左宗棠於是決定離開肅州趕赴蘭州。
劉錦棠收到左宗棠的信後，自然是摩拳擦掌，決定不辜負左宗棠及朝廷對自己的厚望，打好收複伊犁這一仗。
為了表明大清國收複伊犁的決心，劉錦棠一麵令北疆各路人馬向伊犁靠攏，一麵統帶親兵營，大張旗鼓地來到金順大營。
稍事歇息，劉錦棠便在金順的陪同下，帶領各路將官，騎馬勘察伊犁周邊的地形、山川險要。
站在伊犁城瞭望塔裏的科爾帕科夫斯基，見伊犁周邊一連多日濃煙翻滾，心下不由一陣慌亂，尤其是得知劉錦棠已經來到北疆，正在對伊犁周邊地形進行視察時，他更是全身顫抖，額頭冒出冷汗。
他一麵派人騎快馬給國內送信，一麵傳令緊急備戰；他本人，則在反複思考逃跑的各條便捷路線。考夫曼此時正在國內參與對大清國的談判，他一接到科爾帕科夫斯基的信，馬上便轉呈沙皇亞曆山大二世。
沙皇看過信後，考夫曼又憂心忡忡地對沙皇說道：“稟陛下，臣竊以為，如果我們停止談判，中國肯定要動用武力收複伊犁。如果那樣，我們不僅要失去伊犁，可能連以前我們在新疆得到的土地也要不保。據科爾帕科夫斯基說，左宗棠離開新疆時，曾再三向新任欽差大臣劉錦棠交代，如果談判決裂，中國不僅要武力收複伊犁，連以前他們失去的土地，也要收回來。左宗棠這個好戰分子，他是我大俄帝國的克星啊！”
沙皇一聽這話，嗷地便蹦起身來，大叫道：“左宗棠不是好戰嗎？我們就和他打上一仗！”
考夫曼一見沙皇失去理智，急忙奏道：“陛下，發動一場毫無勝利希望的戰爭，是不劃算的！陛下一定要三思啊！”
沙皇一屁股坐下去，極不情願地說了一句：“曾紀澤這個人，也不好對付啊！”
考夫曼不失時機地說道：“稟陛下，臣竊以為，比起毫無勝算的戰爭來，我們在談判中所得的利益，相對會更大些。”
亞曆山大二世痛苦地閉上眼睛。
趕往蘭州的途中，左宗棠接到聖旨：命張曜署理幫辦軍務；實授曾國荃為陝甘總督，曾國荃未到任前，陝甘總督著甘肅布政使楊昌浚署理。左宗棠回到蘭州，楊昌浚率蘭州的大小官員出郭三十裏迎接。
見禮畢，楊昌浚挽住左宗棠的那雙因激動而顫抖的手，小聲吟誦了一首他自撰的七絕：“大將籌邊尚未還，湖湘子弟滿天山。新栽楊柳三千裏，引得春風度玉關。”
楊昌浚吟完最後一個字，左宗棠已是淚流滿麵，泣不成聲。
許久，左宗棠的情緒才有些穩定，他拍著楊昌浚的手說道：“石泉哪，你的詩好是好，隻是還不太貼切。‘大將籌邊尚未還’，就不該現在說，現在應該改作‘大將籌邊已回還’。”
楊昌浚含淚笑道：“季高，我寫這首詩的時候，南疆八城剛剛收複，你還正在肅州，尚無歸期呀。”楊昌浚話畢，把左宗棠重新扶進轎裏。
到蘭州後，左宗棠又把陝甘的事情向楊昌浚交割了一番，這才安排進京事宜。其間，接到福建船政局提調吳大廷的來信。吳大廷主要是向左宗棠索詩。
吳大廷字彤雲，是湖南沅陵人，與左宗棠是老相識。老相識來函索詩，左宗棠不好拒絕，於是作了兩首絕句交差。一首曰：“浩蕩風塵使節邊，敵巢回首意茫然。五年一覺清涼夢，茶半香初海國天。”二首曰：“雙清心跡擬名臣，朔雪炎風見在身。且蹴昆侖令西倒，再勤詩酒老湘濱。”
其間，得知左宗棠即將離甘，甘肅書畫家顧超作《秋山無盡圖》一幅，請左宗棠題詩留念。左宗棠趁著病情稍緩，題詩一首：“行盡秋山路幾重？故山回首白雲封。阿超知我歸心急，為畫江南千萬峰。”
其間，大清國立國以來第一家機械化毛紡廠——甘肅織呢局正式在蘭州開工生產。左宗棠聞訊之下，抱病出席了開工儀式並題寫了匾額。
升任兩江總督
光緒六年（公元1880年）十二月初四，左宗棠將陝甘及新疆各事料理完畢，正式離開蘭州總督衙門赴京。