彥的房產，由頭山滿出麵借用，圖的是方便。因為隔壁便是黑龍會的負責人頭山滿的府邸，日本朋友們把孫中山從神戶接來此處，用心良苦，當然是從安全方麵考慮的。黑龍會在日本很有勢力，官方也對他們禮讓三分。
宋慶齡的到來給孫中山的寓所裏帶來了歡快的笑聲，是宋嘉樹和宋靄齡陪她一起來的。
宋靄齡把一盤盤水果端到客廳來。
宋嘉樹腰痛，半躺半坐在榻榻米上，說：“這可是慶齡特地給你帶來的加州水果呀。”
孫中山從宋慶齡手中接過一根香蕉，說：“遠隔重洋帶幾箱水果來，不好意思。”