杭州城裏的兩萬餘太平軍，其實就是在浙太平軍的全部。
左宗棠一直以為守杭州城的太平軍不少於十萬眾，所以不敢強取，隻能圍困，想通過消耗彼軍糧食的方法取勝。後來左宗棠駐節餘杭後，經反複觀察，終於發現，守衛杭州城的太平軍，並不像傳聞的那樣多，這才下定決心硬取。
太平軍此時已糧草殆盡，目前正在城裏靠宰馬殺牛賴以生存。盡管這樣，當各路官軍強取城池時，太平軍仍拚死抵抗，城頭倒下一批，很快又補充一批，整整激戰了三天兩夜，不僅護城河裏落滿了屍體，連城牆都被染成了紅色，這才啟北門撤退，卻又遭到劉培元所部炮轟、截殺，幾乎無一存活。
劉鬆山統軍由正門進城，在城內搜剿太平軍餘部；左宗棠則委員隨軍入城，張貼安民告示，穩定杭州局麵。
杭州，原本是浙江省省城，住有人口八十餘萬，是閩浙乃至江西一帶最繁華的商埠。此役過後，居民僅存八萬，牛馬亦被宰殺殆盡，不抵湖南一縣城矣。
原浙江巡撫衙門已被太平軍改作侍王府，麵積不僅比原來擴大了一倍，各屋的牆上還都被畫上了猴子，極其不倫不類。劉鬆山命兵勇先將各房屋牆上的猴子圖像全部鏟除，又一一粉刷幹淨，重新掛上巡撫衙門的金匾，這才請左宗棠入城視事。
當晚，左宗棠在巡撫衙門大擺酒宴，慶賀浙江全省收複；由左宗棠親筆草擬的收複杭州的紅旗捷報，也於當日拜往京城。隨紅旗捷報同行的，自然是長長的一串保單，和陣亡將弁請恤名錄。
同治三年（公元1864年）三月二十八日，聖旨由快馬遞進巡撫衙門。左宗棠率一應在侍文武官員跪於官廳之上聽宣。
聖旨先依左宗棠所奏將攻克杭州情形複述一遍，然後才道：“閩浙總督左宗棠，自督辦浙省軍務以來，連克各府州縣城池，茲複將杭州省城餘杭縣城攻拔，實屬調度有方，加恩賞加太子少保銜，並賞穿黃馬褂。浙江布政使蔣益澧，提督銜湘軍統領劉鬆山，自調任浙江以來，戰功卓著，茲複親督各軍克複杭州省城，實屬奮勇異常，著賞穿黃馬褂。”
聖旨隨後又對劉培元等出力員弁給予一一獎賞，可謂皇恩浩蕩，無一疏漏。
各軍稍事休整，又分別補充了兵員，左宗棠這才遣劉鬆山所部先期入閩征剿閩省太平軍各部。左宗棠則會同蔣益澧、胡雪岩等人，督飭各州縣整修書院，並在杭州、寧波兩地設立印書局，大量刊刻“四書五經”，搶救被太平軍破壞、摧毀的中華傳統文化。
考慮到春耕在即，曆經戰火洗劫的浙江，土地荒蕪，人口流失過大，耕牛、籽種均無從籌措，左宗棠不久又奏上《瀝陳浙省殘黎困敝情形》一折，希望朝廷能幫著想些辦法。
折曰：“浙江此次之變，人物凋耗，田土荒蕪，彌望白骨黃茅，炊煙斷絕。現屆春耕之期，民間農器毀棄殆盡，耕牛百無一存。穀豆、雜糧、種子無從購覓。殘黎喘息僅屬者，晝則緣伏荒畦廢圃之間，擷野菜為食；夜則偎枕頹垣破壁之下，就土塊以眠。昔時溫飽之家，大半均成餓莩。憂愁至極，並其樂生哀死之念而亦無之，有骨肉死亡在側，相視而漠然不動其心者。哀我人斯，竟至於此！臣於去冬曾籌補救十二條，刊發各屬。現複籌采買豆穀種子，購辦耕牛，招集鄰省農民來浙耕墾，冀將來或有生聚之望。唯浙省被難地方極廣，巨富紳民早已避地遠徙，捐無可捐。臣軍之餉，積欠太久，日食尚艱；雖所過地方，每與各統領、營官、哨官共圖分食煮粥，俵散錢米，所獲賊中穀米，亦酌量賑糶煮粥，暫救目前。然涓滴之施，無裨大局。且距新熟之期太遠，災民朝不保暮，難冀生全。”
此折拜發不多幾日，左宗棠又派胡雪岩赴各省籌措銀兩，廣購穀米種子。
胡雪岩知道左宗棠此時最是用銀之際，當下一口便答應下來，轉日就帶上隨員，踏上了籌餉、購種之路。
胡雪岩離開後，左宗棠又劄飭各府、州、廳、縣衙門，密訪當地富紳，或浙籍外地官員，號召他們捐銀捐物、捐糧捐種，以期盡快恢複元氣。